| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,599,894 | C→G | 8.0% | P1196P (CCG→CCC) | PP_4924 ← | subtilase family serine protease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,599,894 | 0 | C | G | 8.0% | 178.7 / 4.3 | 59 | P1196P (CCG→CCC) | PP_4924 | subtilase family serine protease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/30); new base G (2/3); total (26/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.31e-01 | |||||||||||
ATCATGCCAAAGCCATAGTCGTGGCTGGCGTGCATGCCACCGCCATTCCAATTGCGCCCTGCGTTGTAAGCCCATTGGGTTGATGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGT‑AACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTGCC‑CTGAGT‑CGTGCTGTAGGCGCTGCCGACCGACGCACCGCGCTCCGCTTCAAGGCTGACGCCACTGGATAAAACATGGCTCCCCGGTG > NC_002947/5599748‑5600042 | aTCATGCCAAAGCCATAGTCGTGGCTGGCGTGCATGCCACCGCCATTCCAATTGCGCCCTGCGTTGTAAGCCCATTGGGTTGATGCGTCATCCACTTCGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGT‑AACCCAACCCCgg < 4:13985/149‑1 (MQ=255) tCATGCCAAAGCCATAGTCGTGGCTGGCGTGCATGCCACCGCCATTCCAATTGCGCCCTGCGTTGTAAGCCCATTGGGTTGATGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGT‑AACCCAACCCCggg > 3:205349/1‑149 (MQ=255) cATGCCAAAGCCATAGTCGTGGCTGGCGTGCATGCCACCGCCATTCCAATTGCGCCCTGCGTTGTAAGCCCATTGGGTTGATGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGT‑AACCCAACCCCGGGt > 5:19047/1‑149 (MQ=255) tGCCAAAGCCATAGTCGTGGCTGGCGTGCATGCCACCGCCATTCCAATTGCGCCCTGCGTTGTAAGCCCATTGGGTTGATGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGT‑AACCCAACCCCGGGTTg > 6:221595/1‑149 (MQ=255) ccAAAGCCATAGTCGTGGCTGGCGTGCATGCCACCGCCATTCCAATTGCGCCCTGCGTTGTAAGCCCATTGGGTTGATGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACCTCCCGGT‑AACCCAACCCCGGGTTGGc < 1:175338/149‑1 (MQ=255) ccAAAGCCATAGTCGTGGCTGGCGTGCATGCCACCGCCATTCCAATTGCGCCCTGCGTTGTAAGCCCATTGGGTTGATGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGT‑AACCCAACCCCGGGTTGGc < 4:205349/149‑1 (MQ=255) ccAAAGCCATAGTCGTGGCTGGCGTGCATGCCACCGCCATTCCAATTGCGCCCTGCGTTGTAAGCCCATTGGGTTGATGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGT‑AACCCAACCCCGGGTTGGc > 3:2772/1‑149 (MQ=255) cAAAGCCATAGTCGTGGCTGGCGTGCATGCCACCGCCATTCCAATTGCGCCCTGCGTTGTAAGCCCATTGGGTTGATGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGCCAGTGCGAGGATCTGCTGACCATCCCGGT‑AACCCAACCCCGGGTTGGCt > 8:238228/1‑149 (MQ=255) cAAAGCCATAGTCGTGGCTGGCGTGCATGCCACCGCCATTCCAATTGCGCCCTGCGTTGTAAGCCCATTGGGTTGATGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAAGATCCCGGT‑AACCCAACCCCGGGTTGGCt < 1:182343/149‑1 (MQ=255) cAAAGCCATAGTCGTGGCTGGCGTGCATGCCACCGCCATTCCAATTGCGCCCTGCGTTGTAAGCCCATTGGGTTGATGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGT‑AACCCAACCCCGGGTTGGCt < 4:92042/149‑1 (MQ=255) aGCCATAGTCGTGGCTGGCGTGCATGCCACCGCCATTCCAATTGCGCCCTGCGTTGTAAGCCCATTGGGTTGATGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGT‑AACCCAACCCCGGGTTGGCTTGc < 5:268026/149‑1 (MQ=255) aTAGTCGTGGCTGGCGTGCATGCCACCGCCATTCCAATTGCGCCCTGCGTTGTAAGCCCATTGGGTTGATGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGT‑AACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACa > 3:184446/1‑149 (MQ=255) gctggcGTGCATGCCACCGCCATTCCAATTGCGCCCTGCGTTGTAAGCCCATTGGGTTGATGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGT‑AACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGcc < 2:222472/148‑1 (MQ=255) 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3:233490/2‑148 (MQ=255) cgcCCTGCGTTGTAAGCCCATTGGGTTGATGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGT‑AACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGc < 3:303425/148‑1 (MQ=255) ccTGCGTTGTAAGCCCATTGGGTTGATGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGT‑AACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGt < 4:2772/149‑1 (MQ=255) cTGCGTTGTAAGCCCATTGGGTTGATGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGT‑AACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTg < 6:265384/149‑1 (MQ=255) cGTTGTAAGCCCATTGGGTTGATGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGT‑AACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTGcc < 6:19047/148‑1 (MQ=255) gTTGTAAGCCCATTGGGTTGATGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGT‑AACCCCACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACTCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTGCC‑Ct > 2:200997/1‑149 (MQ=255) ttGTAAGCCCATTGGGTTGATGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGT‑AACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTGCC‑Ct > 6:213565/1‑148 (MQ=255) ttGTAAGCCCATTGGGTTGATGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGT‑AACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTGCC‑Ct > 2:277324/1‑148 (MQ=255) tGTAAGCCCATTGGGTTGATGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGT‑AACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTGCC‑Ct > 6:305797/1‑147 (MQ=255) aGCCCATTGGGTTGATGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGT‑AACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTGCC‑CTGAGT‑Cg < 6:206983/149‑1 (MQ=255) ccATTGGGTTGATGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGT‑AACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTGCC‑CTGAGT‑CGTGc < 6:273553/149‑1 (MQ=255) ttGGGTTGATGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGT‑AACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTGCC‑CTGAGT‑CGTGCTGt < 5:46264/149‑1 (MQ=255) ttGGGTTGATGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGT‑AACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTGCC‑CTGAGT‑CGTGCTGt < 5:118585/149‑1 (MQ=255) gggTTGATGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGT‑AACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTGCC‑CTGAGT‑CGTGCTGTa < 6:23602/148‑1 (MQ=255) ggTTGATGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGT‑AACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTGCC‑CTGAGT‑CGTGCTGTAg < 1:258716/148‑1 (MQ=255) ttGATGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGT‑AACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTgaga < 6:41014/105‑1 (MQ=255) ttGATGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGT‑AACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTgaga > 5:41014/1‑105 (MQ=255) aTGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGT‑AACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTGCC‑CTGAGT‑CGTGCTGTAGGCGCTg < 4:269239/149‑1 (MQ=255) aCTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGT‑AACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTGCC‑CTGAGT‑CGTGCTGTAGGCGCTGCCGACCGACGc > 8:137374/1‑149 (MQ=255) cTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGTAAACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCACCATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTGCC‑CTGAGA‑CGTGCTGTAGGCGCTGCCGACCGACGc > 1:67957/1‑149 (MQ=255) tttGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGT‑AACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTGCC‑CTGAGT‑CGTGCTGTAGGCGCTGCCGACCGACGCAc > 2:260978/1‑149 (MQ=255) tttGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGT‑AACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTGCC‑CTGAGT‑CGTGCTGTAGGCGCTGCCGACCGACGCAc > 2:287971/1‑149 (MQ=255) cAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGT‑AACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTGCC‑CTGAGT‑CGTGCTGTAGGCGCTGCCGACCGACGCACCGCGCTCCGCtt < 1:326997/149‑1 (MQ=255) cAGTGCGAGGATATGCTGAACATCCCGGT‑TACCCTCCCGCGGGTTGGCTTGCTACATCAACGCCACGACGGCTGATACGTTGGGCGCGGCGAAGCTGGTGGT‑CTGTGT‑CGTGCTGTTGGCGCTGCCGACCGACGCACGGCGCTCCGCtt < 4:233490/149‑1 (MQ=255) aGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGT‑AACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTGCC‑CTGAGT‑CGTGCTGTAGGCGCTGCCGACCGACGCACCGCGCTCCGCtt > 4:106174/1‑148 (MQ=255) tGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGT‑AACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTGCC‑CTGAGT‑CGTGCTGTAGGCGCTGCCGACCGACGCACCGCGCTCCGCTTc > 6:165421/1‑147 (MQ=255) tGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGT‑AACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTGCC‑CTGAGT‑CGTGCTGTAGGCGCTGCCGACCGACGCACCGCGCTCCGCTTc > 7:128800/1‑147 (MQ=255) tGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGT‑AACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTGCC‑CTGAGT‑CGTGCTGTAGGCGCTGCCGACCGACGCACCGCGCTCCGCTTCaa < 5:305797/149‑1 (MQ=255) gAGGATCTGCTGAACATCCCGGT‑AACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTGCC‑CTGAGT‑CGTGCTGTAGGCGCTGCCGACCGACGCACCGCGCTCCGCTTCAAGGc < 5:165421/149‑1 (MQ=255) gAGGATCTGCTGAACATCCCGGT‑AACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTGCC‑CTGAGT‑CGTGCTGTAGGCGCTGCCGACCGACGCACCGCGCTCCGCTTCAAGGc > 3:206749/1‑149 (MQ=255) ctgctgAACATCCCGGT‑AACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTGCC‑CTGAGT‑CGTGCTGTAGGCGCTGCCGACCGACGCACCGCGCTCCGCTTCAAGGCTGACGc > 4:103319/1‑149 (MQ=255) ctgAACATCCCGGT‑AACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTGCC‑CTGAGT‑CGTGCTGTAGGCGCTGCCGACCGACGCACCGCGCTCCGCTTCAAGGCTGACGCCAc > 3:104697/1‑149 (MQ=255) cATCCCGGT‑AACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTGCC‑CTGAGT‑CGTGCTGTAGGCGCTGCCGACCGACGCACCGCGCTCCGCTTCAAGGCTGACGCCACTGGAt < 4:108247/149‑1 (MQ=255) aTCCCGGT‑AACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTGCC‑CTGAGT‑CGTGCTGTAGGCGCTGCCGACCGACGCACCGCGCTCCGCTTCAAGGCTGACGCCACTGGATa < 5:213565/149‑1 (MQ=255) cGGT‑AACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTGCC‑CTGAGT‑CGTGCTGTAGGCGCTGCCGACCGACGCACCGCGCTCCGCTTCAAGGCTGACGCCACTGGATaaaa > 8:52168/1‑148 (MQ=255) cGGT‑AACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTGCC‑CTGAGT‑CGTGCTGTAGGCGCTGCCGACCGACGCACCGCGCTCCGCTTCAAGGCTGACGCCACTGGATAAAAc < 8:128800/149‑1 (MQ=255) t‑AACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTGCC‑CTGAGT‑CGTGCTGTAGGCGCTGCCGACCGACGCACCGCGCTCCGCTTCAAGGCTGACGCCACTGGATAAAACATg < 7:52168/149‑1 (MQ=255) 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cccGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTGCC‑CTGAGT‑CGTGCTGTAGGCGCTGCCGACCGACGCACCGCGCTCCGCTTCAAGGCTGACGCCACTGGATAAAACATGGCTCCCCgg > 6:24344/1‑149 (MQ=255) cGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTGCC‑CTGAGT‑CGTGCTGTAGGCGCTGCCGACCGACGCACCGCGCTCCGCTTCAAGGCTGACGCCACTGGATAAAACATGGCTCCCCGGTg > 3:120584/1‑149 (MQ=255) | ATCATGCCAAAGCCATAGTCGTGGCTGGCGTGCATGCCACCGCCATTCCAATTGCGCCCTGCGTTGTAAGCCCATTGGGTTGATGCGTCATCCACTTTGCGCGCAGACAGTGCGAGGATCTGCTGAACATCCCGGT‑AACCCAACCCCGGGTTGGCTTGCAACATCAACGCCACCACGCCTGAGACGATCGGCGCGGCGAAGCTGGTGCC‑CTGAGT‑CGTGCTGTAGGCGCTGCCGACCGACGCACCGCGCTCCGCTTCAAGGCTGACGCCACTGGATAAAACATGGCTCCCCGGTG > NC_002947/5599748‑5600042 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |