Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,651,377 | C→A | 9.4% | intergenic (‑185/+28) | PP_4959 ← / ← fba | diguanylate cyclase/fructose‑bisphosphate aldolase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,651,377 | 0 | C | A | 9.4% | 193.8 / 7.1 | 68 | intergenic (‑185/+28) | PP_4959/fba | diguanylate cyclase/fructose‑bisphosphate aldolase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (28/33); new base A (5/2); total (33/35) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.52e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.88e-01 |
GGATCCATTAGTACTCTAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGG‑TTTTTCA‑GGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTCGTAACGCGCGA > NC_002947/5651232‑5651520 | ggATCCATTAGTACTCTAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTg < 3:58162/148‑1 (MQ=255) ggATCCATTAGTACTCTAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATAAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCAGGAATTATGTACAGGTTTCCATATCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGc > 7:138057/1‑149 (MQ=255) gATCCATTAGTACTCTAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGGAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGGCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGc < 3:264456/148‑1 (MQ=255) ccATTAGTAATCTAGACCTGAGGCTCCAACCCGCAATGCAATCACAACGCTAACAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGCAATTATGTACAGGTATCGATCTCCCAAAAAAAAACCCTCATCGATGCGGG‑t > 2:258235/1‑149 (MQ=255) aTTAGTACTCTAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGG‑ttt < 6:25188/149‑1 (MQ=255) tACTCTAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGG‑TTTTTCA‑g > 3:70000/1‑149 (MQ=255) aCTCTAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGG‑TTTTTCA‑g < 3:26926/148‑1 (MQ=255) ctctAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGG‑TTTTTCA‑gg < 8:187981/148‑1 (MQ=255) ctctAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCAGCGATGCGGG‑tttttttatg < 7:89047/149‑6 (MQ=255) aGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGG‑TTTTTCA‑GGGTTAc > 3:306057/1‑149 (MQ=255) gACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGG‑TTTTTCA‑GGGTTAcc > 1:15467/1‑149 (MQ=255) gACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGG‑TTTTTCA‑GGGTTAc < 7:180777/148‑1 (MQ=255) ggCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGG‑TTTTTCA‑GGGTTACCTGTCGa < 4:197546/148‑1 (MQ=255) cTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGG‑TTTTTCA‑GGGTTACCTGTCGATCa < 6:46328/149‑1 (MQ=255) 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gATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGG‑TTTTTCA‑GGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAg > 3:32793/1‑149 (MQ=255) cAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGG‑TTTTTCA‑GGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTgg < 8:153729/123‑1 (MQ=255) cAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGG‑TTTTTCA‑GGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTgg > 7:153729/1‑123 (MQ=255) aaCTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGG‑TTTTTCA‑GGGTTAc < 4:157310/100‑1 (MQ=255) aaCTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGG‑TTTTTCA‑GGGTTAc > 3:157310/1‑100 (MQ=255) aaCTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGG‑TTTTTCA‑GGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTg < 6:299172/149‑1 (MQ=255) 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ggAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGG‑TTTTTCA‑GGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTc > 8:34497/1‑149 (MQ=255) aaTTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGG‑TTTTTCA‑GGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGa < 7:183478/149‑1 (MQ=255) aTTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGG‑TTTTTCA‑GGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGa < 1:295827/148‑1 (MQ=255) aTTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGG‑TTTTTCA‑GGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAg < 4:217889/149‑1 (MQ=255) aCAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGG‑TTTTTCA‑GGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGc > 5:122542/1‑149 (MQ=255) gTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGG‑TTTTTCA‑GGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAg < 2:318732/138‑1 (MQ=255) gTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGG‑TTTTTCA‑GGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAg > 1:318732/1‑138 (MQ=255) cccATAAAAAAACCCGCATCGCTGGGGG‑TTTTTCA‑GGGTTACCTGTCGATCAGTTGAACTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGCTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATATTCGAGGCATTGCCAGCGGTGCCGAAg > 7:154171/1‑149 (MQ=255) ccATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGG‑TTTTTCA‑GGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGc > 1:270664/1‑143 (MQ=255) ccATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGG‑TTTTTCA‑GGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGc < 2:270664/143‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aaaaaCCCGCAGCGATGCGGG‑TTTTTCA‑GGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTCg > 2:224866/1‑148 (MQ=255) aaaCCCTCATCGATGCGGG‑TTTTTCA‑GGGTTACCTGTCGATAAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTAACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGATTCgga > 4:211397/1‑146 (MQ=255) aaaCCCGCATCGCTGCGGG‑TTTTTCA‑GGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTCGTaa > 4:107247/1‑149 (MQ=255) aCCCGCATCGCTGCGGG‑TTTTTCA‑GGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGAGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTCGTAAcg > 5:54763/1‑149 (MQ=255) cATCGCTGCGGG‑TTTTTCA‑GGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTCGTAACGCGCGa < 6:259980/149‑1 (MQ=255) | GGATCCATTAGTACTCTAGACCTGAGGCTGCAACACGCAATGCAATCAGAACGCTATCAATGATCAAACTGTACGGTAGCCGACTAACGGTCGGTCTGCCGGAATTATGTACAGGTTTCCATCTCCCATAAAAAAACCCGCATCGCTGCGGG‑TTTTTCA‑GGGTTACCTGTCGATCAGTTGACCTTGGCGGCCAGTTCACCTTTCAGGTAGCGCTGGTACATGCCTTCCAGAGAGATCGGCTTGATCTTCGAGGCATTGCCCGCGGTGCCGAAGGCTTCGTAACGCGCGA > NC_002947/5651232‑5651520 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |