Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,790,152 | C→T | 12.9% | intergenic (+31/+37) | ynfM → / ← PP_5073 | efflux transporter/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,790,152 | 0 | C | T | 12.9% | 136.6 / 9.4 | 54 | intergenic (+31/+37) | ynfM/PP_5073 | efflux transporter/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (22/25); new base T (3/4); total (25/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.35e-01 |
GGTGTTCTGGCACCAGTGGGGCTGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCA‑AAACGGTGTGATG‑‑C‑ATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCACCTTGGTCTTGTCGTTGAACGGTGTCGG > NC_002947/5790007‑5790293 | gttgtTCTGGCACCAGTGGGGCTGGAAGGGGATCGTTCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCA‑AAACGGTGTGATG‑‑C‑ATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCtgt < 7:225956/147‑1 (MQ=255) ttCTGGCACCAGTGGGGCTGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCA‑AAACGGTGTGATG‑‑C‑ATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGa < 1:136374/149‑1 (MQ=255) gCACCAGTGGGGCTGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCA‑AAACGGTGTGATGGCCTCTTCGTGGTCACACCCGCTCCCACAGGTTGTGGGTGc < 5:200663/149‑1 (MQ=25) aCCAGTGGGGCTGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTAGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCA‑AAACGGTGTGATG‑‑C‑ATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGgtg > 6:242550/1‑149 (MQ=255) ccAGTGGGGCTGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCGACCCA‑AAACGGTGTGATG‑‑C‑ATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGgtgt < 8:244045/149‑1 (MQ=255) cAGTGGGGCTGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTACTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCA‑AAACGGTGTGATG‑‑C‑ATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGgtgt > 5:81660/1‑148 (MQ=255) tGGGGCTGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCA‑AAACGGTGTGATG‑‑C‑ATTCGTGGTCACACCCGCTCCCACAGGTTGTgggt > 6:71512/1‑136 (MQ=39) tGGGGCTGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCA‑AAACGGTGTGATG‑‑C‑ATTCGTGGTCACACCCGCTCCCACAGGTTGTgggt < 5:71512/137‑2 (MQ=39) tGGGGCTGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCA‑AAACGGTGTGATG‑‑C‑ATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGAc > 4:2144/1‑148 (MQ=255) gggCTGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCA‑AAACGGTGTGATG‑‑C‑ATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCAc < 3:2144/149‑1 (MQ=255) gAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCA‑AAACGGTGTGATG‑‑C‑ATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAagag > 3:197033/1‑149 (MQ=255) aCGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCA‑AAACGGTGTGATG‑‑C‑ATTCGTGGTCACACCCGCTCCCACAGGTTGTGGGTGCGGGCGTGCCCACGaatgcat < 4:195812/149‑6 (MQ=25) gATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCA‑AAACGGTGTGATG‑‑C‑ATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCa > 2:275613/1‑136 (MQ=255) gATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCA‑AAACGGTGTGATG‑‑C‑ATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCatc < 8:32628/149‑1 (MQ=255) tGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCA‑AAACGGTGTGATG‑‑C‑ATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGt > 4:212383/1‑149 (MQ=255) cATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCA‑AAACGGTGTGATG‑‑C‑ATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTtga < 4:197033/148‑1 (MQ=255) aTTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCA‑AAACGGTGTGATG‑‑C‑ATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGaa > 6:256908/1‑127 (MQ=255) aTTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCA‑AAACGGTGTGATG‑‑C‑ATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGaa < 5:256908/127‑1 (MQ=255) aTTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCA‑AAACGGTGTGATG‑‑C‑ATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTtgat > 7:178395/1‑148 (MQ=255) aTTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCA‑AAACGGTGTGATG‑‑C‑ATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTtgat > 6:272323/1‑148 (MQ=255) cAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCA‑AAACGGTGTGATG‑‑C‑ATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGAtctc < 3:212383/149‑1 (MQ=255) ttGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCA‑AAACGGTGTGATG‑‑C‑ATTCGTGGCCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGATGCCATCAGAACAGTTGATGATCTCGAc > 5:308272/1‑148 (MQ=255) gCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCA‑AAACGGTGTGATG‑‑C‑ATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATatc < 8:271879/148‑1 (MQ=255) gATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCATAAACGGTGTGATG‑‑C‑ATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACg > 1:48096/1‑100 (MQ=255) gATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCA‑AAACGGTGTGATG‑‑C‑ATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACg < 2:48096/99‑1 (MQ=255) aTGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCA‑AAACGGTGTGATG‑‑C‑ATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTcc < 1:32256/149‑1 (MQ=255) aTGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCA‑AAACGGGGTGATG‑‑C‑ATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTcc > 4:138650/1‑149 (MQ=255) gtggCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCA‑AAACGGTGTGATG‑‑C‑ATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCgg < 8:178395/149‑1 (MQ=255) cACCTGAGCAAGTTGCCACCCA‑AAACGGTGTGATG‑‑C‑ATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAg < 5:176099/148‑1 (MQ=255) aggaaGTTGCCACCCT‑AAACGGTGTGTTG‑‑C‑ATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCttt < 6:308272/146‑1 (MQ=255) cAAGTTGCCACCCA‑AAACGGTGTGATG‑‑C‑ATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCtgtt > 6:256974/1‑148 (MQ=255) aGTTGCCACCCA‑AAACGGTGTGATG‑‑C‑ATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCaa > 6:236617/1‑149 (MQ=255) aGTTGCCACCCA‑AAACGGTGTGATG‑‑C‑ATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCaa < 5:169614/149‑1 (MQ=255) cccA‑AAACGGTGTGATG‑‑C‑ATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCg < 7:116832/149‑1 (MQ=255) cccA‑AAACGGTGTGATG‑‑C‑ATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCg > 8:116832/1‑149 (MQ=255) ccA‑AAACGGTGTGATG‑‑C‑ATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCgg > 8:280810/1‑149 (MQ=255) aaCGGTGTGATG‑‑C‑ATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAg < 5:242550/149‑1 (MQ=255) gATG‑‑C‑ATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCACCt > 2:74986/1‑149 (MQ=255) tG‑‑C‑ATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCACCTTg < 5:236617/149‑1 (MQ=255) ggcctcttCGTGGTCACACCCGCTCCCACAGGTTGTGGGTGCGGGCGTGCCCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGc < 1:221359/136‑1 (MQ=21) ggcctcttCGTGGTCACACCCGCTCCCACAGGTTGTGGGTGCGGGCGTGCCCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGc > 2:221359/7‑142 (MQ=21) g‑‑C‑ATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCACCTTgg > 8:176388/1‑149 (MQ=255) ctcttCGTGGTCACACCCGCTCCCACAGGTTGTGGGTGCGGGCGTGCCCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATACACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCACCtttg > 8:264502/4‑147 (MQ=25) aTTCGTTGTCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCACCTTGGt < 8:221868/148‑1 (MQ=255) aTTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATatcca < 4:35917/90‑1 (MQ=255) cGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCACCTTGGTCtt < 6:81660/148‑1 (MQ=255) gTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCACCTTGGTCTTGt < 7:105355/149‑1 (MQ=255) tGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCACCTTGGTCTTGTc < 6:71870/149‑1 (MQ=255) gCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCACCTTGGTCTTGTCGtt < 5:272323/149‑1 (MQ=255) gCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAAGATCCACATCCACTTCCCGGCTCCTCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCGGCTTGACATTGGTCTTGTCggt > 5:206947/1‑147 (MQ=255) ccGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCACCTTGGTCTTGTCGTTGAACgg > 6:3416/1‑149 (MQ=255) ccACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCACCTTGGTCTTGTCGTTGAACGGTGTcgg > 4:292914/1‑149 (MQ=255) acaACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCACCTTGGTCTTGTc > 7:41501/1‑132 (MQ=255) acaACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCACCTTGGTCTTGTc < 8:41501/132‑1 (MQ=255) | GGTGTTCTGGCACCAGTGGGGCTGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCA‑AAACGGTGTGATG‑‑C‑ATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCACCTTGGTCTTGTCGTTGAACGGTGTCGG > NC_002947/5790007‑5790293 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |