Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,792,846 | A→C | 6.7% | L162R (CTG→CGG) | gltD ← | glutamate synthase subunit beta |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,792,846 | 0 | A | C | 6.7% | 175.4 / 2.4 | 59 | L162R (CTG→CGG) | gltD | glutamate synthase subunit beta |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (32/23); new base C (2/2); total (34/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.40e-01 |
CCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCGGTGTCGGTGATGTACTTCTCCACCGAGCCGATGGTCACCGCGCCGAAACCGTCGTTCA > NC_002947/5792699‑5792993 | ccGGTGAACACTTCACGGCGGTTGTTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAg < 2:237297/149‑1 (MQ=255) ttCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCgccgggc > 5:322014/1‑149 (MQ=255) cACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCgccgggccg > 4:64092/1‑149 (MQ=255) gggcggTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGCCACAGATCTCAGGGGTTTTGTCGAACACCACCGTGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGgc < 2:103812/148‑1 (MQ=255) cggcggTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGgc < 3:233812/149‑1 (MQ=255) gcggTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATACCGAATGTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGTGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCCGGCCCggcgggcctgggc < 8:153651/149‑6 (MQ=255) tGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCCGGCCCGGCGGGCCTGGGCTGCGCCgac > 8:218742/1‑147 (MQ=38) tGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCCGGCCCGGCGGGCCTGGGCTGCGCCgac < 7:218742/148‑2 (MQ=38) gCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCgatga > 2:91501/1‑149 (MQ=255) cTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCgatgat < 8:171524/149‑1 (MQ=255) aGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATgg > 6:287167/1‑148 (MQ=255) aCGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAAc < 1:91501/149‑1 (MQ=255) ggTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAAcgc > 1:68525/1‑149 (MQ=255) cAGCTTGAACTCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGTCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCgg > 4:178284/1‑149 (MQ=255) aGCTTGAACTCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGt > 8:128526/1‑149 (MQ=255) gCTTGAACTCGGGGATACCGAAGGTCAGCCGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGtt < 5:287167/149‑1 (MQ=255) gCTTGAACTCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGtt < 1:16784/149‑1 (MQ=255) gAACTCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTgg < 1:316096/147‑1 (MQ=255) 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cGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATg > 6:210039/1‑149 (MQ=255) cGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATg > 8:250163/1‑149 (MQ=255) agcagGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACg > 5:319351/1‑149 (MQ=255) agcagGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACg > 5:172837/1‑149 (MQ=255) ggCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAg < 7:128526/149‑1 (MQ=255) cACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGTCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGccc < 3:178284/149‑1 (MQ=255) cACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAAGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGcc > 4:118872/1‑148 (MQ=255) aGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAgg < 7:250163/149‑1 (MQ=255) aGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAg < 6:172837/148‑1 (MQ=255) ggTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCg > 8:119314/1‑149 (MQ=255) ggTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCg > 2:50193/1‑149 (MQ=255) ggTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCg < 7:119314/149‑1 (MQ=255) ggTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCg < 3:64092/149‑1 (MQ=255) ggTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCCGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCg > 3:181908/1‑149 (MQ=255) tttttGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCGgt < 8:131957/149‑1 (MQ=255) gTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCGGTGTCgg > 6:280198/1‑149 (MQ=255) cGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCGGTGTCGGTg > 3:28608/1‑149 (MQ=255) gAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCGGTGTCGGTGa > 4:234197/1‑149 (MQ=255) gAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCGGTGTCGGTGa > 6:46847/1‑149 (MQ=255) acacCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCGGTGTCGGTGATg > 3:172799/1‑149 (MQ=255) caccacCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCGGTGTCGGTGATGt < 1:84438/149‑1 (MQ=255) ggggTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCGGTGTCGGTGATGTACTtctc < 3:235654/149‑1 (MQ=255) gggTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCGGTGTCGGTGATGTACTtctc > 4:312356/1‑148 (MQ=255) gggTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCGGTGTCGGTGATGTACTTCTcc < 2:99286/149‑1 (MQ=255) ttACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGGCATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCGGTGTCGGTGATGTACTTCTCCAcc > 6:198646/1‑149 (MQ=255) cccGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCGGTGTCGGTGATGTACTTCTCCACCGAGc > 5:71711/1‑149 (MQ=255) cgcgcACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCGGTGTCGGTGATGTACTTCTCCACCGAGCCGATg < 3:234197/149‑1 (MQ=255) cAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGGCCATGGCGAAGGCGGTGTCGGTGATGTACTTCTCCACCGAGCCGATGGTCACcg > 2:146898/1‑149 (MQ=255) gTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTNCGGACGCCAGCCCATGGCGAAAGCGGTGTAGGTGATGTACTTCTCCACCGAGCCGATGGTCCCCGCGCCg > 1:104615/1‑148 (MQ=255) tCGGCGCCGGCCCGGCGGGCCTGGGCTGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCGGTGTCGGTGATGTACTTCTCCACCGAGCCGATGGTCACCGCGCCGa > 1:146801/1‑148 (MQ=255) tCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCGGTGTCGGTGATGTACTTCTCCACCGAGCCGATGGTCACCGCGCCGa > 4:295889/1‑148 (MQ=255) cGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCGGTGTCGGTGATGTACTTCTCCACCGAGCCGATGGTCACCGCGCCGaaa > 8:177421/1‑149 (MQ=255) gcgcAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCGGTGTCGGTGATGTACTTCTCCACCGAGCCGATGGTCACCGCGCCGAAAcc > 3:126032/1‑149 (MQ=255) gcAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCGGTGTCGGTGATGTACTTCTCCACCGAGCCGATGGTCACCTCGCCGAAACcgt > 8:64147/1‑149 (MQ=255) ccAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCGGTGTCGGTGATGTACTTCTCCACCGAGCCGATGGTCACCGCGCCGAAACCGTCGtt > 5:246734/1‑148 (MQ=255) cAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCGGTGTCGGTGATGTACTTCTCCACCGAGCCGATGGTCACCGCGCCGAAACCGTCGTTCa < 4:181908/149‑1 (MQ=255) | CCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCGGTGTCGGTGATGTACTTCTCCACCGAGCCGATGGTCACCGCGCCGAAACCGTCGTTCA > NC_002947/5792699‑5792993 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |