| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 74,173 | A→T | 8.5% | M217L (ATG→TTG) | PP_0063 → | lipid A biosynthesis lauroyl acyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 74,173 | 0 | A | T | 8.5% | 309.9 / 14.3 | 106 | M217L (ATG→TTG) | PP_0063 | lipid A biosynthesis lauroyl acyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (45/52); new base T (3/6); total (48/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.07e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.39e-01 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
CCAAGGAAGGCATCCTCAGCGTGATCAAGGAAGTGCGCCGTGGTGGCCAGGTGGGTATTCCTGCCGACCCGGAGCCGGCGGAATCGGCGGGCGTGTTCGTACCGTTCCTCGGCACCCAGGCGCTGACCAGCAAGTTCGTGCCGAACATGCTGGCCGGTGGCAAGGC‑GGTAGGTGTGTTCCTGCATGCGCTGCGGTTGCCGGATGGCTCGGGCTTCAAGGTGTTCCTCGAAGCTGCGCCGGAAGAGATGTACAGCACCGATGTGAATGTGTCGGCGGCGGCGATGAGCAAGGTGG > NC_002947/74027‑74320 | ccAAGGAAGGCATCCTCAGCGTGATCAAGGAAGTGCGCCGTGGTGGCCAGGTGGGTATTCCTGCCGACCCGGAGCCGGCGGAATCGGCGGGCGTGTTCGTACCGTTCCTCGGCACCCAGGCGCTGACCAGCAAGTTCGTGCCGAACATg > 5:292889/1‑149 (MQ=255)ccAAGGAAGGCATCCTCAGCGTGATCAAGGAAGTGCGCCGTGGTGGCCAGGTGGGTATTCCTGCCGACCCGGAGCCGGCGGAATCGGCGGGCGTGTTCGTACCGTTCCTCGGCACCCAGGCGCTGACCAGCAAGTTCGAGCCGAACATg > 4:129740/1‑149 (MQ=255) cAAGGAAGGCATCCTCAGCGTGATCAAGGAAGTGCGCCGTGGTGGCCAGGTGGGTATTCCTGCCGACCCGGAGCCGGCGGAATCGGCGGGCGTGTTCGTACCGTTCCTCGGCACCCCGGCGCTGACCAGCAAGTTCGTGCCGAACATGc > 7:264355/1‑149 (MQ=255) cAAGGAAGGCATCCTCAGCGTGATCAAGGAAGTGCGCCGTGGTGGCCAGGTGGGTATTCCTGCCGACCCGGAGCCGGCGGAATCGGCGGGCGTGTTCGTACCGTTCCTCGGCACCCAGGCGCTGACCAGCAAGTTCGTGCCGAACATGc > 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aGGCGCTGACCAGCAAGTTCGTGCCGAACATGCTGGCCGGTGGCAAGGC‑GGTAGGTGTGTTCCTGCATGCGCTGCGGTTGCCGGATGGCTCGGGCTTCAAGGTGTTCCTCGAAGCTGCGCCGGAAGAGATGTACAGCACCGATGTGAAt < 3:23343/149‑1 (MQ=255) gcgcTGACCAGCAAGTTCGTGCCGAACATGCTGGCCGGTGGCAAGGC‑GGTAGGTGTGTTCCTGCATGCGCTGCGGTTGCCGGATGGCTCGGGCTTCAAGGTGTTCCTCGAAGCTGCGCCGGAAGAGATGTACAGCACCGATGTGAAtgt < 2:249686/149‑1 (MQ=255) gcTGACCAGCAAGTTCGTGCCGAACATGCTGGCCGGTGGCAAGGC‑GGTAGGTGTGTTCCTGCATGCGCTGCGGTTGCCGGATGGCTCGGGCTTCAAGGTGTTCCTCGAAGCTGCGCCGGAAGAGATGTACAGCACCGATGTGAATgtgt < 2:291260/149‑1 (MQ=255) ccggccAGCATGTTCGGCACGAACTTGCTGGTCGGTGGCAAGGC‑GGTAGGTGTGTTCCTGCATGCGCTGCGGTTGCCGGATGGCTCGGGCTTc > 2:219551/5‑93 (MQ=25) ccggccAGCATGTTCGGCACGAACTTGCTGGTCGGTGGCAAGGC‑GGTAGGTGTGTTCCTGCATGCGCTGCGGTTGCCGGATGGCTCGGGCTTc < 1:219551/89‑1 (MQ=25) gccAGCATGTTCGGCACGAACTTGCTGGCCGGTGGCAAGGC‑GGTAGGTGTGTTCCTGCATGCGCTGCGGTTGCCGGATGGCTCGGGCTTCAAGGTGTTCCTCGa > 3:284091/2‑104 (MQ=38) gccAGCATGTTCGGCACGAACTTGCTGGCCGGTGGCAAGGC‑GGTAGGTGTGTTCCTGCATGCGCTGCGGTTGCCGGATGGCTCGGGCTTCAAGGTGTTCCTCGa < 4:284091/103‑1 (MQ=38) cAGCATGTTCGGCACGAACTTGCTGGCCGGTGGCAAGGC‑GGTAGGTGTGTTCCTGCATGCGCTGCGGTTGCCGGGTGGCTCGGGCTTCAAGGTGTTCCTCGAAGCTGCGCCGGAAGAGATGt < 8:243555/122‑1 (MQ=255) cAGCAAGTTCGTGCCGAACATGCTGGCCGGTGGCAAGGC‑GGTAGGTGTGTTCCTGCATGCGCTGCGGTTGCCGGATGGCTCGGGCTTCAAGGTGTTCCTCGAAGCTGCGCCGGAAGAGATGTACAGCACCGATGTGAATGTGTcggcgg > 4:95058/1‑149 (MQ=255) gCAAGTTCGTGCCGAACATGCTGGCCGGTGGCAAGGC‑GGTAGGTGTGTTCCTGCATGCGCTGCGGTTGCCGGATGGCTCGGGCTTCAAGGTGTTCCTCGAAGCTGCGCCGGAAGAGATGTACAGCACCGATGTGAATGTGTcggcggcg > 3:10692/1‑149 (MQ=255) gCAAGTTCGTGCCGAACATGCTGGCCGGTGGCAAGGC‑GGTAGGTGTGTTCCTGCATGCGCTGCGGTTGCCGGATGGCTCGGGCTTCAAGGTGTTCCTCGAAGCTGCGCCGGAAGAGATGTACAGCACCGATGTGAATGTGTcggcggcg < 5:232431/149‑1 (MQ=255) cAAGTTCGTGCCGAACATGCTGGCCGGTGGCAAGGC‑GGTAGGTGTGTTCCTGCATGCGCTGCGGTTGCCGGATGGCTCGGGCTTCAAGGTGTTCCTCGAAGCTGCGCCGGAAGAGATGTACAGCACCGATGTGAATGTGTcggcggcgg > 2:66451/1‑149 (MQ=255) aaGTTCGTGCCGAACATGCTGGCCGGTGGCAAGGC‑GGTAGGTGTGTTCCTGCATGCGCTGCGGTTGCCGGATGGCTCGGGCTTCAAGGTGTTCCTCGAAGCTGCGCCGGAAGAGATGTACAGCACCGATGTGAATGTGTCggcggcggc < 7:181468/149‑1 (MQ=255) aGTTCGTGCCGAACATGCTGGCCGGTGGCAAGGC‑GGTAGGTGTGTTCCTGCATGCGCTGCGGTTGCCGGATGGCTCGGGCTTCAAGGTGTTCCTCGAAGCTGCGCCGGAAGAGATGTACAGCACCGATGTGAATGTGTCggcggcggc > 8:70112/1‑148 (MQ=255) gTTCGTGCCGAACATGCTGGCCGGTGGCAAGGC‑GGTAGGTGTGTTCCTGCATGCGCTGCGGTTGCCGGATGGCTCGGGCTTCAAGGTGTTCCTCGAAGCTGCGCCGGAAGAGATGTACAGCACCGATGTGAATGTGTCGGCGGCGGCGa > 1:170250/1‑149 (MQ=255) ttCGTGCCGAACATGCTGGCCGGTGGCAAGGC‑GGTAGGTGTGTTCCTGCATGCGCTGCGGTTGCCGGATGGCTCGGGCTTCAAGGTGTTCCTCGAAGCTGCGCCGGAAGAGATGTACAGCACCGATGTGAATGTGTCGGCGGCGGCGAt < 1:44713/149‑1 (MQ=255) ttCGTGCCGAACATGCTGGCCGGTGGCAAGGC‑GGTAGGTGTGTTCCTGCATGCGCTGCGGTTGCCGGATGGCTCGGGCTTCAAGGTGTTCCTCGAAGCTGCGCCGGAAGAGATGTACAGCACCGATGTGAATGTGTCGGCGGCGGCGAt < 1:77368/149‑1 (MQ=255) tCGTGCCGAACATGCTGGCCGGTGGCAAGGC‑GGTAGGTGTGTTCCTGCATGCGCTGCGGTTGCCGGATGGCTCGGGCTTCAAGGTGTTCCTCGAAGCTGCGCCGGAAGAGATGTACAGCACCGATGTGAATGTGTCGGCGGCGGCGAt < 3:95058/148‑1 (MQ=255) gTGCCGAACATGCTGGCCGGTGGCAAGGC‑GGTAGGTGTGTTCCTGCATGCGCTGTGGTTGCCGGATGGCTCGGGCTTCAAGGTGTTCCTCGAAGCTGCGCCGGAAGAGATGTACAGCACCGATGTGAATGTGTCGGCGGCGGCGATGAg < 3:50651/149‑1 (MQ=255) gTGCCGAACATGCTGGCCGGTGGCAAGGC‑GGTAGGTGTGTTCCTGCATGCGCTGCGGTTGCCGGATGGCTCGGGCTTCAAGGTGTTCCTCGAAGCTGCGCCGGAAGAGATGTACAGCACCGATGTGAATGTGTCGGCGGCGGCGATGa < 1:66451/148‑1 (MQ=255) gTGCCGAACATGCTGGCCGGTGGCAAGGC‑GGTAGGTGTGTTCCTGCATGCGCTGCGGTTGCCGGATGGCTCGGGCTTCAAGGTGTTCCTCGAAGCTGCGCCGGAAGAGATGTACAGCACCGATGTGAATGTGTCGGCGGCGGCGATGa < 2:323702/148‑1 (MQ=255) gTGCCGAACATGCTGGCCGGTGGCAAGGC‑GGTAGGTGTGTTCCTGCATGCGCTGCGGTTGCCGGATGGCTCGGGCTTCAAGGTGTTCCTCGAAGCTGCGCCGGAAGAGATGTACAGCACCGATGTGAATGTGTCGGCGGCGGCGATGa < 2:13960/148‑1 (MQ=255) gAACATGCTGGCCGGTGGCAAGGC‑GGTAGGTGTGTTCCTGCATGCGCTGCGGTTGCCGGATGGCTCGGGCTTCAAGGTGTTCCTCGAAGCTGCGCCGGAAGAGATGTACAGCACCGATGTGAATGTGTCGGCGGCGGCGATGAGCAAgg < 3:129740/149‑1 (MQ=255) cATGCTGGCCGGTGGCAAGGC‑GGTAGGTGTGTTCCTGCATGCGCTGCGGTTGCCGGATGGCTCGGGCTTCAAGGTGTTCCTCGAAGCTGCGCCGGAAGAGATGTACAGCACCGATGTGAATGTGTCGGCGGCGGCGATGAGCAAggtgg < 1:108025/149‑1 (MQ=255) | CCAAGGAAGGCATCCTCAGCGTGATCAAGGAAGTGCGCCGTGGTGGCCAGGTGGGTATTCCTGCCGACCCGGAGCCGGCGGAATCGGCGGGCGTGTTCGTACCGTTCCTCGGCACCCAGGCGCTGACCAGCAAGTTCGTGCCGAACATGCTGGCCGGTGGCAAGGC‑GGTAGGTGTGTTCCTGCATGCGCTGCGGTTGCCGGATGGCTCGGGCTTCAAGGTGTTCCTCGAAGCTGCGCCGGAAGAGATGTACAGCACCGATGTGAATGTGTCGGCGGCGGCGATGAGCAAGGTGG > NC_002947/74027‑74320 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |