Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 6,013,854 | G→C | 42.6% | intergenic (+59/+51) | xpt → / ← PP_5266 | xanthine phosphoribosyltransferase/acetyl‑CoA hydrolase family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 6,013,854 | 0 | G | C | 42.6% | 22.7 / 28.3 | 28 | intergenic (+59/+51) | xpt/PP_5266 | xanthine phosphoribosyltransferase/acetyl‑CoA hydrolase family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (8/8); new base C (8/4); total (16/12) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.59e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGG‑CACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCG‑AACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCTGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTT > NC_002947/6013720‑6014001 | cAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGT‑AAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGG‑CACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCG‑AACGCTGTGCCGTACCtgt < 7:70710/149‑1 (MQ=255) aGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGG‑CACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCACAGCGTTCG‑AGACCTGTGCTGCACCtgt < 2:24719/149‑1 (MQ=25) gCCATGGTTACCGCGTTTAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAATGTGGTGTGGGCAGCTTCAACGAATAAACGCGACACCTGGTTCGCGGGCCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCACAGCGTTCG‑AGACCTGTGCTGCACCtgt < 1:248300/149‑1 (MQ=18) ccAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGG‑CACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCACAGCGTTCG‑AGACCTGTGCTGCACCTGTgg < 1:56161/149‑1 (MQ=25) ccAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGG‑CACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCACAGCGTTCG‑AGACCTGTGCTGCACCTGTgg > 2:56161/1‑149 (MQ=25) ccAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGG‑CACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCACAGCGTTCG‑AGACCTGTGCTGCACCTGTgg < 6:247999/149‑1 (MQ=25) ccAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGG‑CACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCACAGCGTTCG‑AGACCTGTGCTGCACCTGTgg > 5:247999/1‑149 (MQ=25) cAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGG‑CACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCG‑AACGCTGTGCCGTACCTGTggg < 1:129941/149‑1 (MQ=255) aGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGG‑CACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCG‑AACGCTGTGCCGTACCTGTGGGa < 7:64593/149‑1 (MQ=255) 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cTTCGCGGG‑CACGCCCGCTCCCACTGGTGCAGCACAGGTCTCG‑AACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGttctt < 2:252148/147‑1 (MQ=255) attCGCGGG‑CACGCCCGCTCCCACAGGGACGGCACAGCGTTCG‑AGCCCTGTGCTGCCCCTGGGGGGGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTGTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGGTAAGttagtct > 5:192731/2‑144 (MQ=17) ggg‑CACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCG‑AACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGTGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGc < 5:202920/149‑1 (MQ=255) gCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCG‑AACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGc > 1:86900/1‑149 (MQ=255) cccGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCG‑AACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCg > 2:179799/1‑149 (MQ=255) ccGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCG‑AACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCgg > 8:274443/1‑149 (MQ=255) gCTCCCACAGGTACGGCACAGCGTTCG‑AGACCTGTGCTGCACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCt > 4:302142/1‑149 (MQ=21) ccACAGGTACGGCACAGCGTTCG‑AGACCTGTGCTGCACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCACCCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGccc > 7:254700/1‑149 (MQ=21) ccACAGGTACGGCACAGCGTTCG‑AGACCTGTGCTGCACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGccc > 8:225436/1‑149 (MQ=21) cacaGGTGCAGCACAGGTCTCG‑AACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGccc > 8:287411/1‑148 (MQ=255) cacaGGTACGGCACAGCGTTCG‑AGACCTGTGCTGCACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGccc > 5:21460/1‑148 (MQ=21) gcaCAGGTCTCG‑AACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTGTTCTTTAAGACCCTGCGGCTGACCCACCTGCATcc > 8:229736/1‑149 (MQ=39) tctcG‑AACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCTCCAACTGCATCCGCCCCAg > 5:205497/1‑149 (MQ=255) aaCGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGc < 2:86900/149‑1 (MQ=255) gCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCtt > 4:168624/1‑148 (MQ=255) | CAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGG‑CACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCG‑AACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCTGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTT > NC_002947/6013720‑6014001 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |