| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 6,013,863 | T→C | 38.7% | intergenic (+68/+42) | xpt → / ← PP_5266 | xanthine phosphoribosyltransferase/acetyl‑CoA hydrolase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,013,863 | 0 | T | C | 38.7% | 21.2 / 25.0 | 31 | intergenic (+68/+42) | xpt/PP_5266 | xanthine phosphoribosyltransferase/acetyl‑CoA hydrolase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (9/9); new base C (7/4); total (17/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.21e-01 | |||||||||||
CAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGG‑CACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCG‑AACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCTGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATA > NC_002947/6013720‑6014006 | cAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGT‑AAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGG‑CACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCG‑AACGCTGTGCCGTACCtgt < 7:70710/149‑1 (MQ=255) aGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGG‑CACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCACAGCGTTCG‑AGACCTGTGCTGCACCtgt < 2:24719/149‑1 (MQ=25) gCCATGGTTACCGCGTTTAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAATGTGGTGTGGGCAGCTTCAACGAATAAACGCGACACCTGGTTCGCGGGCCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCACAGCGTTCG‑AGACCTGTGCTGCACCtgt < 1:248300/149‑1 (MQ=18) 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gCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCtt > 4:168624/1‑148 (MQ=255) ccTGTGCTGAACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCttt < 8:254700/148‑1 (MQ=255) tgCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATa < 5:114727/149‑1 (MQ=255) | CAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGG‑CACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCG‑AACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCTGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATA > NC_002947/6013720‑6014006 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |