Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 6,083,125 | C→T | 8.3% | P137P (CCG→CCA) | purE ← | 5‑(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 6,083,125 | 0 | C | T | 8.3% | 145.3 / 2.2 | 52 | P137P (CCG→CCA) | purE | 5‑(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/23); new base T (2/2); total (27/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.99e-01 |
CCGCCAAGGCCAGCATGCGGCCCAGCT‑GGCCGCCACCGATTACACCGATCTTCATGGGTTGAGCCTCAAGCCTGGCGCGGGTCTGGGTTGTCCAGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGCGGAACTGCTTCAACGCCGCGTGGTACTGCGGGTACTTGGCGCCCAGAATGCTGGCCGACAGCAGGGCAGCGTTGACCGCACCGGCACGGCCGATGGCCAGGGTGGCAACCGGCACACCGGCTGGCATCTGCACGATCGACAGCAGCGAATCGACGCCCGACAGCATCGACGACTG > NC_002947/6082979‑6083271 | ccGCCAAGGCCAGCATGCGGCCCAGCT‑GGCCGCCACCGATTACACCGATCTTCATGGGTTGAGCCTCAAGCCTGGCGCGGGTCTGGGTTGTCCAGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGCGGAACTGCTTCAACGCCGCGTGGTACTGCgg > 1:219395/1‑149 (MQ=255) cGCCAAGGCCAGCATGCGGCCCAGCT‑GGCCGCCACCGATTACACCGATCTTCATGGGTTGAGCCTCAAGCCTGGCGCGGGTCTGGGTTGTCCAGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGCGGAACTGCTTCAACGCCGCGTGGTACTGCggg > 4:180241/1‑149 (MQ=255) aGGCCAGCATGCGGCCCAGCT‑GGCCGCCACCGATTACACCGATCTTCATGGGTTGAGCCTCAAGCCTGGCGCGGGTCTGGGTTGTCCAGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGCGGAACTGCTTCAACGCCGCGTGGTACTGCGGGTACtt > 5:116180/1‑149 (MQ=255) ggCCAGCATGCGGCCCAGCT‑GGCCGCCACCGATTACACCGATCTTCATGGGTTGAGCCTCAAGCCTGGCGCGGGTCTGGGTTGTCCAGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGCGGAACTGCTTCAACGCCGCGTGGTACTGCGGGTACTTg > 8:42526/1‑149 (MQ=255) tggcggccAGCTGGGCCGCCACCGATTACACCGATCTTCATGGGTTGAGCCTCAAGCCTGGCGCGGGTCTGGGTTGTCCAGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGCGGAACTGCTTCAACGCCGCGTGGTACTGTGGGTACTTGGCGcc > 4:22581/7‑147 (MQ=255) tggcggccAGCTGGGCCGCCACCGATTACACCGATCTTCATGGGTTGAGCCTCAAGCCTGGCGCGGGTCTGGGTTGTCCAGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGCGGAACTGCTTCAACGCCGCGTGGTACTGTGGGTACTTGGCGCCCa > 4:18253/7‑149 (MQ=255) tGCGGCCCAGCT‑GGCCGCCACCGATTACACCGATCTTCATGGGTTGAGCCTCAAGCCTGGCGCGGGTCTGGGTTGTCCAGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGCGGAACTGCTTCAACGCCGCGTGGTTCGTCGGGTAAGTGGCGcccc > 2:158005/1‑147 (MQ=255) cGGCCCAGCT‑GGCCTCCACCGATTACACCGATCTTCATGGGTTGAGCCTCAAGCCTGGCGCGGGTCTGGGTTGTCCAGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGCGGAACTGCTTCAACGCCGCGTGGTACTGCGGGTACTTGGCGCCCAGaa < 3:237102/149‑1 (MQ=255) ccAGCT‑GGCCGCCACCGATTACACCGATCTTCATGGGTTGAGCCTCAAGCCTGGCGCGGGTCTGGGTTGTCCAGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGCGGAACTGCTTCAACGCCGCGTGGTACTGCGGGTACTTGGCGCCCAGAATGCt > 3:300155/1‑149 (MQ=255) gCT‑GGCCGCCACCGATTACACCGATCTTCATGGGTTGAGCCTCAAGCCTGGCGCGGGTCTGGGTTGTCCAGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGCGGAACTGCTTCAACGCCGCGTGGTACTGCGGGTACTTGGCGCCCAGAATGCTGGc < 4:300155/149‑1 (MQ=255) t‑GGCCGCCACCGATTACACCGATCTTCATGGGTTGAGCCTCAAGCCTGGCGCGGGTCTGGGTTGTCCAGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGCGGAACTGCTTCAACGCCGCGTGGTACTGGGGGTACTTGGCGCCCAGAATGCTGGCCg > 6:249142/1‑149 (MQ=255) gccgccACCGATTACACCGATCTTCATGGGTTGAGCCTCAAGCCTGGCGCGGGTCTGGGTTGTCCAGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGCGGAACTGCTTCAACGCCGCGTGGTACTGCGGGTACTTGGCGCCCAGAATGCTGGCCGa > 2:40629/1‑148 (MQ=255) cgccACCGATTACACCGATCTTCATGGGTTGAGCCTCAAGCCTGGCGCGGGTCTGGGTTGTCCAGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGCGGAACTGCTTCAACGCCGCGTGGTACTGCGGGTACTTGGCGCCCAGAATGCTGGCCGAcag < 1:40629/149‑1 (MQ=255) ccACCGATTACACCGATCTTCATGGGTTGAGCCTCAAGCCTGGCGCGGGTCTGGGTTGTCCAGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGCGGAACTGCTTCAACGCCGCGTGGTACTGCGGGTACTTGGCGCCCAGAATGCTGGCCGAcagca < 3:604/149‑1 (MQ=255) ccACCGATTACACCGATCTTCATGGGTTGAGCCTCAAGCCTGGCGCGGGTCTGGGTTGTCCAGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGCGGAACTGCTTCAACGCCGCGTGGTACTGCGGGTACTTGGCGCCCAGAATGCTGGCCGAcagca < 2:219395/149‑1 (MQ=255) gATTACACCGATCTTCATGGGTTGAGCCTCAAGCCTGGCGCGGGTCTGGGTTGTCCAGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGCGGAACTGCTTCAACGCCGCGTGGTACTGCGGGTACTTGGCGCCCAGAATGCTGGCCGACAGCAGGGCa < 7:44735/149‑1 (MQ=255) cccacCGATCTTCATGGGTTGAGCCTCAAGCCTGGCGCGGGTCTGGGTTGTCCAGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGCGGAACTGCTTCAACGCCGCGTGGTACTGCGGGTACTTGGCGCCCAGAATGCTGGCCGACAGCAGGGCAGCg < 1:116321/147‑1 (MQ=255) cGATCTTCATGGGTTGAGCCTCAAGCCTGGCGCGGGTCTGGGTTGTCCAGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGCGGAACTGCTTCAACGCCGCGTGGTACTGCGGGTACTTGGCGCCCAGAATGCTGGCCGACAGCAGGGCAGCGTTGAc > 3:8031/1‑149 (MQ=255) cATGGGTTGAGCCTCAAGCCTGGCGCGGGTCTGGGTTGTCCAGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGCGGAACTGCTTCAACGCCGCGTGGTACTGCGGGTACTTGGCGCCCAGAATGCTGGCCGACAGCAGGGCAGCGTTGACCGCACCg > 6:271426/1‑149 (MQ=255) ttGAGCCTCAAGCCTGGCGCGGGTCTGGGTTGTCCAGGACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGCGGAACTGCTTCAACGCCGCGTGGTACTGCGGGTACTTGGCGCCCAGAATGCTGGCCGACAGCAGGGCAGCGTTGACCGCACCGGCACgg < 7:155817/149‑1 (MQ=255) ccTCAAGCCTGGCGCGGGTCTGGGTTGTCCAGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGCGGAACTGCTTCAACGCCGCGTGGTACTGCGGGTACTTGGCGCCCAGAATGCTGGCCGACAGCAGGGCAGCGTTGACCGCACCGGCACGGCCGAt > 8:188580/1‑149 (MQ=255) ccTCAAGCCTGGCGCGGGTCTGGGTTGTCCAGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGCGGAACTGCTTCAACGCCGCGTGGTACTGCGGGTACTTGGCGCCCAGAATGCTGGCCGACAGCAGGGCAGCGTTGACCGCACCGGCACGGCCGAt < 6:314797/149‑1 (MQ=255) cAAGCCTGGCGCGGGTCTGGGTTGTCCAGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGCGGAACTGCTTCAACGCCGCGTGGTACTGCGGGTACTTGGCGCCCAGAATGCTGGCCGACAGCAGGGCAGCGTTGACCGCACCGGCACGGCCGATGGc > 6:7709/1‑149 (MQ=255) cAAGCCTGGCGCGGGTCTGGGTTGTCCAGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGCGGAACTGCTTCAACGCCGCGTGGTACTGCGGGTACTTGGCGCCCAGAATGCTGGCCGACAGCAGGGCAGCGTTGACCGCACCGGCACGGCCGATGGc < 1:158005/149‑1 (MQ=255) aGCCTGGCGCGGGTCTGGGTTGTCCAGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGCGGAACTGCTTCAACGCCGCGTGGTACTGCGGGTACTTGGCGCCCAGAATGCTGGCCGACAGCAGGGCAGCGTTGACCGCACCGGCACGGCCGATGGCCa < 6:116180/149‑1 (MQ=255) ccTGGCGCGGGTCTGGGTTGTCCAGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGCGGAACTGCTTCAACGCCGCGTGGTACTGCGGGTACTTGGCGCCCAGAATGCTGGCCGACAGCAGGGCAGCGTTGACCGCACCGGCACGGCCGATGGCCAgg > 8:98808/1‑149 (MQ=255) gcgcGGGTCTGGGTTGTCCAGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGCGGAACTGCTTCAACGCCGCGTGGTACTGCGGGTACTTGGCGCCCAGAATGCTGGCCGACAGCAGGGCAGCGTTGACCGCACCGGCACGGCCGATGGCCAGGGTg < 7:42526/148‑1 (MQ=255) cgcgGGTCTGGGTTGTCCAGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGCGGAACTGCTTCAACGCCGCGTGGTACTGTGGGTACTTGGCGCCCAGAATGCTGGCCGACAGCAGGGCAGCGTTGACCGCACCGGCACGGCCGATGGCCAGGGTGGc < 3:22581/149‑1 (MQ=255) cgcgGGTCTGGGTTGTCCAGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGCGGAACTGCTTCAACGCCGCGTGGTACTGTGGGTACTTGGCGCCCAGAATGCTGGCCGACAGCAGGGCAGCGTTGACCGCACCGGCACGGCCGATGGCCAGGGTGGc < 3:18253/149‑1 (MQ=255) cgcgGGTCTGGGTTGTCCAGCACGGTGGCGGTCTGTTCCGTGCGGAACTGCTTCAACGCCGCGTGGTACTGCGGGTACTTGGCGCCCAGAATGCTGGCCGACAGCAGGGCAGCGTTGACCGCACCGGCACGGCCGATGGCCAGGGTGGc < 3:172097/149‑1 (MQ=255) tCTGGGTTGTCCAGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGCGGAACTGCTTCAACGCCGCGTGGTACTGCGGGTACTTGGCGCCCAGAATGCTGGCCGACAGCAGGGCAGCGTTGACCGCACCGGCACGGCCGATGGCCAGGGTGGCAACCgg > 6:320475/1‑149 (MQ=255) ggTTGTCCAGCACGGTGTCGGTCTGTTACGTGCGGAACTGCTTCAACGCCGCGTGGTACTGCGGGTACTTGGCGCCCAGAATGCTGGCCGACAGCAGGGCAGCGTTGACCGCACCGGCACGGCCGATGGCCAGGGTGGCAACCGGcaca > 6:319296/1‑149 (MQ=255) cAGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGCGGAACTGCTTCAACGCCGCGTGGTACTGCGGGTACTTGGCGCCCAGAATGCTGGCCGACAGCAGGGCAGCGTTGACCGCACCGGCACGGCCGATGGCCAGGGTGGCAACCGGCACACCGGCt < 5:319296/148‑1 (MQ=255) cAGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGCGGAACTGCTTCAACGCCGCGTGGTACTGCGGGTACTTGGCGCCCAGAATGCTGGCCGACAGCAGGGCAGCGTTGACCGCACCGGCAAGGCCGATGGCCAGGGTGGCAACCGGCACACCGGCTg > 1:66359/1‑149 (MQ=255) aGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGCGGAACTGCTTCAACGCCGCGTGGTACTGCGGGTACTTGGCGCCCAGAATGCTGGCCGACAGCAGGGCAGCGTTGACCGCACCGGCACGGCCGATGGCCAGGGTGGCAACCGGCACACCGGCTgg > 3:168179/1‑149 (MQ=255) ggTGTCGGTCTGTTCCGTGCGGAACTGCTTCAACGCCGCGTGGTACTGCGGGTACTTGGCGCCCAGAATGCTGGCCGACAGCAGGGCAGCGTTGACCGCACCGGCACGGCCGATGGCCAGGGTGGCAACCGGCACACCGGCTGGCATCt > 4:44949/1‑149 (MQ=255) ggTGTCGGTCTGTTCCGTGCGGAACTGCTTCAACGCCGCGTGGTACTGCGGGTACTTGGCGCCCAGAATGCTGGCCGACAGCAGGGCAGCGTTGACCGCACCGGCACGGCCGATGGCCAGGGTGGCAACCGGCACACCGGCTGGCATCt < 5:249142/149‑1 (MQ=255) tgtCGGTCTGTTCCGTGCGGAACTGCTTCAACGCCGCGTGGTACTGCGGGTACTTGGCGCCCAGAATGCTGGCCGACAGCAGGGCAGCGTTGACCGCACCGGCACGGCCGATGGCCAGGGTGGCAACCGGCACACCGGCTGGCATCTGc < 3:180241/149‑1 (MQ=255) aagcagTTCCGCACGGAACTGCTTCAACGCCGCGTGGTACTGCGGGTAATTGGCGCCCAGAATGCTGGCCGACAGCAGGGCAGCGTTGACCGCACCGGCACGGCCGATGGCCAGGTTGGCAACCGGCACACCGGCTGGCATCTGCACGa > 1:239198/6‑149 (MQ=255) tCTGTTCCGTGCGGAACTGCTTCAACGCCGCGTGGTACTGCGGGTACTTGGCGCCCAGAATGCTGGCCGACAGCAGGGCAGCGTTGACCGCACCGGCACGGCCGATGGCCAGGGTGGCAACCGGCACACCGGCTGGCATCTGCACGATc < 7:188580/149‑1 (MQ=255) tGCGGAACTGCTTCAACGCCGCGTGGTACTGCGGGTACTTGGCGCCCAGAATGCTGGCCGACAGCAGGGCAGCGTTGACCGCACCGGCACGGCCGATGGCCAGGGTGGCAACCGGCACACCGGCTGGCATCTGCACGATCGACagcagc < 5:271426/149‑1 (MQ=255) gAACTGCTTCAACGCCGCGTGGTACTGCGGGTACTTGGCGCCCAGAATGCTGGCCGACAGCAGGGCAGCGTTGACCGCACCGGCACGGCCGATGGCCAGGGTGGCAACCGGCACACCGGCTGGCATCTGCACGATCGACAGCAGCGAAt < 5:320475/149‑1 (MQ=255) aaCTGCTTCAACGCCGCGTGGTACTGCGGGTACTTGGCGCCCAGAATGCTGGCCGACAGCAGGGCAGCGTTGACCGCACCGGCACGGCCGATGGCCAGGGTGGCAACCGGCACACCGGCTGGCATCTGCACGATCGACAGCAGCGAATc > 1:82187/1‑149 (MQ=255) cTGCTTCAACGCCGCGTGGTACTGCGGGTACTTGGCGCCCAGAATGCTGGCCGACAGCAGGGCAGCGTTGACCGCACCGGCACGGCCGATGGCCAGGGTGGCAACCGGCACACCGGCTGGCATCTGCACGATCGACAGCAGCGAATCGa > 4:312535/1‑149 (MQ=255) cTTCAACGCCGCGTGGTACTGCGGGTACTTGGCGCCCAGAATGCTGGCCGACAGCAGGGCAGCGTTGACCGCACCGGCACGGCCGATGGCCAGGGTGGCAACCGGCACACCGGCTGGCATCTGCACGATCGACAGCAGCGAATCGACGc < 5:7709/149‑1 (MQ=255) ttCAACGCCGCGTGGTACTGCGGGTACTTGGCGCCCAGAATGCTGGCCGACAGCAGGGCAGCGTTGACCGCACCGGCACGGCCGATGGCCAGGGTGGCAACCGGCACACCGGCTGGCATCTGCACGATCGACAGCAGCGAATCGACGcc > 7:83368/1‑149 (MQ=255) ttCAACGCCGCGTGGTACTGCGGGTACTTGGCGCCCAGAATGCTGGCCGACAGCAGGGCAGCGTTGACCGCACCGGCACGGCCGATGGCCAGGGTGGCAACCGGCACACCGGCTGGCATCTGCACGATCGACAGCAGCGAATCGACGcc > 1:70350/1‑149 (MQ=255) aaCGCCGCGTGGTACTGCGGGTACTTGGCGCCCAGAATGCTGGCCGACAGCAGGGCAGCGTTGACCGCACCGGCACGGCCGATGGCCAGGGTGGCAACCGGCACACCGGCTGGCATCTGCACGATCGACAGCAGCGAATCGACGCCCg < 7:98808/148‑1 (MQ=255) aaCGCCGCGTGGTACTGCGGGTACTTGGCGCCCAGAATGCTGGCCGACAGCAGGGCAGCGTTGACCGCACCGGCACGGCCGATGGCCAGGGTGGCAACCGGCACACCGGCTGGCATCTGCACGATCGACAGCAGCGAATCGACGCCCGa > 4:172157/1‑149 (MQ=255) gcgTGGTACTGCGGGTACTTGGCGCCCAGACTGCTGGCCGACAGCAGGGCAGCGTTGACCGCACCGGCACGGCCGATGGCCAGGGTGGCAACCGGCACACCGGCTGGCATCTGCACGATCGACAGCAGCGAATCGACGCCCGACAGCAt < 1:121528/149‑1 (MQ=255) gcgTGGTACTGCGGGTACTTGGCGCCCAGAATGCTGGCCGACAGCAGGGCAGCGTTGACCGCACCGGCACGGCCGATGGCCAGGGTGGCAACCGGCACACCGGCTGGCATCTGCACGATCGACAGCAGCGAATCGACGCCCGACAGCAt < 8:83368/149‑1 (MQ=255) tGCGGGTACTTGGCGCCCAGAATGCTGGCCGACAGCAGGGCAGCGTTGACCGCACCGGCACGGCCGATGGCCAGGGTGGCAACCGGCACCCCGGCTGGCATCTGCACGATCGACAGCAGCGAATCGACGCCCGCCAGCATCGACGACTg > 4:74524/1‑149 (MQ=255) | CCGCCAAGGCCAGCATGCGGCCCAGCT‑GGCCGCCACCGATTACACCGATCTTCATGGGTTGAGCCTCAAGCCTGGCGCGGGTCTGGGTTGTCCAGCACGGTGTCGGTCTGTTCCGTGCGGAACTGCTTCAACGCCGCGTGGTACTGCGGGTACTTGGCGCCCAGAATGCTGGCCGACAGCAGGGCAGCGTTGACCGCACCGGCACGGCCGATGGCCAGGGTGGCAACCGGCACACCGGCTGGCATCTGCACGATCGACAGCAGCGAATCGACGCCCGACAGCATCGACGACTG > NC_002947/6082979‑6083271 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |