Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 6,086,776 | A→T | 8.0% | M100L (ATG→TTG) | oruR → | ornithine utilization transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 6,086,776 | 0 | A | T | 8.0% | 144.9 / 2.4 | 50 | M100L (ATG→TTG) | oruR | ornithine utilization transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (21/25); new base T (2/2); total (23/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.43e-01 |
CGAGGCGTCGGCGTTGCTGGCCGGCAGCGGCATTGGCCCGGCAGACCTGGGGCATGCCGATGCGCGCATCACCACCCAGCAGGAGCTGCAGGTTTGCGCCAATGCTGTG‑‑‑GCCCGGCGCGAGGACATTGGCCTGGAACTGGGCCAGCGCATGCGCGTGTCGTGCTACGGCATGCTCGGTTACGCGCTGCTCTCCAGTGCCACTTTGGGTGACGCCCTACGCCTGGCGCTGCAGTATCCGGCACTGCTGGGAACAGTCTTCAAGCTGCGCTTGCTCGACGACGGCCAACGTGTCTGGT > NC_002947/6086628‑6086923 | cGAGGCGTCGGCGTTGCTGGCCGGCAGCGGCATTGGCCCGGCAGACCTGGGGCATGCCGATGCGCGCATCACCACCCAGCAGGAGCTGCAGGTTTGCGCCAATGCTGTG‑‑‑GCCCGGCGCGAGGACATTGGCCTGTAACTGGGCCAGTGCa < 8:228638/149‑1 (MQ=255) ggCGTCGGCGTTGCTGGCCGGCAGCGGCATTGGCCCGGCAGACCTGGGGCATGCCGATGCGCGCATCACCACCCAGCAGGAGCTGCAGGTTTGCGCCAATGCTGTG‑‑‑GCCCGGCGCGAGGACATTGGCCTGGAACTGGGCCAGCGCATgc < 7:255264/149‑1 (MQ=255) cGTCGGCGTTGCTGGCCGGCAGCGGCATTGGCCCGGCAGACCTGGGGCATGCCGATGCGCGCATCACCACCCAGCAGGAGCTGCAGGTTTGCGCCAATGCTGTG‑‑‑GCCCGGCGCGAGGACATTGGCCTGGAACTGGGCCAGCGCATgcgc < 6:119503/149‑1 (MQ=255) ggCGTTGCTGGCCGGCAGCGGCATTGGCCCGGCAGACCTGGGGCATGCCGATGCGCGCATCACCACCCAGCAGGAGCTGCAGGTTTGCGCCAATGCTGTG‑‑‑GCCCGGCGCGAGGACATTGGCCTGGAACTGGGCCAGCGCATGCGCgtgt < 3:307034/149‑1 (MQ=255) ggCCGGCAGCGGCATTGGCCCGGCAGACCTGGGGCATGCCGATGCGCGCATCACCACCCAGCAGGAGCTGCAGGTTTGCGCCAATGCTGTG‑‑‑GCCCGGCGCGAGGACATTGGCCTGGAACTGGGCCAGCGCATgcgc > 3:317124/1‑136 (MQ=255) ggCCGGCAGCGGCATTGGCCCGGCAGACCTGGGGCATGCCGATGCGCGCATCACCACCCAGCAGGAGCTGCAGGTTTGCGCCAATGCTGTG‑‑‑GCCCGGCGCGAGGACATTGGCCTGGAACTGGGCCAGCGCATgcgc < 4:317124/136‑1 (MQ=255) gCCGGCAGCGGCATTGGCCCGGCAGACCTGGGGCATGCCGATGCGCGCATCACCACCCAGCAGGAGCTGCAGGTTTGCGCCAATGCTGTG‑‑‑GCCCGGCGCGAGGACATTGGCCTGGAACTGGGCCAGCGCATGCGCGTGTCGTGCTACgg > 4:17649/1‑149 (MQ=255) gCCGGCAGCGGCATTGGCCCGGCAGACCTGGGGCATGCCGATGCGCGCATCACCACCCAGCAGGAGCTGCAGGTTTGCGCCAATGCTGTG‑‑‑GCCCGGCGCGAGGACATTGGCCTGGAACTGGGCCAGCGCATGCGCGTGTCGTGCTACgg < 7:41702/149‑1 (MQ=255) cGGCATTGGCCCGGCAGACCTGGGGCATGCCGATGCGCGCATCACCACCCAGCAGGAGCTGCAGGTTTGCGCCAATGCTGTG‑‑‑GCCCGGCGCGAGGACATTGGCCTGGAACTGGGCCAGCGCAt < 6:328656/123‑1 (MQ=255) cGGCATTGGCCCGGCAGACCTGGGGCATGCCGATGCGCGCATCACCACCCAGCAGGAGCTGCAGGTTTGCGCCAATGCTGTG‑‑‑GCCCGGCGCGAGGACATTGGCCTGGAACTGGGCCAGCGCAt > 5:328656/1‑123 (MQ=255) ccGGCAGACCTGGGGCATGCCGATGCGCGCATCACCACCCAGCAGGAGCTGCAGGTTTGCGCCAATGCTGTG‑‑‑GCCCGGCGCGAGGACATTGGCCTGGAACTGGGCCAGCGCATg < 6:170689/114‑1 (MQ=255) cGGCAGACCTGGGGCATGCCGATGCGCGCATCACCACCCAGCAGGAGCTGGAGGTTTGCGCCAATGCTGTG‑‑‑GCCCGGCGCGAGGACATTGGGCTGGAGCTGGGACAGCGCATGCGCGTGTCGTGCTACGGCATGCTCGGTTACGCgctg > 4:231442/1‑149 (MQ=255) gCAGACCTGGGGCATGCCGATGCGCGCATCACCACCCAGCAGGAGCTGCAGGTTTGCGCCAATGCTGTG‑‑‑GCCCGGCGCGAGGACATTGGCCTGGAACTGGGCCAGCGCATGCGCGTGTCGTGCTACGGCATGCTCGGTTACGCgctgct > 2:100961/1‑149 (MQ=255) tGGGGCATGCCGATGCGCGCATCACCACCCAGCAGGAGCTGCAGGTTTGCGCCAATGCTGTG‑‑‑GCCCGGCGCGAGGACATTGGCCTGGAACTGGGCCAGCGCATGCGCGTGTCGTGCTACGGCATGCTCGGTTACGCGCTGCTCTCCAGt > 8:70773/1‑149 (MQ=255) ggCATGCCGATGCGCGCATCACCACCCAGCAGGAGCTGCAGGTTTGCGCCAATGCTGTG‑‑‑GCCCGGCGCGAGGACATTGGCCTGGAACTGGGCCAGCGCATGCGCGTGTCGTGCTACGGCATGCTCGGTTACGCGCTGCTCTCCAGTGcc < 3:17649/149‑1 (MQ=255) gCATGCCGATGCGCGCATCACCACCCAGCAGGAGCTGCAGGTTTGCGCCAATGCTGTG‑‑‑GCCCGGCGCGAGGACATTGGCCTGGAACTGGGCCAGCGCATGCGCGTGTCGTGCTACGGCATGCTCGGTTACGCGCTGCTCTCCAGTGCCa > 2:30093/1‑149 (MQ=255) gCATGCCGATGCGCGCATCACCACCCAGCAGGAGCTGCAGGTTTGCGCCAATGCTGTG‑‑‑GCCCGGCGCGAGGACATTGGCCTGGAACTGGGCCAGCGCATGCGCGTGTCGTGCTACGGCATGCTCGGTTACGCGCTGCTCTCCAGTGCCa < 1:30093/149‑1 (MQ=255) ccGATGCGCGCATCACCACCCAGCAGGAGCTGCAGGTTTGCGCCAATGCTGCGCCCGCCCACCCCCCCCAGATTGGCCTGGAACTGGGCCAGCGCATGCGCGTGTCGTGCTACGGCATGCTCGGTTACGCGCTGCTCTCCAGTGCCAc < 1:269044/148‑1 (MQ=255) cGATGCGCGCATCACCACCCAGCAGGAGCTGCAGGTTTGCGCCAATGCTGTG‑‑‑GCCCGGCGCGAGGACATTGGCCTGGAACTGGGCCAGCGCTTGCGCGTGTCGTGCTACGGCATGCTCGGTTACGCGCTGCtctc < 1:15403/135‑1 (MQ=255) cGATGCGCGCATCACCACCCAGCAGGAGCTGCAGGTTTGCGCCAATGCTGTG‑‑‑GCCCGGCGCGAGGACATTGGCCTGGAACTGGGCCAGCGCTTGCGCGTGTCGTGCTACGGCATGCTCGGTTACGCGCTGCtctc < 1:10126/135‑1 (MQ=255) cGATGCGCGCATCACCACCCAGCAGGAGCTGCAGGTTTGCGCCAATGCTGTG‑‑‑GCCCGGCGCGAGGACATTGGCCTGGAACTGGGCCAGCGCTTGCGCGTGTCGTGCTACGGCATGCTCGGTTACGCGCTGCtctc > 2:10126/1‑135 (MQ=255) cGATGCGCGCATCACCACCCAGCAGGAGCTGCAGGTTTGCGCCAATGCTGTG‑‑‑GCCCGGCGCGAGGACATTGGCCTGGAACTGGGCCAGCGCTTGCGCGTGTCGTGCTACGGCATGCTCGGTTACGCGCTGCtctc > 2:15403/1‑135 (MQ=255) cGATGCGCGCATCACCACCCAGCAGGAGCTGCAGGTTTGCGCCAATGCTGTG‑‑‑GCCCGGCGCGAGGACATTGGCCTGGAACTGGGCCAGCGCATGCGCGTGTCGTGCTACGGCATGCTCGGTTACGCGCTGCTCTCCAGTGCCACTTTgg > 1:198358/1‑149 (MQ=255) cGATGCGCGCATCACCACCCAGCAGGAGCTGCAGGTTTGCGCCAATGCTGTG‑‑‑GCCCGGCGCGAGGACATTGGCCTGGAACTGGGCCAGCGCATGCGCGTGTCGTGCTACGGCATGCTCGGTTACGCGCTGCTCTCCAGTGCCACTTTgg > 5:210522/1‑149 (MQ=255) caccCAGCAGGAGCTGCAGGTTTGCGCCAATGCTGTG‑‑‑GCCCGGCGCGAGGACATTGGCCTGGAACTGGGCCAGCGCATGCTCGTGTCGTGCTACGGCATGCTCGGTTACGCGCTGCTCTCCAGTGCCACTTTGGGTGACGCCCTACGcc > 4:54960/1‑149 (MQ=255) cccAGCAGGAGCTGCAGGTTTGCGCCAATGCTGTG‑‑‑GCCCGGCGCGAGGACATTGGCCTGGAACTGGGCCAGCGCATGCGCGTGTCGTGCTACGGCATGCTCGGTTACGCGCTGCTCTCCAGTGCCACTTTGGGTGACGCCCTACGCCTg > 1:35739/1‑149 (MQ=255) agGAGCTGCAGGTTTGCGCCAATGCTGTG‑‑‑GCCCGGCGCGAGGACTTTGGCCTGGAACTGGGCCAGCGCATGCGCGTGTCGTGCTACGGCATGCTCGGTTACGCGCTGCTCTCCAGTGCCACTTTGGGTGACGCCCTACGCCTGGCGCTg < 2:35739/149‑1 (MQ=255) tGCAGGTTTGCGCCAATGCTGTG‑‑‑GCCCGGCGCGAGGACATTGGCCTGGAACTGGGCCAGCGCATGCGCGTGTCGTGCTACGGCATGCTCGGTTACGCGCTGCTCTCCAGTGCCACTTTGGGTGACGCCCTACGCCTGGCGCTGCAGTAt > 4:1845/1‑149 (MQ=255) tGCAGGTTTGCGCCAATGCTGTG‑‑‑GCCCGGCGCGAGGACATTGGCATGGAACTGGGCCAGCGCATGCGCGTGTCGTGCTACGGCATGCTCGGTTACGCGCTGCTCTCCAGTGCCACTTTGGGTGACGCCCTACGCCTGGCGCTGCAGTAt > 6:13856/1‑149 (MQ=255) gCAGGTTTGCGCCAATGCTGTG‑‑‑GCCCGGCGCGAGGACATTGGCCTGGAACTGGGCCAGCGCATGCGCGTGTCGTGCTACGGCATGCTCGGTTACGCGCTGCTCTCCAGTGCCACTTTGGGTGACGCCCTACGCCTGGCGCTGCAGTATc > 6:159056/1‑149 (MQ=255) gTTTGCGCCAATGCTGTG‑‑‑GCCCGGCGCGAGGACATTGGCCTGGAACTGGGCCAGCGCATGCGCGTGTCGTGCTACGGCATGCTCGGTTACGCGCTGCTCTCCAGTGCCACTTTGGGTGACGCCCTACGCCTGGCGCTGCAGTATCCgg > 3:14878/1‑148 (MQ=255) gTTTGCGCCAATGCTGTG‑‑‑GCCCGGCGCGAGGACATTGGCCTGGAACTGGGCCAGCGCATGCGCGTGTCGTGCTACGGCATGCTCGGTTACGCGCTGCTCTCCAGTGCCACTTTGGGTGACGCCCTACGCCTGGCGCTGCAGTATCCgg > 7:304647/1‑148 (MQ=255) tttGCGCCAATGCTGTG‑‑‑GCCCGGCGCGAGGACATTGGCCTGGAACTGGGCCAGCGCATGCGCGTGTCGTGCTACGGCATGCTCGGTTACGCGCTGCTCTCCAGTGCCACTTTGGGTGACGCCCTACGCCTGGCGCTTCAGTATCCGGCa < 3:54960/149‑1 (MQ=255) tttGCGCCAATGCTGTG‑‑‑GCCCGGCGCGAGGACATTGGCCTGGAACTGGGCCAGCGCATGCGCGTGTCGTGCTACGGCATGCTCGGTTACGCGCTGCTCTCCAGTGCCACTTTGGGTGACGCCCTACGCCTGGCGCTGCAGTATCCGGCa > 5:8395/1‑149 (MQ=255) cgcCAATGCTGTG‑‑‑GCCCGGCGCGAGGACATTGGCCTGGAACTGGGCCAGCGCATGCGCGTGTCGTGCTACGGCATGCTCGGTTACGCGCTGCTCTCCAGTGCCACTTTGGGTGACGCCCTACGCCTGGCGCTGCAGTATCCGGCActgc < 5:13856/149‑1 (MQ=255) ccAATGCTGTG‑‑‑GCCCGGCGCGAGGACATTGGCCTGGAACTGGGCCAGCGCATGCGCGTGTCGTGCTACGGCATGCTCGGTTACGCGCTGCTCTCCAGTGCCACTTTGGGTGACGCCCTACGCCTGGCGCTGCAGTATCCGGCActgctg < 4:148201/149‑1 (MQ=255) cAATGCTGTG‑‑‑GCCCGGCGCGAGGACATTGGCCTGGAACTGGGCCAGCGCATGCGCGTGTCGTGCTACGGCATGCTCGGTTACGCGCTGCTCTCCAGTGCCACTTTGGGTGACGCCCTACGCCTGGCGCTGCAGTATCCGGCACTGCTgg < 5:159056/149‑1 (MQ=255) tGCTGTG‑‑‑GCCCGGCGCGAGGACATTGGCCTGGAACTGGGCCAGCGCATGCGCGTGTCGTGCTACGGCATGCTCGGTTACGCGCTGCTCTCCAGTGCCACTTTGGGTGACGCCCTACGCCTGGCGCTGCAGTATCCGGCACTGCTGGGaa > 5:310411/1‑149 (MQ=255) tGCTGTG‑‑‑GCCCGGCGCGAGGACATTGGCCTGGAACTGGGCCAGCGCATGCGCGTGTCGTGCTACGGCATGCTCGGTTACGCGCTGCTCTCCAGTGCCACTTTGGGTGACGCCCTACGCCTGGCGCTGCAGTATCCGGCACTGCTGGGaa < 6:210522/149‑1 (MQ=255) cccGGCGCGAGGACATTGGCCTGGAACTGGGCCAGCGCATGCGCGTGTCGTGCTACGGCATGCTCGGTTACGCGCTGCTCTCCAGTGCCACTTTGGGTGACGCCCTACGCCTGGCGCTGCAGTATCCGGCACTGCTGGGAACAGTCTTc < 8:87208/149‑1 (MQ=255) ccGGCGCGAGGACATTGGCCTGGAACTGGGCCAGCGCATGCGCGTGTCGTGCTACGGCATGCTCGGTTACGCGCTGCTCTCCAGTGCCACTTTGGGTGACGCCCTACGCCTGGCGCTGCAGTATCCGGCACTGCTGGGAACAGTCTTCa < 2:198358/149‑1 (MQ=255) aGGACATTGGCCTGGAACTGGGCCAGCGCATGCGCGTGTCGTGCTACGGCATGCTCGGTTACGCGCTGCTCTCCAGTGCCACTTTGGGTGACGCCCTACGCCTGGCGCTGCAGTATCCGGCACTGCTGGGAACAGTCTTCAAGCTgcgc < 3:1845/149‑1 (MQ=255) aGGACATTGGCCTGGAACTGGGCCAGCGCATGCGCGTGTCGTGCTACGGCATGCTCGGTTACGCGCTGCTCTCCAGTGCCACTTTGGGTGACGCCCTACGCCTGGCGCTGCAGTATCCGGCACTGCTGGGAACAGTCTTCAAGCTgcgc < 4:14878/149‑1 (MQ=255) ggCCTGGAACTGGGCCAGCGCATGCGCGTGTCGTGCTACGGCATGCTCGGTTACGCGCTGCTCTCCAGTGCCACTTTGGGTGACGCCCTACGCCTGGCGCTGCAGTATCCGGCACTGCTGGGAACAGTCTTCAAGCTGCGCTTGCTcg < 6:310411/148‑1 (MQ=255) tGGAACTGGGCCAGCGCATGCGCGTGTCGTGCTACGGCATGCTCGGTTACGCGCTGCTCTCCAGTGCCACTTTGGGTGACGCCCTACGCCTGGCGCTGCAGTATCCGGCACTGCTGGGAACAGTCTTCAAGCTGCGCTTGCTCgacgac > 2:95804/1‑149 (MQ=255) tGGAACTGGGCCAGCGCATGCGCGTGTCGTGCTACGGCATGCTCGGTTACGCGCTGCTCTCCAGTGCCACTTTGGGTGACGCCCTACGCCTGGCGCTGCAGTATCCGGCACTGCTGGGAACAGTCTTCAAGCTGCGCTTGCTCgacgac > 5:270531/1‑149 (MQ=255) ggAACTGGGCCAGCGCATGCGCGTGTCGTGCTACGGCATGCTCGGTTACGCGCTGCTCTCCAGTGCCACTTTGGGTGACGCCCTACGCCTGGCGCTGCAGTATCCGGCACTGCTGGGAACAGTCTTCAAGCTGCGCTTGCTCGacgacg < 7:70773/149‑1 (MQ=255) gAACTGGGCCAGCGCATGCGCGTGTCGTGCTACGGCATGCTCGGTTACGCGCTGCTCTCCAGTGCCACTTTGGGTGACGCCCTACGCCTGGCGCTGCAGTATCCGGCACTGCTGGGAACAGTCTTCAAGCTGCGCTTGCTCGacgacg < 5:287137/148‑1 (MQ=255) ccAGCGCATGCGCGTGTCGTGCTACGGCATGCTCGGTTACGCGCTGCTCTCCAGTGCCACTTTGGGTGACGCCCTACGCCTGGCGCTGCAGTATCCGGCACTGCTGGGAACAGTCTTCAAGCTGCGCTTGCTCGACGACGGCCAACgtg > 8:174289/1‑149 (MQ=255) gcATGCGCGTGTCGTGCTACGGCATGCTCGGTTACGCGCTGCTCTCCAGTGCCACTTTGGGTGACGCCCTACGCCTGGCGCTGCAGTATCCGGCACTGCTGGGAACAGTCTTCAAGCTGCGCTTGCTCGACGACGGCCAACGTGTCTgg < 3:231442/149‑1 (MQ=255) cATGCGCGTGTCGTGCTACGGCATGCTCGGTTACGCGCTGCTCTCCAGTGCCACTTTGGGTGACGCCCTACGCCTGGCGCTGCAGTATCCGGCACTGCTGGGAACAGTCTTCAAGCTGCGCTTGCTCGACGACGGCCAACGTGTCTGGt < 6:8395/149‑1 (MQ=255) | CGAGGCGTCGGCGTTGCTGGCCGGCAGCGGCATTGGCCCGGCAGACCTGGGGCATGCCGATGCGCGCATCACCACCCAGCAGGAGCTGCAGGTTTGCGCCAATGCTGTG‑‑‑GCCCGGCGCGAGGACATTGGCCTGGAACTGGGCCAGCGCATGCGCGTGTCGTGCTACGGCATGCTCGGTTACGCGCTGCTCTCCAGTGCCACTTTGGGTGACGCCCTACGCCTGGCGCTGCAGTATCCGGCACTGCTGGGAACAGTCTTCAAGCTGCGCTTGCTCGACGACGGCCAACGTGTCTGGT > NC_002947/6086628‑6086923 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |