Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 782,063 | A→T | 9.4% | intergenic (‑218/+32) | glyA‑II ← / ← PP_0672 | serine hydroxymethyltransferase/sensory box protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 782,063 | 0 | A | T | 9.4% | 146.6 / 4.1 | 53 | intergenic (‑218/+32) | glyA‑II/PP_0672 | serine hydroxymethyltransferase/sensory box protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/22); new base T (3/2); total (29/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.65e-01 |
GTCAAGTCGCAGACCAATGGGCTTCATCTTGCATCCCGCGCCGTTTCTGGGCTGGGCGGGGGCGGGAGTTGACCTGGAAGTCCGCTTTTTTATGCAGGAATGCGGCGCGGTGGATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACGGGGGCCTTGTGTGCGGGTCAATGGAACATGAACAAGGTCTCGTTGGAGAATTGCGCCTCGAACTGATGCGCTGGCATCGGCCGCCCGAACAGATAGCCCTGCACCTCGTCGCAACCATGCTCGCGCAGGAACTC > NC_002947/781920‑782211 | gTCAAGTCGCAGACCAATGGGCTTCATCTTGCATCCCGCGCCGTTTCTGGGCTGGGCGGGGGCGGGAGTTGACCTGGAAGTCCGCTTTTTTATGCAGGAATGCGGCGCGGTGGATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTGCGCGGGTTTAccc > 2:206673/1‑149 (MQ=255) gTCGCAGTCCTATGGGCTTGATGTTGCTTCCCGCGCGGTTTCTGGGCTGGGCGGGGGCGGGAGTTGACCTGGAAGTCCGCTTTTTTATGCAGGATTGCGGCGCGGTGGATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCgcgc < 3:66167/148‑1 (MQ=38) tCGCAGACCAATGGGCTTCATCTTGCATCCCGCGCCGTTTCTGGGCTGGGCGGGGGCGGGAGTTGACCTGGAAGTCCGCTTTTTTATGCAGGAATGCGGCGCGGTGGATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTGCGCGGGTTTACCcgcgaac < 1:206673/149‑4 (MQ=255) tCGCAGACCAATGGGCTTCATCTTGCATACCGCGCCGTTTCAGGGCTGGGCGGGGTCGGGAGTTGAACTTGAAGTCAGCTTTTTTATGCAGTAATGCGGCGCGGTGGATGGCACCTGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCGcc > 4:118722/1‑148 (MQ=38) cGCAGACCAATGGGCTTCATCTTGCATCCCGCGCCGTTTCTGGGCTGGGCGGGGGCGGGAGTTGACCTGGAAGTCCGCTTTTTTATGCAGGAATGCGGCGCGGTGGATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGTAAAc > 4:209422/1‑140 (MQ=255) cGCAGACCAATGGGCTTCATCTTGCATCCCGCGCCGTTTCTGGGCTGGGCGGGGGCGGGAGTTGACCTGGAAGTCCGCTTTTTTATGCAGGAATGCGGCGCGGTGGATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGTAAAc < 3:209422/140‑1 (MQ=255) gCAGACCAATGGGCTTCATCTTGCATCCCGCGCCGTTTCTGGGCTGGGCGGGGGCGGGAGTTGACCTGGAAGTCCGCTTTTTTATGCAGGAATGCGGCGCGGTGGATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTAc < 2:159645/149‑1 (MQ=255) cAATGGGCTTCATCTTGCATCCCGCGCCGTTTCTGGGCTGGGCGGGGGCGGGAGTTGACCTGGAAGTCCGCTTTTTTATGCAGGAATGCGGCGCGGTGGATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGTTTACCcgcgaa < 6:285196/140‑3 (MQ=255) cAATGGGCTTCATCTTGCATCCCGCGCCGTTTCTGGGCTGGGCGGGGGCGGGAGTTGACCTGGAAGTCCGCTTTTTTATGCAGGAATGCGGCGCGGTGGATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGTTTACCcgcgaa > 5:285196/1‑138 (MQ=255) cAATGGGCTTCATCTTGCATCCCGCGCCGTTTCTGGGCTGGGCGGGGGCGGGAGTTGACCTGGAAGTCCGCTTTTTTATGCAGGAATGCGGCGCGGTGGATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACGGGGGc < 4:159796/149‑1 (MQ=255) cAATGGGCTTCATCTTGCATCCCGCGCCGTTTCTGGGCTGGGCGGGGGCGGGAGTTGACCTGGAAGTCCGCTTTTTTATGAAGGAATGCGGCGCGGTGGTTGGCACCGGATTTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCCCGCATACGGGGGc > 6:46758/1‑149 (MQ=39) gcatCATGTTGCATCCCGGGCCGTTTCTGGGCGGGGCGGGGGCGGGATGTGACCTGGAAGTCCGCTTTTTTATGCAGGAATGCGGCGCGGTGGTTGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACGGGGGCCTtgtg < 5:46758/146‑1 (MQ=38) cTTGCATCCCGCGCCGTTTCTGGGCTGGGCGGGGGCGGGAGTTGACCTGGAAGTCCGCTTTTTTATGCAGGAATGCGGCGCGGTGGATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACGGGGGCCtt < 7:199142/139‑1 (MQ=255) cTTGCATCCCGCGCCGTTTCTGGGCTGGGCGGGGGCGGGAGTTGACCTGGAAGTCCGCTTTTTTATGCAGGAATGCGGCGCGGTGGATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACGGGGGCCtt > 8:199142/1‑139 (MQ=255) tGCATCCCGCGCCGTTTCTGGGCTGGGCGGGGGCGGGAGTTGACCTGGAAGTCCGCTTTTTTATGCAGGAATGCGGCGCGGTGGATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACGGGGGCCTTGTGTGCGGGTc > 4:261580/1‑148 (MQ=255) cATCCGGCGCCGTTTCTGGTGTGGGCGGGGGCGGGAGTTGACCTGGAAGTCCGCTTTTTTATGCAGGAATGCGGCGCGGTGGATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACGGGGGCCTTGTGTGCGGGTCaa < 6:218922/148‑1 (MQ=255) aTCCCGCGCCGTTTCTGGGCTGGGCGGGGGCGGGAGTTGACCTGGAAGTCCGCTTTTTTATGCAGGAATGCGGCGCGGTGGATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACGGGGGCCTTGTGTGCGGGTCAATg < 7:3361/149‑1 (MQ=255) aTCCCGCGCCGTTTCTGGGCTGGGCGGGGGCGGGAGTTGACCTGGAAGTCCGCTTTTTTATGCAGGAATGCGGCGCGGTGGATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACGGGGGCCTTGTGTGCGGGTCAATg < 3:257188/149‑1 (MQ=255) ccGCGCCGTTTCTGGGCTGGGCTGGGGCGGGAGTTGACCTGGAAGTCCGCTTTTTTATGCAGGAATGCGGCGCGGTGGAGGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGGTGGTAACCCCGCGCCTACGGGGGCCTTGGGTGCGGGTCAATGGaa < 1:230928/149‑1 (MQ=255) gcgcCGTTTCTGGGCTGGGCGGGGGCGGGAGTTGACCTGGAAGTCCGCTTTTTTATGCAGGAATGCGGCGCGGTGGATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACGGGGGCCTTGTGTGCGGGTCAATGGAACa < 2:281313/149‑1 (MQ=255) gcgcCGTTTCGGGGCTGGGCGGGGGCGGTAGTTGACCTGGAAGTCCGCTTTTTTATGCAGGAATGCGGCGCGGTGGATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACGGGGGCCTTGTGTGCGGGTCAATGGAACa < 2:312729/149‑1 (MQ=255) gcCGTTTCTGGGCTGGGCGGGGGCGGGAGTTGACCTGGAAGTCCGCTTTTTTATGCAGGAATGCGGCGCGGTGGATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACGGGGGCCTTGTGTGCGGGTCAATGGAACAt > 8:25142/1‑148 (MQ=255) tttCTGGGCTGGGCGGGGGCGGGAGTTGACCTGGAAGTCCGCTTTTTTATGCAGGAATGCGGCGCGGTGGATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACGGGGGCCTTGTGTGCGGGTCAATGGAACATGAAc > 3:137483/1‑148 (MQ=255) gctgggcGGGGGCGGGAGTTGACCTGGAAGTCCGCTTTTTTATGCAGGAATGCGGCGCGGTGGATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACGGGGGCCTTGTGTGCGGGTCAATGGAACATGAACAAGGtctc > 4:153753/1‑149 (MQ=255) gggcgggggaggGAGTTGACCTGGAAGTCCGCTTTTTTATGCAGGAATGCTGCGCGGTGGATTGCACCGGATTTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACGGGGGCGTTGTGTGCGGGTCAATGGAACATGAACAAGGTCTCGtt < 3:118722/149‑1 (MQ=39) gggggcgggAGTTGACCTGGAAGTCCGCTTTTTTATGCAGGAATGCGGCGCGGTGGATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACGGGGGCCTTGTGTGCGGGTCAATGGAACATGAACAAGGTCTCGTTg > 4:156263/1‑146 (MQ=255) ggggcgggAGTTGACCTGGAAGTCCGCTTTTTTATGCAGGAATGCGGTGCGGTGGATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACGGGGGCCTTGTGTGCGGGTCAATGGAACATGAACAAGGTCTCGTTGgag > 6:6817/1‑148 (MQ=255) gAGTTGACCTGGAAGTCCGCTTTTTTATGCAGGAATGCGGCGCGGTGGATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACGGGGGCCTTGTGTGCGGGTCAATGGAACATGAACAAGGTCTCGTTGGAGAATTgcgc < 7:63364/149‑1 (MQ=255) tCCGCTTTTTTATGCAGGAATGCGGCGCGGTGGATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACGGGGGCCTTGTGTGCGGGTCAATGGAACATGAACAAGGTCTCGTTGGAGAATTGCGCCTCGAACTGATgcgc > 2:69910/1‑149 (MQ=255) ccGCTTTTTTATGCAGGAATGCGGCGCGGTGGATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACGGGGGCCTTGTGTGCGGGTCAATGGAACATGAACAAGGTCTCGTTGGAGAATTGCGCCTCGAACTGATGCGCt > 8:182621/1‑149 (MQ=255) cGCTTTTTTATGCAGGAATGCGGCGCGGTGGATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACGGGGGCCTTGTGTGCGGGTCAATGGAACATGAACAAGGTCTCGTTGGAGAATTGCGCCTCGAACTGATGCGCTg > 1:55249/1‑149 (MQ=255) cTTTTTTATGCAGGAATGCGGCGCGGTGGATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACGGGGGCCTTGTGTGCGGGTCAATGGAACATGAACAAg > 5:147420/1‑110 (MQ=255) cTTTTTTATGCAGGAATGCGGCGCGGTGGATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACGGGGGCCTTGTGTGCGGGTCAATGGAACATGAACAAg < 6:147420/110‑1 (MQ=255) ttATGCAGGAATGCGGCGCGGTGGATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACGGGGGCCTTGTGTGCGGGTCAATGGAACATGAACAAGGTCTCGTTGGAGAATTGCGCCTCGAACTGATGCGCTGGCATCgg > 1:216848/1‑149 (MQ=255) gCAGGAATGCGGCGCGGTGGATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACGGGGGCCTTGTGTGCGGGTCAATGGAACATGAACAAGGTCTCGTTGGAGAATTGCGCCTCGAACTGATGCGCTGGCATCGgccgc > 6:194336/1‑149 (MQ=255) cAGGAATGCGGCGCGGTGGATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACGGGGGCCTTGTGTGCGGGTCAATGGAACATGAACAAGGTCTCGTTGGAGAATTGCGCCTCGAACTGATGCGCTGGCATCGgccgcc > 3:153559/1‑149 (MQ=255) gAATGCGGCGCGGTGGATGGCACAGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACGGGGGCCTTGTGTGCGGGTCAATGGAAAATGAACAAGGTATCGTTGGAGAATTGCGCCTCGAACTGATGCGCTGGCATCGGCCGCCCg > 2:31587/1‑148 (MQ=255) aTGCGGCGCGGTGGATGGCACCGGCGTTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACGGGGGCCTTGTGTGCGGGTCAATGGAACATGAACAAGGTCTCGTTGGAGAATTGCGCCTCGAACTGATGCGCTGGCATCGGCCGCCCGAAc < 4:243208/149‑1 (MQ=255) tgcgcGGTGGATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACGGGGGCCTTGTGTGCGGGTCAATGGAACATGAACAAGGTCTCGTTGGAGAATTGCGCCTCGAACTGATGCGCTGGCATCGGCCGCCCGAACAg < 3:26086/146‑1 (MQ=255) ggcgCGGTGGATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACGGGGGCCTTGTGTGCGGGTCAATGGAACATGAACAAGGTCTCGTTGGAGAATTGCGCCTCGAACTGATGCGCTGGCATCGGCCGCCCGAACAGa > 6:147046/1‑148 (MQ=255) cgcgGTGGATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACGGGGGCCTTGTGTGGGGGTCAATGGAACATGAACAAGGTCTCGTTGGAGAATTGCGCCGCGAACTGATGCGCTGGCAGCGGCCGCCCGACCAg > 4:26086/1‑145 (MQ=255) cgGTGGATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACGGGGGCCTTGTGTGCGGGTCAATGGAACATGAACAAGGTCTCGTTGGATAATTGCGCCTCGAACTGATGCGCTGGCATCGGCCGCCCGAACAGATAGc < 5:6817/148‑1 (MQ=255) gATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACGGGGGCCTTGTGTGCGGGTCAATGGAACATGAACAAGGTCTCGTTGGAGAATTGCGCCTCGAACTGATGCGCTGGCATCGGCCGCCCGAACAGATAGCCCTGc < 2:271705/148‑1 (MQ=255) tGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACGGGGGCCGTGTGTGCGGGTCAATGGAACATGAACAAGGTCTCGTTGGAGAATTGCGCCTCGACCTGATGCGCTGGCATCGGCCGCCCGAACAGATAGCCCTGCAcc > 7:222965/1‑149 (MQ=255) cACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACGGGGGCCTTGTGTGCGGGTCAATGGAACATGAACAAGGTCTCGTTGGAGAATTGCGCCTCGAACTGATGCGCTGGCATCGGCCGCCCGAACAGATAGCCCTGCACCtcg > 4:185990/1‑149 (MQ=255) cGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACGGGGGCCTTGTGTGCGGGTCAATGGAACATGAACAAGGTCTCGTTGGAGAATTGCGCCTCGAACTGATGCGCTGGCATCGGCCGCCCGAACAGATAGCCCTGCACCTCGTCGCAACCATGc > 8:165300/1‑149 (MQ=255) gtgtTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACGGGGGCCTTGTGTGCGGGTCAATGGAACATGAACAAGGTCTCGTTGGAGAATTGCGCCTCGAACTGATGCGCTGGCATCGGCCGCCCGAACAGATAGCCCTGCACCTCGTCGCAACCATGCTc > 6:86279/1‑149 (MQ=255) gcgcgGGTTTACCCGCGCCTACGGGGGCCGTGTGTGCGGGTCAATGGAACATGAACAAGGTCTCGTTGGAGAATTGCGCCTCGAACTGATGCGCTGGCATCGGCCGCCCGAACAGATAGCCCTGCACCTCGTCGCAACCATGCTcgcg > 1:205670/2‑148 (MQ=255) cgcgGGTAAACCCGCGCCTACGGGGGCCTTGTGTGCGGGTCAATGGAACATGAACAAGGTCTCGTTGGAGAATTGCGCCTCGAACTGATGCGCTGGCATCGGCCGCCCGAACAGATAGCCCTGCACCTCGTCGCAACCATGCTCgcgc < 5:147046/148‑1 (MQ=255) gcgGGTAAACCCGCGCCTACGGGGGCCTTGTGTGCGGGTCAATGGAACATGAACAAGGTCTCGTTGGAGAATTGCGCCTCGAACTGATGCGCTGGCATCGGCCGCCTGAACAGATAGCCCTGCACCTCGTCGCAACCATGCTCGCGCa < 4:153559/148‑1 (MQ=255) gcgGGTAAACCCGCGCCTACGGGGGCCTTGTGTGCGGGTCAATGGAACATGAACAAGGTCTCGTTGGAGAATTGCGCCTCGAACTGATGCGCTGGCATCGGCCGCCCGAACAGATAGCCCTGCACCTCGTCGCAACCATGCTCGCGCAg > 5:84083/1‑149 (MQ=255) tAAACCCGCGCCTACGGGGGCCTTGTGTGCGGGTCAATGGAACATGAACAAGGTCTCGTTGGAGAATTGCGCCTCGAACTGATGCGCTGGCATCGGCCGCCCGAACAGATAGCCCTGCACCtcgtc < 7:45485/126‑1 (MQ=255) tAAACCCGCGCCTACGGGGGCCTTGTGTGCGGGTCAATGGAACATGAACAAGGTCTCGTTGGAGAATTGCGCCTCGAACTGATGCGCTGGCATCGGCCGCCCGAACAGATAGCCCTGCACCtcgtc > 8:45485/1‑126 (MQ=255) aaaCCCGCGCCTACGGGGGCCTTGTGTGCGGGTCAATGGAACATGAACAAGGTCTCGTTGGAGAATTGCGCCTCGAACTGATGCGCTGGCATCGGCCGCCCGAACAGATAGCCCTGCACCTCGTCGCAACCATGCTCGCGCAGGAACTc > 4:272632/1‑149 (MQ=255) | GTCAAGTCGCAGACCAATGGGCTTCATCTTGCATCCCGCGCCGTTTCTGGGCTGGGCGGGGGCGGGAGTTGACCTGGAAGTCCGCTTTTTTATGCAGGAATGCGGCGCGGTGGATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACGGGGGCCTTGTGTGCGGGTCAATGGAACATGAACAAGGTCTCGTTGGAGAATTGCGCCTCGAACTGATGCGCTGGCATCGGCCGCCCGAACAGATAGCCCTGCACCTCGTCGCAACCATGCTCGCGCAGGAACTC > NC_002947/781920‑782211 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |