| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 138,951 | C→A | 6.1% | R518I (AGA→ATA) ‡ | kinB ← | alginate biosynthesis sensor protein KinB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 138,951 | 0 | C | A | 6.1% | 279.8 / 4.2 | 88 | R518I (AGA→ATA) ‡ | kinB | alginate biosynthesis sensor protein KinB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (40/42); new base A (3/3); total (43/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTTCCTTGCACAGCGCGAGCCCCAGCCCAGCGCCGCCTTTCTTGCGACCTACCTGCACGAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCGTCTGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTG‑GCGGTATGGCGGATGGCGTTGTGCAGCAGGTTGTCCAGCACTCGGTCCAACTGGGCGACGTCGGCCTGGATACGCGGTAGCGGCGGGTCCAGTTCCTTGATCAACTCGATCTGCTTGT > NC_002947/138805‑139098 | tttCCTTGCACAGCGCGAGCCCCAGCCCAGCGCCGCCTTTCTTGCGACCTACCTGCACGAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCGTCTg > 8:58069/1‑149 (MQ=255) gcTTGCACAGCGCGAGCCCGAGCCCAGCGCCGCCTTTCTTGCGACCTACCTGCACGTAAGGCTCTAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCGTCTGGc < 5:148258/147‑1 (MQ=255) ccTTGCACAGCGCGAGCCCCAGCCCAGCGCCGCCTTTCTTGCGACCTACCTGCACGAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCGTCTGGCa > 8:145124/1‑149 (MQ=255) gCACAGCGCGAGCCCCAGCCCAGCGCCGACTTTCTTGCGACCTACCTGCACGAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCACTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGCTGATAACCCGTTCTCCATGCCGTcagccaag > 3:226391/1‑140 (MQ=255) cacaGCGCGAGCCCCAGCCCAGCGCCGCCTTTCTTGCGACCTACCTGCACGAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCAGACGGCATGCa < 2:299818/148‑1 (MQ=255) acaGCGCGAGCCCCAGCCCAGTGCCGCCTTTCTTGCGACCTACCTGCACGAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCCTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCGTCTGGCATCCAgg > 4:281790/1‑149 (MQ=255) acaGCGCGAGCCCCAGCCCAGCGCCGCCTTTCTTGCGACCTACCTGCACGAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCGTCTGGCATGCAgg > 2:245538/1‑149 (MQ=255) caGCGCGAGCCCCAGCCCAGCGCCGCCTTTCTTGCGACCTACCTGCACGAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCGTCTGGCATGCAGGc > 5:261177/1‑149 (MQ=255) gcgcGAGCCCCAGCCCAGCGCCGCCTTTCTTGCGACCTACCTGCACGAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCGTCTGGCATGCAGGCg > 4:151991/1‑148 (MQ=255) gcccagcGCCGCCTTTCTTGCGACGTACCTCCACCAAAGGCTCGAACATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATCCCCCCTCCGTTGTCCTCGACGCTCATGATCACCGGTTCTCCATGCCGTCTGGCATGCAGGCGCATCcgcctgcat < 2:327525/149‑3 (MQ=255) ccagcGCCGCCTTTCTTGCGACCTACCTGCACGAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCGTCTGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGtt > 6:208370/1‑149 (MQ=255) cagcGCCGCCTTTCTTGCGACCTACCTGCACGAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCGTCTGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTg < 1:245538/149‑1 (MQ=255) gccgccTTTCTTGCGACCTACCTGCACGAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCGTCTGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTG‑GCgg > 8:98210/1‑149 (MQ=255) ccTTTCTTGCGACCTACCTGCACGAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCGTCTGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTG‑GCGGTATg > 7:213099/1‑149 (MQ=255) cTTTCTTGCGACCTACCTGCACGAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCGTCTGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTG‑GCGGTATgg > 3:186471/1‑149 (MQ=255) tttCTTGCGACCTAGCTGCAGGAAAGGCTCGAAGATGCGCTCTTGTTGCCCATTGGAAATGCCCTGTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCGGTTCTGCATGCCGTCTGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTG‑GCGGTATGGc < 4:174176/149‑1 (MQ=255) ttGCGACCTACCTGCACGAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCGTCTGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTG‑GCGGTATGGc > 1:19906/1‑145 (MQ=255) ttGCGACCTACCTGCACGAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCGTCTGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTG‑GCGGTATGGc < 2:19906/145‑1 (MQ=255) acctacctGCACGAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCGTCTGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTG‑GCGGTATGGCGGATGGCGt > 6:84213/1‑149 (MQ=255) acctacctGCACGAAAGGCTCGAAGATGCCCGCTTGTAGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCGTCTGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTG‑GCGGTATGGCGGATGGCGt > 6:94303/1‑149 (MQ=255) cctacctGCACGTAAGGCTCGAAGCTGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTGCGTTGTCCTGGACGCTGATGATCACCCGTTGTGCATGCCGTCTGTCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTG‑GCGGTATGGCGGATGGCGtt < 3:281790/149‑1 (MQ=255) cctacctGCACGAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCGTCTGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTG‑GCGGTATGGCGGATGGCGtt < 6:261177/149‑1 (MQ=255) cctacctGCACGAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCGTCTGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTG‑GCGGTATGGCGGATGGCGtt < 2:214954/149‑1 (MQ=255) cctGCACGAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCGTCTGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTG‑GCGGTATGGCGGATGGCGTTGTgc < 3:151991/149‑1 (MQ=255) cctGCACGAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGGTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTCTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCGTCTGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTG‑GCGGTATGGCGGATGGCGTtgt < 5:216945/147‑1 (MQ=255) ctGCACGAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCGTCTGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTG‑GCGGTATGGCGGATGGCGTtgtg > 6:109669/1‑147 (MQ=255) cACGAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCGTCTGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTG‑GCGGTATGGCGGATGGCGTTGTgcagca < 5:208370/149‑1 (MQ=255) cACGAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCGTCTGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTG‑GCGGTATGGCGGATGGCGTTGTgcagca < 7:58069/149‑1 (MQ=255) cACGAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCGTCTGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTG‑GCGGTATGGCGGATGGCGTTGTgcag > 8:172782/1‑147 (MQ=255) gAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCGTCTGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTG‑GCGGTATGGCGGATGGCGTTGTgcagca > 8:181243/1‑146 (MQ=255) gAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCGTCTGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTG‑GCGGTATGGCGGATGGCGTTGTgcagca < 7:181243/146‑1 (MQ=255) gAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCGTCTGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTG‑GCGGTATGGCGGATGGCGTTGTGCAGCAGGt > 2:49851/1‑149 (MQ=255) gAAAGGCTCGAAGATGCGCGATTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCAGTTCTGCATGCCGTCTGGCATGCAGGCGGATGAGCCCGCCGTTG‑GCGGTATGGCGGATGGCGTTGTGCAGCAGGt > 8:238203/1‑149 (MQ=255) aaGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCGTCTGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTG‑GCGGTATGGCGGATGGCGTTGTGCAGCAGGTTg < 8:213099/149‑1 (MQ=255) 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tctcCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCGTCTGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTG‑GCGGTATGGCGGATGGCGTTGTGCAGCAGGTTGTCCAGCACTCGGTCCAACTGGGCGACGTCGGc > 1:228273/1‑140 (MQ=255) tctcCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCGTCTGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTG‑GCGGTATGGCGGATGGCGTTGTGCAGCAGGTTGTCCAGCACTCGGTCCAACTGGGCGACGTCGGc < 2:228273/140‑1 (MQ=255) cGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCGTCTGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTG‑GCGGTATGGCGGATGGCGTTGTGCAGCAGGTTGTCCAGCACTCGGTCCAACTGGGCGACGTCGGCCTGGATAcgcg < 6:278565/147‑1 (MQ=255) cGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCGTCTGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTG‑GCGGTATGGCGGATGGCGTTGTGCAGCAGGTTGTCCAGCACTCGGTCCAACTGGGCGACGTCGGCCTGGATAcgc < 6:154980/146‑1 (MQ=255) gTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCGTCTGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTG‑GCGGTATGGCGGATGGCGTTGTGCAGCAGGTTGTCCAGCACTCGGTCCAACTGGGCGACGTCGGCCTGGATACGCGGTAgc < 8:16429/148‑1 (MQ=255) 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gTTCTGCATGCCTTCTGGCATGCAGGCGTATGCGCCCGCCGTTG‑GCGGTATGGCGGATGGCGTTGTGCAGCAGGTTGTCCAGCACTCGGTCCAACTGGGCGACGTCGGCCTGGATACGCGGTAGCGGCGGGTCCAGTTCCTTGATCAAc < 7:172782/149‑1 (MQ=255) gccTGCATGCCAGACGGCATGCAGACGGATGCGCCCGCCGTTG‑GCGGTATGGCGGATGGCGTTGTGCAGCAGGTTGTCCAGCACTCGGTCCAACTGGGCGACGTCGGCCTGGa > 4:239397/3‑113 (MQ=255) gccTGCATGCCAGACGGCATGCAGACGGATGCGCCCGCCGTTG‑GCGGTATGGCGGATGGCGTTGTGCAGCAGGTTGTCCAGCACTCGGTCCAACTGGGCGACGTCGGCCTGGa < 3:239397/111‑1 (MQ=255) gccTGCATGCCAGACGGCATGCAGACGGATGCGCCCGCCGTTG‑GCGGTATGGCGGATGGCGTTGTGCAGCAGGTTGTCCAGCACTCGGTCCAACTGGGCGACGTCGGCCTGGATACGCGGTAGCGGCGGGTCCAGTTCCTTGATCAACt > 7:97891/3‑149 (MQ=255) cTGCATGCCAGACGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTG‑GCGGTATGGCGGATGGCGTTGTGCAGCAGGTTGTCCAGCACTCGGTCCAACTGGGCGACGTCGGCCTGGATACGCGGTAGCGGCGGGTCCAGTTCCTTg > 3:108916/1‑140 (MQ=255) cTGCATGCCAGACGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTG‑GCGGTATGGCGGATGGCGTTGTGCAGCAGGTTGTCCAGCACTCGGTCCAACTGGGCGACGTCGGCCTGGATACGCGGTAGCGGCGGGTCCAGTTCCTTg < 4:108916/140‑1 (MQ=255) tGCATGCCGTCTGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTG‑GCGGTATGGCGGATGGCGTTGTGCAGCAGGTTGTCCAGCACTCGGTCCAACTGGGCGACGTCGGCCt > 6:83208/1‑107 (MQ=255) tGCATGCCGTCTGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTG‑GCGGTATGGCGGATGGCGTTGTGCAGCAGGTTGTCCAGCACTCGGTCCAACTGGGCGACGTCGGCCt < 5:83208/107‑1 (MQ=255) gCATGCCGTCTGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTG‑GCGGTATGGCGGATGGCGTTGTGCAGCAGGTTGTCCAGCACTCGGTCCAACTGGGCGACGTCGGCCTGGATACGCGGTAGCGGCGGGTc > 1:128267/1‑128 (MQ=255) cATGCCGTCTGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTG‑GCGGTATGGCGGATGGCGTTGTGCAGCAGGTTGTCCAGCACTCGGTCCAACTGGGCGACGTCGGCCTGGATACGCGGTAGCGGCGGGTCCAGTTCCTTGATCAACTCg < 7:85963/146‑1 (MQ=255) gCCGTCTGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTG‑GCGGTATGGCGGATGGCGTTGTGCAGCAGGTTGTCCAGCACTCGGTCCAACTGGGCGACGTCGGCCTGGATACGCGGTAgcggc > 6:96104/1‑119 (MQ=255) gCCGTCTGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTG‑GCGGTATGGCGGATGGCGTTGTGCAGCAGGTTGTCCAGCACTCGGTCCAACTGGGCGACGTCGGCCTGGATACGCGGTAgcggc < 5:96104/119‑1 (MQ=255) tCTGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTG‑GCGGTATGGCGGATGGCGTTGTGCAGCAGGTTGTCCAGCACTCGGTCCAACTGGGCGACGTCGGCCTGGATACGCGGTAGCGGCGGGTCCAGTTCCTTGATCAACTCGATCTGCTtgt < 7:238203/149‑1 (MQ=255) | TTTCCTTGCACAGCGCGAGCCCCAGCCCAGCGCCGCCTTTCTTGCGACCTACCTGCACGAAAGGCTCGAAGATGCGCGCTTGTTGCCCATAGGAAATGCCCTCTCCGTTGTCCTCGACGCTGATGATCACCCGTTCTGCATGCCGTCTGGCATGCAGGCGGATGCGCCCGCCGTTG‑GCGGTATGGCGGATGGCGTTGTGCAGCAGGTTGTCCAGCACTCGGTCCAACTGGGCGACGTCGGCCTGGATACGCGGTAGCGGCGGGTCCAGTTCCTTGATCAACTCGATCTGCTTGT > NC_002947/138805‑139098 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |