| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,229,334 | T→G | 6.0% | R838R (CGT→CGG) | PP_1072 → | leucine‑rich repeat‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,229,334 | 0 | T | G | 6.0% | 227.1 / 4.1 | 80 | R838R (CGT→CGG) | PP_1072 | leucine‑rich repeat‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (32/41); new base G (2/3); total (36/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.75e-01 | |||||||||||
AGACGCAGACAGCCGATCTCGGCGATGCCGCTGTCAGTCCAGGCGCCCTGGGCTCGTTGCTGATCGAGGCCGCTGCCGGTGATCGTACCCAAGCGGCTGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGGGCGAGGCGAGAGCAGTCGGCGTGCCATAGGGCGTGGTATTCACCAAGTGTTTCCGACGATGACAGACGGGGAGCTACAAGCCTATCTGCTTGACCTCATGGAGCGGCGAGTA > NC_002947/1229186‑1229481 | agaCGCAGACAGCCGATCTCGCCGATGCCGCTGTCACTCCAGGCGCCCTGGGCTGGTTGCTGATCGAGGCCGCTGCGGGTGATCGTACCCAAGCCGCTGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTTCGACCCCCGACCCGt < 5:223487/149‑1 (MQ=255) aCGCAGACAGCCGATCTCGTCGATGCCGCTGTCAGTCCAGGCGCCCTGGGCTCGTTGCTGATCGAGGCCGCTGCCTGTGATCGTACCCAAGCGGCTGAGCTCTGTTGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGttt < 3:86285/149‑1 (MQ=255) aCGCAGACAGCCGATCTCGGCGATGCCGCTGTCAGTCCAGGCGCCCTGGGCTCGTTGCTGATCGAGGCCGCTGCCGGTGATCGTACCCAAGCGGCTGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGttt < 8:207965/149‑1 (MQ=255) gCAGACAGCCGATCTCGGCGATGCCGCTGTCAGTCCAGGCGCCCTGGGCTCGTTGCTGATCGAGGCCGCTGCCGGTGATCGTACCCAAGCGGCTGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCg > 1:118705/1‑149 (MQ=255) aGACAGCCGATCTCGGCGATGCCGCTGTCAGTCCAGGCGCCCTGGGCTCGTTGCTGATCGAGGCCGCTGCCGGTGATCGTACCCAAGCGGCTGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCggg > 7:298365/1‑149 (MQ=255) aCAGCCGATCTCGGCGATGCCGCTGTCAGTCCAGGCGCCCTGGGCTCGTTGCTGATCGAGGCCGCTGCCGGTGATCGTACCCAAGCGGCTGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGAAACGGGTCggggg < 7:3629/149‑2 (MQ=255) aCAGCCGATCTCGGCGATGCCGCTGTCAGTCCAGGCGCCCTGGGCTCGTTGCTGATCGAGGCCGCTGCCGGTGATCGTACCCAAGCGGCTGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGAAACGGGTCggggg > 4:276555/1‑148 (MQ=255) aGCCGATCTCGGCGATGCCGCTGTCAGTCCAGGCGCCCTGGGCTCGTTGCTGATCGAGGCCGCTGCCGGTGATCGTACCCAAGCGGCTGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATg > 1:95056/1‑149 (MQ=255) gCCGATCTCGGCGATGCCGCTGTCAGTCCAGGCGCCCTGGGCTCGTTGCTGATCGAGGCCGCTGCCGGTGATCGTACCCAAGCGGCTGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGGTTCGGGGATgg > 5:48830/1‑149 (MQ=255) ccGATCTCGGCGATGCCGCTGTCAGTCCAGGCGCCCTGGGCTCGTTGCTGATCGAGGCCGCTGCCGGTGATCGTACCCAAGCGGCTGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATggg > 4:245678/1‑149 (MQ=255) ccGATATCGGCGATGCCGCTGTCACTCCACGCGCCCTGGGCTCCTTGATCATCGAGACCTCTGCCGGTGATCGTACCCAAGCGGCTGAGCTCTGTGGCATTCCGCGTCTGGGCGTTCGCATACGACCACCGACCCGATTCGGAGAAggt > 6:168296/1‑148 (MQ=255) cGATCTCGGCGATGCCGCTGTCAGTCCAGGCGCCCTGGGCTCGTTGCTGATCGAGGCCGCTGCCGGTGATCGTACCCAAGCGGCTGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGc < 8:298365/149‑1 (MQ=255) cGATCTCGGCGATGCCGCTGTCAGTCCACGCGCCCTGGGCTCGTTGCTCATCGAGGCCGCTGCCGGTGATCGTACCCAAGCGGATGAGCTCTGTGGCATGCCGCGACTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTATCGGGCATGGGc > 5:246438/1‑149 (MQ=255) ggCGATGCCGCTGTCAGTCCCGGCGCCCTGGGCGCGGTGCTGCTCGAGGCCGCTGCCGGTGATCGTACCCAAGCGGCTGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGAAACGGGTCgggggtcgcag < 5:62315/143‑8 (MQ=255) ggCGATGCCGCTGTCAGTCCAGGCGCCCTGGGCTCGTTGCTGATCGAGGCCGCTGCCGGTGATCGTACCCAAGCGGCTGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGc < 7:200449/142‑1 (MQ=255) ggCGATGCCGCTGTCAGTCCAGGCGCCCTGGGCTCGTTGCTGATCGAGGCCGCTGCCGGTGATCGTACCCAAGCGGCTGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGAAACGGGTCgggggtcgcag < 3:276555/143‑8 (MQ=255) gCCGCTGTCAGTCCAGGCGCCCTGGGCTCGTTGCTGATCGAGGCCGCTGCCGGTGATCGTACCCAAGCGGCTGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGc > 6:201908/1‑149 (MQ=255) tCAGTCCAGGCGCCCTGGGCTCGTTGCTGATCGAGGCCGCTGCCGGTGATCGTACCCAAGCGGCTGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGt < 5:209689/149‑1 (MQ=255) tCAGTCCAGGCGCCCTGGGCTCGTTGCTGATCGAGGCCACTGCCGGTGATCGTACCCAAGCTGCTGAGCTCTGTTGCATGCCGCGTCTGTGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGt < 5:263699/149‑1 (MQ=255) aGTCCAGGCGCCCTGGGCTCGTTGCTGATCGAGGCCGCTTCCGGTGATCGTACCCAAGCGGCTGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGGTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTg < 5:168296/148‑1 (MQ=255) aGTCCAGGCGCCCTGGGCTCGTTGCTGATCGAGGCCGCTGCCGGTGATCGTACCCAAGCGGCTGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTgg < 8:165178/149‑1 (MQ=255) aGTCCAGGCGCCCTGGGCTCGTTGCTGATCGAGGCCGCTGCCGGTGATCGTACCCAAGCGGCTGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTgg > 8:244948/1‑149 (MQ=255) aGTCCAGGCGCCCTGGGCTCGTTGCTGATCGAGGCCGCTGCCGGTGATCGTACCCAAGCGGCTGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTgg > 8:8419/1‑149 (MQ=255) aGTCCAGGCGCCCTGGGCTCGTTGCTGATCGAGGCCGCTGCCGGTGATCGTACCCAAGCGGCTGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATACCTTGAGTgg > 2:123816/1‑149 (MQ=255) aGTCCAGGCGCCCTGGGCTCGTTGCTGATCGAGGCCGCTGCCGGTGATCGTACCCAAGCGGCTGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGAGTATCGGGTATACCTTGAGTgg > 2:119070/1‑149 (MQ=255) tCCAGGCGCCCTGGGCTCGTTGCTGATCGAGGCCGCTGCCGGTGATCGTACCCAAGCGGCTGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGggc > 3:242183/1‑149 (MQ=255) tCCAGGCGCCCTGGGCTCGTTGCTGATCGAGGCCGCTGCCGGTGATCGTACCCAAGCGGCTGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGggc < 8:38109/149‑1 (MQ=255) tCCAGGCGCCCTGGGCTCGTTGCTGATCGAGGCCGCTGCCGGTGATCGTACCCAAGCGGCTGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGggc > 7:82262/1‑149 (MQ=255) ccAGGCGCCCTGGGCTCGTTGCTGATCGAGGCCGCTGCCGGTGATCGTACCCAAGCGGCTGAGCTATGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGggc > 1:261572/1‑148 (MQ=255) ctggCACCCTGGGATCGTTGCTGATCGAGGCCGCAGCCGGTGATCGTAACCAAGCGGATGAGCTCTGTGGCATGCCGCCTCTGGGCGATGGCCTGCGACCCCAGACCCGATTCGCGGATGGGCGTATCGGGTATGCAtt > 2:182056/3‑139 (MQ=255) aGGCGCCCTGGGCTCGTTGCTGATCGAGGCCGCTGCCGGTGATCGTACCCAAGCGGCTGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGggcgag < 3:245678/149‑1 (MQ=255) aGGCGCCCTGGGCTCGTTGCTGATCGAGGCCGCTGCCGGTGATCGTACCCAAGCGGCTGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGggcgag > 3:149818/1‑149 (MQ=255) gcCCTGGGCTCGTTGCTGATCGAGGCCGCTGCCGGTGATCGTACCCAAGCGGCTGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGggcgaggcga < 8:149655/149‑1 (MQ=255) gggCTCGTTGCTGATCGAGGCCGCTGCCGGTGATCGTACCCAAGCGGCTGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGGGCGAGGCGagag > 3:218909/1‑147 (MQ=255) ggCTCGTTGCTGATCGAGGCCGCTGCCGGTGATCGTACCCAAGCGGCTGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGGGCGAGGCGAGAGc < 2:95056/147‑1 (MQ=255) ggCTCGTTGCTGATCGAGGCCGCTGCCGGTGATCGTACCCAAGCGGCTGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGGGCGAGGCGAGAGCAg > 6:219111/1‑149 (MQ=255) cTCGTTGCTGATCGAGGCCGCTGCCGGTGATCGTACCCAAGCGGCTGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGGGCGAGGCGAGAGCAGTc > 2:4755/1‑149 (MQ=255) gTTGCTGATCGAGGCCGCTGCCGGTGATCGTACCCAAGCGGCTGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGGGCGAGGCGAGAGCAGTCg < 4:149818/147‑1 (MQ=255) gTTGCTGATCGAGGCCGCTGCCGGTGATCGTACCCAAGCGGCTGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGGGCGAGGCGAGAGCAGTCGGc > 6:143862/1‑149 (MQ=255) gCTGATCGAGGCCGCTGCCGGTGATCGTACCCAAGCGGCTGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGGGCGAGGCGAGAGCAGTCGGCGt < 8:26686/148‑1 (MQ=255) cTGATCGAGGCCGCTGCCGGTGATCGTACCCAAGCGGCTGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGGGCGAGGCGAGAGCAGTCGGCGTGc < 7:244948/149‑1 (MQ=255) gATCGAGGCCGCTGCCGGTGATCGTACCCAAGCGGCTGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGGGCGAGGCGAGAGCAGTCGGCGTGCCa > 3:195542/1‑149 (MQ=255) tCGAGGCCGCTGCCGGTGATCGTACCCAAGCGGCTGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGGGCGAGGCGAGAGCAGTCGGCGTGCCATa < 1:191614/149‑1 (MQ=255) cGCTGCCGGTGATCGTACCCAAGCGGCTGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGGGCGAGGCGAGAGCAGTCGGCGTGCCATAGGGCGTg < 4:195542/149‑1 (MQ=255) cGCTGCCGGTGATCGTACCCAAGCGGCTGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGGGCGAGGCGAGAGCAGTCGGCGTGCCATAGGGCGTg < 3:47728/149‑1 (MQ=255) tCGTACCCAAGCGGCTGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGGGCGAGGCGAGAGCAGTCGGCGTGCCATAGGGCGTGGTATTCACCAAg > 2:159035/1‑149 (MQ=255) tCGTACCCAAGCGGCTGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGGGCGAGGCGAGAGCAGTCGGCGTGCCATAGGGCGTGGTATTCACCAAg > 3:186764/1‑149 (MQ=255) cccAAGCGGCTGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGGGCGAGGCGAGAGCAGTCGGCGTGCCATAGGGCGTGGTATTCACCAAGTGttt < 7:63605/149‑1 (MQ=255) cccAAGCGGCTGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGGGCGAGGCGAGAGCAGTCGGCGTGCCATAGGGCGTGGTATTCACCAAGTGttt < 5:143862/149‑1 (MQ=255) ccAAGCGGCTGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGAGGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGGGCGAGGCGAGAGCAGTCGGCGTGCCATAGGGCGTGGTATTCACCAAGTGTTTc < 6:48830/149‑1 (MQ=255) cAAGCGGCTGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGGGCGAGGCGAGAGCAGTCGGCGTGCCATAGGGCGTGGTATTCACCAAGTGTTTcc < 7:65922/149‑1 (MQ=255) cAAGCGGCTGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGGGCGAGGCGAGAGCAGTCGGCGTGCCATAGGGCGTGGTATTCACCAAGTGTTTcc < 3:272594/149‑1 (MQ=255) cAAGCGGCTGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGGGCGAGGCGAGAGCAGTCGGCGTGCCATAGGGCGTGGTATTCACCAAGTGTTTcc > 8:278333/1‑149 (MQ=255) aaGCGGCTGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGGGCGAGGCGAGAGCAGTCGGCGTGCCATa < 4:232275/122‑1 (MQ=255) aaGCGGCTGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGGGCGAGGCGAGAGCAGTCGGCGTGCCATa > 3:232275/1‑122 (MQ=255) aaGCGGCTGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGGGCGAGGCGAGAGCAGTCGGCGTGCCATAGGGCGTg < 4:201469/129‑1 (MQ=255) aaGCGGCTGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGGGCGAGGCGAGAGCAGTCGGCGTGCCATAGGGCGTg > 3:201469/1‑129 (MQ=255) aaGCGGCTGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGGGCGAGGCGAGAGCAGTCGGCGTGCCATAGGGCGTGGTATTCACCAAGTGTTTcc > 2:97476/1‑148 (MQ=255) aaGCGGCTGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGGGCGAGGCGAGAGCAGTCGGCGTGCCATAGGGCGTGGTATTCACCAAGTGTTTCcg < 4:218909/149‑1 (MQ=255) aaGCGGCTGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCCACCCCAGACCCGTTTCGGGGTTGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGGGCGAGGCGAGAGCAGTCGGCGTGCCATAGGCCGTGGTATTCACCAAGTGTTTcc > 3:5655/1‑148 (MQ=255) aGCGGCTGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGGGCGAGGCGAGAGCAGTCGGCGTGCCATAGGGCGTGGTATTCACCAAGTGTTTCcga < 8:150499/149‑1 (MQ=255) gCTGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGGGCGAGGCGAGAGCAGTCGGCGTGCCATAGGGCGTGGTATTCACCAAGTGTTTCCGACGAt > 7:118953/1‑149 (MQ=255) tGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGGGCGAGGCGAGAGCAGTCGGCGTGCCATAGGGCGTGGTATTCACCAAGTGTTTCCGACGATGa < 7:8419/149‑1 (MQ=255) tgGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGTGTATACCTTGAGTGGGCGAGGCGAGAGCAGTCGGCGTGCCATAGGGCGTGGTATTCACCAAGTGTTTCCGACGATGACAGACgg < 1:119070/147‑1 (MQ=255) tgGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGGGCGAGGCGAGAGCAGTCGGCGTGCCATAGGGCGTGGTATTCACCAAGTGTTTCCGACGATg < 4:252157/139‑1 (MQ=255) tgGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGGGCGAGGCGAGAGCAGTCGGCGTGCCATAGGGCGTGGTATTCACCAAGTGTTTCCGACGATg > 3:252157/1‑139 (MQ=255) tgGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGGGCGAGGCGAGAGCAGTCGGCGTGCCATAGGGCGTGGTATTCACCAAGTGTTTCCGACGATGACAGACgggg < 2:118705/149‑1 (MQ=255) tgGCATGCCGCGTATGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATACCTTGAGTGGGCGAGGCGAGAGCAGTCGGCGTGCCATAGGGCGTGGTATTCACCAAGTGTTTCCGACGATGACAGACgg < 1:123816/147‑1 (MQ=255) aTGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGGGCGAGGCGAGAGCAGTCGGCGTGCCATAGGGCGTGGTATTCACCAAGTGTTTCCGACGATGACAGACGGGGa < 1:229310/146‑1 (MQ=255) aTGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGGGCGAGGCGAGAGCAGTCGGCGTGCCATAGGGCGTGGTATTCACCAAGGGTTTCCGACGATGACAGACGGGGa > 2:229310/1‑146 (MQ=255) tGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGGGCGAGGCGAGAGCAGTCGGCGTGCCATAGGGCGTGGTATTCACCAAGTGTTTCCGACGATGACAGACGGGGAGCTa < 1:4755/149‑1 (MQ=255) gcgTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGGGCGAGGCGAGAGCAGTCGGCGTGCCATAGGGCGTGGTATTCACCAAGTGTTTCCGACGATGACAGACGGGGAGCTACAAg < 5:219111/149‑1 (MQ=255) gcgTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGGGCGAGGCGAGAGCAGTCGGCGTGCCATAGGGCGTGGTATTCACCAAGTGTTTCCGACGATGACAGACGGGGAGCTACAAg < 5:201908/149‑1 (MQ=255) gggCGTTGGCCTTCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGGGCGAGGCGAGAGCAGTCGGCGTGCCATAGGGCGTGGTATTCACCAAGTGTTTCCGACGATGACAGACTGGGAGCTACAAGCCTATc > 2:312990/1‑149 (MQ=255) ggCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGGGCGAGGCGAGAGCAGTCGGCGTGCCATAGGGCGTGGTATTCACCAAGTGTTTCCGACGATGACAGACGGGGAGCTACAAGCCTATCt < 4:242183/149‑1 (MQ=255) ggCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGGGCGAGGCGAGAGCAGTCGGCGTGCCATAGGGCGTGGTATTCACCAAGTGTTTCCGACGATGACAGACGGGGAGCTACAAGCCTATCt < 7:278333/149‑1 (MQ=255) ttGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGGGCGAGGCGAGAGCAGTCGGCGTGCCATAGGGCGTGGTATTCACCAAGTGTTTCCGACGATGACAGACGGGGAGCTACAAGCCTATCTGCtt < 1:159035/149‑1 (MQ=255) ccTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGGGCGAGGCGAGAGCAGTCGGCGTGCCATAGGGCGTGGTATTCACCAAGTGTTTCCGACGATGACAGACGGGGAGCTACAAGCCTATCTGCTTGAc < 3:208162/148‑1 (MQ=255) cTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGGGCGAGGCGAGAGCAGTCGGCGTGCCATAGGGCGTGGTATTCACCAAGTGTTTCCGACGATGACAGACGGGGAGCTACAAGCCTATCTGCTTGAcc > 2:295550/1‑148 (MQ=255) tGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGGGCGAGGCGAGAGCAGTCGGCGTGCCATAGGGCGTGGTATTCACCAAGTGTTTCCGACGATGACAGACGGGGAGCTACAAGCCTATCTGCTTGACCt > 4:78832/1‑148 (MQ=255) cGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGGGCGAGGCGAGAGCAGTCGGCGTGCCATAGGGCGTGGTATTCACCAAGTGTTTCCGACGATGACAGACGGGGAGCTACAAGCCTATCTGCTTGACCTCAt < 4:186764/149‑1 (MQ=255) cccGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGGGCGAGGCGAGAGCAGTCGGCGTGCCATAGGGCGTGGTATTCACCAAGTGTTTCCGACGATGACAGACGGGGAGCTACAAGCCTATCTGCTTGACCTCATGGAgc < 1:295550/149‑1 (MQ=255) gTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGGGCGAGGCGAGAGCAGTCGGCGTGCCATAGGGCGTGGTATTCACCAAGTGTTTCCGACGATGACAGACGGGGAGCTACAAGCCTATCTGCTTGACCTCATGGAGCGGCGAGTa < 8:82262/149‑1 (MQ=255) tttCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGGGCGAGGCGAGAGCAGTCGGCGTGCCATAGGGCGTGGTATTCACCAAGTGTTTCCGACGATGACAGACGGGGAGCTACAAGCCTATCTGCTTGACCTCATGGa > 8:243410/1‑138 (MQ=255) tttCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGGGCGAGGCGAGAGCAGTCGGCGTGCCATAGGGCGTGGTATTCACCAAGTGTTTCCGACGATGACAGACGGGGAGCTACAAGCCTATCTGCTTGACCTCATGGa < 7:243410/138‑1 (MQ=255) | AGACGCAGACAGCCGATCTCGGCGATGCCGCTGTCAGTCCAGGCGCCCTGGGCTCGTTGCTGATCGAGGCCGCTGCCGGTGATCGTACCCAAGCGGCTGAGCTCTGTGGCATGCCGCGTCTGGGCGTTGGCCTGCGACCCCCGACCCGTTTCGGGGATGGGCGTATCGGGTATGCCTTGAGTGGGCGAGGCGAGAGCAGTCGGCGTGCCATAGGGCGTGGTATTCACCAAGTGTTTCCGACGATGACAGACGGGGAGCTACAAGCCTATCTGCTTGACCTCATGGAGCGGCGAGTA > NC_002947/1229186‑1229481 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |