Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,256,314 | G→T | 9.1% | G219V (GGT→GTT) ‡ | mrp → | ATP‑dependent Fe‑S cluster transferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,256,314 | 0 | G | T | 9.1% | 166.7 / 5.6 | 55 | G219V (GGT→GTT) ‡ | mrp | ATP‑dependent Fe‑S cluster transferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/29); new base T (2/3); total (23/32) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.37e-01 |
GAAGTCATGTCCATGGCCTTCCTCACCGACGACAACACGCCGATGGTATGGCGTGGCCCAATGGTGTCTGGCGCGCTGCTGCAACTGGTCACCCAGACCGCCTGGGA‑TGACCTGGATTACCTGGTGATCGATATGCCACCGGGTACCGGTGACATCCAGCTGACCCTGGCACAAAAGGTACCGGTGGTCGGTTCGGTGATCGTCACCACGCCGCAGGACCTGGCGCTGCTGGATGCCAAGAAGGGCGTGGAAATGTTCCGCAAGGTCAACATTCCGGTGCTGGGCGTGG > NC_002947/1256172‑1256460 | gAAGTCATGTCCATGGCCTTCCTCACCGACGACAACACGCCGATGGTATGGCGTGGCCCAATGGTGTCTGGCGCGCTGCTGCAACTGGTCACCCAGACCGCCTGGGA‑TGACCTGGATTACCTGGTGATCGATATGCCACCGGGTACCgg < 8:286571/149‑1 (MQ=255) gAAGTCATGTCCATGGCCTTCCTCACCGACGACAACACGCCGATGGTATGGCGTGGCCCAATGGTGTCTGGCGCGCTGCTGCAACTGGTCACCCAGACCGCCTGGGA‑TGACCTGGATTACCTGGTGATCGATATGCCACCGGGTACCg < 6:226282/148‑1 (MQ=255) gAAGTCATGTCCATGGCCTTCCTCACCGACGACAACACGCCGATGGTATGGCGTGGCCCAATGGTGTCTGGCGCGCTGCTGCAACAGGTCACCCAGACCGCCTGGGA‑TGACCTGGATTACCTGGTGATCGATATGCCACCGGGTACCgg < 8:297217/149‑1 (MQ=255) aGTCATGTCCATGGCCTTCCTCACCGACGACAACACGCCGATGGTATGGCGTGGCCCAATGGTGTCTGGCGCGCTGCTGCAACTGGTCACCCAGACCGCCTGGGA‑TGACCTGGATTACCTGGTGATCGATATGCCACCGGGTACCGGTg < 6:53655/149‑1 (MQ=255) gTCATGTCCATGGCCTTCCTCACCGACGACAACACGCCGATGGTATGGCGTGGCCCAATGGTGTCTGGCGCGCTGCTGCAACTGGTCACCCAGACCGCCTGGGA‑TGACCTGGATTACCTGGTGATCGATATGCCACCGGGTACCGGTGa < 6:298203/149‑1 (MQ=255) gTCATGTCCATGGCCTTCCTCACCGACGACAACACGCCGATGGTATGGCGTGGCCCAATGGTGTCTGGCGCGCTGCTGCAACTGGTCACCCAGACCGCCTGGGA‑TGACCTGGATTACCTGGTGATCGATATGCCACCGGGTACCGGTGa < 7:29649/149‑1 (MQ=255) tCATGTCCATGGCCTTCCTCACCGACGACAACACGCCGATGGTATGGCGTGGCCCAATGGTGTCTGGCGCGCTGCTGCAACTGGTCACCCAGACCGCCTGGGA‑TGACCTGGATTACCTGGTGATCGATATGCCACCGGGTACCGGTgc > 4:269874/1‑147 (MQ=255) aTGTCCATGGCCTTCCTCACCGACGACAACACGCCGATGGTATGGCGTGGCCCAATGGTGTCTGGCGCGCTGCTGCAACTGGTCACCCAGACCGCCTGGGA‑TGACCTGGATTACCTGGTGATCGATATGCCACCGGGTACCGGTGACAt > 7:182210/1‑149 (MQ=255) aTGTCCATGGCCTTCCTCACCGACGACAACACGCCGATGGTATGGCGTGGCCCAATGGTGTCTGGCGCGCTGCTGCAACTGGTCACCCAGACCGACTGGGA‑TGACCTGGATTACCTTGTGATCGATATGCCACCGGGTACCGGTGACa > 8:216228/1‑148 (MQ=255) gTCCATGGCCTTCCTCACCGACGACAACACGCCGATGGTATGGCGTGGCCCAATGGTATCTGGCGCGCTGCTGCAACTGGTCACCCAGCCCGCCTGGGA‑GGACCTGGATTACCTGGTGATCGATATGCCACCGGGTACCGGTGACATcc > 5:262930/1‑149 (MQ=255) ccATGGCCTTCCTCACCGACGACAACACGCCGATGGTATGGCGTGGCCCAATGGTGTCTGGCGCGCTGCTGCAACTGGTCACCCAGACCGCCTGGGA‑TGACCTGGATTACCTGGTGATCGATATGCCACCGGGTACCGGTGACATCCa < 8:145301/148‑1 (MQ=255) gaTGGCCTTCCTCACCGACGACAACAGGCCGATGGTAGGGCGTGGCGCATTGGTGGCTGGCGCGCTGCTGCAACTGGTCACCCAGACCGCCTGGGA‑TGACCTGGATTACCTGGTGATCGATATGTCACCGGTACCCGGTGGCAtatcga < 5:269483/148‑6 (MQ=255) cATGGCCTTCCTCACCGACGACAACACGCCGATGGTATGGCGTGGCCCAATGGTGTCTGGCGCGCTGCTGCAACTGGTCACCCAGACCGCCTGGGA‑TGACCTGGATTACCTGGTGATCGATATGTCACCGGTACCCGGTGGCAtatcga < 5:269480/149‑6 (MQ=255) cATGGCCTTCCTCACCGACGACAACACGCCGATGGTATGGCGTGGCCCAATGGTGTCTGGCGCGCTGCTGCAACTGGTCACCCAGACCGCCTGGGA‑TGACCTGGATTACCTGGGGATCGATATGTCACCGGTACCCGGTGGCAtatcga < 5:269481/149‑6 (MQ=255) aTGGCCTTCCTCACCGACGACAACACGCCGATGGTATGGCGTGGCCCAATGGTGTCTGGCGCGCTGCTGCAACTGGTCACCCAGACCGCCTGGGA‑TGACCTGGATTACCTGGTGATCGATATGCCACCGGGTACCGGTGACATCCAGCt < 7:58187/149‑1 (MQ=255) ccTCACCGACGACAACACGCCGATGGTATGGCGTGGCCCAATGGTGTCTGGCGCGCTGCTGCAACTGGTCACCCAGACCGCCTGGGA‑TGACCTGGATTACCTGGTGATCGATATGCCACCGGGTACCGGTGACATCCAGCTGACCCTg < 4:39022/148‑1 (MQ=255) ccTCACCGACGACAACACGCCGATGGTATGGCGTGGCCCAATGGTGTCTGGCGCGCTGCTGCAACTGGTCACCCAGACCGCCTGGGA‑TGACCTGGATTACCTGGTGATCGATATGCCACCGGGTACCGGTGACATCCAGCTGACCCTg < 3:57785/148‑1 (MQ=255) cTCACCGACGACAACACGCCGATGGTATGGCGTGGCCCAATGGTGTCTGGCGCGCTGCTGCAACTGGTCACCCAGACCGCCTGGGA‑TGACCTGGATTACCTGGTGATCGATATGCCACCGGGTACCGGTGACATCCAGCTGACCCTgg < 3:253931/148‑1 (MQ=255) gacgacAACACGCCGATGGTATGGCGTGGCCCAATGGTGTCTGGCGCGCTGCTGCAACTGGTCACCCAGACCGCCTGGGA‑TGACCTGGATTACCTGGTGATCGATATGCCACCGGGTACCGGTGACATCCAGCTGACCCTGGCACaaaa < 7:233792/149‑1 (MQ=255) acacGCCGATGGTATGGCGTGGCCCAATGGTGTCTGGCGCGCTGCTGCAACTGGTCACCCAGACCGCCTGGGA‑TGACCTGGATTACCTGGTGATCGATATGCCACCGGGTACCGGTGACATCCAGCTGACCCTGGCACAAAAGGTACCg < 8:182210/149‑1 (MQ=255) ccGATGGTATGGCGTGGCCCAATGGTGTCTGGCTCGCTGCTGCAACTGGTCACCCAGACCGCCTGGGA‑TGACCTGGATTACCTGGTGATCGATATGCCACCGGGTACCGGTGACATCCAGCTGACCCTGGCACAAAAGGTACCggtggt < 2:232429/149‑1 (MQ=255) aTGGTATGGCGTGGCCCAATGGTGTCTGGCGCGCTGCTGCAACTGGTCACCCAGACCGCCTGGGACTGACCTGGATTACCTGGTGATCGATATGCCACCGGGTACCGGTGACATCCAGCTGACCCTGGCACAAAAGGTACCGGTGGtcg > 1:260997/1‑149 (MQ=255) aaggCGTGGCCCAATGGTGTATGGCGCGCTGCTGCAACTGGTCACCCAGAACGCCTGGGA‑TGACCTGGATTACCTGGTGATCGATATGCCACCGGGTACCGGTGACATACAGCTGACACTGGCACAAAAGGTACCGGTGGtcggttcgg > 2:115954/3‑149 (MQ=255) aTGGCGTGGCCCAATGGTGTCTGGCGCGCTGCTGCAACTGGTCACCCAGACCGCCTGGGA‑TGACCTGGATTACCTGGTGATCGATATGCCACCGGGTACCGGTGACATCCAGCTGACCCTGGCACAAAAGGTACCGGTGGtcggttcgg > 8:295625/1‑149 (MQ=255) tGGCGTGGCCCAATGGTGTCTGGCGCGCTGCTGCAACTGGTCACCCAGACCGCCTGGGA‑TGACCTGGATTACCTGGTGATCGATATGCCACCGGGTACCGGTGACATCCAGCTGACCCTGGCACAAAAGGTACCGGTGGtcggttcggt < 1:148086/149‑1 (MQ=255) gTGGCCCAATGGTGTCTGGCGCGCTGCTGCAACTGGTCACCCAGACCGCCTGGGA‑TGACCTGGATTACCTGGTGATCGATATGCCACCGGGTACCGGTGACATCCAGCTGACCCTGGCACAAAAGGTACCGGTGGTCGGTTCGGTGATc < 7:198362/149‑1 (MQ=255) gTGGCCCAATGGTGTCTGGCGCGCTGCTGCAACTGGTCACCCAGACCGCCTGGGA‑TGACCTGGATTACCTGGTGATCGATATGCCACCGGGTACCGGTGACATCCAGCTGACCCTGGCACAAAAGGTACCGGTGGTCGGTTCGGTGATc > 8:248065/1‑149 (MQ=255) cccAATGGTGTCTGGCGCGCTGCTGCAACTGGTCACCCAGACCGCCTGGGA‑TGACCTGGATTACCTGGTGATCGATATGCCACCGGGTACCGGTGACATCCAGCTGACCCTGGCACAAAAGGTACCGGTGGTCGGTTCGGTGATCGTca < 7:295625/149‑1 (MQ=255) cccAATGGTGTCTGGCGCGCTGCTGCAACTGGTCACCCAGACCGCCTGGGA‑TGACCTGGATTACCTGGTGATCGATATGCCACCGGGTACCGGTGACATCCAGCTGACCCTGGCACAAAAGGTACCGGTGGTCGGTTCGGTGATCGTca < 4:161375/149‑1 (MQ=255) aTGGTGTCTGGCGAGCTGCTGCAACTGGTCACCCAGACCGCCTGGCA‑TGACCTGGATTACTTGGTGATCGATATGCCACCGGGTACCGGTGACATCCAGCTGACCCTGGCACAAAAGGTACCGGTTGTCGGTTCGGTGAACGTcaccac > 5:101360/1‑149 (MQ=255) gcgcTGCTGCAACTGGTCACCCAGACCGCCTGGGA‑TGACCTGGATTACCTGGTGATCGATATGCCACCGGGTACCGGTGACATCCAGCTGACCCTGGCACAAAAGGTACCGGTGGTCGGTTCGGTGATCGTCACCACGCCGCAGGACCt > 3:17560/1‑149 (MQ=255) ctgcAACTGGTCACCCAGACCGCCTGGGA‑TGACCTGGATTACCTGGTGATCGATATGCCACCGGGTACCGGTGACATCCAGCTGACCCTGGCACAAAAGGTACCGGTGGTCGGTTCGGTGATc < 6:308376/123‑1 (MQ=255) ctgcAACTGGTCACCCAGACCGCCTGGGA‑TGACCTGGATTACCTGGTGATCGATATGCCACCGGGTACCGGTGACATCCAGCTGACCCTGGCACAAAAGGTACCGGTGGTCGGTTCGGTGATc > 5:308376/1‑123 (MQ=255) gcAACTGGTCACCCAGACCGCCTGGGA‑TGACCTGGATTACCTGGTGATCGATATGCCACCGGGTACCGGTGACATCCAGCTGACCCTGGCACAAAAGGTACCGGTGGTCGGTTCGGTGATCGTCACCACGCCGCAGGACCTGGCgctgc > 5:22602/1‑149 (MQ=255) cAACTGGTCACCCAGACCGCCTGGGA‑TGACCTGGATTACCTGGTGATCGATATGCCACCGGGTACCGGTGACATCCAGCTGACCCTGGCACAAAAGGTACCGGTGGTCGGTTCGGTGATCGTCACCACGCCGCAGGACCTGGCgctgct < 1:10454/149‑1 (MQ=255) aagtGGTCACCCAGACCGCCTTGGA‑TTACCTGGATTACCTGGTGATCGTTATGCCTCCGGGTACCGGTGACATCCAGCTGACCATGGCACAAAAGGTACCGTTGGTCGGTTCTGTGATCGTCACCACGCCGCAGGACCTGGCgctgct < 6:101360/145‑1 (MQ=255) gTCACCCAGACCGCCTGGGA‑TGACCTGGATTACCTGGTGATCGATATGCCACCGGGTACCGGTGACATCCAGCTGACCCTGGCACAAAAGGTACCGGTGGTCGGTTCGGTGATCGTCACCACGCCGCAGGACCTGGCGCTGCTGGATGc < 1:168886/149‑1 (MQ=255) ccAGACCGCCTGGGA‑TGACCTGGATTACCTGGTGATCGATATGCCACCGGGTACCGGTGACATCCAGCTGACCCTGGCACAAAAGGTACCGGTGGTCGGTTCGGTGATCGTCACCACGCCGCAGGACCTGGCGCTGCTGGATGCCaag > 2:136187/1‑148 (MQ=255) ccAGACCGCCTGGGA‑TGACCTGGATTACCTGGTGATCGATATGCCACCGGGTACCGGTGACATCCAGCTGACCCTGGCACAAAAGGTACCGGTGGTCGGTTCGGTGATCGTCACCACGCCGCAGGACCTGGCGCTGCTGGATGCCaag > 3:243312/1‑148 (MQ=255) cAGACCGCCTGGGA‑TGACCTGGATTACCTGGTGATCGATATGCCACCGGGTACCGGTGACATCCAGCTGACCCTGGCACAAAAGGTACCGGTGGTCGGTTCGGTGATCGTCACCACGCCGCAGGACCTGGCGCTGCTGGATGCCaagaa < 7:248065/149‑1 (MQ=255) cAGACCGCCTGGGA‑TGACCTGGATTACCTGGTGATCGATATGCCACCGGGTACCGGTGACATCCAGCTGACCCTGGCACAAAAGGTACCGGTGGTCGGTTCGGTGATCGTCACCACGCCGCAGGACCTGGCGCTGCTGGATGCCaag > 4:287765/1‑147 (MQ=255) ccGCCTGGGA‑TGACCTGGATTATCTGGTGATCGATATGCCACCGGGTACCGGTGACATCCAGCTGACCCTGGCACAAAAGGTACCGGTGGTCGGTTCGGTGATCGTCACCACGCCGCAGGACCTGGCGCTGCTGGATGCAAAGAAGGGc > 7:48421/1‑149 (MQ=255) aCCTGGATTACCTGGTGATCGATATGCCACCGGGTACCGGTGACATCCAGCTGACCCTGGCACAAAAGGTACCGGTGGTCGGTTCGGTGATCGTCACCACGCCGCAGGACCTGGCGCTGCTGGATGCCAAGAAGGGCGTg > 6:101728/1‑140 (MQ=255) aCCTGGATTACCTGGTGATCGATATGCCACCGGGTACCGGTGACATCCAGCTGACCCTGGCACAAAAGGTACCGGTGGTCGGTTCGGTGATCGTCACCACGCCGCAGGACCTGGCGCTGCTGGATGCCAAGAAGGGCGTg < 5:101728/140‑1 (MQ=255) ccTGGATTACCTGGTGATCGATATGCCACCGGGTACCGGTGACATCCAGCTGACCCTGGCACAAAAGGTACCGGTGGTCGGTTCGGTGATCGTCACCACGCCGCAGGACCTGGCGCTGCTGGATGCCAAGAAGGGCGTGGAAATGTTcc < 1:136187/149‑1 (MQ=255) gATTACCTGGTGATCGATATGCCACCGGGTACCGGTGACATCCAGCTGACCCTGGCACAAAAGGTACCGGTGGTCGGTTCGGTGATCGTCACCACGCCGCAGGACCTGGCGCTGCTGGATGCCAAGAAGGGCGTGGAAATGTTCCGCaa < 7:216228/149‑1 (MQ=255) tGATCGATATGCCACCGGGTACCGGTGACATCCAGCTGACCCTGGCACAAAAGGTACCGGTGGTCGGTTCGGTGATCGTCACCACGCCGCAGGACCTGGCGCTGCTGGATGCCAAGAAGGGCGTGGAAATGTTc < 5:226367/134‑1 (MQ=255) tGATCGATATGCCACCGGGTACCGGTGACATCCAGCTGACCCTGGCACAAAAGGTACCGGTGGTCGGTTCGGTGATCGTCACCACGCCGCAGGACCTGGCGCTGCTGGATGCCAAGAAGGGCGTGGAAATGTTc > 6:226367/1‑134 (MQ=255) agctggatGTCACCGGTACCCGGTGACATCCAGCTGACCCTGGCACAAAAGGTACCGGTGGTCGGTTCGGTGATCGTCACCACGCCGCAGGACCTGGCGCTGCTGGATGCCAAGAAGGGCGTGGAAATGTTCCGCAAGGTCAACATTcc > 6:99873/7‑149 (MQ=255) tCGATATGCCACCGGGTACCGGTGACATCCAGCTGACCCTGGCACAAAAGGTACCGGTGGTCGGTTCGGTGATCGTCACCACGCCGCAGGACCTGGCGCTGCTGGATGCCAAGAAGGGCGTGGAAATGTTCCGCAAGGTCAACATTcc < 6:22602/148‑1 (MQ=255) cGATATGCCACCGGGTACCGGTGACATCCAGCTGACCCTGGCACAAAAGGTACCGGTGGTCGGTTCGGTGATCGTCACCACGCCGCAGGACCTGGCGCTGCTGGATGCCAAGAAGGGCGTGGAAATGTTCCGCAAGGTCAAGATTCCgg > 4:81962/1‑149 (MQ=255) tgcacccACCGGGTACCGGTGACATCCAGCTGACCCTGGCACAAAAGGTACCGGTTGTCGGTTCGGTGATCGTCACCACGCCGCAGGACCTGGCGCTGCTGGATGCCAAGAAGGGCGTGGAAATGTTCCGCAAGGTCAACATTCCGGTg < 1:115954/144‑1 (MQ=255) gatGTCACCGGTACCCGGTGGCATCCAGCTGACCCTGGCACAAAAGGTACCGGTGGTCGGTTCGGTGATCGTCACCACGCCGCAGGACCTGGCGCTGCTGGATGCCAAGAAGGGCGTGGAAATGTTCCGCAAGGTCAACATTCCGGTGc > 3:151671/2‑149 (MQ=255) cACCGGGTACCGGTGACATCCAGCTGACCCTGGCACAAAAGGTACCGGTGGTCGGTTCGGTGATCGTCACCACGCCGCAGGACCTGGCGCTGCTGGATGCCAAGAAGGGCGTGGAAATGTTCCGCAAGGTCAACATTCCGGTGCTGGGc > 5:54479/1‑149 (MQ=255) ccGGGTACCGGTGACATCCAGCTGACCCTGGCACAAAAGGTACCGGTGGTCGGTTCGGTGATCGTCACCACGCCGCAGGACCTGGCGCTGCTGGATGCCAAGAAGGGCGTGGAAATGTTCCGCAAGGTCAACATTCCGGTGCTGGGCGt > 8:97617/1‑149 (MQ=255) gggTACCGGTGACATCCAGCTGACCCTGGCACAAAAGGTACCGGTGGTCGGTTCGGTGATCGTCACCACGCCGCAGGACCTGGCGCTGCTGGATGCCAAGAAGGGCGTGGAAATGTTCCGCAAGGTCAACATTCCGGTGCTGGGCGTgg < 6:60726/149‑1 (MQ=255) | GAAGTCATGTCCATGGCCTTCCTCACCGACGACAACACGCCGATGGTATGGCGTGGCCCAATGGTGTCTGGCGCGCTGCTGCAACTGGTCACCCAGACCGCCTGGGA‑TGACCTGGATTACCTGGTGATCGATATGCCACCGGGTACCGGTGACATCCAGCTGACCCTGGCACAAAAGGTACCGGTGGTCGGTTCGGTGATCGTCACCACGCCGCAGGACCTGGCGCTGCTGGATGCCAAGAAGGGCGTGGAAATGTTCCGCAAGGTCAACATTCCGGTGCTGGGCGTGG > NC_002947/1256172‑1256460 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |