Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,416,868 | T→A | 10.4% | L39Q (CTG→CAG) | PP_1239 → | metallo‑beta‑lactamase family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,416,868 | 0 | T | A | 10.4% | 148.1 / 6.6 | 56 | L39Q (CTG→CAG) | PP_1239 | metallo‑beta‑lactamase family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/24); new base A (3/3); total (29/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.04e-01 |
TATTCAGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAG‑CTCAGTGC‑AGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGC > NC_002947/1416731‑1417013 | tATTCAGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCg > 7:147221/1‑149 (MQ=255) tATTCAGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCATCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCCTCCTGGTCGATTGGGGCTTTTCACTCCGTGAAACCGATCGTCGCCTGGAGCTGATCg > 4:61762/1‑149 (MQ=255) cAGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCAGCGCCAGGCGCCGCTCggtt < 6:46361/148‑3 (MQ=255) aGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGtt > 2:193422/1‑149 (MQ=255) aGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGtt > 2:188587/1‑149 (MQ=255) gACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTc < 6:221901/149‑1 (MQ=255) gACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCAGCGCCAGGCGCCGCTCggtttcac < 3:139120/149‑7 (MQ=255) ccaccTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTg < 6:202822/149‑1 (MQ=255) ccTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGcag < 1:51471/149‑1 (MQ=255) ccTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGcag < 4:194617/149‑1 (MQ=255) ggTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAG‑CTCAGTGC‑AGTGCTgg > 5:150076/1‑149 (MQ=255) ggAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAG‑CTCAGTGC‑AGTGCTGGTCAcc < 7:276900/147‑1 (MQ=255) ggAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAG‑CTCAGTGC‑AGTGCTGGTCACCCa > 2:138437/1‑149 (MQ=255) ggAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAG‑CTCAGTGC‑AGTGCTGGTCACCCa > 8:104593/1‑149 (MQ=255) gCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCAGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAG‑CTCAGTGC‑AGTGCTGGTCACCCACGaa < 8:136899/149‑1 (MQ=255) cAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAG‑CTCAGTGC‑AGTGCTGGTCACCCACGAACATg < 6:4764/149‑1 (MQ=255) cAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAG‑CTCAGTGC‑AGTGCTGGGCACCCACGAACATGCCgc > 3:191279/1‑148 (MQ=255) aaGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAG‑CTCAGTGC‑AGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGAc > 4:291388/1‑149 (MQ=255) gggAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAG‑CTCAGTGC‑AGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCa > 3:72877/1‑149 (MQ=255) aaCGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAG‑CTCAGTGC‑AGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGt < 7:92878/149‑1 (MQ=255) cGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAG‑CTCAGTGC‑AGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGc < 8:274719/149‑1 (MQ=255) cGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAG‑CTCAGTGC‑AGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATggg < 1:138437/149‑1 (MQ=255) gATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAG‑CTCAGTGC‑AGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCg > 5:269003/1‑149 (MQ=255) tCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAG‑CTCAGTGC‑AGTGCt < 4:174149/109‑1 (MQ=255) tCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAG‑CTCAGTGC‑AGTGCt > 3:174149/1‑109 (MQ=255) cAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAG‑CTcagtgc‑agt > 4:203501/1‑102 (MQ=255) cAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAG‑CTcagtgc‑agt < 3:203501/102‑1 (MQ=255) cAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAG‑CTCAGTGC‑AGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGc < 6:90972/149‑1 (MQ=255) aGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAG‑CTCAGTGC‑AGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCt < 7:225123/149‑1 (MQ=255) aGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAG‑CTCAGTGC‑AGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCt < 7:104593/149‑1 (MQ=255) ggtgACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAG‑CTCAGTGC‑AGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTc < 6:150076/149‑1 (MQ=255) gACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCTGGGCGGTGGCAGTACGAATGATGTTCACCCACGAACATGCCGACCACGAGAATGGGGTCTGCTTGATGTCa > 1:268949/1‑149 (MQ=255) cacGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAG‑CTCAGTGC‑AGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGgc > 1:107738/1‑149 (MQ=255) acGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAG‑CTCAGTGC‑AGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGgcg > 5:146672/1‑149 (MQ=255) acGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAG‑CTCAGTGC‑AGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGgcg > 7:229627/1‑149 (MQ=255) ggTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAG‑CTCAGTGC‑AGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTAc > 7:27007/1‑149 (MQ=255) gTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAG‑CTCAGTGC‑AGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTAcc > 8:36432/1‑149 (MQ=255) gtttGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAG‑CTCAGTGC‑AGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGt < 6:246824/147‑1 (MQ=255) gATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAG‑CTCAGTGC‑AGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGt < 7:43441/149‑1 (MQ=255) ttaccTGCGTTAAACCGAGGGGCGCCTGGCGCTGCTGGGGTTTTCTGCAGCTCAG‑CTCAGTGC‑AGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCTGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGc < 4:191279/145‑1 (MQ=255) ccTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAG‑CTCAGTGC‑AGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAg < 1:193422/149‑1 (MQ=255) ccTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAG‑CTCAGTGC‑AGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAg < 1:188587/149‑1 (MQ=255) cTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAG‑CTCAGTGC‑AGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAgg < 8:27007/149‑1 (MQ=255) tGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAG‑CTCAGTGC‑AGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACtt > 3:257827/1‑149 (MQ=255) ccccGAGCAGCGCCAGGCGCCGCTCGAGGTTTCTGCAGCTCAG‑CTCAGTGC‑AGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTgc > 3:93447/3‑149 (MQ=255) aaCCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAG‑CTCAGTGC‑AGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTgc > 5:263262/1‑149 (MQ=255) aaCCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAG‑CTCAGTGC‑AGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTgc > 5:147527/1‑149 (MQ=255) cggagaGGCGACTGTCGCTGATCGGGTTTTCTGCAGAGCAG‑CTCAGTGC‑AGTGCTGGTCAACCACTAACATGCCGACCAGTTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAATGGACTTTgctc < 8:147221/147‑3 (MQ=255) ccGTGCGGCTCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAG‑CTCAGTGC‑AGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGTCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTgcgc < 3:61762/149‑1 (MQ=255) ccGAGCAGCGCCAGGCGCCGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAG‑CTCAGTGC‑AGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTgcgc < 3:93015/149‑1 (MQ=255) ccGAGCAGCGCCAGGCGCCGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAG‑CTCAGTGC‑AGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTgcgc > 7:30371/1‑149 (MQ=255) ccGAGCAGCGCCAGGCGCCGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAG‑CTCAGTGC‑AGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTgcgc > 4:93015/1‑149 (MQ=255) cggcgCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAG‑CTCAGTGC‑AGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCAt > 4:16809/1‑149 (MQ=255) ccTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAG‑CTCAGTGC‑AGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATgcgc > 5:22868/1‑148 (MQ=255) ccTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAG‑CTCAGTGC‑AGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATgcgc > 5:179482/1‑148 (MQ=255) ccTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAG‑CTCAGTGC‑AGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCCCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATgcgc > 6:279056/1‑148 (MQ=255) | TATTCAGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAG‑CTCAGTGC‑AGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGC > NC_002947/1416731‑1417013 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |