Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,451,024 | C→T | 46.4% | Q70* (CAG→TAG) | PP_1270 → | LysR family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,451,024 | 0 | C | T | 46.4% | 9.8 / 66.7 | 56 | Q70* (CAG→TAG) | PP_1270 | LysR family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (15/15); new base T (15/11); total (30/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.01e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.46e-01 |
GTGGGCGCAGCGCAGCGCATGAACCTGAGCCCGGCGGCCATGAGCCGGACATTGGGGCGTATCCGCGATGCCTTGGGTGACCCGATCCTGGTGCGCGCCGGCCGTGGCCTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGCAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCCGCAGCCGTGACGATGTCGACCTGGTGAACCTGGACCGTG‑CCTTCAACATCCGCACCAATGATTTGTTCATTGCCCTTTACGGCGCCCAGCTGCTGCGCATGA > NC_002947/1450880‑1451165 | gtggGCGCAGCGCAGCGCATGACCCGGAGCCCGGCGGCCATGAGCCGGACATTGGGGCGTATCCGCGATGCCTTGGGTGACCCGATCCTGGTGCGCGCCGGCCGTGGCCTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGCAGGt < 5:310560/149‑1 (MQ=255) gtgggcgcagcgcaTGAACCTGAGCCCGGCGGCCATGAGCCGGACATTGGGGCGTATCCGCGATGCCTTGGGTGACCCGATCCTGCTGCGCGCCGGCCGTGGCCTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGCAGGTGCAt < 2:242388/144‑1 (MQ=255) cgcagcgcaTGAACCTGAGCCCGGCGGCCATGAGCCGGACATTGGGGCGTATCCGCGATGCCTTGGGTGACCCGATCCTGGTGCGCGCCGGCCGTGGCCTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGCAGGTGCCCGGCCtg > 4:224831/1‑149 (MQ=255) gcagcgcaTGAACCTGAGCCCGGCGGCCATGAGCCGGACATTGGGGCGTATCCGCGATGCCTTGGGTGACCCGATCCTGGTGCGCGCCGGCCGTGGCCTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGCAGGTGCATGGCCtgg > 2:251629/1‑149 (MQ=255) cagcgcaTGAACCTGAGCCCGGCGGCCATGAGCCGGACATTGGGGCGTATCCGCGATGCCTTGGGTGACCCGATCCTGGTGCGCGCCGGCCGTGGCCTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGCAGGTGCATGGCCtggt < 8:143951/149‑1 (MQ=255) agcgcaTGAACCTGAGCCCGGCGGCCATGAGCCGGACATTGGGGCGTATCCGCGATGCCTTGGGTGACCCGATCCTGGTGCGCGCCGGCCGTGGCCTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGCAGGTGCATGGCCtggtg < 6:35355/149‑1 (MQ=255) cTGAGCCCGGCGGCCATGAGCCGGACATTGGGGCGTATCCGCGATGCCTTGGGTGACCCGATCCTGGTGCGCGCCGGCCGTGGCCTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGTAGGTGCATGGCCTGCTCCACCAGGccat < 3:297886/149‑3 (MQ=255) tGAGCCCGGCGGCCATGAGCCGGACATTGGGGCGTATCCGCGATGCCTTGGGTGACCCGATCCTGGTGCGCGCCGGCCGTGGCCTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGTAGGTGCATGGCCtggtg < 6:231220/137‑1 (MQ=255) tGAGCCCGGCGGCCATGAGCCGGACATTGGGGCGTATCCGCGATGCCTTGGGTGACCCGATCCTGGTGCGCGCCGGCCGTGGCCTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGTAGGTGCATGGCCtggtg > 5:231220/1‑137 (MQ=255) aGCCGGGCGGCCATGAGCCGGACATTGGGGCGTATCCGCGATGCCTTGGGTGAGCCGATCCTGGTGCGCGCCGGCCTTGGCCTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGTAGGTGCCCGGCCTGCTCCACCAGGccatgc < 6:209452/148‑5 (MQ=255) cccGGCGGCCATGAGCCGGACATTGGGGCGTATCCGCGATGCCTTGGGTGACCCGATCCTGGTGCGCGCCGGCCGTGGCCTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGCAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAgg < 1:251629/149‑1 (MQ=255) gcCATGAGCCGGACATTGGGGCGTATCCGCGATGCCTTGGGTGACCCGATCCTGGTGCGCGCCGGCCGTGGCCTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGCAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCCg > 2:98144/1‑149 (MQ=255) aTGAGCCGGACATTGGGGCGTATCCGCGATGCCTTGGGTGACCCGATCCTGGTGCGCGCCGGCCGTGGCCTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGTAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCCGCAg < 2:840/149‑1 (MQ=255) tGAGCCGGACATTGGGGCGTATCCGCGATGCCTTGGGTGACCCGATCCTGGTGCGCGCCGGCCGTGGCCTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGCAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCCGCAGc > 5:248989/1‑149 (MQ=255) gAGCCGGACATTGGGGCGTATCCGCGATGCCTTGGGTGACCCGATCCTGGTGCGCGCCGGCCGTGGCCTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGCAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCCGCAGcc > 2:34457/1‑149 (MQ=255) ggACATTGGGGCGTATCCGCGATGCCTTGGGTGACCCGATCCTGGTGCGCGCCGGCCGTGGCCTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGTAGGTGCATGGCCtg > 2:273368/1‑113 (MQ=255) ggACATTGGGGCGTATCCGCGATGCCTTGGGTGACCCGATCCTGGTGCGCGCCGGCCGTGGCCTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGTAGGTGCATGGCCtg < 1:273368/113‑1 (MQ=255) ggACATTGGGGCGTATCCGCGATGCCTTGGGTGACCCGATCCTGGTGCGCGCCGGCCGTGGCCTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGTAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCCGCAGCCGTGAc > 3:2914/1‑149 (MQ=255) aTTGGGGCGTATCCGCGATGCCTTGGGTGACCCGATCCTGGTGCGCGCCGGCCGTGGCCTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGCAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAGGTGTACCGAACCCGTGACGATg > 6:61400/1‑149 (MQ=255) ggCGTATCCGCGATGCCTTGGGTGACCCGATCCTGGTGCGCGCCGGCCGTGGCCTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGCAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCCGCAGCCGTGACGATGTCGAc < 6:248989/149‑1 (MQ=255) gcgATGCCTTGGGTGACCCGATCCTGGTGCGCGCCGGCCGTGGCCTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGCAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCCGCAGCCGTGACGATGTCGACCTGGTGaa > 3:271629/1‑148 (MQ=255) gATGCCTTGGGTGACCCGATCCTGGTGCGCGCCGGCCGTGGCCTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGTAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCCGCAGCCGTGACGATGTCGACCTGGTGAACCt > 8:254128/1‑149 (MQ=255) ggTGACCCGATCCTGGTGCGCGCCGGCCGTGGCCTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGCAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCggg < 1:27502/99‑1 (MQ=255) ggTGACCCGATCCTGGTGCGCGCCGGCCGTGGCCTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGCAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCggg > 2:27502/1‑99 (MQ=255) aCCCGTTCCTGGTGCGGGCCGGCCGTTGCCTTGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGCAGGTGCATGGCCTGGTGGTGCATGCCGGGCAGGTGTTCCGCAGCCGTGACGATGTCGACCTGGTGAACCTGGACCGTG‑CCtt < 5:61400/148‑1 (MQ=255) aCCCGATCCTGGTGCGCGCCGGCCGTGGCCTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGTAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCCGCAGCCGTGACGATGTCGACCTGGTGACCCTGGACCGTG‑CCtt > 2:144464/1‑148 (MQ=255) aCCCGATCCTGGTGCGCGCCGGCCGTGGCCTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGTAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCCGCAGCCGTGACGATGTCGACCTGGTGAACCTGGACCGTG‑CCtt > 7:92323/1‑148 (MQ=255) ccGATCCTGGTGCGCGCCGGCCGTGGCCTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGCAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCCGCAGCCGTGACGATGTCGACCTGGTGAACCTGGACCGTG‑CCTTCaa > 1:7712/1‑149 (MQ=255) aTCCTGGTGCGCGCCGGCCGTGGCCTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGTAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCCGCAGCCGTGACGATGTCGACCTGGTGAACCTGGACCGTG‑CCTTCAACAt > 7:294931/1‑149 (MQ=255) cTGGTGCGCGCCGGCCGTGGCCTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGCAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCCGCAGCCGTGACGATGTCGACCTGGTGAACCTGGACCGTG‑CCTTCAACATCCg > 3:152163/1‑149 (MQ=255) tGGTGCGCGCCGGCCGTGGCCTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGTAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCCGCAGCCGTGACGATGTCGACCTGGTGAACCTGGACCGTG‑CCTTCAACATCCg > 2:44258/1‑148 (MQ=255) cggccgTGGCCTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGTAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCCGCAGCCGTGACGATGTCGACCTGGTGAACCTGGACCGTG‑CCTTCAACATCCGCACCAATGagt > 8:302315/1‑147 (MQ=255) cggccgTGGCCTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGCAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCCGCAGCCGTGACGATGTCGACCTGGTGAACCTGGACCGTG‑CCTTCAACATCCGCACCAATGAtt < 8:176967/149‑1 (MQ=255) ggccgTGGCCTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGCAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCCGCAGCCGTGACGATGTCGACCTGGTGAACATGGACCGTG‑CCTTCAACATCCGCACCAATGAttt < 4:271629/149‑1 (MQ=255) ggccgTGGCCGGGTGCCGACGCCCTGTGCGTTGGCCGTGCGCGAGTTGGTGCAGGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCGGCAGCCGGGACGTTGTCGACCTGGTGCACCTGGACCGGG‑CCTTCAAGATCCGCACCATTGAttt < 4:142415/149‑1 (MQ=255) gccgTGGCCTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGCAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCCGGAGCCGTGACGATGTCGACCTGGTGAACCTGGACCGTG‑CCTTCAACATCCGCACCAATGATTTg < 1:98144/149‑1 (MQ=255) ccgTGGCCTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGCAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCCGCAGCCGTGACGATGTCGACCTGGTGAACCTGGACCGTG‑CCTTCAACATCCGCACCAATGATTTGt > 6:75690/1‑149 (MQ=255) cgTGGCCTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGTAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCCGCAGCCGTGACGATGTCGACCTGGTGAACCTGGACCGTG‑CCTTCAACATCCGCACCAATGATTTGtt < 8:92323/149‑1 (MQ=255) ggCCTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGCAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCCGCAGCCGTGACGATGTCGACCTGGTGAACCTGGACCGTG‑CCTTCAACATCCGCACCAATGATTTGTTCAt > 4:233769/1‑149 (MQ=255) ccTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGTAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCCGCAGCCGTGACGATGTCGACCTGGTGAACCTGGACCGTG‑CCTTCAACATCCGCACCAATGATTTGt > 4:36767/1‑143 (MQ=255) ccTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGTAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCCGCAGCCGTGACGATGTCGACCTGGTGAACCTGGACCGTG‑CCTTCAACATCCGCACCAATGATTTGt < 3:36767/143‑1 (MQ=255) ccTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGCAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCCGCAGCCGTGACGATGTCGACCTGGTGAACCTGGACCGTGACCTTCAACATCCGCACCAATGATTTGTTCAtt < 1:34457/149‑1 (MQ=255) cTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGTAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCCGCAGCCGTGa > 5:290087/1‑86 (MQ=255) cTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGTAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCCGCAGCCGTGa < 6:290087/86‑1 (MQ=255) gTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGCAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCCGCAGCCGTGACGATGTCGACCTGGTGAACCTGGACCGTG‑CCTTc < 1:232682/117‑1 (MQ=255) gTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGCAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCCGCAGCCGTGACGATGTCGACCTGGTGAACCTGGACCGTG‑CCTTc > 2:232682/1‑117 (MQ=255) ccTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGTAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCCGCAGCCGTGACGATGTCGACCTGGTGAACCTGGACCGTG‑CCTTCAACATCCGCACCAATGATTTGTTCATTGCCCTTTa > 8:31940/1‑149 (MQ=255) cTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGTAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCCGCAGCCGTGACGATGTCGACCTGGTGAACCTGGACCGTG‑CCTTCAACATCCGCACCAATGATTTGt < 2:269678/135‑1 (MQ=255) cTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGTAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCCGCAGCCGTGACGATGTCGACCTGGTGAACCTGGACCGTG‑CCTTCAACATCCGCACCAATGATTTGTTCATTGCCCTTTAc > 3:39442/1‑149 (MQ=255) cTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGCAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCCGCAGCCGTGACGATGTCGACCTGGTGAACCTGGACCGTG‑CCTTCAACATCCGCACCAATGATTTGTTCATTGCCCTTTAc > 2:50265/1‑149 (MQ=255) cGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGTAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCCGCAGCCGTGACGATGTCGACCTGGTGAACCTGGACCGTG‑CCTTCAACATCCGCACCAATGATTTGTTCATTGCCCTTTACgg < 7:31940/148‑1 (MQ=255) cGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGCAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCCGCAGCCGTGACGATGTCGACCTGGTGAACCTGGACCGTG‑CCTTCAACATCCGCACCAATGATTTGTTCATTGCCCTTTACGgc < 5:75690/149‑1 (MQ=255) gCCCTGCGCGAGTAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCCGCAGCCGTGACGATGTCGACCTGGTGAACCTGGACCGTG‑CCTTCAACATCCGCACCAATGATTTGTTCATTGCCCTTTACGGCGCCCAGCTGCTgcg > 3:213852/1‑149 (MQ=255) cccTGCGCGAGTAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCCGCAGCCGTGACGATGTCGACCTGGTGAACCTGGACCGTG‑CCTTCAACATCCGCACCAATGATTTGTTCATTGCCCTTTACGGCGCCCAGCTGCTgcg > 7:128580/1‑148 (MQ=255) cccTGCGCGAGCAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCCGCAGCCGTGACGATGTCGACCTGGTGAACCTGGACCGTG‑CCTTCAACATCCGCACCAATGATTTGTTCATTGCCCTTTACGGCGCCCAGCTGCTgcg > 7:72841/1‑148 (MQ=255) cgcgAGCAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCCGCAGCCGTGACGATGTCGACCTGGTGAACCTGGACCGTG‑CCTTCAACATCCGCACCAATGATTTGTTCATTGCCCTTTACGGCGCCCAGCTGCTGCGCatga < 8:72841/148‑1 (MQ=255) | GTGGGCGCAGCGCAGCGCATGAACCTGAGCCCGGCGGCCATGAGCCGGACATTGGGGCGTATCCGCGATGCCTTGGGTGACCCGATCCTGGTGCGCGCCGGCCGTGGCCTGGTGCCTACGCCCCGTGCGTTGGCCCTGCGCGAGCAGGTGCATGGCCTGGTGGAGCAGGCCGGGCAGGTGTTCCGCAGCCGTGACGATGTCGACCTGGTGAACCTGGACCGTG‑CCTTCAACATCCGCACCAATGATTTGTTCATTGCCCTTTACGGCGCCCAGCTGCTGCGCATGA > NC_002947/1450880‑1451165 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |