Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,645,887 | G→C | 9.2% | S490R (AGC→AGG) | gcd ← | quinoprotein glucose dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,645,887 | 0 | G | C | 9.2% | 151.9 / 2.3 | 50 | S490R (AGC→AGG) | gcd | quinoprotein glucose dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/24); new base C (3/2); total (24/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.61e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GCCTTGTGGGGTGGGGATCTCGCGGATCGGCACGATTGGCGTACCGTCGCGGCGGTCGAGCACGTACAGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGGTCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCG‑GTGGCCAGGTCAAGGGCGACCACGCCGGCGCTGTACTTCTCGGCGCCCGGGGTGCGGTCGGCGCCCCACTGGTCCGGG > NC_002947/1645743‑1646028 | ggcTTGTGGGGTGGGGATCTCGCGGATCGGCACGATTGGCGTACCGTCGCGGCTGTCGAGCACGTACAGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGc < 8:22640/147‑1 (MQ=255) gggtggggATCTCGCGGATCGGCACGATTGGCGTACCGTCGCGGCGGTCGAGCACGTACAGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTcc < 1:308020/149‑1 (MQ=255) gggtggggATCTCGCGGATCGGCACGATTGGCGTACCGTCGCGGCGGTCGAGCACGTACAGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTcc < 2:202737/149‑1 (MQ=255) gggtggggATCTCGCGGATCGGCACGATTGGCGTACCGTCGCGGCGGTCGAGCACGTACAGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCAGCCAGCCGAccct < 8:70468/148‑4 (MQ=255) gggATCTCGCGGATCGGCACGATTGGCGTACCGTCGCGGCGGTCGAGCACGTACAGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTc > 1:2053/1‑149 (MQ=255) ggATCTCGCGGATCGGCACGATTGGCGTACCGTCGCGGCGGTCGAGCACGTACAGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTcc < 4:103991/149‑1 (MQ=255) ggCACGATTGGCGTACCGTTGCGGCGGTCGAGCACGTACAGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGGTCgtggt < 2:84271/148‑1 (MQ=255) gCACGATTGGCGTACCGTCGCGGCGGTCGAGCACGTACAGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGGTCGtggtgg < 2:44049/149‑1 (MQ=255) gCACGATTGGCGTACCGTCGCGGCGGTCGAGCACGTACAGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTAGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGGTCGtggtgg > 6:322067/1‑149 (MQ=255) ttGGCGTACCGTCGCGGCGGTCGAGCACGTACAGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGGTCGTGGTGGGTGAAc < 1:317957/149‑1 (MQ=255) ttGGCGTACCGTCGCGGCGGTCGAGCACGTACAGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGGTCGTGGTGGGTGAAc < 2:33651/149‑1 (MQ=255) cGTACCGTCGCGGCGGTCGAGCACGTACAGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGGTCGTGGTGGGTGAACTGAt > 3:259653/1‑149 (MQ=255) aCCGTCGCGGCGGTCGAGCACGTACAGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGGTCGTGGTGGGTGAACTGATAGt > 5:116412/1‑149 (MQ=255) aCCGTCGCGGCGGTCGAGCACGTACAGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGGTCGTGGTGGGTGAACTGATAGt > 8:2577/1‑149 (MQ=255) cggTCGAGCACGTACAGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGGTCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGc > 6:58612/1‑149 (MQ=255) gTCGAGCACGTACAGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATg > 1:77726/1‑106 (MQ=255) gTCGAGCACGTACAGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATg < 2:77726/106‑1 (MQ=255) gTCGAGCACGTACAGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGGTCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCt < 7:57413/149‑1 (MQ=255) gAGCACGTACAGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGGTCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGc > 2:256549/1‑149 (MQ=255) aCGTACAGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGGTCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCG‑Gt > 2:271832/1‑149 (MQ=255) cGTACAGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGGTCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCG‑GTg < 7:135715/149‑1 (MQ=255) cGTACAGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGGTCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCG‑GTg < 2:311893/149‑1 (MQ=255) cGTACAGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGGTCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCG‑GTg < 3:253815/149‑1 (MQ=255) tACAGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGGTCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCG‑GTGGc < 8:144383/149‑1 (MQ=255) aCAGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGGTCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCG‑GTGGc > 7:228624/1‑148 (MQ=255) ggCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGGTCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCG‑GTGGCCAgg > 4:5030/1‑149 (MQ=255) ccTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGGTCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCG‑GTGGCCAGGTCAAg > 7:130874/1‑149 (MQ=255) gcttgGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGGTCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCG‑GTGGCCAGGTCAAGGGc > 6:291077/1‑148 (MQ=255) gTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGGTCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCG‑GTGGCCAGGTCAAGGGCGACCACGCCg < 2:120059/149‑1 (MQ=255) cGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGGTCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCG‑GTGGCCAGGTCAAGGGCGACCACGCCGgcg < 7:2577/149‑1 (MQ=255) acacCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGGTCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCG‑GTGGCCAGGTCAAGGGCGACCACGCCGGCGCTGTACTTCTCGGCGcc > 4:290092/1‑149 (MQ=255) acCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGGTCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCG‑GTGGCCAGGTCAAGGGCGACCACGCCGGCGCTGTACTTCTCGGCGCCCg > 8:107234/1‑149 (MQ=255) cATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGGTCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCG‑GTGGCCAGGTCAAGGGCGACCACGCCGGCGCTGTACTTCTCGGCGCCCggg > 4:75794/1‑149 (MQ=255) aTCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGGTCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCG‑GTGGCCAGGTCAAGGGCGACCACGCCGGCGCTGTACTTCTCGGCGCCCgggg > 7:56438/1‑149 (MQ=255) gTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGGTCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCG‑GTGGCCAGGTCAAGGGCGACCACGCCGGCGCTGTACTTCTCGGCGCCCGGGGTGCGGTc < 2:174988/149‑1 (MQ=255) gTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGGTCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCG‑GTGGCCAGGTCAAGGGCGACCACGCCGGCGCTGTACTTCTCGGCGCCCGGGGTGCGGTc < 5:58612/149‑1 (MQ=255) tCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGGTCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCG‑GTGGCCAGGTCAAGGGCGACCACGCCGGCGCTGTACTTCTCGGCGCCCGGGGTg > 1:25641/1‑140 (MQ=255) tCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGGTCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCG‑GTGGCCAGGTCAAGGGCGACCACGCCGGCGCTGTACTTCTCGGCGCCCGGGGTg < 2:25641/140‑1 (MQ=255) tACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGGTCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCG‑GTGGCCAGGTCAAGGGCGACCACGCCGGCGCTGTACTTCTCGGCGCCCGGGGTGCGGTCGGCGCCCCACt > 7:294454/1‑149 (MQ=255) tggacgTCGGCAGCCAGCCGACCTCCATGTCCCACAGCTCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCG‑GTGGCAAGGTCAAGGGCGACCACGCCGGCGCTGTACTTCTCGGCGCCCGGGGTGCGGTCGGCGCCCCACTgg > 3:150526/6‑149 (MQ=255) cAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGGTCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCG‑GTGGCCAGGTCAAGGGCGACCACGCCGGCGCTGTACTTCTCGGCGCCCGGGGTGCGGTCGGCGccc < 5:240773/142‑1 (MQ=255) cAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGGTCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCG‑GTGGCCAGGTCAAGGGCGACCACGCCGGCGCTGTACTTCTCGGCGCCCGGGGTGCGGTCGGCGccc > 6:240773/1‑142 (MQ=255) cAGGGTCCGCTGCCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGGTCGAGGTGGGTGAACTGATAGTTCAAGCGTGCCTTGAAC‑GTGGCCAGGTCAAGGTCCAACACCCCGGCGCTGTACTTCTCGGCGACCGGGGTGCGGTCGGCGACCCACTgct > 2:186134/1‑147 (MQ=255) acgTCGGCAGCCAGCCGACGTCCATGTCCCACAGGTCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCG‑GTGGCCAGGTCAAGGGCGACCACGCCGGCGCTGTACTTCTCGGCGCCCGGGGTGCGGTCGGCGCCCCACTGGTcc > 1:213591/3‑149 (MQ=255) cgTCGGCAGCCAGCCGACGTCCATGTCCCACAGGTCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCG‑GTGGCCAGGTCAAGGGCGACCACGCCGGCGCTGTACTTCTCGGCGCCCGGGGTGCGGTCGGCGCCCCACTGGTCCg < 7:100642/148‑1 (MQ=255) tCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTGCGACTGGTCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCG‑GTGGCCAGGTCAAGGGCGACCACGCCGGCGCTGTACTTCTCGGCGCCCGGGGTGCGGTCGGCGCCCCACTGGTCCggg < 3:305121/149‑1 (MQ=255) tCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGGTCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCG‑GTGGCCAGGTCAAGGGCGACCACGCCGGCGCTGTAc > 3:286169/1‑107 (MQ=255) tCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGGTCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCG‑GTGGCCAGGTCAAGGGCGACCACGCCGGCGCTGTAc < 4:286169/107‑1 (MQ=255) tCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGGTCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCG‑GTGGCCAGGTCAAGGGCGACCACGCCGGCGCTGTACTTCTCGGCGCCCGGGGTGCGGTCGGCGCCCCACTGGTCCggg < 3:75794/149‑1 (MQ=255) tCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGGTCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCG‑GTGGCCAGGTCAAGGGCGACCACGCCGGCGCTGTACTTCTCGGCGCCCGGGGTGCGGTCGGCGCCCCACTGGTCCggg < 4:54019/149‑1 (MQ=255) gctgCCGACGTCCATGTCCCACAGGTCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCGAGTGGCCAGGTCAAGGGCGACCACGCCGGCGCTg < 1:38962/98‑1 (MQ=255) gctgCCGACGTCCATGTCCCACAGGTCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCG‑GTGGCCAGGTCAAGGGCGACCACGCCGGCGCTg > 2:38962/1‑97 (MQ=255) | GCCTTGTGGGGTGGGGATCTCGCGGATCGGCACGATTGGCGTACCGTCGCGGCGGTCGAGCACGTACAGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGGTCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCG‑GTGGCCAGGTCAAGGGCGACCACGCCGGCGCTGTACTTCTCGGCGCCCGGGGTGCGGTCGGCGCCCCACTGGTCCGGG > NC_002947/1645743‑1646028 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |