| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,696,392 | C→G | 15.5% | S142C (TCC→TGC) | PP_1492 → | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,696,392 | 0 | C | G | 15.5% | 64.3 / 2.3 | 35 | S142C (TCC→TGC) | PP_1492 | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (13/14); new base G (3/2); total (18/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTACCGACCTGCTGATGCGTATTGCCACACCCGGTGATGCCGGGGCGCAGGCGACCTTGCCGGTGTTTCTTGCGCAAATGGCCAGCCTGCTCGACCCGGGCGCCTCTGCCATGCCTGTCGTGCCACCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCGCCTGCCCCCATGGTAATGCCAGCCGAACCACCGGAACCAGAGCCCGAACCCGCCCTGCGGCGCAAGGCTGGCAAGCGCGCTGGCGAGGGTGCCGAGCGGGTACTGCGTGTCACCGC > NC_002947/1696257‑1696533 | gTACCGACCTGCTGATGCGTATTGCCACACCCGGTGATGCCGGGGCGCAGGCGACCTTGCCGGTGTTTCTTGCGCAAATGGCCAGCCTGCTCGTCCCGGGCGCCTCTGCCATGCCTGTCGTGCCACCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTg < 3:127825/149‑1 (MQ=255)gTACCGACCTGCTGATGCGTATTGCCACACCCGGTGATGCCGGGGCGCAGGCGACCTTGCCGGTGTTTCTTGCGCAAATGGCCAGCCTGCTCGACCCGGGCGCCTCTGCCATGCCTGTCGTGCCACCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTg < 3:218512/149‑1 (MQ=255) tACCGACCTGCTGATGCGTATTGCCACACCCGGTGATGCCGGGGCGCAGGCGACCTTGCCGGTGTTTCTTGCGCAAATGGCCAGCCTGCTCGACCCGGGCGCCTCTGCCATGCCTGTCGTGCCAGCGGCGGCACGGATGCCGCCGGTgg < 3:163650/149‑1 (MQ=255) cGACCTGCTGATGCGTATTGCCACACCCGGTGATGCCGGGGCGCAGGCGACCTTGCCGGTGTTTCTTGCGCAAATGGCCAGCCTGCTCGACCCGGGCGCCTCTGCCATGCCTGTCGTGCCAGCGGCGGCACGGATGCCGCCGGTGGCac < 4:115645/149‑2 (MQ=255) cGACCTGCTGATGCGTATTGCCACACCCGGTGATGCCGGGGCGCAGGCGACCTTGCCGGTGTTTCTTGCGCAAATGGCCAGCCTGCTCGACCCGGGCGCCTCTGCCATGCCTGTCGTGCCACCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTGGCaa > 6:238635/1‑149 (MQ=255) gACCTGCTGATGCGTATTGCCACACCCGGTGATGCCGGGGCGCAGGCGACCTTGCCGGTGTTTCTTGCGCAAATGGCCAGCCTGCTCGACCCGGGCGCCTCTGCCATGCCTGTCGTGCCCCCGGCCGCATCCGTGCCGCCGCTGGCacc > 5:181776/1‑147 (MQ=255) gACCTGCTGATGCGTATTGCCACACCCGGTGATGCCGGGGCGCAGGCGACCTTGCCGGTGTTTCTTGCGCAAATGGCCAGCCTGCTCGACCCGGGCGCCTCTGCCATGCCTGTCGTGCCACCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTGGCAAc < 6:227462/149‑1 (MQ=255) ttGCGTTTTGCCACACCCGGTGTTGCGGGGGCGCTTGGGTCCTTGCCGGTGTTTCTTGCGCAAATGGCCAGGCTGCTCGACCCGGGCGCCTCTGCCTTGCCTGTCGTGCCACTGGCGGCATTTGTGCCGCTGCTGGCAATCCTgccgc < 8:48947/147‑1 (MQ=255) gTATTGCCACACCCGGTGATGCCGGGGCGCAGGCGACCTTGGCGGTGTTTCTTGCGCAAATGGCCAGCCTGCTCGACCCGGGCGCCTCTGCCCTGCCTGTCGTGCCACCGGCGGCGTGCGGGCCGCCGCGGGCCGCCCTGGCGGCTggc > 8:32825/1‑147 (MQ=255) gTATTGCCACACCCGGTGATGCCGGGGCGCAGGCGACCTTGCCGGTGTTTCTTGCGCAAATGGCCAGCCTGCTCGACCCGGGCGCCTCGGCCATGCCTGTCGTGCCCCCGGCGGCCTGCGGGCCGCCGCGGGCCACCCGGCCGCCGGcg > 8:37819/1‑148 (MQ=255) acacCCGGTGATGCCGGGGCGCAGGCGACCTTGCCGGTGTTTCTTGCGCAAATGGCCAGCCTGCTCGACCCGGGCGCCGCTGCCATGCCTGTCGTGCCACCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCGCCTGCCCCCATGGt < 1:288766/149‑1 (MQ=255) cacCCGGTGATGCCGGGGCGCAGGCGACCTTGCCGGTGTTTCTTGCGCAAATGGCCAGCCTGCTCGACCCGGGCGCCTCTGCCATGCCTGTCGTGCCACCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCAGGCAACCCAGCCGCCTGCCCCCATGGt > 3:130646/1‑148 (MQ=255) gCCGGGGCGCAGGCGACCTTGCCGGTGTTTCTTGCGCAAATGGCCAGCCTGCTCGACCCGGGCGCCTCTGCCATGCCTGTCGTGCCACCCGCGGCATCCGTGCCGCCCCTGGCCACCCAGCCGCCAGCCCCCAAGGTAATTCCAGCCg > 6:28128/1‑148 (MQ=255) gCCGGGGCGCAGGCGACCTTGCCGGTGTTTCTTGCGCAAATGGCCAGCCTGCTCGACCCGGGCGCCTCTGCCATGCCTGTCGTGCCACCCGCGGCATCCCTGCCCCCCCGGGCAACCCAGCCCCCTGCCCCCAATGTAAATCCAGCCg > 8:28809/1‑148 (MQ=255) cGGTGCGCAGGTGACCTTGCCGGTGTTTCTTGCGCAAATGGCCAGCCTGCTCGACCCGGGCGCCTCTGCCATGCCTGTCGTGCCACCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCGCCTGCCCCCATGGTAATGCCAGCCGAac < 5:192791/149‑1 (MQ=255) cGGGGCGCAGGCGACCTTGCCGGTGTTTCTTGCGCAAATGGCCAGCCTGCTCGACCCGGGCGCCTCTGCCATGCCTGTCGTGCCACCGGCGGCATACCTGCCGCCGCAGGGAACCCAGCCCCCTGCCCCCATGGGAAATCCAGCCCAac > 2:96150/1‑149 (MQ=255) cGGTGTTTCTTGCGCAAATGGCCAGCCTGCTCGACCCGGGCGCCTCTGCCATGCCTGTCGTGCCACCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCGCCTGCCCCCATGGTAATGCCCGCCCAACCCCCGGAACCACAGCCCGaa > 6:322857/1‑149 (MQ=255) tCTTGCGCAAATGGCCAGCCTGCTCGACCCGGGCGCCTCTGCCATGCCTGTCGTGCCCCCGGCGGCATGCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCGCCTGCCCCCCTGGTAATGCCCCCCGAACCCCCGGGGCCAGGCCCCGAAcccccc > 8:153879/1‑148 (MQ=255) aaaTGGCCAGCCTGCTCGACCCGGGCGCCTCTGCCATGCCTGTCGTGCCACCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCGCCTGCCCCCATGGTAATGCCAGCCGAACCACCGGAACCAGAGCCCGAACCCGCCCTgcggcg > 1:198256/1‑148 (MQ=255) tGGCCAGCCTGCTCGACCCGGGCGCCTCTGCCATGCCTGTCGTGCCACCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCGCCTGCCCCCATGGTAATGCCAGCCGAACCACCGGAACCAGAGCCCGAACCCGCCCTGCGGCGCAAg < 1:209645/149‑1 (MQ=255) gCCTGCTCGACCCGGGCGCCTCTGCCATGCCTGTCGTGCCACCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCGCCTGCCCCCATGGTAATGCCAGCCGAACCACCGGAACCAGAGCCCGAACCCGCCCTGCGGCGCAAGGCTGGc < 5:28128/149‑1 (MQ=255) tGCTCGACCCGGGCGCCTCTGCCATGCCTGTCGTGCCACCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCAGCCGCCAGCCCCCATGGTAATGCCAGCCGAAACCACGGAAACAGAGCCCGCACCCGCCCTGCCGCGCAAGGCTTGCAAg > 8:299251/1‑149 (MQ=255) gCTCGACCCGGGCGCCTCTGCCATGCCTGTCGTGCCACCGGCGGCCTCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCGCCTGCCCCCATGGTAATGCCAGCCGAACCACCGGAACCAGAGCCCGAACCCGCCCTGCGGCGCAAGGCTGGCAAgc > 3:47426/1‑149 (MQ=255) ggCGCCTCTGCCATGCCTGTCGTGCGAGCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCGCCTGCCCCCATGGTAATGCCAGCCGAACCACCGGAACCAGAGCCCGAACCCGCCCTGCTGCGCAAGGCTGGCAAGCGCGCTGGCGa < 1:5592/149‑1 (MQ=255) cgcCTCTGCCATGCCTGTCGTGCCACCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCGCCTGCCCCCATGGTAATGCCAGCCGAACCACCGGAACCAGAGCCCGAACCCGCCCTGCGGCGCAAGGCTGGCAAGCGCGCTGGCGAgg < 7:28809/149‑1 (MQ=255) ctctGCCATGCCTGTCGTGCCACCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCGCCTGCCCCCATGGTAATGCCAGCCGCACCACCGGCACCAGAGCCCGCACCCCCCCTGCGGCGCAAGGCTGGCAAGCGCGCAGGCGAGGGTg > 4:83943/1‑149 (MQ=255) ccATGCCTGTCGTGCCACCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCGCCTGCCCCCATGGTAATGCGAGCCGAACCACCGTAACCAGAGCCCGAACCCGCCCTGCGGCGCAAGGCTGGCAAGCGCGCTGGCGAGGGTGCCGAg < 4:72462/149‑1 (MQ=255) ccATGCCTGTCGTGCCACCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCGCCTGCCCCCATGGTAATGCCAGCCGAACCACCGGAACCAGAGCCCGAACCCGCCCTGCGGCGCAAGGCTGGCAAGCGCGCTGGCGAGGGTGcc < 1:298687/146‑1 (MQ=255) tGCCTGTCGTGCCACCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCGCCTGCCCCCATGGTAATGCCAGCCGAACCACCGGAACCAGAGCCCGAACCCGCCCTGCGGCGCAAGGCTGGCAAGCGCGCTGGCGAGGGTGCCGAGCgg < 1:96150/149‑1 (MQ=255) cTGTCGTGCCACCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCGCCTGCCCCCATGGTAATGCCAGCCGAACCACCGGAACCAGAGCCCGAACCCGCCCAGCGGCTCAAGGCTGGCAAGCGCGCTGGCGAGGGTGCCGAGCGGGTa < 5:2971/149‑1 (MQ=255) tGTCGTGCCACCCGCGGCATACGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCGCCTGCCCCCATGGTAATTCCAGCCGAACCACCGGAACCAGAGCCCGAACCCGCCCATCGGCGCAAGGCTGGCCAGCGCGCAGGCGCGGGTGCCGAGCGGGTAc > 2:118680/1‑149 (MQ=255) gTCGTGCCACCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCGCCTGCCCCCATGGTAATGCCAGCCGAACCACCGGAACCAGAGCCCGAACCCGCCCTGCGGCGCAAGGCTGGCAAGCGCGCTGGCGAGGGTGCCGAGCGGGTACt < 2:198256/149‑1 (MQ=255) gCCACCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCGCCTGCCCCCATGGTAATGCCAGCCGAACCACCGGAACCAGAGCCCGAACCCGCCCTGCGGCGCAAGGCTGGCAAGCGCGCTGGCGAGGGTGCCGAGCGGGTACTGCgtg > 7:223937/1‑149 (MQ=255) aCCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCACCTGCCCCCATGGTAATGCCAGCCGAACCACCGGAACCAGAGCCCGAACCCGCCCTGCGGCGCAAGGCTGGCAAGCGCGCTGGCGAGGGTGCCGAGCGGGTACTGCGTGTCa > 7:81927/1‑149 (MQ=255) gcggcATCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCGCCTGCCCCCATGGTAATGCCAGCCGAACCACCGGAACCAGAGCCCGAACCCGCCCTGCGGCGCAAGGCTGGCAAGCGCGCTGGCGAGGGTGCCGAGCGGGTACTGCGTGTCAccgc > 3:190975/1‑149 (MQ=255) | GTACCGACCTGCTGATGCGTATTGCCACACCCGGTGATGCCGGGGCGCAGGCGACCTTGCCGGTGTTTCTTGCGCAAATGGCCAGCCTGCTCGACCCGGGCGCCTCTGCCATGCCTGTCGTGCCACCGGCGGCATCCGTGCCGCCGCTGGCAACCCTGCCGCCTGCCCCCATGGTAATGCCAGCCGAACCACCGGAACCAGAGCCCGAACCCGCCCTGCGGCGCAAGGCTGGCAAGCGCGCTGGCGAGGGTGCCGAGCGGGTACTGCGTGTCACCGC > NC_002947/1696257‑1696533 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |