Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,790,528 | A→G | 11.5% | K153R (AAG→AGG) | dxr → | 1‑deoxy‑D‑xylulose‑5‑phosphate reductoisomerase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,790,528 | 0 | A | G | 11.5% | 131.4 / 7.8 | 52 | K153R (AAG→AGG) | dxr | 1‑deoxy‑D‑xylulose‑5‑phosphate reductoisomerase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/21); new base G (3/3); total (28/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 |
GATGCAGTGATGGCAGCCATTGTCGGTGCTGCCGGCCTGCGCCCCACGCTGGCGGCAGTCGAGGCAGGCAAGAAGGTGTTGCTGGCCAACAAGGAAGCACTTGTGATGTCCGGCGCACTGTTCATGGAGGCGGTGCGGCAAAAGGGTGCCGTGCTGCTGCCGATCGACAGCGAACACAACGCTATCTTCCAGTGCATGCCAGGCGACTACGCCCGTGGCCTGAGTGCCGTCGGTGTGCGCCGGATCCTGCTTACCGCGTCCGGCGGGCCGTTCCGCGAAACGCCGGTC > NC_002947/1790386‑1790673 | gATGCAGTGATGGCAGCCATTGTCGGTGCTGCCGGCCTGCGCCCCACGCTGGCGGCAGTCGAGGCAGGCAAGAAGGTGTTGCTGGCCAACAAGGAAGCACTTGTGATGTCCGGCGCACTGTTCATGGAGGCGGTGCGGCAAAAGGGTg < 6:182914/148‑1 (MQ=255) gATGCAGTGATGGCAGCCATTGTCGGTGCTGCCGGCCTGCGCCCCACGCTGGCGGCAGTCGAGGCAGGCAAGAAGGTGTTGCTGGCCAACAAGGAAGCACTTGTGATGTCCGGCGCACTGTTCATGGAGGCGGTGCGGCAAAAGGGTGc > 7:11205/1‑149 (MQ=255) aTGGCAGCCATTGTCGGTGCTGCCGGCCTGCGCCCCACGCTGGCGGCAGTCGAGGCAGGCAAGAAGGTGTTGCTGGCCAACAAGGAAGCACTTGTGATGTCCGGCGCACTGTTCATGGAGGCGGTGCGGCAAAGGGGTGCCGtgctgct > 5:283195/1‑149 (MQ=255) aTGGCAGCCATTGTCGGTGCTGCCGGCCTGCGCCCCACGCTGGCGGCAGTCGAGGCAGGCAAGAAGGTGTTGCTGGCCAACAAGGAAGCACTTGTGATGTCCGGCGCACTGTTCATGGAGGCGGTGCGGCAAAGGGGTGCCGtgctgct > 5:278036/1‑149 (MQ=255) ccATTGTCGGTGCTGCCGGCCTGCGCCCCACGCTGGCGGCAGTCGAGGCAGGCAAGAAGGTGTTGCTGGCCAACAAGGAAGCACTTGTGATGTCCGGCGCACTGTTCATGGAGGCGGTGCGGCAAAAGGGTGCCGTGCTGCTGCCGATc > 4:40416/1‑149 (MQ=255) aTTGTCGTTGGTGCAGGCGTGCTCCCCAGTCTGGCGGCAGTCGAGGCAGGCAAGAAGGTGTTGCTGTCGAACAAGGAAGCAGTTGTTATGTCCGGCGGACTGTTCATGGAGGCGGTGCTGCAAAAGGGTGGCGtgctgcttc < 8:183663/142‑3 (MQ=255) aTTGTCGGTGCTGCCGGCCTGCGCCCCACGCTGGCGGCAGTCGAGGCAGGCAAGAAGGTGTTGCTGGCCAACAAGGAAGCACTTGTGATGTCCGGCGCACTGTTCATGGAGGCGGTGCGGCAAAAGGGTGCCGtgctgatgcaagatcg > 7:183663/1‑142 (MQ=255) gctgcCGGCCTGCGCCCCACGCTGGCGGCAGTCGAGGCAGGCAAGAAGGTGTTGCTGGCCAACAAGGAAGCACTTGTGATGTCCGGCGCACTGTTCATGGAGGCGGTGCGGCAAAAGGGTGCCGTGCTGCTGCCGATCGACAGCGAaca > 6:96470/1‑149 (MQ=255) cTGCGCCCCACGCTGGCGGCAGTCGAGGCAGGCAAGAAGGTGTTGCTGGCCAACAAGGAAGCACTTGTGATGTCCGGCGCACTGTTCATGGAGGCGGTGCGGCAAAAGGGTGCCGTGCTGCTGCCGATCGACAGCGAACACAACGCTAt < 2:254976/149‑1 (MQ=255) tGCGCCCCACGCTGGCGGCAGTCGAGGCAGGCAAGAAGGTGTTGCTGGCCAACAAGGAAGCACTTGTGATGTCCGGCGCACTGTTCATGGAGGCGGTGCGGCAAAAGGGTGCCGTGCTGCTGCCGATCGACAGCGAACACAACGCTATc > 5:231863/1‑149 (MQ=255) ccACGCTGGCGGCAGTCGAGGCAGGCAAGAAGGTGTTGCTGGCCAACAAGGAAGCACTTGTGATGTCCGGCGCACTGTTCATGGAGGCGGTGCGGCAAAAGGGTGCCGTGCTGCTGCCGATCGACAGCGAACACAACGCTATCTTCCAg > 7:116060/1‑149 (MQ=255) gCTGGCGGCAGTCGAGGCAGGCAAGAAGGTGTTGCTGGCCAACAAGGAAGCACTTGTGATGTCCGGCGCACTGTTCATGGAGGCGGTGCGGCAAAAGGGTGCCGTGCTGCTGCCGATCGACAGCGAACACAACGCTATCTTCCAGTGCa > 4:220888/1‑149 (MQ=255) aGTCGAGGCAGGCAAGAAGGTGTTGCTGGCCAACAAGGAAGCACTTGTGATGTCCGGCGCACTGTTCATGGAGGCGGTGCGGCAAAAGGGTGCCGTGCTGCTGCCGATCGACAGCGAACACAACGCTATCTTCCAGTGCATGCCAGGc > 2:136477/1‑148 (MQ=255) gcaggcaAGAAGGTGTTGCTGGCCAACAAGGAAGCACTTGTGATGTCCGGCGCACTGTTCATGGAGGCGGTGCGGCAAAAGGGTGCCGTGCTGCTGCCGATCGACAGCGAACACAACGCTATCTTCCAGTGCATGCCAGGCGACTACGc < 8:11205/149‑1 (MQ=255) aggcaAGAAGGTGTTGCTGGCCAACAAGGAAGCACTTGTGATGTCCGGCGCACTGTTCATGGAGGCGGTGCGGCAAAAGGGTGCCGTGCTGCTGCCGATCGACAGCGAACACAACGCTATCTTCCAGTGCATGCCAGGCGACTACGccc < 7:182591/149‑1 (MQ=255) caAGAAGGTGTTGCTGGCCAACAAGGAAGCACTTGTGATGTCCGGCGCACTGTTCATGGAGGCGGTGCGGCAAAGGGGTGCCGTGCTGCTGCCGATCGACAGCGAACACAACGCTATCTTCCAGTGCATGCCAGGCGACTACGCCCGTg < 6:283195/149‑1 (MQ=255) caAGAAGGTGTTGCTGGCCAACAAGGAAGCACTTGTGATGTCCGGCGCACTGTTCATGGAGGCGGTGCGGCAAAGGGGTGCCGTGCTGCTGCCGATCGACAGCGAACACAACGCTATCTTCCAGTGCATGCCAGGCGACTACGCCCGTg < 6:278036/149‑1 (MQ=255) aagaagGTGTTGCTGGCCAACAAGGAAGCACTTGTGATGTCCGGCGCACTGTTCATGGAGGCGGTGCGGCAAAAGGGTGCCGTGCTGCTGCCGATCGACAGCGAACACAACGCTATCTTCCAGTGCATGCCAGGCGACTACGCCCGTgg > 4:26645/1‑149 (MQ=255) agaagGTGTTGCTGGCCAACAAGGAAGCACTTGTGATGTCCGGCGCACTGTTCATGGAGGCGGTGCGGCAAAAGGGTGCCGTGCTGCTGCCGATCGACAGCGAACACAACGCTATCTTCCAGTGCATGCCAGGCGACTACGCCCGTGGc > 2:26355/1‑149 (MQ=255) aagGTGTTGCTGGCCAACAAGGAAGCACTTGTGATGTCCGGCGCACTGTTCATGGAGGCGGTGCGGCAAAAGGGTGCCGTGCTGCTGCCGATCGACAGCGAACACAACGCTATCTTCCAGTGCATGCCAGGCGACTACGCCCGTGGCCt < 3:40416/149‑1 (MQ=255) ggTGTTGCTGGCCAACAAGGAAGCACTTGTGATGTCCGGCGCACTGTTCATGGAGGCGGTGCGGCAAAAGGGTGCCGTGCTGCTGCCGATCGACAGCGAACACAACGCTATCTTCCAGTGCATGCCAGGCGACTACGCCCGTGGCCTg < 7:112643/148‑1 (MQ=255) ggCCAACAAGGAAGCACTTGTGATGTCCGGCGCACTGTTCATGGAGGCGGTGCGGCAAAAGGGTGCCGTGCTGCTGCCGATCGACAGCGAACACAACGCTATCTTCCAGTGCATGCCAGGCGACTACGCCCGTGGCCTGAGTGCCGTCg > 2:220732/1‑149 (MQ=255) ggCCAACAAGGAAGCACTTGTGATGTCCGGCGCACTGTTCATGGAGGAGGTGCGGCAAAAGGGTGCCGTGCTGCTGCCGATCGACAGCGAACACAACGCTATCTTCCAGTGCATGCCAGGCGACTACGACCGTGGCCTGAGTGCCGTCg > 8:248655/1‑149 (MQ=255) gCCAACAAGGAAGCACTTGTGATGTCCGGCGCACTGTTCATGGAGGCGGTGCGGCAAAAGGGTGCCGTGCTGCTGCCGATCGACAGCGAACACAACGCTATCTTCCAGTGCATGCCAGGCGACTACGCCCGTGGCCTGAGTGCCGTCg < 1:124849/148‑1 (MQ=255) ccAACAAGGAAGCACTTGTGATGTCCGGCGCACTGTTCATGGAGGCGGTGCGGCAAAAGGGTGCCGTGCTGCTGCCGATCGACAGCGAACACAACGCTATCTTCCAGTGCATGCCAGGCGACTACGCCCGTGGCCTGAGTGCCGTCGgt < 8:116060/149‑1 (MQ=255) caacaaGGAAGCACTTGTGATGTCCGGCGCACTGTTCATGGAGGCGGTGCGGCAAAAGGGTGCCGTGCTGCTGCCGATCGACAGCGAACACAACGCTATCTTCCAGTGCATGCCAGGCGACTACGCCCGTGGCCTGAGTGCCGTCGgtg > 3:127091/1‑149 (MQ=255) aacaaGGAAGCACTTGTGATGTCCGGCGCACTGTTCATGGAGGCGGTGCGGCAAAGGGGTGCCGTGCTGCTGCCGATCGACAGCGAACACAACGCTATCTTCCAGTGCATGCCAGGCGACTACGCCCGTGGCCTGAGTGCCGTCGgtgt > 3:233082/1‑149 (MQ=255) aacaaGGAAGCACTTGTGATGTCCGGCGCACTGTTCATGGAGGCGGTGCGGCAAAAGGGTGCCGTGCTGCTGCCGATCGACAGCGAACACAACGCTATCTTCCAGTGCATGCCAGGCGACTACGCCCGTGGCCTGAGTGCCGTCGgtgt > 3:95961/1‑149 (MQ=255) aacaaGGAAGCACTTGTGATGTACGGCGCACTGTTCATGGAGGCGGTGCGGCAAAAGGGTGCCGTGCTGCTGCCGATCGACAGCGAACACAACGCTATCTTCCAGTGCATGCCAGGCGACTACGCCCGTGGCCTGAGTGCCGTCGgtgt > 7:219478/1‑149 (MQ=255) caaGGAAGCACTTGTGATGTCCGGCGCACTGTTCATGGAGGCGGTGCGGCAAAAGGGTGCCGTGCTGCTGCCGATCGACAGCGAACACAACGCTATCTTCCAGTGCATGCCAGGCGACTACGCCCGTGGCCTGAGTGCCGTCGGTGTgc < 3:220888/149‑1 (MQ=255) gAAGCACTTGTGATGTCCGGCGCACTGTTCATGGAGGCGGTGCGGCAAAAGGGTGCCGTGCTGCTGCCGATCGACAGCGAACACAACGCTATCTTCCAGTGCATGCCAGGCGACTACGCCCGTGGCCTGAGTGCCGTCGGTGTGCGCCg < 4:127091/149‑1 (MQ=255) gAAGCACTTGTGATGTCCGGCGCACTGTTCATGGAGGCGGTGCGGCAAAAGGGTGACGTGCTGCTGCCGATCGACAGCGAACACAACGCTATCTTACAGTGCATGCCAGGCGACTACGCCCGTGGCCTGAGTGCCGTCGGTGTTCGCCg > 3:191399/1‑149 (MQ=255) aGCACTTGTGATGTCCGGCGCACTGTTCATGGAGGCGGTGCGGCAAAAGGGTGCCGTGCTGCTGCCGATCGACAGCGAACACAACGCTATCTTCCAGTGCATGCCAGGCGACTACGCCCGTGGCCTGAGTGCCGTCGGTGTGCGCCgg > 8:47216/1‑148 (MQ=255) gtgATGTCCGGCGCACTGTTCATGGAGGCGGTGCGGCAAAAGGGTGCCGTGCTGCTGCCGATCGACAGCGAACACAACGCTATCTTCCAGTGCATGCCAGGCGACTACGCCCGTGGCCTGAGTGCCGTCGGTGTGCGCCGGATCCTg < 8:81396/147‑1 (MQ=255) gtgATGTCCGGCGCACTGTTCATGGAGGCGGTGCGGCAAAAGGGTGCCGTGCTGCTGCCGATCGACAGCGAACACAACGCTATCTTCCAGTGCATGCCAGGCGACTACGCCCGTGGCCTGAGTGCCGTCGGTGTGCGCCGGATCCTg < 3:61646/147‑1 (MQ=255) gtgATGTCCGGCGCACTGTTCATGGAGGCGGTGCGGCAAAAGGGTGCCGTGCTGCTGCCGATCGACAGCGAACACAACGCTATCTTCCAGTGCATGCCAGGCGACTACGCCCGTGGCCTGAGTGCCGTCGGTGTGCGCCGGATCCTGc < 8:219478/148‑1 (MQ=255) ggCGCACTGTTCATGGAGGCGGTGCGGCAAAAGGGTGCCGTGCTGCTGCCGATCGACAGCGAACACAACGCTATCTTCCAGTGCATGCCAGGCGACTACGCCCGTGGCCTGAGTGCCGTCGGTGTGCGCCGGATCCTGCTTACCGCGTc < 6:231863/149‑1 (MQ=255) gcgcACTGTTCATGGAGGCGGTGCGGCAAAAGGGTGCCGTGCTGCTGCCGATCGACAGCGAACACAACGCTATCTTCCAGTGCATGCCAGGCGACTACGCCCGTGGCCTGAGTGCCGTCGGTGTGCGCCGGATCCTGCTTACCGCGTcc > 1:318462/1‑149 (MQ=255) aCTGTTCATGGAGGCGGTGCGGCAAAAGGGTGCCGTGCTGCTGCCGATCGACAGCGAACACAACGCTATCTTCCAGTGCATGCCAGGCGACTACGCCCGTGGCCTGAGTGCCGTCGGTGTGCGCCGGATCCTGCTTACCGCGTCcggcg > 4:92654/1‑149 (MQ=255) tGTTCATGGAGGCGGTGCGGCAAAAGGGTGCCGTGCTGCTGCCGATCGACAGCGAACACAACGCTATCTTCCAGTGCATGCCAGGCGACTACGCCCGTGGCCTGAGTGCCGTCGGTGTgc > 2:26278/1‑120 (MQ=255) tGTTCATGGAGGCGGTGCGGCAAAAGGGTGCCGTGCTGCTGCCGATCGACAGCGAACACAACGCTATCTTCCAGTGCATGCCAGGCGACAACGCCCGTGGCCTGAGTGCCGTCGGTGTgc < 1:26278/120‑1 (MQ=255) ttCATGGATGCGTTGCGGAAATAGGGTGCAGTGCTGCTGCCGATCGACAGCGAACACAACGCTATCTTCCAGTGCATGCCAGGCGACTACGCCCGTGGCCTGAGTGCCGTCGGTGTGCGCCGGATCCTGCTTACCGCGTCCGGCGGGc < 4:191399/148‑1 (MQ=255) cATGGAGGCGGTGCGGCAAAAGGGTGCCGTGCTGCTGCCGATCGACAGCGAACACAACGCTATCTTCCAGTGCATGCCAGGCGACTACGCCCGTGGCCTGAGTGCCGTCGGTGTGCGCCGGATCCTGCTTACcgc > 1:255530/1‑135 (MQ=255) cATGGAGGCGGTGCGGCAAAAGGGTGCCGTGCTGCTGCCGATCGACAGCGAACACAACGCTATCTTCCAGTGCATGCCAGGCGACTACGCCCGTGGCCTGAGTGCCGTCGGTGTGCGCCGGATCCTGCTTACcgc < 2:255530/135‑1 (MQ=255) tGGAGGCGGTGCGGCAAAGGGGTGCCGTGCTGCTGCCGATCGAGAGCGAACACAACGCTATCTTCCAGTGCATGCCAGGCGACTACGCCCGTGGCCTGAGTGCCGTCGGTGTGCGCCGGATCCTGCTTACCGCGTCCGGCGGGCCGtt < 4:233082/148‑1 (MQ=255) tGGAGGCGGTGCGGCAAAAGGGTGCCGTGCTGCTGCCGATCGACAGCGAACACAACGCTATCTTCCAGTGCATGCCAGGCGACTACGCCCGTGGCCTGAGTGCCGTCGGTGTGCGCCGGATCCTGCTTACCGCGTCCGGCGGGCCGTTc > 3:247939/1‑149 (MQ=255) ggAGGCGGTGCGGCAAAAGGGTGCCGTGCTGCTGCCGATCGACAGCGAACACAACGCTATCTTCCAGTGCATGCCAGGCGACTACGCCCGTGGCCTGAGTGCCGTCGGTGTGCGCCGGATCCTGCTTACCGCGTCCGGCGGGCCGTTcc > 4:309955/1‑149 (MQ=255) gAGGCGGTGCGGCAAAAGGGTGCCGTGCTGCTGCCGATCGACAGCGAACACAACGCTATCTTCCAGTGCATGCCAGGCGACTACGCCCGTGGCCTGAGTGCCGTCGGTGTGCGCCGGATCCTGCTTACCGCGTCCGGCGGGCCGTTCcg < 7:47216/149‑1 (MQ=255) ggCGGTGCTGCAAAAGGGTGCCGTGCTGCTGCCGATCGACAGCGAACACAACGCTATCTTCCAGTGCATGCCAGGCGACTACGCCCGTGGCCTGAGTGCCGTCGGTGTGCGCCGGATCCTGCTTACCGCGTCCGGCGGGCCGTTCcgc > 4:179707/1‑148 (MQ=255) gTGCGGCAAAAGGGTGCCGTGCTGCTGCCGATCGACAGCGAACACAACGCTATCTTCCAGTGCATGCCAGGCGACTACGCCCGTGGCCTGAGTGCCGTCGGTGTGCGCCGGATCCTGCTTACCGCGTCCGGCGGGCCGTTCCGCGAAAc > 5:212003/1‑149 (MQ=255) tGCGGCAAAAGGGTGCCGTGCTGCTGCCGATCGACAGCGAACACAACGCTATCTTCCAGTGCATGCCAGGCGACTACGCCCGTGGCCTGAGTGCCGTCGGTGTGCGCCGGATCCTGCTTACCGCGTCCGGCGGGCCGTTCCGCGAAACg < 3:92654/149‑1 (MQ=255) ggCAAAAGGGTGCCGTGCTGCTGCCGATCGACAGCGAACACAACGCTATCTTCCAGTGCATGCCAGGCGACTACGCCCGTGGCCTGAGTGCCGTCGGTGTGCGCCGGATCCTGCTTACCGCGTCCGGCGGGCCGTTCCGCGAAACGCCg < 1:220732/149‑1 (MQ=255) aaaaGGGTGCCGTGCTGCTGCCGATCGACAGCGAACACAACGCTATCTTCCAGTGCATGCCAGGCGACTACGCCCGTGGCCTGAGTGCCGTCGGTGTGCGCCGGATCCTGCTTACCGCGTCCGGCGGGCCGTTCCGCGAAACGCCGGTc < 3:309955/149‑1 (MQ=255) | GATGCAGTGATGGCAGCCATTGTCGGTGCTGCCGGCCTGCGCCCCACGCTGGCGGCAGTCGAGGCAGGCAAGAAGGTGTTGCTGGCCAACAAGGAAGCACTTGTGATGTCCGGCGCACTGTTCATGGAGGCGGTGCGGCAAAAGGGTGCCGTGCTGCTGCCGATCGACAGCGAACACAACGCTATCTTCCAGTGCATGCCAGGCGACTACGCCCGTGGCCTGAGTGCCGTCGGTGTGCGCCGGATCCTGCTTACCGCGTCCGGCGGGCCGTTCCGCGAAACGCCGGTC > NC_002947/1790386‑1790673 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |