Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,903,349 | G→C | 11.0% | M1300I (ATG→ATC) | PP_1703 → | assimilatory nitrate reductase/sulfite reductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,903,349 | 0 | G | C | 11.0% | 147.0 / 5.8 | 52 | M1300I (ATG→ATC) | PP_1703 | assimilatory nitrate reductase/sulfite reductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (19/27); new base C (4/2); total (23/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.87e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.65e-01 |
CGGGGCACCTGCGGCTGGACACGGCGTTCTCGCGGGACCAGGTCGAGAAGATCTATGTGCAGCAGCGCATGCTCGAGCAGGGTGCGCTGTTGTGGCAATGGCTGGAGGCGGGGGCGTATTTCTATGTGTGTGGCGATGCGCAGCGCATGGCCAGGGATGTGGATGCGGCGTTGCGGGTGATTGTCGCCGAGCATGGCCGGATGGATGCGGCGGCGGCTGCGGCTTATGTCGAAGGCTTGAGCAAGGCCAGGCGTTATCGGCGCGATGTGTACTGAAGTGCTCCAAGATGGG > NC_002947/1903201‑1903491 | cggGGCACCTGCGGCTGGACACGGCGTTCTCGCGGGACCAGGTCGAGAAGATCTATGTGCAGCAGCGCATGCTCGAGCAGGGTGCGCTGTTGTGGCAATGGCTGGAGGCGGGGGCGTATTTCTATGTGTGTGGCGATGCGCAGCGCATg < 4:247045/149‑1 (MQ=255) gCACCTGCGGCTGGACACGGCGCTCTCGCGGGACCAGGTCGAGAAGATCTATGTGCAGCAGCGCATGCTCGAGCAGGGTGCGCTGTTGTGGCAATGGCTGGAGGCGGGGGCGTATTTCTATGTGTGTGGCGATGCGCAGCGCATGGc > 7:203013/1‑147 (MQ=255) cACCTGCGGCTGGACACGGCGTTCTCGCGGGACCAGGTCGAGAAGATCTATGTGCAGCAGCGCATGCTCGAGCAGGGTGCGCTGTTGTGGCAATGGCTGGAGGCGGGGGCGTATTTCTATGTGTGTGGCGATGCGCAGCGCATGGCCAg < 5:43644/149‑1 (MQ=255) cACCTGCGGCTGGACACGGCGTTCTCGCGGGACCAGGTCGAGAAGATCTATGTGCAGCAGCGCATGCTCGAGCAGGGTGCGCTGTTGTGGCAATGGCTGGAGGCGGGGGCGTATTTCTATGTGTGTGGCGATGCGCAGCGCATGGCCAg < 2:80896/149‑1 (MQ=255) ccTGCGGCTGGACACGGCGTTCTCGCGGGACCAGGTCGAGAAGATCTATGTGCAGCAGCGCATGCTCGAGCAGGGTGCGCTGTTGTGGCAATGGCTGGAGGCGGGGGCGTATTTCTATGTGTGTGGCGATGCGCAGCGCATGGCCAggg < 1:303259/149‑1 (MQ=255) ccTGCGGCTGGACACGGCGTTCTCGCGGGACCAGGTCGAGAAGATCTATGTGCAGCAGCGCATGCTCGAGCAGGGTGCGCTGTTGTGGCAATGGCTGGAGGCGGGGGCGTATTTCTATGTGTGTGGCGATGCGCAGCGCATGGCCAggg < 4:204220/149‑1 (MQ=255) cGGCTGGACACGGCGTTCTCGCGGGACCAGGTCGAGAAGATCTATGTGCAGCAGCGCATGCTCGAGCAGGGTGCGCTGTTGTGGCAATGGCTGGAGGCGGGGGCGTATTTCTATGTGTGTGGCGATGCGCAGCGCATGGCCAGGGAtgt < 1:3537/149‑1 (MQ=255) acacGGCGTTCTCGCGGGACCAGGTCGAGAAGATCTATGTGCAGCAGCGCATGCTCGAGCAGGGTGCGCTGTTGTGGCAATGGCTGGAGGCGGGGGCGTATTTCTATGTGTGTGGCGATGCGCAGCGCATGGCCAGGGATGTGGATgcg > 5:136866/1‑149 (MQ=255) cacGGCGTTCTCGCGGGACCAGGTCGAGAAGATCTATGTGCAGCAGCGCATGCTCGAGCAGGGTGCGCTGTTGAGGCAATGGCTGGAGGCGGGGGCGTATTTCTATGTGTGTGGCGATGCGCAGCGCATGGCCAGGGATGTGGATgcgg < 8:288282/149‑1 (MQ=255) acGGCGTTCTCGCGGGACCAGGTCGAGAAGATCTATGTGCAGCAGCGCATGCTCGAGCAGGGTGCGCTGTTGTGGCAATGGCTGGAGGCGGGGGCGTATTTCTATGTGTGTGGCGATGCGCAGCGCATGGCCAGGGATGTGGATgcggc > 5:86622/1‑149 (MQ=255) cGGCGTTCTCGCGGGACCAGGTCGAGAAGATCTATGTGCAGCAGCGCATGCTCGAGCAGGGTGCGCTGTTGTGGCAATGGCTGGAGGCGGGGGCGTATTTCTATGTGTGTGGCGATGCGCAGCGCATGGCCAGGGATGTGGATgcggcg < 1:107652/149‑1 (MQ=255) gTTCTCGCGGGACCAGGTCGAGAAGATCTATGTGCAGCAGCGCATGCTCGAGCAGGGTGCGCTGTTGTGGCAATGGCTGGAGGCGGGGGCGTATTTCTATGTGTGTGGCGATGCGCAGCGCATGGCCAGGGATGTGGATGCGGCGTTGc < 8:203013/149‑1 (MQ=255) ctcGCGGGACCAGGTCGAGAAGATCTATGTGCAGCAGCGCATGCTCGAGCAGGGTGCGCTGTTGTGGCAATGGCTGGAGGCGGGGGCGTATTTCTATGTGTGTGGCGATGCGCAGCGCATGGCCAGGGATGTGGATGCGGCGTTGCgg < 2:14498/148‑1 (MQ=255) gcgGGACCAGGTCGAGAAGATCTATGTGCAGCAGCGCATGCTCGAGCAGGGTGCGCTGTTGTGGCAATGGCTGGAGGCGGGGGCGTATTTCTATGTGTGTGGCGATGCGCAGCGCATGGCCAGGGATGTGGATGCGGCGTTGCGGGTg < 6:86622/148‑1 (MQ=255) gcgGGACCAGGTCGAGAAGATCTATGTGCAGCAGCGCATGCTCGAGCAGGGTGCGCTGTTGTGGCAATGGCTGGAGGCGGGGGCGTATTTCTATGTGTGTGGCGATGCGCAGCGCATGGCCAGGGATGTGGATGCGGCGTTGCGGGTGa > 3:317471/1‑149 (MQ=255) gcgGGACCAGGTCGAGAAGAGCTATGTGCAGCAGCGCATGCTCGAGCAGGGTGCGCTGTTGTGGCAATGGCTGGAGGCGGGGGCGTATTTCTATGTGTGTGGCGATGCGCAGCGCATGGCCAGGGATGTGGATGCGGCGTTGCGGGTg < 5:249842/148‑1 (MQ=255) cgGGACCAGGTCGAGAAGATCTATGTGCAGCAGCGCATGCTCGAGCAGGGTGCGCTGTTGTGGCAATGGCTGGAGGCGGGGGCGTATTTCTATGTGTGTGGCGATGCGCAGCGCATGGCCAGGGATGTGGATGCGGCGTTGCGGGTg < 3:236586/147‑1 (MQ=255) cgGGACCAGGTCGAGAAGATCTATGTGCAGCAGCGCATGCTCGAGCAGGGTGCGCTGTTGTGGCAATGGCTGGAGGCGGGGGCGTATTTCTATGTGTGTGGCGATGCGCAGCGCATGGCCAGGGATGTGGATGCGGCGTTGCGGGTGAt < 5:20041/149‑1 (MQ=255) ccAGGTCGAGAAGATCTATGTGCAGCAGCGCATGCTCGAGCAGGGTGCGCTGTTGTGGCAATGGCTGGAGGCGGGGGCGTATTTCTATGTGTGTGGCGATGCGCAGCGCATGGCCAGGGATGTGGATGCGGCGTTGCGGGTGATTGTCg < 7:151512/149‑1 (MQ=255) gTCGAGAAGATCTATGTGCAGCAGCGCATGCTCGAGCAGGGTGCGCTGTTGTGGCAATGGCTGGAGGCGGGGGCGTATTTCTATGTGTGTGGCGATGCGCAGCGCATGGCCAGGGATGTGGATGCGGCGTTGCGGGTGATTGTCGCCGa < 6:136866/149‑1 (MQ=255) agaagaTCTATGTGCAGCAGCGCATGCTCGAGCAGGGTGCGCTGTTGTGGCAATGCCTGGAGGCGGGGGCTTATTTCTATGTGTGTGGCGATGCGCAGCGCATGGCCAGGGATGTGGATGCTGCGTTGCGGGTTATTGTCGCCGAGCAt > 3:40170/1‑149 (MQ=255) agaTCTATGTGCAGCAGCGCATGCTCGAGCAGGGTGCGCTGTTGTGGCAATGGCTGGAGGCGGGGGCGTATTTCTATGTGTGTGGCGATGCGCAGCGCATGGCCAGGGATGTGGATGCGGCGTTGCGGGTGATTGTCGCCGAGCATGGc > 4:65659/1‑149 (MQ=255) agaTCTATGTGCAGCAGCGCATGCTCGAGCAGGGTGCGCTGTTGTGGCAATGGCTGGAGGCGGGGGCGTATTTCTATGTGTGTGGCGATGCGCAGCGCATGGCCAGGGATGTGGATGCGGCGTTGCGGGTGATTGTCGCCGAGCATGGc < 1:266081/149‑1 (MQ=255) cagcGCATGCTCGAGCAGGGTGCGCTGTTGTGGCAATGGCTGGAGGCGGGGGCGTATTTCTATGTGTGTGGCGATGCGCAGCGCATGGCCAGGGATGTGGATGCGGCGTTGCGGGTGATTGTCGCCGAGCATGGCCGGATGGATgcggc > 6:139745/1‑149 (MQ=255) cATGCTCGAGCAGGGTGCGCTGTTGTGGCAATGGCTGGAGGCGGGGGCGGATTTCTATGTGTGTGGCGATGCGCAGCGCAGGGCCAGGGAGGTGGATGCGGCGTTGCGGGTGATTGTCGCCGAGCATGGCCGGAGGGATGcggcggcgg > 4:32197/1‑149 (MQ=255) cATGCTCGAGCAGGGTGCGATGTTGTGGCAATGGCTGGAGGCGGGGGCGTATTTCTATGTGTGTGGCGATGCGCAGCGCATGGCCAGGGATGTGGATGCGGCGTTGCGGGTGATTGTCGCCGAGCATGGCCGGATGGATGcggcggcgg > 5:155802/1‑149 (MQ=255) gCTCGAGCAGGGTGCGCTGTTGTGGCAATGGCTGGAGGCGGGGTCGTATTTCTATGTGTGTGGCGATGCGCAGCGCATGGCCAGGGATGTGGATGCGGCGTTGCGGGTGATTGTCGCCGAGCATGGCCGGATGGATGCGGCGgcggct < 6:261978/148‑1 (MQ=255) gCTCGAGCAGGGTGCGCTGTTGTGGCAATGGCTGGAGGCGGGGGCGTATTTCTATGTGTGTGGCGATGCGCAGCGCATGGCCAGGGATGTGGATGCGGCGTTGCGGGTGATTGTCGCCGAGCATGGCCGGATGGATGCGGCGgcggct > 5:261978/1‑148 (MQ=255) gAGCAGGGTGCGCTGTTGTGGCAATGGCTGGAGGCGGGGGCGTATTTCTATGTGTGTGGCGATGCGCAGCGCATGGCCAGGGATGTGGATGCGGCGTTGCGGGTGATTGTCGCCGAGCATGGCCGGATGGATGCGGCGgcggctgcg < 4:317471/147‑1 (MQ=255) aGGGTGCGCTGTTGCGCCAAGGGCCCGAGGCGGTGCCGTATTTCACTGTGGTGGGCGAAGCGCAGCGCATCGCCAGGGATGTGGATGCGGCGTTGCGGGTGATTGTCGCCGAGCATGGCCGGATGGATGCGGCGGCGGCTGCGGCTTAt < 8:137600/149‑1 (MQ=255) ggTGCGCTGTTGTGGCAATGGCTGGAGGCGGGGGCGTATTTCTATGTGTGTGGCGATGCGCAGCGCATGGCCAGGGATGTGGATGCGGCGTTGCGGGTGATTGTCGCCGAGCATGGCCGGATGGATGCGGCGGCGGCTGCGGCTTATg > 8:109309/1‑148 (MQ=255) gcTGTTGTGGCAATGGCTGGAGGCGGGGGCGTATTTCTATGTGTGTGGCGATGCGCAGCGCATGGCCAGGGATGTGGATGCGGCGTTGCGGGTGATTGTCGCCGAGCATGGCCGGATGGATGCGGCGGCGGCTGCGGCTTATGTCGAAg < 3:65659/149‑1 (MQ=255) ttgtGGCAATGGCTGGAGGCGGGGGCGTATTTCTATGTGTGTGGCGATGCGCAGCGCATGGCCAGGGATGTGGATGCGGCGTTGCGGGTGATTGTCGCCGAGCATGGCCGGATGGATGCGGCGGCGGCTGCGGCTTATGTCGAAGGCtt > 5:180054/1‑149 (MQ=255) ttgtGGCAATGGCTGGAGGCGGGGGCGTATTTCTATGTGTGTGGCGATGCGCAGCGCATGGCCAGGGATGTGGATGCGGCGTTGCGGGTGATTGTCGCCGAGCATGGCCGGATGGATGCGGCGGCGGCTGCGGCTTATGTCGAAGGCtt > 3:85135/1‑149 (MQ=255) gCTGGAGGCGGGGGCGTATTTCTATGTGTGTGGCGATGCGCAGCGCATGGCCAGGGATGTGGATGCGGCGTTGCGGGTGATTGTCGCCGAGCATGGCCGGATGGATGCGGCGGCGGCTGCGGCTTATGTCGAAGGCTTGAGCAAGGcc < 7:109309/148‑1 (MQ=255) cGGGGGCGTATTTCTATGTGTGTGGCGATGCGCAGCGCATGGCCAGGGATGTGGATGCGGCGTTGCGGGTGATTGTCGCCGAGCATGGCCGGATGGATGCGGCGGCGGCTGCGGCTTATGTCGAAGGCTTGAGCAAGGCCAGGCGTTAt < 1:234478/149‑1 (MQ=255) cGGGGGCGTATTTCTATGTGTGTGGCGATGCGCAGCGCATGGCCAGGGATGTGGATGCGGCGTTGCGGGTGATTGTCGCCGAGCATGGCCGGATGGATGCGGCGGCGGCTGCGGCTTATGTCGAAGGCTTGAGCAAGGCCAGGCGTTAt < 5:139745/149‑1 (MQ=255) gggggCGTATTTCTATGTGTGTGGCGATGCGCAGCGCATGGCCAGGGATGTGGATGCGGCGTTGCGGGTGATTGTCGCCGAGCATGGCCGGATGGATGCGGCGGCGGCTGCGGCTTATGTCGAAGGCTTGAGCAAGGCCAGGCGTTa > 8:147710/1‑147 (MQ=255) gggggCGTATTTCTATGTGTGTGGCGATGCGCAGCGCATGGCCAGGGATGTGGATGCGGCGTTGCGGGTGATTGTCGCCGAGCATGGCCGGATGGATGCGGCGGCGGCTGCGGCTTATGTCGAAGGCTTGAGCAAGGCCAGGCGTTa < 7:147710/147‑1 (MQ=255) gTATTTCTATGTGTGTGGCGATGCGCAGCGCATGGCCAGGGATGTGGATGCGGCGTTGCGGGTGATTGTCGCCGAGCATGGCCGGATGGATGCGGCGGCGGCTGCGGCTTATGTCGAAGGCTTGAGCAAGGCCAGGCGTTATCGgcgc > 2:193089/1‑148 (MQ=255) tttCTATGTGTGTGGCGATGCGCAGCGCATGGCCAGGGATGTGGATGCGGCGTTGCGGGTGATTGTCGCCGAGCATGGCCGGATGGATGCGGCGGCGGCTGCGGCTTATGTCGAAGGCTTGAGCAAGGCCAGGCGTTATCGGCGCGAt < 2:29322/148‑1 (MQ=255) tttCTATGTGTGTGGCGATGCGCAGCGCATCGCCAGGGATGTGGATGCGGCGTTGAGGGTGATTGTCGCCGACCATGGCCGGATGGATGCGGCGGCGGCTGCGGCTTATGTCGAAGGCTTGAGCAAGGCCAGGCGTTATCGGCGCGAtg > 8:102411/1‑149 (MQ=255) tCTATGTGTGTGGGGATGCGCAGCGCATGGCCAGGGATGTGGATGCGGCGTTGCGGGTGATTGTCGCCGAGCATGGCCGGATGGATGCGGCGGCGGCTGCGGCTTATGTCGAAGGCTTGAGCAAGGCCAGGCGTTATCGGCGCGAtgt < 7:60597/148‑1 (MQ=255) cctgGCCATGCGCTGCGCATCGCCAGGGATGTGGATGCGGCGTTGCGGGTGATTGTCGCCGAGCATGGCCGGATGGATGCGGCGGCGGCTGCGGCTTATGTCGAAGGCTTGAGCAAGGCCAGGCGTTATCGGCGCGATGTGTACTGAAg > 6:132190/3‑149 (MQ=255) gtgGCGATGCGCAGCGCATGGCCAGGGATGTGGATGCGGCGTTGCGGGTGATTGTCGCCGAGCATGGCCGGATGGATGCGGCGGCGGCTGCGGCTTATGTCGAAGGCTTGAGCAAGGCCAGGCGTTATCGGCGCGATGTGTACTGAAGt > 7:157177/1‑149 (MQ=255) ctgGCCATGCGCTGCGCATCGCCAGGGATGTGGATGCGGCGTTGCGGGTGATTGTCGCCGAGCATGGCCGGATGGATGCGGCGGCGGCTGCGGCtt < 7:118952/95‑1 (MQ=255) ctgGCCATGCGCTGCGCATCGCCAGGGATGTGGATGCGGCGTTGCGGGTGATTGTCGCCGAGCATGGCCGGATGGATGCGGCGGCGGCTGCGGCtt > 8:118952/2‑96 (MQ=255) ggCCATGCGCTGCGCATCGCCAGGGATGTGGATGCGGCGTTGCGGGTGATTGTCGCCGAGCATGGCCGGATGGATGCGGCGGCGGCTGCGGCTTATGTCGAAGGCTTGAGCAAGGCCAGGCGTTATCGGCGCGATGTGTACTGAAGTGc > 2:43344/1‑149 (MQ=255) gCGATGCGCAGCGCATGGCCAGGGATGTGGATGCGGCGTTGCGGGTGATTGTCGCCGAGCATGGCAGGATGGATGCGGCGGCGGCTGCGGCTTATGTCGAAGGCTTGAGCAAGGCCAGGCGTTATCGGCGCGATGTGTACTGAAGTGCt > 2:284100/1‑149 (MQ=255) gcgcagcgcaTGGCCAGGGATGTGGATGCGGCGTTGCGGGTGATTGTCGCCGAGCATGGCCGGATGGATGCGGCGGCGGCTGCGGCTTATGTCGAAGGCTTGAGCAAGGCCAGGCGTTATCGGCGCGATGTGTACTGAAGTGCTcc > 3:150770/1‑146 (MQ=255) gcgcagcgcaTGGCCAGGGATGTGGATGCGGCGTTGCGGGTGATTGTCGCCGAGCATGGCCGGATGGATGCGGCGGCGGCTGCGGCTTATGTCGAAGGCTTGAGCAAGGCCAGGCGTTATCGGCGCGATGTGTACTGAAGTGCTcc > 6:129228/1‑146 (MQ=255) gcgcaTGGCCAGGGATGTGGATGCGGCGTTGCGGGTGATTGTCGCCGAGCATGGCCGGATGGATGCGGCGGCGGCTGCGGCTTATGTCGAAGGCTTGAGCAAGGCCAGGCGTTATCGGCGCGATGTGTACTGAAGTGCTCCAAGATggg < 4:150770/149‑1 (MQ=255) gcgcaTGGCCAGGGATGTGGATGCGGCGTTGCGGGTGATTGTCGCCGAGCATGGCCGGATGGATGAGGCGGCGGCTGCGGCTTATGTCTAAGGCTTGAGCAAGGCCAGGCGTTATCGGCGCGATGTGTACTGAAGTGCTCCAAGATggg < 6:155802/149‑1 (MQ=255) | CGGGGCACCTGCGGCTGGACACGGCGTTCTCGCGGGACCAGGTCGAGAAGATCTATGTGCAGCAGCGCATGCTCGAGCAGGGTGCGCTGTTGTGGCAATGGCTGGAGGCGGGGGCGTATTTCTATGTGTGTGGCGATGCGCAGCGCATGGCCAGGGATGTGGATGCGGCGTTGCGGGTGATTGTCGCCGAGCATGGCCGGATGGATGCGGCGGCGGCTGCGGCTTATGTCGAAGGCTTGAGCAAGGCCAGGCGTTATCGGCGCGATGTGTACTGAAGTGCTCCAAGATGGG > NC_002947/1903201‑1903491 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |