Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,926,514 | C→A | 9.8% | D118Y (GAC→TAC) ‡ | PP_1726 ← | ABC transporter substrate‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,926,514 | 0 | C | A | 9.8% | 174.2 / 9.0 | 61 | D118Y (GAC→TAC) ‡ | PP_1726 | ABC transporter substrate‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (31/24); new base A (2/4); total (33/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.00e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.96e-01 |
TGTACTTGCCTTTCTCCAGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCC‑AGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGCCAGTTCCTGGGCCGAGCTCATGTC > NC_002947/1926370‑1926655 | tGTACTTGCCTTTCTCCAGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCC‑Ag > 6:117788/1‑149 (MQ=255) gTACTTGCCTTTCTCCAGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCC‑Ag < 7:149445/148‑1 (MQ=255) gCCTTTCTCCAGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCC‑AGGTgcttg > 5:46994/1‑149 (MQ=255) gCCTTTCTCCAGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCC‑AGGTgcttg > 7:168317/1‑149 (MQ=255) gCCTTTCTCCAGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGGACC‑AGGTgccg < 4:309827/148‑3 (MQ=255) gCCTTTCTCCAGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGGACC‑AGGTgccg < 4:304854/148‑3 (MQ=255) gCCTTTCTCCAGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGGACC‑AGGTgcc < 6:317790/147‑2 (MQ=255) ccTTTCTCCAGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCC‑AGGTgcttgg > 4:100594/1‑149 (MQ=255) ccTTTCTCCAGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCC‑AGGTgcttgg > 2:175955/1‑149 (MQ=255) ccAGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTACTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGATATGGTGCCGGTATAGTCCAGCGCCCAGTGTCAGTAAATGTCCTTGGACCATTAAAGAACATTGTCCC‑ATGTGCTTGGATTGt > 5:172140/1‑147 (MQ=255) cAGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCC‑AGGTGCTTGGCTTGTAAg > 5:89000/1‑149 (MQ=255) cAGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCC‑AGGTGCTTGGCTTGTAAg < 2:181818/149‑1 (MQ=255) cAGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCC‑AGGTGCTTGGCTTGTAAg < 1:175955/149‑1 (MQ=255) cAGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCC‑AGGTGCTTGGCTTGTAAg > 6:93901/1‑149 (MQ=255) 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ccTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCC‑AGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCg < 8:222761/147‑1 (MQ=255) cTTGACCCGGGCCTTGATCATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTAGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCC‑AGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGc < 4:18754/149‑1 (MQ=255) gTCCTTGTTGATGATGAAATCGATTGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCC‑AGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAggcgg < 6:172140/149‑1 (MQ=255) ttgttgATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCC‑AGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCAcc > 4:267614/1‑149 (MQ=255) aaaGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGGACC‑AGGTgccg > 3:68055/1‑79 (MQ=255) aaaGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGGACC‑AGGTgccg < 4:68055/81‑3 (MQ=255) gATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCC‑AGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCgg > 6:329386/1‑149 (MQ=255) gATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCC‑AGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCgg > 7:82162/1‑149 (MQ=255) aTGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCC‑AGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGgc < 3:267614/149‑1 (MQ=255) aTGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCC‑AGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGgc < 5:93901/149‑1 (MQ=255) tGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCC‑AGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTg > 1:61537/1‑149 (MQ=255) tGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCC‑AGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTg > 7:214530/1‑149 (MQ=255) cGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCC‑AGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCg < 6:89000/149‑1 (MQ=255) tataGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCC‑AGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTg < 6:46994/149‑1 (MQ=255) gCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCC‑AGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCtt > 5:261548/1‑149 (MQ=255) cAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCC‑AGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTtct > 7:60517/1‑149 (MQ=255) aGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCC‑AGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTtctc < 8:82162/149‑1 (MQ=255) gcCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCC‑AGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTc > 4:131601/1‑125 (MQ=255) gcCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCC‑AGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTc < 3:131601/125‑1 (MQ=255) cAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCC‑AGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTc > 7:506/1‑149 (MQ=255) ccGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCTAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACt > 1:58350/1‑149 (MQ=255) ttgtccttgGCCCATTCCGGCACCTGGTCCC‑AGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGCCAg > 5:298306/1‑149 (MQ=255) gtccttgGCCCATTCCGGCACCTGGTCCC‑AGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGCCAg < 6:298306/147‑1 (MQ=255) ccttgGCCCATTCCGGCACCTGGTCCC‑AGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGCCAGTTcc > 3:121223/1‑149 (MQ=255) cttgGCCCTTTCCGGCACCTGGTCCC‑AGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGCCAGTTCCt > 2:111157/1‑149 (MQ=255) ggCCCATTCCGGCACCTGGTCCC‑AGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGCCAGTTCCTggg > 6:18180/1‑149 (MQ=255) ggCCCATTCCGGCACCTGGTCCC‑AGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGCCAGTTCCTgg < 5:329386/148‑1 (MQ=255) gCCCTTTCCGGCACCTGGTCCC‑AGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGCCAGTTCCTggg < 1:111157/148‑1 (MQ=255) ccATTCCGGCACCTGGTCCC‑AGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGCCAGTTCCTGGGcc > 1:195963/1‑148 (MQ=255) ccATTCCGGCACCTGGTCCC‑AGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGCCAGTTCCTGGGCCg < 8:214530/149‑1 (MQ=255) cATTCCGGCACCTGGTCCC‑AGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGCCAGTTCCTGGGCCGa < 1:168394/149‑1 (MQ=255) aTTCCGGCACCTGGTCCC‑AGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCtt < 3:138577/123‑1 (MQ=255) aTTCCGGCACCTGGTCCC‑AGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCtt > 4:138577/1‑123 (MQ=255) gCACCTGGGACC‑AGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGCCAGTTCCTGGGCCGAGCTCATg > 8:113851/1‑149 (MQ=255) cACCTGGTCCC‑AGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGCCAGTTCCTGGGCCGAGCTCATGt > 2:166913/1‑149 (MQ=255) aCCTGGTCCC‑AGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGCCAGTTCCTGGGCCGAGCTCATGTc > 5:126740/1‑149 (MQ=255) | TGTACTTGCCTTTCTCCAGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCC‑AGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGCCAGTTCCTGGGCCGAGCTCATGTC > NC_002947/1926370‑1926655 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |