| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,034,011 | T→C | 6.9% | F498L (TTC→CTC) | pgi‑I → | glucose 6‑phosphate isomerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,034,011 | 0 | T | C | 6.9% | 152.8 / 2.3 | 59 | F498L (TTC→CTC) | pgi‑I | glucose 6‑phosphate isomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/26); new base C (2/2); total (31/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.13e-01 | |||||||||||
CTAAAGGCCTCAACGAAGCAGACATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATC > NC_002947/2033868‑2034154 | cTAAAGGCCTCAACGAAGCAGATATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAACACCTTGTGCTCGTa < 1:110869/149‑1 (MQ=11) tAAAGGCCTCAACGAAGCAGACATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGt < 6:253025/147‑1 (MQ=32) tAAAGGCCTCAACGAAGCAGACATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGt > 5:253025/1‑147 (MQ=32) tAAAGGCCTCAACGAAGCAGACATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTa > 1:160586/1‑148 (MQ=32) tAAAGGCCTCAACGAAGCAGACATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTa > 4:75501/1‑148 (MQ=32) aaGGCCTCAACGAAGCAGACATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTa > 5:58294/1‑146 (MQ=32) gCCTCAACGAAGCAGACATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGc < 3:75501/149‑1 (MQ=32) ccTCAACGAAGCAGACATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCg < 6:220226/149‑1 (MQ=32) cTCAACGAAGCAGACATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGt > 7:160114/1‑149 (MQ=32) cTCAACGAAGCAGACATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGt > 4:202223/1‑149 (MQ=32) cTCAACGAAGCAGACATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGt > 3:44473/1‑149 (MQ=32) cTCAACGAAGCAGACATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGt < 3:202223/149‑1 (MQ=32) aaCGAAGCAGACATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGtt < 1:172007/147‑1 (MQ=32) aaCGAAGCAGACATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTAt < 4:180983/149‑1 (MQ=32) aCGAAGCAGACATCGAAATGCTGGGCCCGCTCAAGGTGATCCCGGGTAAGTGCCCGAGCATGACATTTGTGGTCGAGCGCATCTGGCCGCGGCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGTGCACTAGGTGTTCGTAGAGAGCGTTTTc < 2:118859/149‑1 (MQ=11) gAAGCAGACATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTg < 7:31344/149‑1 (MQ=32) aGACATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTa < 6:58294/149‑1 (MQ=32) aTCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGtt > 3:173482/1‑135 (MQ=32) aTCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGtt < 4:173482/135‑1 (MQ=32) tCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAAc < 1:193078/149‑1 (MQ=32) tCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGGGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAAc < 3:156830/149‑1 (MQ=17) aaaaGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGcc < 2:160586/149‑1 (MQ=32) aaaGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTACCAACGCCt < 7:300338/149‑1 (MQ=17) gCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGc < 2:286629/124‑1 (MQ=32) gCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGc > 1:286629/1‑124 (MQ=32) gCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGAt < 4:44473/147‑1 (MQ=32) cccGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGt > 8:92781/1‑149 (MQ=32) ccGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACCGAGCGTTATCGGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTg > 5:240824/1‑149 (MQ=17) gCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTggg < 5:79210/125‑1 (MQ=32) gCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTggg > 6:79210/1‑125 (MQ=32) caAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAACACCTTGTGCTCGTACat > 1:310494/1‑108 (MQ=11) caAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAACACCTTGTGCTCGTACat < 2:310494/109‑2 (MQ=11) aCCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGaa < 5:283744/149‑1 (MQ=32) gCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTg > 3:120302/1‑149 (MQ=34) cGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCt > 3:71977/1‑133 (MQ=32) cGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCt < 4:71977/133‑1 (MQ=32) cAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAaga < 8:160114/149‑1 (MQ=35) aaCACATTGGTGGTCGAGCGCATCACCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAAAGCCTTCGATCAGTGGCGCGTCGAGCTgg > 8:11070/1‑130 (MQ=12) tgaaaTTTGTGGTCGAGCGCTTCAGCGCGCGCGGTCTGGGTGCGCTGGTGGCAATGTACGAGGACAAGGTGTTCGTACAGAGAGTTATGTGGGGTTTGAACGGCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTgg < 2:255882/137‑1 (MQ=11) acacATTGGTGTTCGACCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGAGCGCTCGTGGCCATGTAAGAGAACAAGGTGATCGTACAGAGCGTTATCAGGGGTATCAACGCCTACGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTgg > 1:255882/1‑141 (MQ=11) gtggtCGAGCTCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCa < 6:118489/149‑1 (MQ=21) gtggtCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCa < 7:92781/149‑1 (MQ=34) cGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCt > 7:157023/1‑149 (MQ=34) cgcATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGt < 4:120302/149‑1 (MQ=34) cccGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGcc > 4:102068/1‑149 (MQ=34) cccGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATATACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGcc > 1:30742/1‑149 (MQ=21) cTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGa > 2:169308/1‑149 (MQ=34) tggtggCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGAc > 8:36976/1‑149 (MQ=34) tctGTACGAACACCTTGTGCTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCa > 2:259299/3‑149 (MQ=11) aTGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCAc > 5:119976/1‑149 (MQ=34) gTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCAcc > 4:125934/1‑148 (MQ=34) cGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAg < 7:36976/149‑1 (MQ=34) gAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAgg > 4:154482/1‑149 (MQ=34) aGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGc < 3:125934/149‑1 (MQ=34) aGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGACTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGCGCAAGAGCGTTTACAAGCGATTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAACACGGTTCCACCAAAGGc > 8:233458/1‑149 (MQ=11) acaAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCt > 1:205040/1‑148 (MQ=34) caATGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATAAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTCGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACAAGCGCTTGGTCGGTAGACTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACACAAGGCATGa > 6:5274/1‑149 (MQ=11) ggTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATc > 6:95259/1‑148 (MQ=34) ggTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATc > 8:129368/1‑148 (MQ=34) | CTAAAGGCCTCAACGAAGCAGACATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATC > NC_002947/2033868‑2034154 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |