Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,037,459 | T→C | 9.2% | intergenic (+53/+146) | PP_1810 → / ← PP_5478 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,037,459 | 0 | T | C | 9.2% | 140.7 / 5.1 | 54 | intergenic (+53/+146) | PP_1810/PP_5478 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/26); new base C (2/3); total (25/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.31e-01 |
AAACGCTCGGGGCAGAGCCCGCGGGTGAAGGTGGATGATGGGGATGCAATTGCCATCTCGGCGTTTATCAGTGTTTATCCGCGCAGTGAGATTTGAGCGGCGGGTGGGGGCTGTGATCTTGTAGGCATGGGATGGATGGCACCGGCGGTGCCGGTGTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGTGTGGGGTGCTTGGCCAATGCAGTGGTTTGCCCTCGCCACGTCTGGCCTGATGAAGCCCATTTCTTCTGACTGCAAGCGAGGCATAGCCTCGCCTGGTCTCG > NC_002947/2037311‑2037593 | aaaCGCTCGGGGCAGAGCCCGCGGGTGAAGGTGGATGATGGGGATGCAATTGCCATCTCGGCGTTTATCAGTGTTTATCCGCGCAGTGAGATTTGAGCGGCGGGTGGGGGCTGTGATCTTGTAGGCATGGGATGGATGGCACCGGCGGt > 3:273147/1‑149 (MQ=255) aaCGCTCGGGGCAGAGCCCGCGGGTGAAGGTGGATGATGGGGATGCAATTGCCATCTCGGCGTTTATCAGTGTTTATCCGCGCAGTGAGATTTGAGCGGCGGGTGGGGGCTGTGATCTTGTAGGCATGGGATGGATGGCACCGGCGGTg > 7:91819/1‑149 (MQ=255) ggggCAGAGCCCGCGGGTGAAGGTGGATGATGGGGATGCACTTGCCATCTCGGCGTTTATCAGTGTTTATCCGCGCAGTGAGATTTGAGCGGCGGGTGGGGGCTGTGATCTTGTAGGCATGGGATGGATGGCACCGGCACCGCCGgtgc < 3:108198/149‑2 (MQ=255) gCAGAGCCCGCGGGTGAAGGTGGATGATGGGGATGCAATTGCCATCTCGGCGTTTATCAGTGTTTATCCGCGCAGTGAGATTTGAGCGGCGGGTGGGGGCTGTGATCTTGTAGGCATGGGATGGATGACACCGGCACCGCCGgtgccat < 7:90311/149‑5 (MQ=255) gCAGAGCCCGCGGGTGAAGGTGGATGATGGGGATGCAATTGCCATCTCGGCGTTTATCAGTGTTTATCCGCGCAGTGAGATTTGAGCGGCGGGTGGGGGCTGTGATCTTGTAGGCATGGCATGGATGGCACCGGCACCGCCGgtgccat < 1:22138/149‑5 (MQ=255) cAGAGCCCGCGGGTGAAGGTGGATGATGGGGATGTAATTGCCATCTCGGCGTTTATCAGTGTTTATCCGCGCAGTGAGATTTGAGCGGCGGGTGGGGGCTGTGATCTTGTAGGCATGGGATGGATGGCACCGGCGGTGCCGGTGTTcgc < 2:237577/149‑1 (MQ=255) gagCCCGCGGGTGAAGGTGGATGATGGGGATGCAATTGCCATCTCGGCGTTTATCAGTGTTTATCCGCGCAGTGAGATTTGAGCGGCGGGTGGGGGCTGTGATCTTGTAGGCATGGGATGGATGGCACCGGCGGTGCCGGTGTTCGCgg < 5:78025/149‑1 (MQ=255) gagCCCGCGGGTGAAGGTGGATGATGGGGATGCAATTGCCATCTCGGCGTTTATCAGTGTTTATCCGCGCAGTGAGATTTGAGCGGCGGGTGGGGGCTGTGATCTTGTAGGCATGGGATGGATGGCACCGGCGGTGCCGGTGTTCGCgg > 6:269445/1‑149 (MQ=255) agCCCGCGGGTGAAGGTGGATGATGGGGATGCAATTGCCATCTCGGCGTTTATCAGTGTTTATCCGCGCAGTGAGATTTGAGCGGCGGGTGGGGGCTGTGATCTTGTAGGCATGGGATGGATGGCACCGGCGGTGCCGGTGTTCGCggg > 7:182244/1‑149 (MQ=255) cgGGTGAAGGTGGATGATGGGGATGCAATTGCCATCTCGGCGTTTATCAGTGTTTATCCGCGCAGTGAGATTTGAGCGGCGGGTGGGGGCTGTGATCTTGTAGGCATGGGATGGATGGCACCGGCGGTGCCGGTGTTCGCGGGCGCGcc < 1:65596/149‑1 (MQ=255) tGAAGGTGGATGATGGGGATGCAATTGCCATCTCGGCGTTTATCAGTGTTTATCCGCGCAGTGAGATTTGAGCGGCGGGTGGGGGCTGTGATCTTGTAGGCATGGGATGGATGGCACCGGCGGTGCCGGTGTTCGCGGGCGCGCCCGcg < 1:38905/149‑2 (MQ=255) gAAGGTGGATGATGGGGATGCAATTGCCATCTCGGCGTTTATCAGTGTTTATCCGCGCAGTGAGATTTGAGCGGCGGGTGGGGGCTGTGATCTTGTAGGCATGGGATGGATGGCACCGGCGGTGCCGGTGTTCGCGGGCGCGCCCGCTc > 4:53323/1‑149 (MQ=255) aaGGTGTATGATGGGGATGCAATTGCCATCTCGTCGTTTATCATTGTTTATCCGCGCAGTGAGATTTGAGCGGCGGGTGGGGGCTGTGATCTTGTAGGCATGGGATGGATGGCACCGGCGGTGCCGGTGTTCGCGGGCGCGCCCGcgaa < 6:277061/149‑4 (MQ=255) aaGGTGGATGATGGGGATGCAATTGCCATCTCGGCGTTTATCAGTGTTTATCCGCGCAGTGGGATTTGAGCGGCGGGTGGGGGCTGTGATCTTGTAGGCATGGGATGGATGGCACCGGCGGTGCCGGTGTTCGCGGGCGCGCCCGcga < 6:316313/148‑3 (MQ=255) aGGTGGTTGATGGGGATGCAATTGCCATCTCGGCGTTTATCAGTGTTTATCCGCGCAGTGAGATTTGAGCGGCGGGTGGGGGCTGTGATCTTGTAGGCATGGTATGGATGGCACCGGCGGTGCCGGTGTTCGCGGGCGCGCCCGCTccc < 3:240964/149‑1 (MQ=255) ggATGATGGGGATGCAATTGCCATCTCGGCGTTTATCAGTGTTTATCCGCGCAGTGAGATTTGAGCGGCGGGTGGGGGCTGTGATCTTGTAGGCATGGGATGGATGGCACCGGCGGTGCCGGTGTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAg > 3:97037/1‑149 (MQ=255) gatgGGGATGCAATTGCCATCTCGGCGTTTATCAGTGTTTATCCGCGCAGTGAGATTTGAGCGGCGGGTGGGGGCTGTGATCTTGTAGGCATGGGATGGATGGCACCGGCGGTGCCGGTGTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGtgtg > 2:68490/1‑149 (MQ=255) atgGGGATGCAATTGCCATCTCGGCGTTTATCAGTGTTTATCCGCGCAGTGAGATTTGAGCGGCGGGTGGGGGCTGTGATCTTGTAGGCATGGGATGGATGGCACCGGCGGTGCCGGTGTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGtgtg < 3:248925/148‑1 (MQ=255) tgGGGATGCAATTGCCATCTCGGCGTTTATCAGTGTTTATCCGCGCAGTGAGATTTGAGCGGCGGGTGGGGGCTGTGATCTTGTAGGCATGGGATGGATGGCACCGGCGGTGCCGGTGTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGTGTggg < 5:269445/149‑1 (MQ=255) tgGGGATGCAATTGCCATCTCGGCGTTTATCAGTGTTTATCCGCGCAGTGAGATTTGAGCGGCGGGTGGGGGCTGTGATCTTGTAGGCATGGGATGGATGGCACCGGCGGTGCCGGTGTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGTGTggg < 6:268018/149‑1 (MQ=255) gggATGCAATTGCCATCTCGGCGTTTATCAGTGTTTATCCGCGCAGTGAGATTTGAGCGGCGGGTGGGGGCTGTGATCTTGTAGGCATGGGATGGATGGCACCGGCGGTGCCGGTGTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGTGTgggg < 3:236367/148‑1 (MQ=255) aaTTGCCATCTCGGCGTTTATCAGTGTTTATCCGCGCAGTGAGATTTGAGCGGCGGGTGGGGGCTGTGATCTTGTAGGCATGGGATGGATGGCACCGGCGGTGCCGGTGTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGTGTGGGGTGCTTGGc < 8:182244/149‑1 (MQ=255) aTCTCGGCGTTTATCAGTGTTTATCCGCGCAGTGAGATTTGAGCGGCGGGTGGGGGCTGTGATCTTGTAGGCATGGGATGGATGGCACCGGCGGTGCCGGTGTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGTGTGGGGTGCTTGGCCAATGCa < 3:95435/149‑1 (MQ=255) tctcGGCGTTTATCAGTGTTTATCCGCGCAGTGAGATTTGAGCGGCGGGTGGGGGCTGTGATCTTGTAGGCATGGGATGGATGGCACCGGCGGTGCCGGTGTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGTGTGGGGTGCTTGGCCAATGCAg > 2:53462/1‑149 (MQ=255) tcGGCGTTTATCAGTGTTTATCCGCGCAGTGAGATTTGAGCGGCGGGTGGGGGCTGTGATCTTGTAGGCATGGGATGGATGGCACCGGCGGTGCCGGTGTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGTGTGGGGTGCTTGGCCAATGCAGTg > 7:210534/1‑149 (MQ=255) ggCGTTTATCAGTGTTTATCCGCGCAGTGAGATTTGAGCGGCGGGTGGGGGCTGTGATCTTGTAGGCATGGGATGGATGGCACCGGCGGTGCCGGTGTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACGGTGTGGGGTGCTTGGCCAATGCAGTgg < 3:53323/148‑1 (MQ=255) ggCGTTTATCAGTGTTTATCCGCGCAGTGAGATTTGAGCGGCGGGTGGGGGCTGTGATCTTGTAGGCATGGGATGGATGGCACCGGCGGTGCCGGTGTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGTGTGGGGTGCTTGGCCAATGCAGTGGt < 1:68490/149‑1 (MQ=255) ggCGTTTATCAGTGTTTATCCGCGCAGTGAGATTTGAGCGGCGGGTGGGGGCTGTGATCTTGTAGGCATGGGATCGATGGCACCGGCGGTGCCGGTGTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGTGTGGGGTGCTTGGCCAATGCAGTGGt < 6:267056/149‑1 (MQ=255) tgtTTATCCGCGCAGTGAGATTTGAGCGGCGGGTGGGGGCTGTGATCTTGTAGGCATGGGATGGATGGCACCGGCGGTGCCGGTGTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGTGTGGGGTGCTTGGCCAATGCAGTGGTTTGCCCTCGCCa < 1:187662/149‑1 (MQ=255) aTCCGCGCAGTGAGATTTGAGCGGCGGGTGGGGGCTGTGATCTTGTAGGCATGGGATGGATGGCACCGGCGGTGCCGGTGTTCGCGGGCGCGACCGCTCCCACATTGTGGGGTGCTTGGCCAATGCAGTGGTTTGCCCTCGCCACGTCt > 5:97764/1‑149 (MQ=255) cgcgCAGTGAGATTTGAGCGGCGGCTGGGGGCTGTGATCTTGTAGGCATGGGATGGATGGCACCGGCGGTGCCGGTGTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGTGCGGGGTGCTTGGCCAATGCAGTGGTTTGCCCTCGCCACGTCTggg > 5:269442/1‑148 (MQ=255) cgcAGTGAGATTTGAGCGGCGGGTGGGGGCTGTGATCTTGTAGGCATGGGATGGATGGCACCGGCGGTGCCGGTGTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGTGTGGGGTGCTTGGCCAATGCAGTGGTTTGCCCTCGCCACGTCTGGCCt < 8:91819/149‑1 (MQ=255) tGAGATTTGAGCGGCGGGTGGGGGCTGTGATCTTGTAGGCATGGGATGGATGGCACCGGCGGTGCCGGTGTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGTGTGGGGTGCTTGGCCAATGCAGTGGTTTGCCCTCGCCACGTCTGGCCtgatg > 2:10451/1‑148 (MQ=255) aTTTGAGCGGCGGGTGGGGTCTGTGATCTTGTAGGCATGGGTTGGATCGCACCGGCGGTGCCGGTGTTCGCGGGCGCGGCCGCTCCCACAGTGCGGGGTGCTTGGCCAATGCAGTGGTTTGCCCTCGCCACGTCTGGCCTGATGAAGc < 6:269442/148‑1 (MQ=255) aGCGGCGGGTGGGGGCTGTGATCTTGTAGTCATGGGATGGATGGCACCGGCGGTGCCGGTGTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGTGTGGGGTGCTTGGCCAATGCAGTGGTTTGCCCTCGCCACGTCTGGCCTGATGAAGCCCAtt > 6:285438/1‑148 (MQ=255) gTGGGGGCTGTGATCTTGTAGGCATGGGATGGATGGCACCGGCGGTGCCGGTGTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGTGTGGGGTGCTTGGCCAATGCAGTGGTTTGCCCTCGCCACGTCTGGCCTGATGAAGCCCATTTCTTCTg > 4:140654/1‑147 (MQ=255) gTGGGGGCTGTGATCTTGTAGGCATGGGATGGATGGCACCGGCGGTGCCGGTGTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGTGTGGGGTGCTTGGCCAATGCAGTGGTTTGCCCTCGCCACGTCTGGCCTGATGAAGCCCATTTCTTCTg < 3:140654/147‑1 (MQ=255) gggCTGTGATCTTGTAGGCATGGGATGGATGGCACCGGCGGTGCCGGTGTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGTGTGGGGTGCTTGGCCAATGCAGTGGTTTGCCCTCGCCACGTCTGGCCTGATGAAGCCCATTTCTTCTGACTGc > 4:90458/1‑148 (MQ=255) gggCTGTGATCTTGTAGGCATGGGATGGATGGCACCGGCGGTGCCGGTGTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGTGTGGGGTGCTTGGCCAATGCAGTGGTTTGCCCTCGCCACGTCTGGCCTGATGAAGCCCATTTCTTCTGACTGCa < 8:210534/149‑1 (MQ=255) tgtgATCTTGTAGGCATGGGATGGATGGCACCGGCGGTGCCGGTGTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGTGTGGGGTGCTTGGCCAATGCAGTGGTTTGCCCTCGCCACGTCTGGCCTGATGAAGCCCATTTCTTCTGACTGCAAGc > 7:180593/1‑148 (MQ=255) gATCTTGTAGGCATGGGATGGATGGCACCGGCGGTGCCGGTGTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGTGTGGGGTGCTTGGCCAATGCAGTGGTTTGCCCTCGCCACGTCTGGCCTGATGAAGCCCATTTCTTCTGACTGCAAGCGAgg > 8:181112/1‑149 (MQ=255) aTCTTGTAGGCATGGGATGGATGGCACCGGCGGTGCCGGTGTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGTGTGGGGTGCTTGGCCAATGCAGTGGTTTGCCCTCGCCACGTCTGGCCTGATGAAGCCCATTTCTTCTGACTGCAAGCGAgg > 8:164613/1‑148 (MQ=255) aTCTTGTAGGCATGGGATGGATGGCACCGGCGGTGCCGGTGTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGTGTGGGGTGCTTGGCCAATGCAGTGGTTTGCCCTCGCCACGTCTGGCCTGATGAAGCCCATTTCTTCTGACTGCAAGCGAgg > 7:225434/1‑148 (MQ=255) gTAGGCATGGGATGGATGGCACCGGCGGTGCCGGTGTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGTGTGGGGTGCTTGGCCAATGCAGTGGTTTGCCCTCGCCACGTCTGGCCTGATGAAGCCCATTTCTTCTGACTGCAAGCGAGGCa < 1:53462/145‑1 (MQ=255) ggCATGGGATGGATGGCACCGGCGGTGCCGGTGTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGTGTGGGGTGCTTGGCCAATGCAGTGGTTTGCCCTCGCCACGTCTGGCCTGATGAAGCCCATTTCTTCTGACTGCAAGCGAGGCATAGCCTc < 3:90458/149‑1 (MQ=255) gCATGGGATGGATGGCACCGGCGGTGCCGGTGTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGTGTGGGGTGCTTGGCCAATGCAGTGGTTTGCCCTCGCCACGTCTGGCCTGATGAAGCCCATTTCTTCTGACTGCAAGCGAGGCATAGCCTCg > 2:119720/1‑149 (MQ=255) aTGGGATGGATGGCACCGGCGGTGCCGGTGTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCCCAGTGTGGGGTGCTTGGCCAATGCAGTGGTTTGCCCTCGCCCCGTCTGGCCTGATGAAGCCCATTTCTTCTGACTGCACGCGAGGCATAGCCTCGcc > 3:162103/1‑149 (MQ=255) tGGGATGGATGGCACCGGCGGTGCCGGTGTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGTGTGGGGTGCTTGGCCAATGCAGTGGTTTGCCCTCGCCACGTCTGGCCTGATGAAGCCCATTTCTTCTGACTGCAAGCGAGGCATAGCCTCGCCt > 6:68068/1‑149 (MQ=255) gatggatgGCACCGGCGGTGCCGGTGTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGTGTGGGGTGCTTGGCCAATGCAGTGGTTTGCCCTCGCCACGTCTGGCCTGATGAAGCCCATTTCTTCTGACTGCAAGCGAGGCATAGCCTCGCCTGGt < 5:285438/149‑1 (MQ=255) tggatggCACCGGCGGTGCCGGTGTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGTGTGGGGTGCTTGGCCAATGCAGTGGTTTGCCCTAGCCACGTCTGGCCTGATGAAGCCCATTTCTTCTGACTGCAAGCGAGGCTATGCCTCGCTTgcagt < 4:273147/149‑5 (MQ=38) ggatggCACCGGCGGTGCCGGTGTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGTGTGGGGTGCTTGGCCAATGCAGTGGTTTGCCCTCGCCACGTCTGGc > 6:41846/1‑95 (MQ=255) ggatggCACCGGCGGTGCCGGTGTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGTGTGGGGTGCTTGGCCAATGCAGTGGTTTGCCCTCGCCACGTCTGGc < 5:41846/95‑1 (MQ=255) caccggCACCGCCGGTGCCGGTGTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGTGTGGGGTGCTTGGCCAATGCAGTGGTTTGCCCTCGCCACGTCTGGCCTGATGAAGCCCATTTCTTCTGACTGCAAGCGAGGCATAGCCTCGCCTGGtctc > 3:78308/5‑149 (MQ=255) gcgaacACCGGCACCGCCGGTGTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGTGTGGGGTGCTTGGCCAATGCAGTGGTTTGCCCTCGCCACGTCTGGCCTGATGAAGCCCATTTCTTCTGACTGCAAGCGAGGCATAGCCTCGCCTGGTCTcg > 4:251106/6‑149 (MQ=255) gcgaacACCGGCACCGCCGGTGTTCGCGGGCGCGCCCGCTACCACAGTGTGGGGTGCTTTGCCAATGAAGTTGTTTGCCCTCGCCACGTCTGGCCTGATTAAGCCCATTTATTATGACTGCAAACGACGCATAGCCACGCCTGCTCTcg > 8:259746/6‑149 (MQ=255) | AAACGCTCGGGGCAGAGCCCGCGGGTGAAGGTGGATGATGGGGATGCAATTGCCATCTCGGCGTTTATCAGTGTTTATCCGCGCAGTGAGATTTGAGCGGCGGGTGGGGGCTGTGATCTTGTAGGCATGGGATGGATGGCACCGGCGGTGCCGGTGTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGTGTGGGGTGCTTGGCCAATGCAGTGGTTTGCCCTCGCCACGTCTGGCCTGATGAAGCCCATTTCTTCTGACTGCAAGCGAGGCATAGCCTCGCCTGGTCTCG > NC_002947/2037311‑2037593 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |