Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,157,393 | G→A | 7.3% | V233I (GTC→ATC) | fabD → | malonyl‑CoA‑ACP transacylase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,157,393 | 0 | G | A | 7.3% | 158.1 / 2.5 | 55 | V233I (GTC→ATC) | fabD | malonyl‑CoA‑ACP transacylase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (27/24); new base A (2/2); total (29/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.52e-01 |
GGCCAAAGGTGCCAAGCGCGCCCTGCCACTGGCGGTGAGCGTCCCGTCGCACTGCGCCCTGATGAAGCCAGCCGCCGAGCGCTTTGCCGAATCGGTCAATGCCATCGAATGGAAGGCCCCGCAGATTCCGGTGGTGCAGAACGTCACTGCAGCCGTCGCCGCCGACCTCGATGCCCTCAAGCACGACCTGCTGGCACAGCTGTACCAGCCGGTACGCTGGGTCGAGTGCGTGCAGACCCTGGCCGCCAACGGTGCGGTCAACCTGGTCGAGTGTGGCCCGGGCAAGGT > NC_002947/2157251‑2157538 | ggCCAAAGGTGCCAAGCGCGCCCTGCCACTGGCGGTGAGCGTCCCGTCGCACTGCGCCCTGATGAAGCCAGCCGCCGAGCGCTTTGCCGAATCGGTCAATGCCATCGAATGGAAGGCCCCGCAGATTCCGGTGGTGCAGAACATCa > 2:50622/1‑146 (MQ=255) ggCCAAAGGTGCCAAGCGCGCCCTGCCACTGGCGGTGAGCGTCCCGTCGCACTGCGCCCTGATGAAGCCAGCCGCCGAGCGCTTTGCCGAATCGGTCAATGCCATCGAATGGAAGGCCCCGCAGATTCCGGTGGTGCAGAACATCa > 2:45945/1‑146 (MQ=255) ggCCAAAGGTGCCAAGCGCGCCCTGCCACTGGCGGTGAGCGTCCCGTCGCACTGCGCCCTGATGAAGCCAGCCGCCGAGCGCTTTGCCGAATCGGTCAATGCCATCGAATGGAAGGCCCCGCAGATTCCGGTGGTGCAGAACATCa < 1:50622/146‑1 (MQ=255) ggCCAAAGGTGCCAAGCGCGCCCTGCCACTGGCGGTGAGCGTCCCGTCGCACTGCGCCCTGATGAAGCCAGCCGCCGAGCGCTTTGCCGAATCGGTCAATGCCATCGAATGGAAGGCCCCGCAGATTCCGGTGGTGCAGAACATCa < 1:45945/146‑1 (MQ=255) ccAAAGGTGCCAAGCGCGCCCTGCCACTGGCGGTGAGCGTCCCGTCGCACTGCGCCCTGATGAAGCCAGCCGCCGAGCGCTTTGCCGAATCGGTCAATGCCATCGAATGGAAGGCCCCGCAGATTCCGGTGGTGCAGAACGTCACTg > 4:166739/1‑147 (MQ=255) gCCAAGCGCGCCCTGCCACTGGCGGTCACCGTCCCCTCGCACTGCGCCCTGATGAAGCCAGCCGCCGAGCGCTTTGCCGAATCGGTCAATGCCATCGAATGGAAGGCCCCGCAGATTCCGGTGGTGCAGAACGTCACTGCAGCCGTcgc > 5:58797/1‑149 (MQ=255) aaGCGCGCCCTGCCACTGGCGGTGAGCGTCCCGTCGCACTGCGCCCTGATGAAGCCAGCCGCCGAGCGCTTTGCCGAATCGGTCAATGCCATCGAATGGAAGGCCCCGCAGATTCCGGTGGTGCAGAACGTCACTGCAGCCGTcgccgc > 3:170299/1‑149 (MQ=255) cACTGGCGGTGAGCGTCCCGTCGCACTGCGCCCTGATGAAGCCAGCCGCCGAGCGCTTTGCCGAATCGGTCAATGCCATCGAATGGAAGGCCCCGCAGATTCCGGTGGTGCAGAACGTCACTGCAGCCGTCGCCGCCGACCTCGATGcc < 4:30232/149‑1 (MQ=255) aCTGGCGGTGAGCGTCCCGTCGCACTGCGCCCTGATGAAGCCAGCCGCCGAGCGCTTTGCCGAATCGGTCAATGCCATCGAATGGAAGGCCCCGCAGATTCCGGTGGTGCAGAACGTCACTGCAGCCGTCGCCGCCGACCTCGATGccc < 1:287517/149‑1 (MQ=255) gCGGTGAGCGTCCCGTCGCACTGCGCCCTGATGAAGCCAGCCGCCGAGCGCTTTGCCGAATCGGTCAATGCCATCGAATGGAAGGCCCCGCAGATTCCGGTGGTGCAGAACGTCACTGCAGCCGTCGCCGCCGACCTCGATGCCCTc > 8:282217/1‑147 (MQ=255) gCGTCCCGTCGCACTGCGCCCTGATGAAGCCAGCCGCCGAGCGCTTTGCCGAATCGGTCAATGCCATCGAATGGAAGGCCCCGCAGATTCCGGTGGTGCAGAACGTCACTGCAGCCGTCGCCGCCGACCTCGATGCCCTCAAGCACGAc < 1:194212/149‑1 (MQ=255) gTCGCACTGCGCCCTGATGAAGCCAGCCGCCGAGCGCTTTGCCGAATCGGTCAATGCCATCGAATGGAAGGCCCCGCAGATTCCGGTGGTGCAGAACGTCACTGCAGCCGTCGCCGCCGACCTCGATGCCCTCAAGCACGACCTGCTgg < 2:42155/149‑1 (MQ=255) gTCGCACTGCGCCCTGATGAAGCCAGCCGCCGAGCGCTTTGCCGAATCGGTCAATGCCATCGAATGGAAGGCCCCGCAGATTCCGGTGGTGCAGAACGTCACTGCAGCCGTCGCCGCCGACCTCGATGCCCTCAAGCACGACCTGCTgg > 4:121378/1‑149 (MQ=255) gCACTGCGCCCTGATGAAGCCAGCCGCCGAGCGCTTTGCCGAATCGGTCAATGCCATCGAATGGAAGGCCCCGCAGATTCCGGTGGTGCAGAACGTCACTGCAGCCGTCGCCGCCGACCTCGATGCCCTCAAGCACGACCTGCTGGca < 2:202626/148‑1 (MQ=255) gCACTGCGCCCTGATGAAGCCAGCCGCCGAGCGCTTTGCCGAATCGGTCAATGCCATCGAATGGAAGGCCCCGCAGATTCCGGTGGTGCAGAACGTCACTGCAGCCGTCGCCGCCGACCTCGATGCCCTCAAGCACGACCTGCTGGca > 1:176337/1‑148 (MQ=255) aCTGCGCCCTGATGAAGCCAGCCGCCGAGCGCTTTGCCGAATCGGTCAATGCCATCGAATGGAAGGCCGCGCAGATTCCGGTGGTGCAGAACGTCACTGCAGCCGTCGCCGCCGACCTCGATGCCCTCAAGCACGACCTGCTGGCACAg < 3:26474/149‑1 (MQ=255) cgcCCTGATGAAGCCAGCCGCCGAGCGCTTTGCCGAATCGGTCAATGCCATCGAATGGAAGGCCCCGCAGATTCCGGTGGTGCAGAACGTCACTGCAGCCGTCGCCGCCGACCTCGATGCCCTCAAGCACGACCTGCTGGCACAGCt < 1:148879/147‑1 (MQ=255) ccTGATGAAGCCAGCCGCCGAGCGCTTTGCCGAATCGGTCAATGCCATCGAATGGAAGGCCCCGCAGATTCCGGTGGTGCAGAACGTCACTGCAGCCGTCGCCGCCGAc > 7:8784/1‑109 (MQ=255) ccTGATGAAGCCAGCCGCCGAGCGCTTTGCCGAATCGGTCAATGCCATCGAATGGAAGGCCCCGCAGATTCCGGTGGTGCAGAACGTCACTGCAGCCGTCGCCGCCGAc < 8:8784/109‑1 (MQ=255) gccagccGCCGAGCGCTTTGCCGAATCGGTCAATGCCATCGAATGGAAGGCCCCGCAGATTCCGGTGGTGCAGAACGTCACTGCAGCCGTCGCCGCCGACCTCGATGCCCTCAAGCACGACCTGCTGGCACAGCTGTACCAGCCGGTAc > 3:110905/1‑149 (MQ=255) cagccGCCGAGCGCTTTGCCGAATCGGTCAATGCCATCGAATGGAAGGCCCCGCAGATTCCGGTGGTGCAGAACGTCACTGCAGCCGTCGCCGCCGACCTCGATGCCCTCAAGCACGACCTGCTGGCACAGCTGTACCAGCCGGTACGc > 4:264171/1‑149 (MQ=255) cagccGCCGAGCGCTTTGCCGAATCGGTCAATGCCATCGAATGGAAGGCCCCGCAGATTCCGGTGGTGCAGAACGTCACTGCAGCCGTCGCCGCCGACCTCGATGCCCTCAAGCACGACCTGCTGGCACAGCTGTACCAGCCGGTACGc < 4:170299/149‑1 (MQ=255) agccGCCGAGCGCTTTGCCGAATCGGTCAATGCCATCGAATGGAAGGCCCCGCAGATTCCGGTGGTGCAGAACGTCACTGCAGCCGTCGCCGCCGACCTCGATGCCCTCAAGCACGACCTGCTGGCACAGCTGTACCAGCCGGTACGCt > 3:1788/1‑149 (MQ=255) agccGCCGAGCGCTTTGCCGAATCGGTCAATGCCATCGAATGGAAGGCCCCGCAGATTCCGGTGGTGCAGAACGTCACTGCAGCCGTCGCCGCCGACCTCGATGCCCTCAAGCACGACCTGCTGGCACAGCTGTACCAGCCGGTACGCt > 7:55338/1‑149 (MQ=255) agccGCCGAGCGCTTTGCCGAATCGGTCAATGCCATCGAATGGAAGGCCCCGCAGATTCCGGTGGTGCAGAACGTCACTGCAGCCGTCGCCGCCGACCTCGATGCCCTCAAGCACGACCTGCTGGCACAGCTGTACCAGCCGGTACGCt > 5:252445/1‑149 (MQ=255) gccgccGAGCGCTTTGCCGAATCGGTCAATGCCATCGAATGGAAGGCCCCGCAGATTCCGGTGGTGCAGAACGTCACTGCAGCCGTCGCCGCCGACCTCGATGCCCTCAAGCACGACCTGCTGGCACAGCTGTACCAGCCGGTACGCTg < 5:88638/149‑1 (MQ=255) ccgccgAGCGCTTTGTCGAATCGGTCAATGCCATCGAATGGAAGGCCCCGCAGATTCCGGTGGTGCAGAACGTCACTGCAGCCGTCGCCGCCGACCTCGATGCCCTCAAGCACGACCTGCTGGCACAGCTGTACCAGCCGGTACGCTgg < 5:66307/149‑1 (MQ=255) ccgAGCGCTTTGCCGAATCGGTCAATGCCATCGAATGGAAGGCCCCGCAGATTCCGGTGGTGCAGAACGTCACTGCAGCCGTCGCCGCCGACCTCGATGCCCTCAAGCACGACCTGCTGGCACAGCTGTACCAGCCGGTACGCTGGGTc < 2:176337/149‑1 (MQ=255) ccgAGCGCTTTGCCGAATCCTGCAATGCCATCGAATGGAAGGCCCCGCAGATTCCGGTGGTGCAGAACGTCACTGCAGCCGTCGCCGCCGACCTCGATGCCCTCAAGCACGACCTGCTGGCACAGCTGTACCAGCCGGTACGCTGGGTc < 6:252445/149‑1 (MQ=255) gAGCGCTTTGCCGAATCGGTCAATGCCATCGAATGGAAGGCCCCGCAGATTCCGGTGGTGCAGAACGTCACTGCAGCCGTCGCCGCCGACCTCGATGCCCTCAAGCACGACCTGCTGGCACAGCTGTACCAGCCGGTACGCTGGGTc > 4:80/1‑147 (MQ=255) gAGCGCTATGCCGAATCGGTCAATGCCATCGAATGGAAGGGCCCCCAGAGACCGGTGGTGCAGAACGTCACTGCAGCCGTCGCCGCCGACCTCGATGCCCTCAAGCACGACCTGCTGGCACAGCTGTACCAGCCGGTACGCTGGGTCGa < 4:250119/149‑1 (MQ=255) gcgcTTTGCCGAATCGGTCAATGCCATCGAATGGAAGGCCCCGCAGAGTCCGGTGGTGCAGAACGTCACTGCAGCCGGCGCCGCCGACCTCGATGCCCTCAAGCACGACCTGCTGGCACAGCTGTACCAGCCGGTACGCTGGGTCGAgt < 4:306676/149‑1 (MQ=255) gcTTTGCCGAATCGGTCAATGCCATCGAATGGAAGGCCCCGCAGATTCCGGTGGTGCAGAACGTCACTGCAGCCGTCGCCGCCGACCTCGATGCCCTCAAGCACGACCTGCTGGCACAGCTGTACCAGCCGGTACGCTGGGTCGAgtgc < 7:282217/149‑1 (MQ=255) cTTTGCCGAATCGGTCAATGCCATCGAATGGAAGGCCCCGCAGATTCCGGTGGTGCAGAACGTCACTGCAGCCGTCGCCGCCTACCTCGATGCCCTCAAGCACGACCTGCTGGCACAGCTGTACCAGCCGGTACGCTGGGTCGAgtgcg > 7:230470/1‑149 (MQ=255) tttGCCGAATCGGTCAATGCCATCGAATGGAAGGCCCCGCAGATTCCGGTGGTGCAGAACGTCACTGCAGCCGTCGCCGCCGACCTCGATGCCCTCAAGCACGACCTGCTGGCACAGCTGTACCAGCCGGTACGCTGGGTCGAgtgcgt > 8:105765/1‑149 (MQ=255) ccGAATCGGTCAATGCCATCGAATGGAAGGCCCCGCAGATTCCGGTGGTGCAGAACGTCACTGCAGCCGTCGCCGCCGACCTCGATGCCCTCAAGCACGACCTGCTGGCACAGCTGTACCAGCCGGTACGCTGGGTCGAGTGCGTGCAg > 7:51184/1‑149 (MQ=255) gAATCGGTCAATGCCATCGAATGGAAGGCCCCGCAGATTCCGGTGGTGCAGAACGTCACTGCAGCCGTCGCCGCCGACCTCGATGCCCTCAAGCACGACCTGCTGGCACAGCTGTACCAGCCGGTACGCTGGGTCGAGTGCGTGCAgcc > 6:213198/1‑147 (MQ=255) atctggTCAATGCCATCGAATGGAAGGCCCCGCAGATTCCGGTGGTGCAGAACGTCACTGCAGCCGTCGCCGCCGACCTCGATGCCCTCAAGCACGACCTGCTGGCACAGCTGTACCAGCCGGTACGCTGGGTCGAGTGCGTGCAGAcc < 7:184889/145‑1 (MQ=255) aTCGGTCAATGCCATCGAATGGAAGGCCCCGCAGATTCCGGTGGTGCAGAACGTCACTGCAGCCGTCGCCGCCGACCTCGATGCCCTCAAGCACGACCTGCTGGCACAGCTGTACCAGCCGGTACGCTGGGTCGAGTGCGTGCAGAccc < 3:121378/149‑1 (MQ=255) gTCAATGCCATCGAATGGAAGGCCCCGCAGATTCCGGTGGTGCAGAACGTCACTGCAGCCGTCGCCGCCGACCTCGATGCCCTCAAGCACGACCTGCTGGCACAGCTGTACCAGCCGGTACGCTGGGTCGAGTGCGTGCAGAcc > 8:184889/1‑144 (MQ=255) aaTGCCATCGAATGGAAGGCCCCGCAGATTCCGGTGGTGCAGAACGTCACTGCAGCCGTCGCCGCCGACCTCGATGCCCTCAAGCACGACCTGCTGGCACAGCTGTACCAGCCGGTACGCTGGGTCGAGTGCGTGCAGACCCTGgccgc < 4:1788/149‑1 (MQ=255) aTCGAATGGAAGGCCCCGCAGATTCCGGTGGTGCAGAACGTCACTGCAGCCGTCGCCGCCGACCTCGATGCCCTCAAGCACGACCTGCTGGCACAGCTGTACCAGCCGGTACGCTGGGTCGAGTGCGTGCAGACCCTGGCCGCCAACgg > 5:124172/1‑149 (MQ=255) aTCGAATGGAAGGCCCCGCAGATTCCGGTGGTGCAGAACGTCACTGCAGCCGTCGCCGCCGACCTCGATGCCCTCAAGCACGACCTGCTGGCACAGCTGTACCAGCCGGTACGCTGGGTCGAGTGCGTGCAGACCCTGGCCGCCAACgg > 6:279531/1‑149 (MQ=255) gAAGGCCCCGCCCCTTCCGGTGGGGCAGAACGTCACTGCAGCCGTCGCCCCCGACCTCGCTGCCCTCAACCACGACCTGCTGGCACAGCTGTACCCGCCGGTACGCTGGGTCGAGTGCGTGCAGACCCTGGCCGCCAACGGTGCGGTc < 6:58797/148‑1 (MQ=255) cccGCAGATTCCGGTGGTGCAGAACGTCACTGCAGCCGTCGCCGCCGACCTCGATGCCCTCAAGCACGACCTGCTGGCACAGCTGTACCAGCCGGTACGCTGGGTCGAGTGCGTGCAGACCCTGGCCGCCAACGGTGCg < 1:210683/139‑1 (MQ=255) cccGCAGATTCCGGTGGTGCAGAACGTCACTGCAGCCGTCGCCGCCGACCTCGATGCCCTCAAGCACGACCTGCTGGCACAGCTGTACCAGCCGGTACGCTGGGTCGAGTGCGTGCAGACCCTGGCCGCCAACGGTGCg > 2:210683/1‑139 (MQ=255) cccGCAGATTCCGGTGGTGCAGAACGTCACTGCAGCCGTCGCCGCCGACCTCGATGCCCTCAAGCACGACCTGCTGGCACAGCTGTACCAGCCGGTACGCTGGGTCGAGTGCGTGCAGACCCTGGCCGCCAACGGTGCGGTCAACCTgg > 1:292182/1‑149 (MQ=255) ccGCAGATTCCGGTGGTGCAGAACGTCACTGCAGCCGTCGCCGCCGACCTCGATGCCCTCAAGCACGACCTGCTGGCACAGCTGTACCAGCCGGTACGCTGGGTCGAGTGCGTGCAGACCCTGGCCGCCAACGGTGCGGTCAACCTGGt > 2:6736/1‑149 (MQ=255) gATTCCGGTGGTGCAGAACGTCACTGCAGCCGTCGCCGCCGACCTCGATGCCCTCAAGCACGACCTGCTGGCACAGCTGTACCAGCCGGTACGCTGGGTCGAGTGCGTGCAGACCCTGGCCGCCAACGGTGCGGTCAACCTGGTCGAgt < 6:124172/149‑1 (MQ=255) gATTCCGGTGGTGCAGAACGTCACTGCAGCCGTCGCCGCCGACCTCGATGCCCTCAAGCACGACCTGCTGGCACAGCTGTACCAGCCGGTACGCTGGGTCGAGTGCGTGCAGACCCTGGCCGCCAACGGTGCGGTCAACCTGGTCGAgt < 2:292182/149‑1 (MQ=255) cGGTGGTGCAGAACGTCACTGCAGCCGTCGCCGCCGACCTCGATGCCCTCAAGCACGACCTGCTGGCACAGCTGTACCAGCCGGTACGCTGGGTCGAGTGCGTGCAGACCCTGGCCGCCAACGGTGCGGTCAACCTGGTCGAGTGTgg < 4:110905/148‑1 (MQ=255) cGGTGGTGCAGAACGTCACTGCAGCCGTCGCCGCCGACCTCGATGCCCTCAAGCACGACCTGCTGGCACAGCTGTACCAGCCGGTACGCTGGGTCGAGTGCGTGCAGACCCTGGCCGCCAACGGTGCGGTCAACCTGGACGAGTGTGGc > 1:273965/1‑149 (MQ=255) ggtggtGCAGAACGTCACTGCAGCCGTCGCCGCCGACCTCGATGCCCTCAAGCACGACCTGCTGGCACAGCTGTACCAGCCGGTACGCTGGGTCGAGTGCGTGCAGACCCTGGCCGCCAACGGTGCGGTCAACCTGGTCGAGTGTGGcc > 5:229206/1‑149 (MQ=255) cAGAACGTCACTGCAGCCGTCGCCGCCGACCTCGATGCCCTCAAGCACGACCTGCTGGCACAGCTGTACCAGCCGGTACGCTGGGTCGAGTGCGTGCAGACCCTGGCCGCCAACGGTGCGGTCAACCTGGTCGAGTGTGGCCCGGGc > 3:181388/1‑147 (MQ=255) aaCGTCACTGCAGCCGTCGCCGCCGACCTCGATGCCCTCAAGCACGACCTGCTGGCACAGCTGTACCAGCCGGTACGCTGGGTCGAGTGCGTGCAGACCCTGGCCGCCAACGGTGCGGTCAACCTGGTCGAGTGTGGCCCGGGCAAGGt > 6:27064/1‑149 (MQ=255) | GGCCAAAGGTGCCAAGCGCGCCCTGCCACTGGCGGTGAGCGTCCCGTCGCACTGCGCCCTGATGAAGCCAGCCGCCGAGCGCTTTGCCGAATCGGTCAATGCCATCGAATGGAAGGCCCCGCAGATTCCGGTGGTGCAGAACGTCACTGCAGCCGTCGCCGCCGACCTCGATGCCCTCAAGCACGACCTGCTGGCACAGCTGTACCAGCCGGTACGCTGGGTCGAGTGCGTGCAGACCCTGGCCGCCAACGGTGCGGTCAACCTGGTCGAGTGTGGCCCGGGCAAGGT > NC_002947/2157251‑2157538 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |