Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,340,333 | C→T | 8.1% | G325G (GGC→GGT) | dctA‑II → | C4‑dicarboxylate transport protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,340,333 | 0 | C | T | 8.1% | 139.9 / 2.2 | 49 | G325G (GGC→GGT) | dctA‑II | C4‑dicarboxylate transport protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (25/20); new base T (2/2); total (27/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.57e-01 |
AACTCGAGAAGCTTGGGTGCAAGAAAGGCGTGGTTGGCCTGGTGCTGCCCACTGGCTACTCGTTCAACCTGGACGGTACTGCCATCTATCTGTCGTTGGCAGCCGTGTTCATCGCGCAGGCCTGCAACATC‑GACCTGAGCCTGGGCCAGGTGGTCACCATGCTGGCGATCATGCTGCTGTCCTCCAAGGGCGCGGCAGGTGTCACCG‑‑GCAGCGGTTTCGTGGCCTTGGCCTCGACCCTTACCGTGATCCACGACATTCCCCTGGCCGGCCTGGCCCTGTTGATCGGGGT > NC_002947/2340188‑2340476 | aaCTCGAGAAGCTTGGGTGCAAGAAAGGCGTGGTTGGCCTGGTGCTGCCCACTGGCTACTCGTTCAACCTGGACGGTACTGCCATCTATCTGTCGTTGGCAGCCGTGTTCATCGCGCAGGCCTGCAACATC‑GACCTGAGCCTGGGCCAg < 7:148508/149‑1 (MQ=255) ccaGAAACGCGTGGATCGCCTGGAGCTCCCCACTGCCTACTCCATCAACCAGGACTGAACTGCCATCTATCTGTCGTTGCCAGCCGTGTTCATCGCGCAGGCCTGCAACATC‑GACCTGAGCCTGGCCCAGGTGGTCACCATGCTGGCGa < 8:116908/147‑1 (MQ=255) cAAGAAAGGCGTGGTTGGCCTGGTGCTGCCCACTGGCTACTCGTTCAACCTGGACGGTACTGCCATCTATCTGTCGTTGGCAGCCGTGTTCATCGCGCAGGCCTGCAACATC‑GACCTGAGCCTGGGCCAGGTGGTCACCATGCTGGCGa < 3:5972/149‑1 (MQ=255) gAAAGGCGTGGTTGGCCTGGTGCTGCCCACTGGCTACTCGTTCAACCTGGACGGTACTGCCATCTATCTGTCGTTGGCAGCCGTGTTCATCGCGCAGGCCTGCAACATC‑GACCTGAGCCTGGGCCAGGTGGTCAcc > 5:208156/1‑136 (MQ=255) gAAAGGCGTGGTTGGCCTGGTGCTGCCCACTGGCTACTCGTTCAACCTGGACGGTACTGCCATCTATCTGTCGTTGGCAGCCGTGTTCATCGCGCAGGCCTGCAACATC‑GACCTGAGCCTGGGCCAGGTGGTCAcc < 6:208156/136‑1 (MQ=255) aaaGGCGTGGTTGGCCTGGTGCTGCCCACTGGCTACTCGTTCAACCTGGACGGTACTGCCATCTATCTGTCGTTGGCAGCCGTGTTCATCGCGCAGGCCTGCAACATC‑GACCTGAGCCTGGGTCAGGTGGTCACCATGCTGGCGATCAt > 4:238017/1‑149 (MQ=255) tGGTGCTGCCCACTGGCTACTCGTTCAACCTGGACGGTACTGCCATCTATCTGTCGTTGGCAGCCGTGCTCATCGCGCAGGCCTGCAACATC‑GACCTGAGCCTGGGCCAGGTGGTCACCATGCTGGCGATCATGCTGCTGTCCTCCAAg > 4:812/1‑149 (MQ=255) gTGCTGCCCACTGGCTACTCGTTCAACCTGGACGGTACTGCCATCTATCTGTCGTTGGCAGCCGTGTTCATCGCGCAGGCCTGCAACATC‑GACCTGAGCCTGGGCCAGGTGGTCACCATGCTGGCGATCATGCTGCTGTCCTCCAAggg > 4:6655/1‑149 (MQ=255) ccACTGGCTACTCGTTCAACCTGGACGGTACTGCCATCTATCTGTCGTTGGCAGCCGTGTTCATCGCGCAGGCCTGCAACATC‑GACCTGAGCCTGGGCCAGGTGGTCACCATGCTGGCGATCATGCTGCTGTCCTCCAAGGGCGCgg > 1:13043/1‑147 (MQ=255) ccACTGGCTACTCGTTCAACCTGGACGGTACTGCCATCTATCTGTCGTTGGCAGCCGTGTTCATCGCGCAGGCCTGCAACATC‑GACCTGAGCCTGGGCCAGGTGGTCACCATGCTGGCGATCATGCTGCTGTCCTCCAAGGGCGCgg > 5:218410/1‑147 (MQ=255) cACTGGCTACTCGTTCAACCTGGACGGTACTGCCATCTATCTGTCGTTGGCAGCCGTGTTCATCGCGCAGGCCTGCAACATC‑GACCTGAGCCTGGGCCAGGTGGTCACCATGCTGGCGATCATGCTGCTGTCCTCCAAGGGCGCGGCAg > 6:168560/1‑149 (MQ=255) gTTCAACCTGGACGGTACTGCCATCTATCTGTCGTTGGCAGCCGTGTTCATCGCGCAGGCCTGCAACATC‑GACCTGAGCCTGGGCCAGGTGGTCACCATGCTGGCGATCATGCTGCTGTCCTCCAAGGGCGCGGCAGGTGTCACCg‑‑g > 4:61139/1‑147 (MQ=255) ccTGGACGGTACTGCCATCTATGTGTCGTTGGCAGCCGTGTTCATCGCGCAGGCCTGCAACATC‑GACCTGAGCCTGGGCCAGGTGGTCACCATGCTGGCGATCATGCTGCTGTCCTCCAAGGGCGCGGc < 7:168387/129‑1 (MQ=255) ccTGGACGGTACTGCCATCTATCTGTCGTTGGCAGCCGTGTTCATCGCGCAGGCCTGCAACATC‑GACCTGAGCCTGGGCCAGGTGGTCACCATGCTGGCGATCATGCTGCTGTCCTCCAAGGGCGCGGCAGGTGTCACCG‑‑GCAGCGGtt > 5:137377/1‑149 (MQ=255) ccTGGACGGTACTGCCATCTATCTGTCGTTGGCAGCCGTGTTCATCGCGCAGGCCTGCAACATC‑GACCTGAGCCTGGGCCACGTGGTCACCATGAAGGCGATCATGCTGCTGTCCTCCAAGGGCGCGGc > 8:168387/1‑129 (MQ=255) aCGGTACTGCCATCTATCTGTCGTTGGCAGCCGTGTTCATCGCGCAGGCCTGTAACATC‑GACCTGAGCCTGGGCCAGGTGGTCACCATGCTGGCGATCATGCTGCTGTCCTCCAAGGGCGCGGCAGGTGTCACCG‑‑GCAGCGGTTTCGtg < 4:303558/149‑1 (MQ=255) tGCCATCTATCTGTCGTTGGCAGCCGTGTTCATCGCGCAGGCCTGCAACATC‑GACCTGAGCCTGGGTCAGGTGGTCACCATGCTGGCGATCATGCTGCTGTCCTCCAAGGGCGTGGCAGGTGTCACCG‑‑GCAGCGGTTTCGtggccttgg > 4:144396/1‑149 (MQ=255) tGCCATCTATCTGTCGTTGGCAGCCGTGTTCATCGCGCAGGCCTGCAACATC‑GACCTGAGCCTGGGCCAGGTGGTCACCATGCTGGCGATCATGCTGCTGTCCTCCAAGGGCGCGGCAGGTGTCACCG‑‑CCAGCGGTTTCGtggccttgg > 4:209651/1‑149 (MQ=255) tctGTCGTTGGCAGCCGTGTTCATCGCGCAGGCCTGCAACATC‑GCCCTGAGCCTGGGCCAGGTGGGCACCATGCTGGCGATCATGCTGCTGTCCTCCAAGGGCGCGGCAGGTGTCACCG‑‑GCAGCGGTTTCGTGGCCTTGGCCTCGa < 8:163897/146‑1 (MQ=255) tctGTCGTTGGCAGCCGTGTTCATCGCGCAGGCCTGCAACATC‑GACCTGAGCCTGGGCCAGGTGGTCACCATGCTGGCGATCATGCTGCTGTCCTCCAAGGGCGCGGCAGGTGTCACCG‑‑GCAGCGGTTTCGTGGCCTTGGCCTCGa < 4:153910/146‑1 (MQ=255) tctGTCGTTGGCAGCCGTGTTCATCGCGCAGGCCTGCAACATC‑GACCTGAGCCTGGGCCAGGTGGTCACCATGCTGGCGATCATGCTGCTGTCCTCCAAGGGCGCGGCAGGTGTCACCG‑‑GCAGCGGTTTCGTGGCCTTGGCCTCGAccc > 2:265131/1‑149 (MQ=255) gTCGTTGGCAGCCGTGTTCATCGCGCAGGCCTGCAACATC‑GACCTGAGCCTGGGCCAGGTGGTCACCATGCTGGCGATCATGCTGCTGTCCTCCAAGGGCGCGGCAGGTGTCACCG‑‑GCAGCGGTTTCGTGGCCTTGGCCTCGACCCTTa > 6:31126/1‑149 (MQ=255) gTTGGCAGCCGTGTTCATCGCGCAGGCCTGCAACATC‑GACCTGAGCCTGGGCCAGGTGGTCACCATGCTGGCGATCATGCTGCTGTCCTCCAAGGGCGCGGCAGGTGTCACCG‑‑GCAGCGGTTTCGTGGCCTTGGCCTCGACCCTTACCg > 8:60495/1‑149 (MQ=255) gCCGTGTTCATCGCGCAGGCCTGCAACATC‑GACCTGAGCCTGGGTCAGGTGGTCACCATGCTGGCGATCATGCTGCTGTCCTCCAAGGGCGCGGCAGGTGTCACCG‑‑GCAGCGGTTTCGTGGCCTTGGCCTCGACCCTTACCGTGATCCa < 3:238017/149‑1 (MQ=255) gtTCATCGCGCAGGCCTGCAACATCGGACCTGAGCCTGGGCCAGGTGGTCACCATGCTGGCGATCATGCTGCTGTCCTCCAAGGGCGCGGCAGGTGTCACCG‑‑GCAGCGGTTTCGTGGCCTTGGCCTCGACCCTTACCGTGATCCACGa > 1:168804/1‑148 (MQ=255) ttCATCGCGCAGGCCTGCAACATC‑GACCTGAGCCTGGGCCAGGTGGTCACCATGCTGGCGATCATGCTGCTGTCCTCCAAGGGCGCGGCAGGTGTCACCG‑‑GCAGCGGTTTCGTGGCCTTGGCCTCGACCCTTACCGTGATCCACGACAt < 6:137377/149‑1 (MQ=255) gcAGGCCTGCAACATC‑GACCTGAGCCTGGGCCAGGTGGTCACCATGCTGGCGATCATGCTGCTGTCCTCCAAGGGCGCGGCAGGTGTCACCG‑‑GCAGCGGTTTCGTGGCCTTGGCCTCGACCCTTACCGTGATCCACGACATTCCCCTgg > 3:255643/1‑149 (MQ=255) gCCTGCAACATC‑GACCTGAGCCTGGGCCAGGTGGTCACCATGCTGGCGATCATGCTGCTGTCCTCCAAGGGCGCGGCAGGTGTCACCg‑‑g < 8:18745/89‑1 (MQ=255) gCCTGCAACATC‑GACCTGAGCCTGGGCCAGGTGGTCACCATGCTGGCGATCATGCTGCTGTCCTCCAAGGGCGCGGCAGGTGTCACCg‑‑g > 7:18745/1‑89 (MQ=255) cTGCAACATC‑GACCTGAGCCTGGGCCAGGTGGTCACCATGCTGGCGATCATGCTGCTGTCCTCCAAGGGCGCGGCAGGTGTCACCG‑‑GCAGCGGTTTCGTGGCCTTGGCCTCGACCCTTACCGTGATCCACGACATTCCCCTggccggcc > 7:147303/1‑149 (MQ=255) tGCAACATC‑GACCTGAGCCTGGGCCAGGTGGTCACCATGCTGGCGATCATGCTGCTGTCCTCCAAGGGCGCGGCAGGTGTCACCG‑‑GCAGCGGTTTCGTGGCCTTGGCCTCGACCCTTACCGTGATCCACGACATTCCCCTGGCCGGCCt > 8:294916/1‑149 (MQ=255) cAACATC‑GACCTGAGCCTGGGCCAGGTGGTCACCATGCTGGCGATCATGCTGCTGTCCTCCAAGGGCGCGGCAGGTGTCACCG‑‑GCAGCGGTTTCGTGGCCTTGGCCTCGACCCTTACCGTGATCCACGACATTCCCCTGGCCGGCCTgg > 1:320125/1‑149 (MQ=255) aaCATC‑GACCTGAGCCTGGGCCAGGTGGTCACCATGCTGGCGATCATGCTGCTGTCCTCCAAGGGCGCGGCAGGTGTCACCG‑‑GCAGCGGTTTCGTGGCCTTGGCCTCGACCCTTACCGt > 7:20069/1‑119 (MQ=255) aaCATC‑GACCTGAGCCTGGGCCAGGTGGTCACCATGCTGGCGATCATGCTGCTGTCCTCCAAGGGCGCGGCAGGTGTCACCG‑‑GCAGCGGTTTCGTGGCCTTGGCCTCGACCCTTACCGt < 8:20069/119‑1 (MQ=255) cATC‑GACCTGAGCCTGGGCCAGGTGGTCACCATGCTGGCGATCATGCTGCTGTCCTCCAAGGGCGCGGCAGGTGTCACCG‑‑GCAGCGGTTTCGTGGCCTTGGCCTCGACCCTTACCGTGATCCAc > 1:223802/1‑124 (MQ=255) cATC‑GACCTGAGCCTGGGCCAGGTGGTCACCATGCTGGCGATCATGCTGCTGTCCTCCAAGGGCGCGGCAGGTGTCACCG‑‑GCAGCGGTTTCGTGGCCTTGGCCTCGACCCTTACCGTGATCCAc < 2:223802/124‑1 (MQ=255) aTC‑GACCTGAGCCTGGGCCAGGTGGTCACCATGCTGGCGATCATGCTGCTGTCCTCCAAGGGCGCGGCAGGTGTCACCG‑‑GCAGCGGTTTCGTGGCCTTGGCCTCGACCCTTACCGTGATCCACGACATTCCCCTGGCCGGCCTGGCCCt > 6:117515/1‑149 (MQ=255) ttggACCTTTGCCTGGGCCAGGTGGTAACCATGGGTGCTTTCATGCTGCGGTCCTCCATTGGCGCGGCAGGTGTTACTGACCCAGCGGTTTCGTGGCCTTGGCCTCGACCCTTACCGTGATCCACGACATTCCCCTGGCCGGCCTGGcc < 1:265131/146‑1 (MQ=255) tC‑GACCTGAGCCTGGGCCAGGTGGTCACCATGCTGGCGATCATGCTGCTGTCCTCCAAGGGCGCGGCAGGTGTCACCG‑‑GCAGCGGTTTCGTGGCCTTGGCCTCGACCCTTACCGTGATCCACGACATTCCCCTGGCCGGCCTGGCCCTg > 4:36996/1‑149 (MQ=255) ccTGAGCCTGGGCCAGGTGGTCACCATGCTGGCGATCATGCTGCTGTCCTCCAAGGGCGCGGCAGGTGTCACCG‑‑GCAGCGGTTTCGTGGCCTTGGCCTCGACCCTTACCGTGATCCACGACATTCCCCTGGCCGGCCTGGCCCTGTTGa < 5:168560/149‑1 (MQ=255) aGCCTGGGTCAGGTGGTCACCATGCTGGCGATCATGCTGCTGTCCTCCAAGGGCGTGGCAGGTGTCACCG‑‑GCAGCGGTTTCGTGGCCTTGGCCTCGACCCTTACCGTGATCCACGACATTCCCCTGGCCGGCCTGGCCCTGTTGATc < 3:144396/147‑1 (MQ=255) aGCCTGGGCCAGGTGGTCACCATGCTGGCGATCATGCTGCTGTCCTCCAAGGGCGCGGCAGGTGTCACCG‑‑GCAGCGGTTTCGTGGCCTTGGCCTCGACCCTTACCGTGATCCACGACATTCCCCTGGCCGGCCTGGCCCTGTTGATc < 3:812/147‑1 (MQ=255) aGCCTGGGCCAGGTGGTCACCATGCTGGCGATCATGCTGCTGTCCTCCAAGGGCGCGGCAGGTGTCACCG‑‑GCAGCGGTTTCGTGGCCTTGGCCTCGACCCTTACCGTGATCCACGACATTCCCCTGGCCGGCCTGGCCCTGTTGATCgg < 7:60495/149‑1 (MQ=255) gCCTGGGCCAGGTGGTCACCATGCTGGCGATCATGCTGCTGTCCTCCAAGGGCGCGGCAGGTGTCACCG‑‑GCAGCGGTTTCGTGGCCTTGGCCTCGACCCTTACCGTGATCCACGACATTCCCCTGGCCGGCCTGGCCCTGTTGATCggg < 5:31126/149‑1 (MQ=255) gCCTGGGCCAGGTGGTCACCATGCTGGCGATCATGCTGCTGTCCTCCAAGGGCGCGGCAGGTGTCACCG‑‑GCAGCGGTTTCGTGGCCTTGGCCTCGACCCTTACCGTGATCCACGACATTCCCCTGGCCGGCCTGGCCCTGTTGATCggg < 3:36996/149‑1 (MQ=255) cTGGGCCAGGTGGTCACCATGCTGGCGATCATGCTGCTGTCCTCCAAGGGCGCGGCAGGTGTCACCG‑‑GCAGCGGTTTCGTGGCCTTGGCCTCGACCCTTACCGTGATCCACGACATTCCCCTGGCCGGCCTGGCCCTGTTGATCGGGGt < 2:168804/149‑1 (MQ=255) cTGGGCCAGGTGGTCACCATGCTGGCGATCATGCTGCTGTCCTCCAAGGGCGCGGCAGGTGTCACCG‑‑GCAGCGGTTTCGTGGCCTTGGCCTCGACCATTACCGTGATCCACGACATTCCCCTGGCCGGCCTGGCCCTGTTGATCgggg > 8:217924/1‑148 (MQ=255) tGGGCCAGGTGGTCACCATGCTGGCGATCATGCTGCTGTCCTCCAAGGGCGCGGCAGGTGTCACCG‑‑GCAGCGGTTTCGtggccttggcct > 1:183460/1‑90 (MQ=255) tGGGCCAGGTGGTCACCATGCTGGCGATCATGCTGCTGTCCTCCAAGGGCGCGGCAGGTGTCACCG‑‑GCAGCGGTTTCGtggccttggcct < 2:183460/90‑1 (MQ=255) | AACTCGAGAAGCTTGGGTGCAAGAAAGGCGTGGTTGGCCTGGTGCTGCCCACTGGCTACTCGTTCAACCTGGACGGTACTGCCATCTATCTGTCGTTGGCAGCCGTGTTCATCGCGCAGGCCTGCAACATC‑GACCTGAGCCTGGGCCAGGTGGTCACCATGCTGGCGATCATGCTGCTGTCCTCCAAGGGCGCGGCAGGTGTCACCG‑‑GCAGCGGTTTCGTGGCCTTGGCCTCGACCCTTACCGTGATCCACGACATTCCCCTGGCCGGCCTGGCCCTGTTGATCGGGGT > NC_002947/2340188‑2340476 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |