Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,365,395 | C→T | 8.8% | G16D (GGC→GAC) | lysA‑I ← | diaminopimelate decarboxylase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,365,395 | 0 | C | T | 8.8% | 121.3 / 2.3 | 46 | G16D (GGC→GAC) | lysA‑I | diaminopimelate decarboxylase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (17/24); new base T (2/2); total (20/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.09e-01 |
GGCGTCCAGCACCAGGCCATGGGCGCGCATCAGGCGCAGCACATGCAAGTTCGGGTTGGCTTTCTGGGCGAAACGTACGGTGTCGAACACGTTCAGCTGCTCGACACGATCGGCGATGGTGCGGGTGTCGTATGCCCATAGTGGCGAGCCGTGCTGGCGAACCGCCTCGGCCAAGAGGGTGAAGGGTGCGGTCATGGTGGCGTTACTCGTATAAGGAAGGCCACGAGGATGAGCCAAAGGGTGAATTCAGAAAAATAGCTATTTTTCTATCTGCCATTCATATTTGATATACCC > NC_002947/2365247‑2365540 | ggCGTCCAGCACCAGGCCATGGGCGCGCATCAGGCGCAGCACATGCAAGTTCGGGTTGGCTTTCTGGGCGAAACGTACGGTGTCGAACACGTTCAGCTGCTCGACACGATCGGCGATGGTGCGGGTGTCGTATGCCCATAGTGGCGAGc > 4:163780/1‑149 (MQ=255) gCGTCCAGCACCAGGCCATGGGCGCGCATCAGGCGCAGCACATGCAAGTTCGGGTTGGCTTTCTGGGCGAAACGTACGGTGTCGAACACGTTCAGCTGCTCGACACGATCGGCGATGGTGCTGGTGTCGTATGCCCATAGTGGCGAGcc < 1:15528/149‑1 (MQ=255) tCCAGCACCAGGCCATGGGCGCGCATCAGGCGCAGCACATGCAAGTTCGGGTTGGCTTTCTGGGCGAAACGTACGGTGTCGAACACGTTCAGCTGCTCGACACGATCGGCGATGGTGCGGGTGTCGTATGCCCATAGTGGCGAGCCGTg < 3:32158/149‑1 (MQ=255) ccAGCACCAGGCCATGGGCGCGCATCAGGCGCAGCACATGCAAGTTCGGGTTGGCTTTCTGGGCGAAACGTACGGTGTCGAACACGTTCAGCTGCTCGACACGATCGGCGATGGTGCGGGTGTCGTATGCCCATAGTGGCGAGCCGTGc > 3:180535/1‑149 (MQ=255) cAGCACCAGGCCATGGGCGCGCATCAGGCGCAGCACATGCAAGTTCGGGTTGGCTTTCTGGGCGAAACGTACGGTGTCGAACACGTTCAGCTGCTCGACACGATCGGCGATGGTGCGGGTGTCGTATGCCCATAGTGGCGAGCCGTGCt > 6:97309/1‑149 (MQ=255) cAGCACCAGGCCATGGGCGCGCATCAGGCGCAGCACATGCAAGTTCGGGTTGGCTTTCTGGGCGAAACGTACGGTGTCGAACACGTTCAGCTGCTCGACACGATCGGCGATGGTGCGGGTGTCGTATGCCCATAGTGGCGAGCCGTGCt > 2:124437/1‑149 (MQ=255) aGCACCAGGCCATGGGCGCGCATCAGGCGCAGCACATGCAAGTTCGGGTTGGCTTTCTGGGCGAAACGTACGGTGTCGAACACGTTCAGCTGCTCGACACGATCGGCGATGGTGCGGGTGTCGTATGCCCATAGTGGCGAGCCGTGCTg < 4:180535/149‑1 (MQ=255) gCACCAGTCCATGGGCGCGCATCTTGAGCATCACATGCAAGTTCGGGTTGGCTTTCTGGGCGATACGTAGGGTGTCTAACACGTTCAGCTGCTCGACACGATCGGCGATGGTGCGGGTGTCGTATGCCCATATTGGCGAGCCGTGCTgg < 2:94478/149‑1 (MQ=255) aGGCCATGGGCGCGCATCAGGCGCAGCACATGCAAGTTCGGGTTGGCTTTCTGGGCGAAACGTACGGTGTCGAACACGTTCAGCTGCTCGACACGATCGGCGATGGTGCGGGTGTCGTATGCCCATAGTGGCGAGCCGTGCTGGCGAAc < 2:68695/149‑1 (MQ=255) ggCCATGGGCGCGCATCAGGCGCAGCACATGCAAGTTCGGGTGGGCTTTCTGGGCGAAACGTACGGTGTCGAACACGTTCAGCTGCTCGACACGATCGGCGATGGTGCGGGTGTCGTATGCCCATAGTGGCGAGCCGTGCTGGCGAAcc < 7:81751/149‑1 (MQ=255) ccATGGGCGCGCATCAGGCGCAGCACATGCAAGTTCGGGTTGGCTTTCTGGGCGAAACGTACGGTGTCGAACACGTTCAGCTGCTCGACACGATCGGCGATGGTGCGGGTGTCGTATGCCCATAGTGGCGAGCCGTGCTGGCGAACCGc < 7:204055/149‑1 (MQ=255) ccATGGGCGCGCATCAGGCGCAGCACATGCAAGTTCGGGTTGGCTTTCTGGGCGAAACGTACGGTGTCGAACACGTTCAGCTGCTCGACACGATCGGCGATGGTGCGGGTGTCGTATGCCCATAGTGGCGAGCCGTGCTGGCGAACCGc > 5:67782/1‑149 (MQ=255) gggCGCGCATCAGGCGCAGCACATGCAAGTTCGGGTTGGCTTTCTGGGCGAAACGTACGGTGTCGAACACGTTCAGCTGCTCGACACGATCGGCGATGGTGCGGGTGTCGTATGCCCATAGTGGCGAGCCGTGCTg < 5:11303/136‑1 (MQ=255) gggCGCGCATCAGGCGCAGCACATGCAAGTTCGGGTTGGCTTTCTGGGCGAAACGTACGGTGTCGAACACGTTCAGCTGCTCGACACGATCGGCGATGGTGCGGGTGTCGTATGCCCATAGTGGCGAGCCGTGCTg > 6:11303/1‑136 (MQ=255) ggctcATCAGGCGCAGCACATGCAAGTTCGGGTTGGCTTTGTGGGCGAAACGTACGGTGTCGAACACGTTCAGCTGCTCGACACGATCGGCGATGGTGCGGGTGTCGTATGCCCATAGTGGCGAGCCGTGCTGGCGAACCGCCTCGTcc < 8:227033/145‑1 (MQ=255) ggCGCAGCACATGCAAGTTCGGGTTGGCTTTCTGGGCGAAACGTACGGTGTCGAACACGTTCAGCTGCTCGACACGATCGGCGATGGTGCGGGTGTCGTATGCCCATAGTGGCGAGCCGTGCTGGCGAACCGCCTCGGCCAAGAGGGt > 4:301715/1‑148 (MQ=255) aTGCAAGTTCGGGTTGGCTTTCTGGGCGAAACGTACGGTGTCGAACACGTTCAGCTGCTCGACACGATCGGCGATGGTGCGGGTGTCGTATGCCCATAGTGGCGAGCCGTGCTGGCGAACCGCCTCGGCCAAGAGGGTGAAGGGTGCgg < 4:91247/149‑1 (MQ=255) tGCAAGTTCGGGTTGGCTTTCTGGGCGAAACGTACGGTGTCGAACACGTTCAGCTGCTCGACACGATCGGCGATGGTGCGGGTGTCGTATGCCCATAGTGGCGAGCCGTGCTGGCGAACCGCCTCGGCCAAGAGGGTGAAGGGTGCGGt > 3:68351/1‑149 (MQ=255) gCAAGTTCGGGTTGGCTTTCTGGGCGAAACGTACGGTGTCGAACACGTTCAGCTCCTCGACACGATCGGCGATGGTGCGGGTGTCGTATGCCCATAGTGGCGAGCCGTGCTGGCGAACCGCCTCGGCCAAGAGGGTGAAGGGTGCGGt > 1:161946/1‑148 (MQ=255) gTTGGCTTTCTGGGCGAAACGTACGGTGTCGAACACGTTCAGCTGCTCGACACGATCGGCGATGGTGCGGGTGTCGTATGCCCATAGTGGCGAGTCGTGCTGGCGAACCGCCTCGGCCAAGAGGGTGAAGGGTg > 1:204630/1‑134 (MQ=255) gTTGGCTTTCTGGGCGAAACGTACGGTGTCGAACACGTTCAGCTGCTCGACACGATCGGCGATGGTGCGGGTGTCGTATGCCCATAGTGGCGAGTCGTGCTGGCGAACCGCCTCGGCCAAGAGGGTGAAGGGTg < 2:204630/134‑1 (MQ=255) gTTGGCTTTCTGGGCGAAACGTACGGTGTCGAACACGTTCAGCTGCTCGACACGATCGGCGATGGTGCGGGTGTCGTATGCCCATAGTGGCGAGTCGTGCTGGCGAACCGCCTCGGCCAAGAGGGTGAAGGGTg < 2:252234/134‑1 (MQ=255) gTTGGCTTTCTGGGCGAAACGTACGGTGTCGAACACGTTCAGCTGCTCGACACGATCGGCGATGGTGCGGGTGTCGTATGCCCATAGTGGCGAGTCGTGCTGGCGAACCGCCTCGGCCAAGAGGGTGAAGGGTg > 1:252234/1‑134 (MQ=255) tGGCTTTCTGGGCGAAACGTACGGTGTCGAACACGTTCAGCTGCTCGACACGATCGGCGATGGTGCGGGTGTAGTATGCCCATAGTGGCGAGACGTGCTGGCGAACCGCCTCGGCCAAGAGGGTGAAGGGTGCGGTCATGGTGGGGTTa > 8:292639/1‑149 (MQ=255) cTTTCTGGGCGAAACGTACGGTGTCGAACACGTTCAGCTGCTCGACACGATCGGCGATGGTGCGGGTGTCGTATGCCCATAGTGGCGAGCCGTGCTGGCGAACCGCCTCGGCCAAGAGGGTGAAGGGTGCGGTCATGGTGGCGTTACTc < 5:128606/149‑1 (MQ=255) ggCGAAACGTACGGTGTCGAACACGTTCAGCTGCTCGACACGATCGGCGATGGTGCGGGTGTCGTATGCCCATAGTGGCGAGCCGTGCTGGCGAACCGCCTCGGCCAAGAGGGTGAAGGGTGCGGTCATGGTGGCGTTACTCGtat < 1:74517/146‑1 (MQ=255) gCGAAACGTACGGTGTCGAACACGTTCAGCTGCTCGACACGATCGGCGATGGTGCGGGTGTCGTATGCCCATAGTGGCGAGCCGTGCTGGCGAACCGCCTCGGCCAAGAGGGTGAAGGGTGCGGTCATGGTGGCGTTACTCGTATaagg < 6:67782/149‑1 (MQ=255) gCGAAACGTACGGTGTCGAACACGTTCAGCTGCTCGACACGATCGGCGATGGTGCGGGTGTCGTATGCCCATAGTGGCGAGCCGTGCTGGCGAACCGCCTCGGCCAAGAGGGTGAAGGGTGCGGTCATGGTGGCGTTACTCGTATaag > 4:39300/1‑148 (MQ=255) cGAAACGTACGGTGTCGAACACGTTCAGCTGCTCGACACGATCGGCGATGGTGCGGGTGTCGTATGCCCATAGTGGCGAGCCGTGCTGGCGAACCGCCTCGGCCAAGAGGGTGAAGGGTGCGGTCATGGTGGCGTTACTCGTATaa > 4:254507/1‑146 (MQ=255) cGAAACGTACGGTGTCGAACACGTTCAGCTGCTCGACACGATCGGCGATGGTGCGGGTGTCGTATGCCCATAGTGGCGAGCCGTGCTGGCGAACCGCCTCGGCCAAGAGGGTGAAGGGTGCGGTCATGGTGGCGTTACTCGTATaa < 3:254507/146‑1 (MQ=255) gAAACGTACGGTGTCGAACACGTTCAGCTGCTCGACACGATCGGCGATGGTGCGGGTGTCGTATGCCCATAGTGGCGAGCCGTGCTGGCGAACCGCCTCGGCCAAGAGGGTGAAGGGTGCGGTCATGGTGGCGTTACTc < 3:258926/139‑1 (MQ=255) gAAACGTACGGTGTCGAACACGTTCAGCTGCTCGACACGATCGGCGATGGTGCGGGTGTCGTATGCCCATAGTGGCGAGCCGTCCTGGCGAACCGCCTCGGCCAAGAGGGTGAAGGGTGCGGTCATGGTGGCGTTACTc > 4:258926/1‑139 (MQ=255) gAACACGTTCAGCTGCTCGACACGATCGGCTATGGTGCGGGTGTCGTATGCCCATAGTGGCGAGCCGTGCTGGCGAACCGCCTCGGCCAAGAGGGTGAAGGGTGCGGTCATGGTGGCGTTACTCGTATAAGGAAGGCCACGAGGATGa < 5:97309/148‑1 (MQ=255) gAACACGTTCAGCTGCTCGACACGATCGGCGATGGTGCGGGTGTCGTATGCCCATAGTGGCGAGCCGTGCTGGCGAACCGCCTCGGCCAAGAGGGTGAAGGGTGCGGTCATGGTGGCGTTACTCGTATAAGGAAGGCCACGAGGATGa < 3:301715/148‑1 (MQ=255) gACACGATCGGCGATGGTGCGGGTGTCGTATGCCCATAGTGGCGAGCCGTGCTGGCGAACCGCCTCGGCCAAGAGGGTGAAGGGTGCGGTCATGGTGGCGTTACTCGTATAAGGAAGGCCACGAGGATGAGCCAAAGTGTGAATTCAg > 5:254387/1‑148 (MQ=255) acacGATCGGCGATGGTGCGGGTGTCGTATGCCCATAGTGGCGAGCCGTGCTGGCGAACCGCCTCGGCCAAGAGGGTGAAGGGTGCGGTCATGGTGGCGTTACTCGTATAAGGAAGGCCACGAGGATGAGCCAAAGGGTGAATTCAGa > 2:121332/1‑148 (MQ=255) aTCGGCGATGGTGCGGGTGTCGTATGCCCATAGTGGCGAGCCGTGCTGGCGAACCGCCTCGGCCAAGAGGGTGAAGGGTGCGGTCATGGTGGCGTTACTCGTATAAGGAAGGCCACGAGGATGAGCCAAAGGGTGAATTCAGAAAAATa < 4:68351/149‑1 (MQ=255) ggTGCGGGTGTCGTATGCCCATAGTGGCGAGCCGTGCTGGCGAACCGCCTCGGCCAAGAGGGTGAAGGGTGCGGTCATGGTCGCGTTAATCGTATAAGAAAGGCAACGAGTATGAGCCAAAGCGTCAATTCACAAAAAAAGCTAtttt > 8:272787/1‑148 (MQ=255) gTGCGGGTGTCGTATGCCCATAGTGGCGAGCCGTGCTGGCGAACCGCCTCGGCCAAGAGGGTGAAGGGTGCGGTCATGGTGGCGTTACTCGTATAAGGAAGGCCACGAGGATGAGCCAAAGGGTGAATTCAGAAAAATAGCTAttttt < 3:282399/148‑1 (MQ=255) gCCCATAGTGGCGAGCCGTGCTGGCGAACCGCCTCGGCCAAGAGGGTGAAGGGTGCGGTCATGGTGGCGTTACTCGTATAAGGAAGGCCACGAGGATGAGCCAAAGGGTGAATTCAGAAAAATAGCTATTTTTCTATCTGCCATTCata > 1:69474/1‑149 (MQ=255) ccATAGTGGCGAGCCGTGCTGGCGAACCGCCTCGGCCAAGAGGGTGAAGGGTGCGGTCATGGTGGCGTTACTCGTATAAGGAAGGCCACGAGGATGAGCCAAAGGGTGAATTCAGAAAAATa > 1:95399/1‑122 (MQ=255) ccATAGTGGCGAGCCGTGCTGGCGAACCGCCTCGGCCAAGAGGGTGAAGGGTGCGGTCATGGTGGCGTTACTCGTATAAGGAAGGCCACGAGGATGAGCCAAAGGGTGAATTCAGAAAAATa < 2:95399/122‑1 (MQ=255) cATAGTGGCGAGCCGTGCTGGCGAACCGCCTCGGCCAAGAGGGTGAAGGGTGCGGTCATGGTGGCGTTACTCGTATAAGGAAGGCCACGAGGATGAGCCAAATGGTGAATTCAGAAAAATAGCTATTTTTCTATCTGCCATTCATAttt < 3:163780/149‑1 (MQ=255) aGTGGCGAGCCGTGCTGGCGAACCGCCTCGGCCAAGAGGGTGAAGGGTGCGGTCATGGTGGCGTTACTCGTATAAGGAAGGCCACGAGGATGAGCCAAAGGGTGAATTCAGAAAAATAGCTATTTTTCTATCTg > 7:68024/1‑134 (MQ=255) aGTGGCGAGCCGTGCTGGCGAACCGCCTCGGCCAAGAGGGTGAAGGGTGCGGTCATGGTGGCGTTACTCGTATAAGGAAGGCCACGAGGATGAGCCAAAGGGTGAATTCAGAAAAATAGCTATTTTTCTATCTg < 8:68024/134‑1 (MQ=255) gTGGCGAGCCGTGCTGGCGAACCGCCTCGGCCAAGAGGGTGAAGGGTGCGGTCATGGTGGCGTTACTCGTATAAGGAAGGCCACGAGGATGAGCCAAAGGGTGAATTCAGAAAAATAGCTATTTTTCTATCTGCCATTCATATTTGat < 1:124437/148‑1 (MQ=255) gAGCCGTTCTTGAGAACAGACTCGGCCAAGATGGTTAAGGGTGCGGTCATGTTTTCTTTACTCGTATAAGTAAGGCCACGTGGATTAGACAAAGGGTTAATTCAGAAAAATAGCTATTTTTCTATCTGCCATTCATATTTGATATAccc < 7:272787/149‑1 (MQ=255) gAGCCGTGCTGGCGAACCGCCTCGGCCAAGAGGGTGAAGGGTGCGGTCATGGTGGCGTTACTCGTATAAGGAAGGCCACGATGATGAGCCAAAGGGTGAATTCAGAAAAATAGCTATTTTTCTATCTGCCATTCATATTTGATATAccc < 3:39300/149‑1 (MQ=255) | GGCGTCCAGCACCAGGCCATGGGCGCGCATCAGGCGCAGCACATGCAAGTTCGGGTTGGCTTTCTGGGCGAAACGTACGGTGTCGAACACGTTCAGCTGCTCGACACGATCGGCGATGGTGCGGGTGTCGTATGCCCATAGTGGCGAGCCGTGCTGGCGAACCGCCTCGGCCAAGAGGGTGAAGGGTGCGGTCATGGTGGCGTTACTCGTATAAGGAAGGCCACGAGGATGAGCCAAAGGGTGAATTCAGAAAAATAGCTATTTTTCTATCTGCCATTCATATTTGATATACCC > NC_002947/2365247‑2365540 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |