Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,388,336 | C→G | 8.6% | intergenic (+73/+71) | pyrD → / ← rmf | dihydroorotate dehydrogenase/ribosome modulation factor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,388,336 | 0 | C | G | 8.6% | 178.9 / 6.4 | 58 | intergenic (+73/+71) | pyrD/rmf | dihydroorotate dehydrogenase/ribosome modulation factor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (27/26); new base G (3/2); total (30/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.37e-01 |
CATCTACAAAGGGCCGGCGCTGATTCGCGAAGCGGTGGATGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGT‑GGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAAGGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATGGTAAATCGAATTCAGTGTCCTCGTTCAGCCAACGGCGTGATTTTCGTTGAGTCTATGGATGCCAGCGGTGCCAGTCATTCCGTCCCAGTTATCACCGCG > NC_002947/2388200‑2388481 | cATCTACAAAGGGCCGGCGCTGATTCGCGAAGCGGTGGATGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGT‑GGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAAGGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTg > 8:190562/1‑149 (MQ=255) tCTACAAAGGGCCGGCGCTGATTCGCGAAGCGGTGGATGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGT‑GGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAAGGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTggg > 8:264057/1‑149 (MQ=255) tACAAAGGGCCGGCGCTGATTCGCGAAGCGGTGGATGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGT‑GGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAAGGGCCCCTTGAAGGGGcccttttt > 8:115560/1‑142 (MQ=255) tACAAAGGGCCGGCGCTGATTCGCGAAGCGGTGGATGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGT‑GGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAAGGGCCCCTTGAAGGGGcccttttt < 7:115560/147‑6 (MQ=255) aCAAAGGGCCGGCGCTGATTCGCGAAGCGGTGGATGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGTGGGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAAGGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGcc > 5:283449/1‑149 (MQ=255) aaaGGGCCGGCGCTGATTCGCGAAGCGGGGGATGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGT‑GGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAAGGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTc < 7:170703/149‑1 (MQ=255) ttCGCGAAGCGGTGGATGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGT‑GGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAAGGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATg > 4:241997/1‑149 (MQ=255) aaGCGGTGGATGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGT‑GGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAAGGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGt < 7:190562/149‑1 (MQ=255) ggTGGATGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGT‑GGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAAGGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCAt < 4:310828/149‑1 (MQ=255) 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CATCTACAAAGGGCCGGCGCTGATTCGCGAAGCGGTGGATGCTATCGCGGCAATGCCGCGGTGACCAGCCCGCCCCTGT‑GGGGGGGCGGGTGGGTGCAGCTGATGAGGTTTGCCAAGGCATAAAAAAGGGCCCCTTCAAGGGGCCCCTGGGCCTTCGCCCGCCGCCCGGATGGGGCGTGCATGGTAAATCGAATTCAGTGTCCTCGTTCAGCCAACGGCGTGATTTTCGTTGAGTCTATGGATGCCAGCGGTGCCAGTCATTCCGTCCCAGTTATCACCGCG > NC_002947/2388200‑2388481 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |