Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,398,163 | G→C | 7.7% | I498M (ATC→ATG) | PP_2100 ← | two‑component system sensor protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,398,163 | 0 | G | C | 7.7% | 156.5 / 3.6 | 52 | I498M (ATC→ATG) | PP_2100 | two‑component system sensor protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/23); new base C (2/2); total (27/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.15e-01 |
AAAAGCACGGCCGTGGCCAGCACCACCTGCAGGGCCAGGCGGCTGTAGCCTTTGGAGTTGTCATCCTCATGCCTGCCAAAGCCACGCCAGCGGTTGTTGATTACCCCCAGCTCTTCCGGTGAGATGCTCAGCAAAGCTTTGTCGAGGATCGACAACAGCGCCGGTGACGGGGCAATGGTGGCCATGGCGAAGTTGGCGGGTTCGCTGCCGACCGAGGTGCGGATGACCAGTTCTGGGTTGCTGGCCAGGGCGTGATTGGCGTCGATCAGGGTGGTGATCACCGCATCGA > NC_002947/2398017‑2398305 | aaaaGCACGGCCGTGGCCAGCACCACCTGCAGGGCCAGGCGGCTGTAGCCTTTGGAGTTGTCATCCTCATGCCTGCCAAAGCCACGCCAGCGGTTGTTGATTACCCCCAGCTCTTCCGGTGAGATGCTCAGCAAAGCTTTGTCGAGGAt < 8:284977/149‑1 (MQ=255) aaaaGCACGGCCGTGGCCAGCACCACCTGCAGGGCCAGGCGGCTGTAGCCTTTGGAGTTGTCATCCTCATGCCTGCCAAAGCCACGCCAGCGGTTGTTGATTACCCCCAGCTCTTCCGGTGAGATGCTCAGCAAAGCTTTGTCGAGGAt < 8:193329/149‑1 (MQ=255) gCACGGCCGTGGCCAGCACCACCTGCAGGGCCAGGCGGCTGTAGCCTTTGGAGTTGTCATCCTCATGCCTGCCAAAGCCACGCCAGCGGTTGTTGATTACCCCCAGCTCTTCCGGTGAGATGCTCAGCAAAGCTTTGTCGAGGATCGa > 7:106251/1‑148 (MQ=255) cggcggTGGCCAGCACCTCCTGCAGGGCCAGGCGGCGGTAGCCTTTGGAGTTGTCATCCTCATGCGTGCCAAAGCCACGCCAGCGGTTGTTGATTACCCCCAGCTCTTCCGGTGAGATGCTGAGCAAAGCTTTGTCGATCCTCGacaaa < 4:289753/149‑2 (MQ=255) ggCCGTGGCCAGCACCACCTGCAGGGCCAGGCGGCTGTAGCCTTTGGAGTTGTCATCCTCATGCCTGCCAAAGCCACGCCAGCGGTTGTTGATTACCCCCAGCTCTTCCGGTGAGATGCTCAGCAAAGCTTTGTCGAGGATCGacaaca < 1:210449/149‑1 (MQ=255) ccGTGGCCAGCACCACCTGCAGGGCCAGGCGGCTGTAGCCTTTGGAGTTGTCATCCTCATGCCTGCCAAAGCCACGCCAGCGGTTGTTGATTACCCCCAGCTCTTCCGGTGAGATGCTCAGCAAAGCTTTGTCGAGGATCGACAACAgc > 5:113987/1‑149 (MQ=255) cGTGGCCAGCACCACCTGCAGGGCCAGGCGGCTGTAGCCTTTGGAGTTGTCATCCTCATGCCTGCCAAAGCCACGCCAGCGGTTGTTGATTACCCCCAGCTCTTCCGGTGAGATGCTCAGCAAAGCTTTGTCGAGGATCGACAACAgcg < 8:191132/149‑1 (MQ=255) caccTGCAGGGCCAGGCGGCTGTAGCCTTTGGAGTTGTCATCCTCATGCCTGCCAAAGCCACGCCAGCGGTTGTTGATTACCCCCAGCTCTTCCGGTGAGATGCTCAGCAAAGCTTTGTCGAGGATCGACAACAGCGCCGGTGACgggg > 4:280397/1‑149 (MQ=255) accTGCAGGGCCAGTCGGCTGTAGCCTTTGGAGTTGTCATCCTCATGCCTGCCAAAGCCACGCCAGCGGTTGTTGATTACCCCCAGCTCTTCCGGTGAGATGCTCAGCAAAGCTTTGTCGAGGATCGACAACAGCGCCGGTGACgggg > 8:206527/1‑148 (MQ=255) ccTGCAGGGCCAGGCGGCTGTAGCCTTTGGAGTTGTCATCCTCATGCCTGCCAAAGCCACGCCAGCGGTTGTTGATTACCCCCAGCTCTTCCGGTGAGATGCTCAGCAAAGCTTTGTCGATCCTCGacaaa > 8:191424/1‑130 (MQ=255) ccTGCAGGGCCAGGCGGCTGTAGCCTTTGGAGTTGTCATCCTCATGCCTGCCAAAGCCACGCCAGCGGTTGTTGATTACCCCCAGCTCTTCCGGTGAGATGCTCAGCAAAGCTTTGTCGATCCTCGacaaa < 7:191424/131‑2 (MQ=255) ccTGCAGGGCCAGGCGGCTGTAGCCTTTGGAGTTGTCATCCTCATGCCAGCCAAAGACACGCCAGCGGTTGTTGATTACCCCCAGCTCTACCGGTGAGATGCTCAGCAAAGCTTTGTCGAGGAGCGACAACAGCGCCGGTGACggggg > 8:181027/1‑147 (MQ=255) cAGGGCCAGGCGGCTGTAGCCTTTGGAGTTGTCATCCTCATGCCTGCCAAAGCCACGCCAGCGGTTGTTGATTACCCCCAGCTCTTCCGGTGAGATGCTCAGCAAAGCTTTGTCGAGGATCGACAACAGCGCCGGTGACGGGGCAAtgg > 4:274832/1‑149 (MQ=255) gCCAGGCGGCTGTAGCCTTTGGAGTTGTCATCCTCATGCCTGCCAAAGCCACGCCAGCGGTTGTTGATTACCCCCAGCTCTTCCGGTGAGATGCTCAGCAAAGCTTTGTCGAGGATCGACAACAGCGCCGGTGACGGGGCAAt > 1:210700/1‑143 (MQ=255) gCCAGGCGGCTGTAGCCTTTGGAGTTGTCATCCTCATGCCTGCCAAAGCCACGCCAGCGGTTGTTGATTACCCCCAGCTCTTCCGGTGAGATGCTCAGCAAAGCTTTGTCGAGGATCGACAACAGCGCCGGTGACGGGGCAAt < 2:210700/143‑1 (MQ=255) gTAGCCTTTGGAGTTGTCATCCTCATGCCTGCCAAAGCCACGCCAGCGGTTGTTGATTACCCCCAGCTCTTCCGGTGAGATGCTCAGCAAAGCTTTGTCGAGGATCGACAACAGCGCAGGTGACgggg > 6:140467/1‑128 (MQ=255) aGCCTTTGGAGTTGTCATCCTCATGCCTGCCAAAGCCACGCCAGCGGTTGTTGATTACCCCCAGCTCTTCCGGTGAGATGCTCAGCAAAGCTTTGTCGAGGATCGACAACAGCGCCGGTGACGGGGCAATGGTGGCCATGGCGAAGtt < 8:106251/148‑1 (MQ=255) ccTTTGGAGTTGTCATCCTCATGCCTGCCAAAGCCACGCCAGCGGTTGTTGATTACCCCCAGCTCTTCCGGTGAGATGCTCAGCAAAGCTTTGTCGAGGATCGACAACAGCGCCGGTGACGGGGCAATGGTGGCCATGGCGAAGTTGGc < 2:132499/149‑1 (MQ=255) cTTTGGAGTTGTCATCCTCATTCCTGCCAAAGCCACGCCAGCGGTTGTTGATTACCCCCAGCTCTTCCGGTGAGATGCTCAGCAAAGCTTTGTCGAGGATCGACAACAGCGCCGGTGACGGGGCAATGGTGGCCATGGCGAAGTTGGCg < 6:18360/149‑1 (MQ=255) cTTTGGAGTTGTCATCCTCATGCCTGCCAAAGCCACGCCAGCGGTTGTTGATTACCCCCAGCTCTTCCGGTGAGATGCTCAGCAAAGCTTTGTCGAGGATCGACAACAGCGCCGGTGACGGGGCAATGGTGGCCATGGCGAAGTTGGCg > 3:203058/1‑149 (MQ=255) cTTTGGAGTTGTCATCCTCATGCCTGCCAAAGCCACGCCAGCGGTTGTTGATTACCCCCAGCTCTTCCGGTGAGATGCTCAGCAAAGCTTTGTCGAGGATCGACAACAGCGCCGGTGACGGGGCAATGGTGGCCATGGCGAAGTTGGCg > 6:47561/1‑149 (MQ=255) gAGTTGTCATCCTCATGCCTGCCAAAGCCACGCCAGCGGTTGTTGATTACCCCCAGCTCTTCCGGTGAGATGCTCAGCAAAGCTTTGTCGAGGATCGACAACAGCGCCGGTGACGGGGCAATGGTGGCCATGGCGAAGTTGGCGGGTTc > 6:68193/1‑149 (MQ=255) tCATCCTCATGCCTGCCAAAGCCACGCCAGCGGTTGTTGATTACCCCCAGCTCTTCCGGTGAGATACTCAGCAAAGCTTTGTCGAGGATCGACAACAGCGCCGGTGACGGGGCAATGGTGGCCATGGCGAAGTTGGCGGGTTCGCAGcc < 1:241354/149‑1 (MQ=255) aTCCTCATGCCTGCCAAAGCCACGCCAGCGGTTGTTGATTACCCCCAGCTCTTCCGGTGAGATGCTCAGCAAAGCTTTGTCGAGGATCGACAACAGCGCCGGTGACgg > 2:270290/1‑108 (MQ=255) aTCCTCATGCCTGCCAAAGCCACGCCAGCGGTTGTTGATTACCCCCAGCTCTTCCGGTGAGATGCTCAGCAAAGCTTTGTCGAGGATCGACAACAGCGCCGGTGACgg < 1:270290/108‑1 (MQ=255) aTCCTCATGCCTGCCAAAGCCACGCCAGCGGTTGTTGATTACCCCCAGCTCTTCCGGTGAGATGCTCAGCAAAGCTTTGTCGAGGATCGACAACAGCGCCGGTGACGGGGCAATGGTGGCCATGGCGAAGTTGGCGGGTTCGCTGccga < 3:274832/149‑1 (MQ=255) aTGCCTGCCAAAGCCACGCCAGCGGTTGTTGATTACCCCCAGCTCTTCCGGTGAGATGCTCAGCAAAGCTTTGTCGAGGATCGACAACAGCGCCGGTGACGGGGCAATGGTGGCCATGGCGAAGTTGGCGGGTTCGCTGCCGACCGAg < 5:47561/148‑1 (MQ=255) aTGCCTGCCAAAGCCACGCCAGCGGTTGTTGATTACCCCCAGCTCTTCCGGTGAGATGCTCAGCAAAGCTTTGTCGAGGATCGACAACAGCGCAGGTGACGGGGCAATGGTGGCCATGGCGAAGTTGGCGGGTTCGCTGCCGACCGAgg > 2:145996/1‑149 (MQ=255) cctgccAAAGCCACGCCAGCGGTTGTTGATTACCCCCAGCTCTTCCGGTGAGATGCTCAGCAAAGCTTTGTCGAGGATCGACAACAGCGCCGGTGACGGGGCAATGGTGGCCATGGCGAAGTTGGCGGGTTCGCTGCCGACCGAGGTGc > 6:264591/1‑149 (MQ=255) ctgccAAAGCCACGCCAGCGGTTGTTGATTACCCCCAGCTCTTCCGGTGAGATGCTCAGCAAAGCTTTGTCGAGGATCGACAACAGCGCCGGTGACGGGGCAATGGTGGCCATGGCGAAGTTGGCGGGTTCGCTGCCGACCGAGGTGCg < 8:262715/149‑1 (MQ=255) ccAAAGCCACGCCAGCGGTTGTTGATTACCCCCAGCTCTTCCGGTGAGATGCTCAGCAAAGCTTTGTCGAGGATCGACAACAGCGCCGGTGACGGGGCAATGGTGGCCATGGCGAAGTTGGCGGGTTCGCTGCCGACCGAGGTGCGGa < 4:295475/148‑1 (MQ=255) aaaGCCACGCCAGCGGTTGTTGATTACCCCCAGCTCTTCCGGTGAGATGCTCAGCAAAGCTTTGTCGAGGATCGACAACAGCGCCGGTGACGGGGCAATGGTGGCCATGGCGAAGTTGGCGGGTTCGCTGCCGACCGAGGTGCGGATGa < 3:280397/149‑1 (MQ=255) aaaGCCACGCCAGCGGTTGTTGATTACCCACAGCACTTCCGGTGAGATGCTCACCAAAGCTTTGTCGAGGATCAACAACAGCGCCGGTGACGGGGCAATGCTGGCCATGGCGAAGTTGGCGGTTTCGCTGCCGACCGCTCTGCGGATGa > 7:305221/1‑149 (MQ=255) gCCACGCCAGCGGTTGTTGATTACCCCCAGCTCTTCCGGTGAGATGCTCAGCAAAGCTTTGTCGAGGATCGACAACAGCGCCGGTGACGGGGCAATGGTGGCCATGGCGAAGTTGGCGGGTTCGCTGCCGACCGAGGTGCGGATGACCa < 7:206527/149‑1 (MQ=255) ccACGCCAGCGGTTGTTGATTACCCCCAGCTCTTCCGGTGAGATGCTCAGCAAAGCTTTGTCGAGGATc > 1:210938/1‑69 (MQ=255) ccACGCCAGCGGTTGTTGATTACCCCCAGCTCTTCCGGTGAGATGCTCAGCAAAGCTTTGTCGAGGATc < 2:210938/69‑1 (MQ=255) ccACGCCAGCGGTTGTTGATTACCCCCAGCTCTTCCGGTGAGATGCTCAGCAAAGCTTTGTCGAGGATCGACAACAGCGCCGGTGACGGGGCAATGGTGGCCATGGCGAAGTTGGCGGGTTCGCTGCCGACCGAGGTGCGGATGACCAg > 1:135361/1‑149 (MQ=255) 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ggTGAGATGCTCAGCAAAGCTTTGTCGAGGATCGACAACAGCGCCGGTGACGGGGCAATGGTGGCCATGGCGAAGTTGGCGGGTTCGCTGCCGACCGAGGTGCGGATGACCAGTTCTGGGTTGCTGGCCAGGGCGTGATTGGCGTCGAt > 3:236655/1‑149 (MQ=255) gTGAGATGCTCAGCAAAGCTTTGTCGAGGATCGACAACAGCGCCGGTGACGGGGCAATGGTGGCCATGGCGAAGTTGGCGGGTTCGCTGCCGACCGAGGTGCGGATGACCAGTTCTGGGTTGCTGGCCAGGGCGTGATTGGCGTCGAt > 1:86629/1‑148 (MQ=255) cTCAGCAAAGCTTTGTCGAGGATCGACAACAGCGCCGGTGACGGGGCAATGGTGGCCATGGCGAAGTTGGCGGGTTCGCTGCCGACCGAGGTGCGGATGACCAGTTCTGGGTTGCTGGCCAGGGCGTGATTGGCGTCGATCAGggtgg < 7:246063/148‑1 (MQ=255) tCAGCAAAGCTTTGTCGAGGATCGACAACAGCGCCGGTGACGGGGCAATGGTGGCCATGGCGAAGTTGGCGGGTTCGCTGCCGACCGAGGTGCGGATGACCAGTTCTGGGTTGCTGGCCCGGGCGTGATTGGCGTCGATCAGggtggt > 6:262936/1‑148 (MQ=255) aGCAAAGCTTTGTCGAGGATCGACAACAGCGCCGGTGACGGGGCAATGGTGGCCATGGCGAAGTTGGCGGGTTCGCTGCCGACCGAGGTGCGGATGACCAGTTCTGGGTTGCTGGCCAGGGCGTGATTGGCGTCGATCAGGgtggtg < 2:135361/147‑1 (MQ=255) aGCAAAGCTTTGTCGAGGATCGACAACAGCGCCGGTGACGGGGCAATGGTGGCCATGGCGAAGTTGGCGGGTTCGCTGCCGACCGAGGTGCGGATGACCAGTTCTGGGTTGCTGGCCAGGGCGTGATTGGCGTCGATCAGGGTGGTGAt > 4:226869/1‑149 (MQ=255) cAAAGCTTTGTCGAGGATCGACAACAGCGCCGGTGACGGGGCAATGGTGGCCATGGCGAAGTTGGCGGGTTCGCTGCCGACCGAGGTGCGGATGACCAGTTCTGGGTTGCTGGCCAGGGCGTGATTGGCGTCGATCAGggt > 6:69563/1‑141 (MQ=255) cAAAGCTTTGTCGAGGATCGACAACAGCGCCGGTGACGGGGCAATGGTGGCCATGGCGAAGTTGGCGGGTTCGCTGCCGACCGAGGTGCGGATGACCAGTTCTGGGTTGCTGGCCAGGGCGTGATTGGCGTCGATCAGggt < 5:69563/141‑1 (MQ=255) gttGTCGATCCTCGACAACAGCGCCGGTGACGGGGCAATGGTGGCCATGGCGAAGTTGGCGGGTTCGCTGCCGACCGAGGTGCGGATGACCAGTTCTGGGTTGCTGGCCAGGGCGTGATTGGCGTCGATCAGGGTGGTGATCACCGCAt > 5:114238/2‑149 (MQ=255) gTCGAGGATCGACAACAGCGCCGGTGACGGGGCAATGGTGGCCATGGCGAAGTTGGCGGGTTCGCTGCCGACCGAGGTGCGGATGACCAGTTCTGGGTTGCTGGCCAGGGCGTGATTGGCGTCGATCAGGGTGGTGATCACCGCATCGa > 5:289850/1‑149 (MQ=255) | AAAAGCACGGCCGTGGCCAGCACCACCTGCAGGGCCAGGCGGCTGTAGCCTTTGGAGTTGTCATCCTCATGCCTGCCAAAGCCACGCCAGCGGTTGTTGATTACCCCCAGCTCTTCCGGTGAGATGCTCAGCAAAGCTTTGTCGAGGATCGACAACAGCGCCGGTGACGGGGCAATGGTGGCCATGGCGAAGTTGGCGGGTTCGCTGCCGACCGAGGTGCGGATGACCAGTTCTGGGTTGCTGGCCAGGGCGTGATTGGCGTCGATCAGGGTGGTGATCACCGCATCGA > NC_002947/2398017‑2398305 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |