Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,710,914 | A→G | 6.8% | intergenic (+217/+97) | PP_2373 → / ← PP_2374 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,710,914 | 0 | A | G | 6.8% | 161.3 / 2.4 | 59 | intergenic (+217/+97) | PP_2373/PP_2374 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (23/31); new base G (2/2); total (25/34) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.12e-01 |
CCTGTGGCCGCCTCTTCGCGGTGAAAACATATCCCTTGAGAATGGCGCAGGACCGTCGTAGGGGCAGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACC > NC_002947/2710767‑2711056 | ccTGTGGCCGCCTCTTCGCGGTGAAAACATATCCCTTGAGAATGGCGCAGGACCGTCGTAGGGGCAGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTa > 5:237941/1‑148 (MQ=255) ccTGTGGCCGCCTCTTCGCGGTGAAAACATATCCCTTGAGAATGGCGCAGGACCGTCGTAGGGGCAGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTa > 5:288262/1‑148 (MQ=255) tgGCCGCCTCTTCGCGGTGAAAACATATCCCTTGAGAATGGCGCAGGACCGTCGTAGGGGCAGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAAccc < 2:77665/149‑1 (MQ=255) ccgccTCTTCGCGGTGAAAACATATCCCTTGAGAATGGCGCAGGACCGTCGTAGGGGCAGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCt < 4:313668/149‑1 (MQ=255) cgccTCTTCGCGGTGAAAACATATCCCTTGAGAATGGCGCAGGACCGTCGTAGGGGCAGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTc < 3:194541/149‑1 (MQ=255) gccTCTTCGCGGTGAAAACATATCCCTTGAGAATGGCGCAGGACCGTCGTAGGGGCAGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTcc < 6:177447/149‑1 (MQ=255) ttCGCGGTGAAAACATATCCCTTGAGAATGGCGCAGGACCGTCGTAGGGGCAGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCTCCGCTACCGTATTCGCGGGTTTACCCGcgaatac < 1:44989/147‑7 (MQ=25) cgcgGTGAAAACATATCCCTTGAGAATGGCGCAGGACCGTCGTAGGGGCAGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGc < 8:268583/147‑1 (MQ=255) cgcgGTGAAAACATATCCCTTGAGAATGGCGCAGGACCGTCGTAGGGGCAGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGc < 7:202117/147‑1 (MQ=255) gcgGTGAAAACATATCCCTTGAGAATGGCGCAGGACCGTCGTAGGGGCAGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAAGCCt > 6:224116/1‑148 (MQ=255) aaaaCATATCCCTTGAGAATGGCGCAGGACCGTCGTAGGGGCAGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGa < 2:232067/148‑1 (MQ=255) aaaaCATATCCCTTGAGAATGGCGCAGGACCGTCGTAGGGGCAGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGa < 6:237941/148‑1 (MQ=255) aaaCATATCCCTTGAGAATGGCGCAGGACCGTCGTAGGGGCAGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAgg < 3:297155/149‑1 (MQ=255) aaCATTTCCCTTGAGAATGGCGCAGGTCCGTCGTAGGGGCAGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCGTGCTGGCCAATTTCCACCTGCGGTTCAGCGTTGCCGCCGCTTCCGTATTGGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAggg < 2:175425/149‑1 (MQ=21) cATATCCCTTGAGAATGGCGCAGGACCGTCGTAGGGGCAGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTg < 1:232986/149‑1 (MQ=255) cTTGAGAATGGCGCAGGACCGTCGTAGGGGCAGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAg > 3:313607/1‑149 (MQ=255) ttGAGAATGGCGCAGGACCGTCGTAGGGGCAGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAgg > 4:154066/1‑149 (MQ=255) gagaATGGCGCAGGACCGTCGTAGGGGCAGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTc > 6:4047/1‑149 (MQ=255) gaATGGCGCAGGACCGTCGTAGGGGCAGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCgg > 3:1373/1‑149 (MQ=255) gaATGGCGCAGGACCGTCGTAGGGGCAGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCgg > 3:5927/1‑149 (MQ=255) aaTGGCGCAGGACCGTCGTAGGGGCAGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCggg > 6:63917/1‑149 (MQ=255) aaTGGCGCAGGACCGTCGTAGGGGCAGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCggg > 1:55740/1‑149 (MQ=255) ggCGCAGGACCGTCGTAGGGGCAGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCgggg < 4:44604/147‑1 (MQ=255) ggCGCAGGACCGTCGTAGGGGCAGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCgggg > 3:44604/1‑147 (MQ=255) gcgcAGGACCGTCGTAGGGGCAGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGtt < 3:222205/149‑1 (MQ=255) cgcAGGACCGTCGTAGGGGCAGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTg < 6:193934/149‑1 (MQ=255) cAGGACCGTCGTAGGGGCAGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGa < 5:192665/149‑1 (MQ=255) cAGGACCGTCGTAGGGGCAGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGa < 6:288262/149‑1 (MQ=255) gACCGTCGTAGGGGCAGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGCGTAAACCCCCTCCTACGCCTGAACGAGTCTGGACCCAGGTCGGGGGTTGGaca > 5:262787/1‑148 (MQ=18) cgtcgtAGGGGCAGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAgg < 3:154066/149‑1 (MQ=255) tAGGGGCAGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCt < 5:292710/149‑1 (MQ=255) ggCAGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAg > 1:107515/1‑149 (MQ=255) gTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGcgcg > 1:48219/1‑149 (MQ=255) tttACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCgg < 5:4047/149‑1 (MQ=255) 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aGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTGAACCcgcgc < 4:1373/149‑2 (MQ=255) gggccgggccTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGaa < 3:303888/149‑1 (MQ=255) gggccTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGc < 2:48219/149‑1 (MQ=255) ccTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCgg < 2:55740/149‑1 (MQ=255) ctgGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGATGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGgcgc < 1:62749/122‑1 (MQ=255) ctgGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGgcgc > 2:62749/1‑122 (MQ=255) tgGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAg > 4:100614/1‑149 (MQ=255) tCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCgg < 6:110486/148‑1 (MQ=255) ccACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGt > 5:171121/1‑149 (MQ=255) ccGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTg > 4:98076/1‑148 (MQ=255) gTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAg > 4:167946/1‑149 (MQ=255) ccGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGcc > 1:197089/1‑148 (MQ=255) cGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACATAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCaa > 2:107959/1‑149 (MQ=255) gTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAAc < 2:197089/149‑1 (MQ=255) gccgccGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTg < 3:98076/148‑1 (MQ=255) ccgccgCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAgg > 4:239148/1‑139 (MQ=255) ccgccgCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAgg < 3:239148/139‑1 (MQ=255) ccgcagCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCCGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCa > 4:92938/1‑149 (MQ=255) gccgcTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCAc > 2:237042/1‑148 (MQ=255) gcgGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATAcc > 5:159377/1‑149 (MQ=255) gcgGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATAcc > 8:206706/1‑149 (MQ=255) gcgGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATAc < 4:313607/148‑1 (MQ=255) | CCTGTGGCCGCCTCTTCGCGGTGAAAACATATCCCTTGAGAATGGCGCAGGACCGTCGTAGGGGCAGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACC > NC_002947/2710767‑2711056 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |