Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,710,986 | T→G | 6.9% | intergenic (+289/+25) | PP_2373 → / ← PP_2374 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,710,986 | 0 | T | G | 6.9% | 180.5 / 4.6 | 58 | intergenic (+289/+25) | PP_2373/PP_2374 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/26); new base G (2/2); total (30/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.92e-01 |
CGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGC‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCAGCGCAATGAAGTGGCTGGCCTTGCCGTGGGTGAAGTCGCGT > NC_002947/2710841‑2711128 | cgcgAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCAc > 5:112811/1‑149 (MQ=255) cgcgAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCAc < 5:224116/149‑1 (MQ=255) gAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCcg < 3:158151/149‑1 (MQ=255) aGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTGAACCcgc‑gc < 4:5927/149‑2 (MQ=255) aGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTGAACCcgc‑gc < 4:1373/149‑2 (MQ=255) gggccgggccTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGC‑Gaa < 3:303888/149‑1 (MQ=255) gggccTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGC‑GAAGAGGc < 2:48219/149‑1 (MQ=255) ccTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGC‑GAAGAGGCCgg < 2:55740/149‑1 (MQ=255) tgGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGC‑GAAGAGGCCGGCACAg > 4:100614/1‑149 (MQ=255) tCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGC‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCgg < 6:110486/148‑1 (MQ=255) ccACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGC‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGt > 5:171121/1‑149 (MQ=255) ccGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGC‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTg > 4:98076/1‑148 (MQ=255) gTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGC‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAg > 4:167946/1‑149 (MQ=255) ccGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGC‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGcc > 1:197089/1‑148 (MQ=255) cGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACATAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGC‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCaa > 2:107959/1‑149 (MQ=255) gTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGC‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAAc < 2:197089/149‑1 (MQ=255) gccgccGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGC‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTg < 3:98076/148‑1 (MQ=255) ccgccgCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGC‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAgg > 4:239148/1‑139 (MQ=255) ccgccgCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGC‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAgg < 3:239148/139‑1 (MQ=255) 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aCCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGC‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGaa > 4:99774/1‑149 (MQ=255) ccGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGC‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAaca > 8:6027/1‑149 (MQ=255) tCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGC‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAg > 2:192766/1‑149 (MQ=255) cTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACATAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGC‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAgg < 1:107959/148‑1 (MQ=255) cTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGC‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAgg < 6:112811/148‑1 (MQ=255) cTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGC‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAgg < 7:206706/148‑1 (MQ=255) gCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGC‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGaa < 2:107515/149‑1 (MQ=255) gCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGC‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGaa < 3:100614/149‑1 (MQ=255) gCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTGGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGC‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCTGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGaa < 3:92938/149‑1 (MQ=255) gAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGC‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAgc > 6:62898/1‑149 (MQ=255) 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ggTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGC‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCAGCGCAATg > 3:151047/1‑147 (MQ=255) ggTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGC‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCAGCGCAATGaa < 1:317802/149‑1 (MQ=255) gTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGC‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCAGCGCAATGAAg > 1:154097/1‑149 (MQ=255) gTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGC‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCAGCGCAATGAAg < 3:167946/149‑1 (MQ=255) gTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGC‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCAGCGCAATGAAg < 3:99774/149‑1 (MQ=255) gggggTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGC‑GAAGATGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCAGCGCAATGAAGtgg < 4:151047/149‑1 (MQ=255) gggTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGC‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCAGCGCAATGAAGtggct < 7:6027/149‑1 (MQ=255) ttGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGC‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCAGCGCAATGAAGtggctggc < 5:62898/149‑1 (MQ=255) ggACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGC‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCAGCGCAATGAAGTGGCTGGCCt > 4:53115/1‑149 (MQ=255) cacaGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCAGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCATTGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCAGCGCAATGAAGTGGCTGGCCTTg > 1:199828/1‑149 (MQ=255) aGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGC‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCAGCGCAATGAAGTGGCTGGCCTTGCCGt > 4:80497/1‑149 (MQ=255) gCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGC‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCAGCGCAATGAAGTGGCTGGCCTTGCCGTgg < 3:80497/149‑1 (MQ=255) gCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGC‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCAGCGCAATGAAGTGGCTGGCCTTGCCGTgg < 2:280686/149‑1 (MQ=255) gCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGC‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCAGCGCAATGAAGTGGCTGGCCTTGCCGTgg < 4:53915/149‑1 (MQ=255) cttcgcgGGTGAACCCGC‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCAGCGCAATGAAGTGGCTGGCCTTGCCGTGGGTGAAGTc > 7:185083/4‑149 (MQ=255) ttcgcgGGTGAACCCGC‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCG‑CCCCAGCGCAATGAAGTGGCTGGCCTTGCCGTGGGTGAAGTcgc > 3:296373/3‑149 (MQ=255) ggCGCGGGTTCACCCGC‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCAGCGCAATGAAGTGGCTGGCCTTGCCGTGGGTGAAGTcg > 6:162772/1‑149 (MQ=255) ggCGCGGGTTCACCCGC‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCAGCGCAATGAAGTGGCTGGCCTTGCCGTGGGTGAAGTcg > 7:99861/1‑149 (MQ=255) gcgGGTTCACCCGC‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCAGCGCAATGAAGTGGCTGGCCTTGCCGTGGGTGAAGTCGCGt > 2:63974/1‑149 (MQ=255) | CGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGC‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCAGCGCAATGAAGTGGCTGGCCTTGCCGTGGGTGAAGTCGCGT > NC_002947/2710841‑2711128 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |