| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 198,367 | G→C | 7.8% | V1291V (GTG→GTC) | PP_0168 → | putative surface adhesion protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 198,367 | 0 | G | C | 7.8% | 151.1 / 3.3 | 51 | V1291V (GTG→GTC) | PP_0168 | putative surface adhesion protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/26); new base C (2/2); total (23/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.52e-01 | |||||||||||
ATGCAGGCTCCATCACGCTCAGTGTTACCGACGCTACAGTTCCGGGTGCCACCTTCGAGAAGCTGGCCTTGGGTGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTGCCACC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAATAACCA‑CT‑C‑GGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGATGGCACTACTGTCGTCGTGGCAGCCAACAGCACCACCGGTTCGGCCACTGTA > NC_002947/198222‑198514 | aTGCAGGCTCCATCACGCTCAGTGTTACCGACGCTACAGTTCCGGGTGCCACCTTCGAGAAGCTGGCCTTGGGTGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTGCCACC‑CCTTCGGTGAc < 5:101255/148‑1 (MQ=255) cTCCATCACGCTCAGTGTTACCGACGTTACAGTTCCGGGTGCCACCTTCGAGAAGCTGGCCTTGGGTGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTGCCACC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCg < 8:60736/149‑1 (MQ=255) cATCACGCTCAGTGTTACCGACGCTACAGTTCCGGGTGCCACCTTCGAGAAGCTGGCCTTGGGTGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTGCCACC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTg < 3:133901/149‑1 (MQ=255) cATCACGCTCAGTGTTACCGACGCTACAGTTCCGGGAGCCACCTTCGAGAAGCTGGCCGTGGGTGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGACGTGGTGGCCAAACTGACTGCCACC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTg < 7:213779/149‑1 (MQ=255) cATCACGCTCAGTGTTACCGAAGCTACAGTTCCGGGTGCCACCTTCGAGAAGCTGGCCTTGGGTGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTGCCACC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGt < 4:67717/148‑1 (MQ=255) aTCACGCTCAGTGTTACCGACGCTACAGTTCCGGGTGCCACCTTCGAGAAGCTGGCCTTGGGTGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTGCCACC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGt > 4:83138/1‑147 (MQ=255) tCACGCTCAGTGTTACCGACGCTACAGTTCCGGGTGCCACCTTCGAGAAGCTGGCCTTGGGTGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTGCCACC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTgag < 3:318201/149‑1 (MQ=255) gCTCAGTGTTACCGACGCTACAGTTCCGGGTGCCACCTTCGAGAAGCTGGCCTTGGGTGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTGCCACC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCa > 2:101855/1‑149 (MQ=255) cTCAGTGTTACCGACGCTACAGTTCCGGGTGCCACCTTCGAGAAGCTGGCCTTGGGTGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTGCCACC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCAc < 1:178052/149‑1 (MQ=255) cTCAGTGTTACCGACGCTACAGTTCCGGGTGCCACCTTCGAGAAGCTGGCCTTGGGTGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTGCCACC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCAc < 7:195627/149‑1 (MQ=255) tCAGTGTTACCGACGCTACAGTTCCGGGTGCCACCTTCGAGAAGCTGGCCTTGGGTGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTGCCACC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCAcc > 8:18194/1‑149 (MQ=255) gtgtTACCGACGCTACAGTTCCGGGTGCCACCTTCGAGAAGCTGGCCTTGGGTGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTGCCACC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTac < 2:250625/149‑1 (MQ=255) gtgtTACCGACGCAACAGTTCCGGGTGCCACCTTCGAGAAGCTTGCCTTGGGTGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTGCCACC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTac < 7:114234/149‑1 (MQ=255) ttACCGACGCTACAGTTCCGGGTGCCACCTTCGAGAAGCTGGCCTTGGGTGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTGCCACCGCCTTCGGTCACCGAAggg < 6:42629/132‑2 (MQ=255) ttACCGACGCTACAGTTCCGGGTGCCACCTTCGAGAAGCTGGCCTTGGGTGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTGCCACCGCCTTCGGTCACCGAAggg > 5:42629/1‑131 (MQ=255) ttACCGACGCTACAGTTCCGGGTGCCACCTTCGAGAAGCTGGCCTTGGGTGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTGCCACC‑CCTTCGGTGACCGAAg > 8:24295/1‑129 (MQ=255) ttACCGACGCTACAGTTCCGGGTGCCACCTTCGAGAAGCTGGCCTTGGGTGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTGCCACC‑CCTTCGGTGACCGAAg < 7:24295/129‑1 (MQ=255) gACGCTACAGTTCCGGGTGCCACCTTCGAGAAGCTGGCCTTGGGTGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTGCCACC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCAc > 3:303864/1‑149 (MQ=255) gCTACAGTTCCGGGTGCCACCTTCGAGAAGCTGGCCTTGGGTGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTGCCACC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATc > 6:219362/1‑132 (MQ=255) gCTACAGTTCCGGGTGCCACCTTCGAGAAGCTGGCCTTGGGTGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTGCCACC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATc < 5:219362/132‑1 (MQ=255) cAGTTCCGGGTGCCACCTTCGAGAAGCTGGCCTTGGGTGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTGCCACC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGa < 6:85563/147‑1 (MQ=255) ttCCGGGTGCCACCTTCGAGAAGCTGGCCTTGGGTGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTGCCACCGCCTTCGGTCACCGAAgggg < 6:181988/118‑3 (MQ=255) ttCCGGGTGCCACCTTCGAGAAGCTGGCCTTGGGTGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTGCCACCGCCTTCGGTCACCGAAgggg > 5:181988/1‑116 (MQ=255) ccGGGTGCCACCTTCGAGAAGCTGGCCTTGGGTGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTGCCACC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACACTGACcaaca > 3:116645/1‑148 (MQ=255) ccAGCTTCTCGAAGGTGGCCTTGGGTGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTGCCACC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGt > 3:122904/1‑149 (MQ=255) aCCTTCGAGAAGCTGGCCTTGGGTGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTGCCACC‑CCTTCGGTGAc < 2:261712/98‑1 (MQ=255) aCCTTCGAGAAGCTGGCCTTGGGTGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTGCCACC‑CCTTCGGTGAc > 1:261712/1‑98 (MQ=255) agaAGCTGGCCTTGGGTGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTGCCACC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGAt > 8:89419/1‑148 (MQ=255) gaAGCTGGCCTTGGGTGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTGCCACC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACAcc < 1:240528/115‑1 (MQ=255) gaAGCTGGCCTTGGGTGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTGCCACC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACAcc > 2:240528/1‑115 (MQ=255) gaAGCTGGCCTTGGGTGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTGCCACC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGAt < 7:189707/147‑1 (MQ=255) gaAGCTGGCCTTGGGTGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTGCCACC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGAt > 8:189707/1‑147 (MQ=255) tGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTGCCACC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATc > 8:32808/1‑91 (MQ=255) tGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTGCCACC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATc < 7:32808/91‑1 (MQ=255) tGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTGCCACC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAATAACCA‑CT‑C‑GGAGc < 4:122904/149‑1 (MQ=255) cccGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTGCCACC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAATAACCA‑CT‑C‑GGAGCTGt < 4:303864/149‑1 (MQ=255) ccGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTGCCACC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAATAACCA‑CT‑C‑GGAGCTGTACTTCaa < 5:120217/148‑1 (MQ=255) cGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTGCCACC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAATAACCA‑CT‑C‑GGAGCTGTACTTCAAGc > 3:208534/1‑149 (MQ=255) gTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTGCCACC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAATAACCA‑CT‑C‑GGAGCTGTACTTCAAGCt > 3:163820/1‑149 (MQ=255) gagaTCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTGCCACC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAATAACCA‑CT‑C‑GGAGCTGTACTTCAAGCTGa < 7:18194/148‑1 (MQ=255) tcGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTGCCACC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGAACAATAACCA‑CT‑C‑GGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGATgg > 2:122772/1‑149 (MQ=255) tGAAGTGGTGGCCAAACTGACTGCCACC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAATAACCA‑CT‑C‑GGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGATGGCACTACTGtcgtcg > 8:90029/1‑149 (MQ=38) aaGTGGTGGCCAAACTGACTGCCACC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAATAACCA‑CT‑C‑GGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGATGGCa < 2:829/135‑1 (MQ=34) aaGTGGTGGCCAAACTGACTGCCACC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAATAACCA‑CT‑C‑GGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGATGGCa > 1:829/1‑135 (MQ=34) actgCCACC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAATAACCA‑CT‑C‑GGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGATGGCACTACTGTCGTCGTGGCAGCCAACAGcaccac > 3:107914/1‑149 (MQ=34) ccACC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAATAACCA‑CT‑C‑GGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGATGGCACTACTGTCGTCGTGGCAGCCAACAGCACCACCGGt > 2:197251/1‑149 (MQ=35) cACC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAATAACCA‑CT‑C‑GGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGAt > 7:226170/1‑109 (MQ=11) cACC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAATAACCA‑CT‑C‑GGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGAt < 8:226170/109‑1 (MQ=11) cc‑ccTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAATAACCA‑CT‑C‑GGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGATGGCACTACTGTCGTCGTGGCAGCCAACAGCACCACCGGTTCg < 7:89419/149‑1 (MQ=34) cGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAATAACCACCTACGGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGATGGCACTACTGTCGTCGTGGCAGCCAACAGCACCACCGGTTCgg < 1:101855/147‑1 (MQ=11) tGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAATAACCA‑CT‑C‑GGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGATGGCACTACTGTCGTCGTGGCAGCCAACAGCACCACCGGTTCGGCCACTGTa < 1:197251/149‑1 (MQ=34) | ATGCAGGCTCCATCACGCTCAGTGTTACCGACGCTACAGTTCCGGGTGCCACCTTCGAGAAGCTGGCCTTGGGTGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTGCCACC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAATAACCA‑CT‑C‑GGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGATGGCACTACTGTCGTCGTGGCAGCCAACAGCACCACCGGTTCGGCCACTGTA > NC_002947/198222‑198514 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |