Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,926,256 | G→A | 7.3% | A87V (GCC→GTC) | PP_2564 ← | quercetin 2,3‑dioxygenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,926,256 | 0 | G | A | 7.3% | 157.9 / 2.9 | 55 | A87V (GCC→GTC) | PP_2564 | quercetin 2,3‑dioxygenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (27/24); new base A (2/2); total (29/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.02e-01 |
GGGAACGGCCGGCTACCCCACTGCGGTGCTTCACCGGTGCGCTCCGGCACGATCCAGATCTGGAAAATACGTGTATCGATATCTTCCAGGTTGTACTCGCTGTGCACGATGCCGGTACCGGCGCTCATGACCTGA‑ACATCACCGGCTTCGGTACGGCCCTTGTTGCCCAGGCTGTCCTGGTGGCTGATCGCGCCTTCACGCACATAAGTGATGATTTCCATGTCGCGGTGCGGGTGCGGCGGGAAGCCGCTGCCGGCTGCGATCAGGTCGTCGTTCCAAACCCGCAGGT > NC_002947/2926112‑2926400 | gggAACGGCCGGCTACCCCACTGCGGTGCTTCACCGGTGCGCTCCGGCACGATCCAGATCTGGAAAATACGTGTATCGATATCTTCCAGGTTGTACTCGCTGTGCACGATGCCGGTACCGGCGCTTATGACCTGA‑ACATCACCGGCtt < 7:49005/148‑1 (MQ=255) ggAACGGCCGGCTACCCCACTGAGGTGCTTCACCGGTGCGCTCCGGCACGATCCAGATCTGGAAAATACGTGTATCGATATCTTCCAGGTTGTACTCGCTGTGCACGATGCCGGTACCGGCGCTCATGACCTGA‑ACATCACCGACTTCg > 2:175659/1‑149 (MQ=255) aCGGCCGGCTACCCCACTGCGGTGCTTCACCGGTGCGCTCCGGCACGATCCAGATCTGGAAAATACGTGTATCGAGATCGTCCAGGTTGGACTCGCTGTGCACGATGCCGGTACCGGCGCGCATGACCTGA‑ACCTCACCGGCGTCGGTa > 8:268721/1‑149 (MQ=255) ggccggcTACCCCACTGCGGTGCTTCACCGGTGCGCTCCGGCACGATCCAGATCTGGAAAATACGTGTATCGATATCTTCCAGGTTGTACTCGCTGTGCACGATGCCGGTACCGGCGCTCATGACCTGA‑ACATCACCGGCTTCGGTACg > 3:314500/1‑149 (MQ=255) ccccACTGCGGTGCTTCACCGGTGCGCTCCGGCACGATCCAGATCTGGAAAATACGTGTATCGATATCTTCCAGGTTGTACTCGCTGTGCACGATGCCGGTACCGGCGCTCATGACCTGACACATCACCGGCTTCGGTACGGCCCttgt < 1:19516/149‑1 (MQ=255) cccACTGCGGTGCTTCACCGGTGCGCTCCGGCACGATCCAGATCTGGAAAATACGTGTATCGATATCTTCCAGGTTGTACTCGCTGTGCACGATGCCGGTACCGGCGCTCATGACCTGA‑ACATCACCGACTTCGGTACGGCCCttgttg > 7:235418/1‑149 (MQ=255) aCTGCGGTGCTTCACCGGTGTGCTCCGGCACGATCCAGATCTGGAAAATACGTGTATCGATATCTTCCAGGTTGTACTCGCTGTGCACGATGCCGGTACCGGCGCTCATGACCTGA‑ACATCACCGGCTTTGGTACGGCCCTTGTTGcc > 2:233121/1‑148 (MQ=255) cTGCGGTGCTTCACCGGTGCGCTCCGGCACGATCCAGATCTGGAAAATACGTGTATCGATATCTTCCAGGTTGTACTCGCTGTGCACGATGCCGGTACCGGCGCTCATGACCTGA‑ACATCACCGGCTTCGGTACGGCCCTTGTTGCCCa < 5:17371/149‑1 (MQ=255) tGCTTCACCGGTGCGCTCCGGCACGATCCAGATCTGGAAAATACGTGTATCGATATCTTCCAGGTTGTACTCGCTGTGCACGATGCCGGTACCGGCGCTCATGACCTGA‑ACATCACCGGCTTCGGTACGGCCCTTGTTGCCCAGGCTGt > 6:55759/1‑149 (MQ=255) aCCGGTGCGCTCCGGCACGATCCAGATCTGGAAAATACGTGTATCGATATCTTCCAGGTTGTACTCGCTGTGCACGATGCCGGTACCGGCGCTCATGACCTGA‑ACATCACCGGCTTCGGTACGGCCCTTGTTGCCCAGGCTGTCCtggt > 7:50089/1‑149 (MQ=255) cGGTGCGCTCCGGCACGATCCAGATCTGGAAAATACGTGTATCGATATCTTCCAGGTTGTACTCGCTGTGCACGATGCCGGTACCGGCGCTCATGACCTGA‑ACATCACCGGCTTCGGTACGGCCCTTGTTGCCCAGGCTGTCCtggtgg > 8:40688/1‑149 (MQ=255) cGGTGCGCTCCGGCACGATCCAGATCTGGAAAATACGTGTATCGATATCTTCCAGGTTGTACTCGCTGTGCACGATGCCGGTACCGGCGCTCATGACCTGA‑ACATCACCGGCTTCGGTACGGCCCTTGTTGCCCAGGCTGTCCtggtgg < 4:1024/149‑1 (MQ=255) ggTGCGCTCCGGCACGATCCAGATCTGGAAAATACGTGTATCGATATCTTCCAGGTTGTACTCGCTGTGCACGATGCCGGTACCGGCGCTCATGACCTGA‑ACATCACCGGCTTCGGTACGGCCCTTGTTGCCCAGGCTGTCCTGGTGGc < 8:173328/149‑1 (MQ=255) cgcTCCGGCACGATCCAGATCTGGAAAATACGTGTATCGATATCTTCCAGGTTGTACTCGCTGTGCACGATGCCGGTACCGGCGCTCATGACCTGA‑ACATCACCGGCTTCGGTACGGCCCTTGTTGCCCAGGCTGTCCTGGTGGCTGa < 3:94743/148‑1 (MQ=255) gcTCCGGCACGCTCCAGATCTGGAAAATACGTGCATCGATATCTTCCAGGTTGTACTCGCTGAGCACGATGACGGTACCGGCGCTCATGACCTGA‑ACATCCCCGGCTTCGGTACGGCCCGTGTTGCCCAGGCTGTCCTGGAGGCtta > 2:177612/1‑145 (MQ=255) cGGCACGATCCAGCGCTGGAAAATACGTGTCTCGATCTCTTCCAGGTTGTCCTCGCTGTGCACGATGCCGGTACCGGCGCTCATGACCTGA‑ACCTCCCCGGCTTCGGTACGGCCCGTGTTGCCCAGGCTGGCCTGGTGGCTGATCgcgc < 7:268721/149‑1 (MQ=255) cGGCACGATCCAGATCTGGAAAATACGTGTATCGATATCTTCCAGGTTGTACTCGCTGTGCACGATGCCGGTACCGGCGCTCATGACCTGA‑ACATCACCGGCTTCGGTACGGCCCTTGTTGCCCAGGCTGTCCTGGTGGCTGATcgc < 1:296503/147‑1 (MQ=255) ggCACGATCCAGATCTGGAAAATACGTGTATCGATATCTTCCAGGTTGTACTCGCTGTGCACGATGCCGGTACCGGCGCTCATGACCTGA‑ACATCACCGGCTTCGGTACGGCCCTTGTTGCCCAGGCTGTCCTGGTGGCTGATCGCGcc < 7:121488/149‑1 (MQ=255) aCGATCCAGATCTGGAAAATACGTGTATCGATATCTTCCAGGTTGTACTCGCTGTGCACGATGCCGGTACCGGCGCTCATGACCTGA‑ACATCACCGGCTTCGGTACGGCCCTTGTTGCCCAGGCTGTCCTGGTGGCTGATCGCGCCTTc < 4:314500/149‑1 (MQ=255) tCCAGATCTGGAAAATACGTGTATCGATATCTTCCAGGTTGTACTCGCTGTGCACGATGCCGGTACCGGCGCTCATGACCTGA‑ACATCACCGGCTTCGGTACGGCCCTTGTTGCCCAGGCTGTCCTGGTGGCTGATCGCGCCTTCACg > 2:159570/1‑148 (MQ=255) tCCAGATCTGGAAAATACGTGTATCGATATCTTCCAGGTTGTACTCGCTGTGCACGATGCCGGTACCGGCGCTCATGACCTGA‑ACATCACCGACTTCGGTACGGCCCTTGTTGCCCAGGCTGTCCTGGTGGCTGATCGCGCCTTCACGc < 1:175659/149‑1 (MQ=255) ccAGATCTGGAAAATACGTGTATCGATATCTTCCAGGTTGTACTCGCTGTGCACGATGCCGGTACCGGCGCTCATGACCTGA‑ACATCACCGGCTTCGGTACGGCCCTAGTTGCCCAGGCTGTCCTGGTGCCTGATCGCGCCTACACGca > 1:139392/1‑149 (MQ=255) cAGATCTTGAAAATACGTGTATCGATATCTTCCAGGTTGTACTCGCTGTGCACGATGCCGGTACCGGCGCTCATGACCTGA‑ACATCACCGGCTTCGGTACGGCCCTTGTTGCCCAGGCTGTCCTGGTGGCTGATCGCGCCTTCACGcac < 4:191277/149‑1 (MQ=255) ggAAAATACGTGTATCGATATCTTCCAGGTTGTACTCGCTGTGCACGATGCCGGTACCGGCGCTCATGACCTGA‑ACATCACCGGCTTCGGt > 5:2318/1‑91 (MQ=255) ggAAAATACGTGTATCGATATCTTCCAGGTTGTACTCGCTGTGCACGATGCCGGTACCGGCGCTCATGACCTGA‑ACATCACCGGCTTCGGt < 6:2318/91‑1 (MQ=255) gtATCGATATCTTCCAGGTTGTACTCGCTGTGCACGATGCCGGTACCGGCGCTCATGACCTGA‑ACATCCCCGGCTTCGGTACGGCCCTTGTTGCCCCGGCTGTCCTGGTGGCTGCTCGCGCCGTCACGCACCTAAGTGATGAGTTCCAt > 8:134087/1‑149 (MQ=255) tATCGATATCTTCCAGGTTGTACTCGCTGTGCACGATGCCGGTACCGGCGCTCATGACCTGA‑ACATCACCGGCTTCGGTACGGCCCTTGTTGCCCAGGCTGTCCtggtgg > 7:295817/1‑110 (MQ=255) tATCGATATCTTCCAGGTTGTACTCGCTGTGCACGATGCCGGTACCGGCGCTCATGACCTGA‑ACATCACCGGCTTCGGTACGGCCCTTGTTGCCCAGGCTGTCCtggtgg < 8:295817/110‑1 (MQ=255) gATATCTTCCAGGTTGTACTCGCTGTGCACGATGCCGGTACCGGCGCTCATGACCTGA‑ACATCACCGGCTTCGGTACGGCCCTTGTTGCCCAGGCTGTCCTGGTGGCTGATCGCGCCTTCACGCACATAAGTGATGATTTCCATGTcgc > 5:183158/1‑149 (MQ=255) ttCCAGGTTGTACTCGCTGTGCACGATGCCGGTACCGGCGCTCATGACCTGA‑ACATCACCGGCTTCGGTACGGCCCTTGTTGCCCAGGCTGTCCTGGTGGCTGATCGCGCCTTCACGCACATAAGTGATGATTTCCATGTCGCggtgcg > 5:197871/1‑149 (MQ=255) gTACTCGCTGTGCACGATGCCGGTACCGGCGCTCATGACCTGA‑ACATCACCGGCTTCGGTACGGCCCTTGTTGCCCAGGCTGTCCTGGTGGCTGATCGCGCCTTCACGCACATAAGTGATGATTTCCATGTCGCGGTGCGGGTgcggc < 7:40688/148‑1 (MQ=255) tCGCTGTGCACGATGCCGGTACCGGCGCTCATGACCTGA‑ACATCACCGGCTTCGGTACGGCCCTTGTTGCCCAGGCTGTCCTGGTGGCTGATCGCGCCTTCACGCACATAAGTGATGATTTCCATGTCACGGTGCGGGTGCGGCggg > 4:83282/1‑147 (MQ=255) gCTGTGCACGATGCCGGTTCCGGCGCTCATGACCTGA‑ACATCACCGGCTTCGGTACGGCCCTTGTTGCCCAGGCTGTCCTGGTGGCTGATCGCGCCTTCACGCACATAAGTGATGATTTCCATGTCGCGGTGCGGGTGCGGCGGGaa < 4:38703/147‑1 (MQ=255) gCTGTGCACGATGCCGGTACCGGCGCTCATGACCTGA‑ACATCACCGGCTTTGGTACGGCCCTTGTTGCCCAGGCTGTCCTGGTGGCTGATCGCGCCTTCACGCACATAAGTGATGATTTCCATGTCGCGGTGCGGGTGCGGCGGGaa < 1:233121/147‑1 (MQ=255) gCTGTGCACGATGCCGGTACCGGCGCTCATGACCTGA‑ACATCACCGGCTTCGGTACGGCCCTTGTTGCCCAGGCTGTCCTGGTGGCTGATCGCGCCTTCACGCACATAAGTGATGATTTCCATGTCGCGGTGCGGGTGCGGCGGGaa < 5:55759/147‑1 (MQ=255) gCTGTGCACGATGCCGGTACCGGCGCTCATGACCTGA‑ACATCACCGGCTTCGGTACGGCCCTTGTTGCCCAGGCTGTCCTGGTGGCTGATCGCGCCTTCACGCACATAAGTGATGATTTCCATGTCGCGGTGCGGGTGCGGCGGGAAGc > 7:57976/1‑149 (MQ=255) gCCGGTACCGGCGCTCATGACCTGA‑ACATCACCGGCTTCGGTACGGCCCTTGTTGCCCAGGCTGTCCTGGTGGCTGATCGCGCCTTCACGCACATAAGTGATGATTTCCATGTCGCGGTGCGGGTGcggcgg > 8:137936/1‑132 (MQ=255) gCCGGTACCGGCGCTCATGACCTGA‑ACATCACCGGCTTCGGTACGGCCCTTGTTGCCCAGGCTGTCCTGGTGGCTGATCGCGCCTTCACGCACATAAGTGATGATTTCCATGTCGCGGTGCGGGTGcggcgg < 7:137936/132‑1 (MQ=255) cGGTACCGGCGCTCATGACCTGA‑ACATCACCGGCTTCGGTACGGCCCTTGTTGCCCAGGCTGTCCTGGTGGCTGATCGCGCCTTCACGCACATAAGTGATGATTTCCATGTCGCggt < 3:207511/117‑1 (MQ=255) cGGTACCGGCGCTCATGACCTGA‑ACATCACCGGCTTCGGTACGGCCCTTGTTGCCCAGGCTGTCCTGGTGGCTGATCGCGCCTTCACGCACATAAGTGATGATTTCCATGTCGCggt > 4:207511/1‑117 (MQ=255) ccGGCGCTCATGACCTGA‑ACATCACCGGCTTCGGTACGGCCCTTGTTGCCCAGGCTGTCCTGGTGGCTGATCGCGCCTTCACGCACATAAGTGATGATTTCCATGTCGCGGTGCGGGTGCGGCGGGAAGCCGCTGCCGGCTGCGATCAg < 1:159570/149‑1 (MQ=255) ggCGCTCATGACCTGA‑ACATCACCGGCTTCGGTACGGCCCTTGTTGCCCAGGCTGTCCTGGTGGCTGATCGCGCCTTCACGCACATAAGTGATGATTTCCATGTCGCGGTGCGGGTGCGGCGGGAAGCCGCTGCCGGCTGCGATCAGgt > 2:38129/1‑149 (MQ=255) gcgcTCATGACCTGA‑ACATCACCGGCTTCGGTACGGCCCTTGTTGCCCAGGCTGTCCTGGTGGCTGATCGCGCCTTCACGCACATAAGTGATGATTTCCATGTCGCGGTGCGGGTGCGGCGGGAAGCCGCTGCCGGCTGCGATCAGgtc < 6:183158/149‑1 (MQ=255) gcgcTCATGACCTGA‑ACATCACCGGCTTCGGTACGGCCCTTGTTGCCCAGGCTGTCCTGGTGGCTGATCGCGCCTTCACGCACATAAGTGATGATTTCCATGTCGCGGTGCGGGTGCGGCGGGAAGCCGCTGCCGGCTGCGATCAGgtc > 5:185297/1‑149 (MQ=255) cTCATGACCTGA‑ACATCACCGACTTCGGTACGGCCCTTGTTGCCCAGGCTGTCCTGGTGGCTGATCGCGCCTTCACGCACATAAGTGATGATTTCCATGTCGCGGTGCGGGTGCGGCGGGAAGCCGCTGCCGGCTGCGATCAGgtcgtc < 8:235418/149‑1 (MQ=255) tCATGACCTGA‑ACATCACCGGCTTCGGTACGGCCCTTGTTGCCCAGGCTGTCCTGGTGGCTGATCGCGCCTTCACGCACATAAGTGATGATTTCCATGTCGCGGTGCGGGTGCGGCGGGAAGCCGCTGCCGGCTGCGATCAGGtcgtcg > 2:108545/1‑149 (MQ=255) aTGACCTGA‑ACATCACCGGCTTCGGTACGGCCCTTGTTGCCCAGGCTGTCCTGGTGGCTGATCGCGCCTTCACGCACATAAGTGATGATTTCCATGTCGCGGTGCGGGTgcggcg < 7:204287/115‑1 (MQ=255) aTGACCTGA‑ACATCACCGGCTTCGGTACGGCCCTTGTTGCCCAGGCTGTCCTGGTGGCTGATCGCGCCTTCACGCACATAAGTGATGATTTCCATGTCGCGGTGCGGGTgcggcg > 8:204287/1‑115 (MQ=255) aCCTGA‑ACATCACCGGCTTCGGTACGGCCCTTGTTGCCCAGGCTGTCCTGGTGGCTGATCGCGCCTTCACGCACATAAGTGATGATTTCCATGTCGCGGTGCGGGTGCGGCGGGAAGCCGCTGCCGGCTGCGATCAGGTCGTCGTTcc > 2:174593/1‑148 (MQ=255) tGA‑ACATCACCGGCTTCGGTACGGCCCTTGTTGCCCAGGCTGTCCTGGTGGCTGATCGCGCCTTCACGCACATAAGTGATGATTTCCATGTCGCGGTGCGGGTGCGGCGGGAAGCCGCTGCCGGCTGCGATCAGGTCGTCGTTCCAAAc > 6:140934/1‑149 (MQ=255) gA‑ACATCACCGGCTTCGGTACGGCCCTTGTTGCCCAGGCTGTCCTGGTGGCTGATCGCGCCTTCACGCACATAAGTGATGATTTCCATGTCGCGGTGCGGGTGCGGCGGGAAGCCGCTGCCGGCTGCGATCAGGTCGTCGTTCCAAAcc > 5:136802/1‑149 (MQ=255) a‑aCATCACCGGCTTCGGTACGGCCCTTGTTGCCCAGGCTGTCCTGGTGGCTGATCGCGCCTTCACGCACATAAGTGATGATTTCCATGTCGCGGTGCGGGTGCGGCGGGAAGCCGCTGCCGGCTGCGATCAGGTCGTCGTTCCAAAccc < 8:50089/149‑1 (MQ=255) tCACCGGCTTCGGTACGGCCCTTGTTGCCCAGGCTGTCCTGGTGGCTGATCGCGCCTTCACGCACATAAGTGATGATTTCCATGTCGCGGTGCGGGTGCGGCGGGAAGCCGCTGCCGGCTGCGATCAGGTCGTCGTTCCAAACCCGCAg < 8:57976/149‑1 (MQ=255) aCCGGCTTCGGTACGGCCCTTGTTGCCCAGGCTGTCCTGGTGGCTGATCGCGCCTTCACGCACATAAGTGATGATTTCCATGTCGCGGTGCGGGTGCGGCGGGAAGCCGCTGCCGGCTGCGATCAGGTCGTCGTTCCAAACCCGCAGGt > 5:199604/1‑149 (MQ=255) aCCGGCTTCGGTACGGCCCTTGTTGCCCAGGCTGTCCTGGTGGCTGATCGCGCCTTCACGCACATAAGTGATGATTTCCATGTCGCGGTGCGGGTGCGGCGGGAAGCCGCTGCCGGCTGCGATCAGGTCGTCGTTCCAAACCCGCAGGt > 3:304116/1‑149 (MQ=255) | GGGAACGGCCGGCTACCCCACTGCGGTGCTTCACCGGTGCGCTCCGGCACGATCCAGATCTGGAAAATACGTGTATCGATATCTTCCAGGTTGTACTCGCTGTGCACGATGCCGGTACCGGCGCTCATGACCTGA‑ACATCACCGGCTTCGGTACGGCCCTTGTTGCCCAGGCTGTCCTGGTGGCTGATCGCGCCTTCACGCACATAAGTGATGATTTCCATGTCGCGGTGCGGGTGCGGCGGGAAGCCGCTGCCGGCTGCGATCAGGTCGTCGTTCCAAACCCGCAGGT > NC_002947/2926112‑2926400 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |