Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,138,707 | G→C | 7.0% | A282A (GCG→GCC) | PP_2754 → | OprD family outer membrane porin |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,138,707 | 0 | G | C | 7.0% | 180.6 / 2.6 | 57 | A282A (GCG→GCC) | PP_2754 | OprD family outer membrane porin |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (29/24); new base C (2/2); total (31/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.09e-01 |
TCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCG‑‑CTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAGCGTGCATGCCGGTCTGGCTGCCGGCGCTCATGGCTTCAAGCTGTCCTACACGCGCATCGATGGCGACACGCCGTTCGACTACGTGTGGAACACCTATGACCTGCAGCTGGATGCCG > NC_002947/3138565‑3138855 | tCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCG‑‑CTggcc > 8:4778/1‑149 (MQ=255) aCCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCG‑‑CTggccgg > 7:215843/1‑149 (MQ=255) cTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCCACGACGTATGGAACCAGTCGTTATTCAGCGTCAACCATGTCCAGCCGCTGGCTAGCGAGCAGAGCCTGAAGACCGGCCTCAAATATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGCTC‑‑CTggccgctg > 2:148845/1‑146 (MQ=255) attGCGCCTGCACAGCAGCGGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCTACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGAGAGCGGCCAGCGC‑‑CTggccgctg < 1:148845/148‑4 (MQ=255) ccTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCG‑‑CTGGCCGGCCAGATCg < 6:143361/149‑1 (MQ=255) tGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCG‑‑CTGGCCGGCCAGATCGa > 7:141286/1‑148 (MQ=255) gccgccTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCG‑‑CTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCa > 8:67418/1‑149 (MQ=255) ccgccTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCG‑‑CTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCAt > 5:304872/1‑149 (MQ=255) cTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCG‑‑CTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAg < 7:4778/149‑1 (MQ=255) tCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCG‑‑CTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAGc > 2:260827/1‑149 (MQ=255) gacgacGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCG‑‑CTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAGCGt > 6:27439/1‑149 (MQ=255) gacgTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCG‑‑CTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCa > 8:53596/1‑138 (MQ=255) gacgTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCG‑‑CTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCa < 7:53596/138‑1 (MQ=255) gacgTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAACGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCG‑‑CTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAGCGTGCa > 1:81564/1‑149 (MQ=255) gTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCG‑‑CTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAGCGTGCATGc > 8:45602/1‑149 (MQ=255) tGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCG‑‑CTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAGCGTg < 5:320308/141‑1 (MQ=255) tGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCG‑‑CTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAGCGTg > 6:320308/1‑141 (MQ=255) tGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCG‑‑CTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAGCGTGCATGCCgg > 2:160264/1‑149 (MQ=255) gAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCG‑‑CTGGCCGGCCAGATCGACaa < 8:64745/123‑1 (MQ=255) gAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCG‑‑CTGGCCGGCCAGATCGACaa > 7:64745/1‑123 (MQ=255) aCCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCG‑‑CTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAGCGTGCATGCCGGTCTg < 7:67418/149‑1 (MQ=255) ccAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCG‑‑CTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAGCGTGCATGCCGGTCTgg < 1:278663/149‑1 (MQ=255) cAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCG‑‑CTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGa < 5:325072/130‑1 (MQ=255) cAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCG‑‑CTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGa > 6:325072/1‑130 (MQ=255) ttcttcAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCG‑‑CTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAGCGTGCATGCCGGTCTGGCTGCCgg < 1:255141/149‑1 (MQ=255) cGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCGCCCTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAGCGTGCATGCCGGTCTGGCTGCCGGCGCTCATgg < 1:260827/149‑1 (MQ=255) cATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCG‑‑CTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAGCGTGCATGCCGGTCTGGCTGCCGGCGCTCATGGCTTc > 5:13095/1‑147 (MQ=255) cATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCG‑‑CTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAGCGTGCATGCCGGTCTGGCTGCCGGCGCTCATGGCTTCaa < 8:215843/149‑1 (MQ=255) aTGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCG‑‑CTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAGCGTGCATGCCGGTCTGGCTGCCGGCGCTCATGGCTTCAAg < 3:78335/149‑1 (MQ=255) cAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCG‑‑CTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAGCGTGCATGCCGGTCTGGCTGCTGGCGCTCATGGCTTCAAGCTGTc > 7:5654/1‑149 (MQ=255) cAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCG‑‑CTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAGCGTGCATGCCGGTCTGGCTGCCGGCGCTCATGGCTTCAAGCTGTc < 8:141286/149‑1 (MQ=255) gCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCG‑‑CTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAGCGTGCATGCCGGTCTGGCTGCCGGCGCTCATGGCTTCAAGCTGTCCt < 6:304872/149‑1 (MQ=255) aGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCG‑‑CTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAGCGTGCATGCCGGTCTGGCTGCCGGCGCTCATGGCTTCAAGCTGTCCTACACGCGCATCGATGGCGa > 1:56482/1‑149 (MQ=255) gAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCG‑‑CTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAGCGTGCATGCCGGTCTGGCTGCCGGCGCTCATGGCTTCAAGCTGTCCTACACGCGCATCGATg < 4:310883/140‑1 (MQ=255) gAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCG‑‑CTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAGCGTGCATGCCGGTCTGGCTGCCGGCGCTCATGGCTTCAAGCTGTCCTACACGCGCATCGATg > 3:310883/1‑140 (MQ=255) aaGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGACCAGGCG‑‑CTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAGCGTGCATGCCGGTCTGGCTGCCGGCGCTCATGGCTTCAAGCTGTCCTACAcgc > 2:122109/1‑130 (MQ=255) aaGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGACCAGGCG‑‑CTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAGCGTGCATGCCGGTCTGGCTGCCGGCGCTCATGGCTTCAAGCTGTCCTACAcgc < 1:122109/130‑1 (MQ=255) ccGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCG‑‑CTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAGCGTGCATGCCGGTCTGGCTGCCGGCGCTCATGGCTTCAAGCTGTCCTACACGCGCATCGATGGCGACACGCCGTTc < 2:56482/149‑1 (MQ=255) ggCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCG‑‑CTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAGCGTGCATGCCGGTCTGGCTGCCGGCGCTCATGGCTTCAAGCTGTCCTACACGCGCATCGATGGCGACACGCCGTTCGa > 1:258453/1‑149 (MQ=255) tCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCG‑‑CTGGCCGGCCAGATCGCCAACGACTCATGGAGCGTGCATGCCGGTCTGGCTGCCGGCGCTCCTGGCTTCAAGCTGTCCTACACGCGCATCGATGGCGACCCGCCGGTCgacgac > 8:32274/1‑149 (MQ=255) cAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCG‑‑CTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAGCGTGCATGCCGGTCTGGCTGCCGGCGCTCATGGCTTCAAGCTGTCCTACACGCGCATCGATGGCGACACGCCGTTCGACTACg > 1:139569/1‑149 (MQ=255) aaTTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCG‑‑CTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAGCGTGCATGCCGGTCTGGCTGCCGGCGCTCATGGCTTCAAGCTGTCCTACACGCGCATCGATGGCGACACGCCGTTCGACTAc < 6:13095/147‑1 (MQ=255) aaTTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCG‑‑CTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAGCGTGCATGCCGGTCTGGCTGCCGGCGCTCATGGCTTCAAGCTGTCCTACACGCGCATCGATGGCGACACGCCGTTCGACTACgt < 7:32274/149‑1 (MQ=255) attattACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCG‑‑CTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAGCGTGCATGCCGGTCTGGCTGCCGGCGCTCATGGCTTCAAGCTGTCCTACACGCGCATCGATGGCGACACGCCGTTCGACTACgtg > 8:180818/1‑149 (MQ=255) attaCCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCG‑‑CTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAGCGTGCATGCCGGTCTGGCTGCCGGCGCTCATGGCTTCAAGCTGTCCTACACGCGCATCGATGGCGACACGCCGTTCGACTACGtgtg > 2:53179/1‑148 (MQ=255) aCCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCG‑‑CTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAGCGTGCATGCCGGTCTGGCTGCCGGCGCTCATGGCTTCAAGCTGTCCTACACGCGCATCGATGGCGACACGCCGTTCGACTACGTGTGGaa < 3:267473/148‑1 (MQ=255) ccGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCG‑‑CTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAGCGTGCATGCCGGTCTGGCTGCCGGCGCTCATGGCTTCAAGCTGTCCTACACGCGCATCGATGGCGACACGCCGTTCGACTa < 3:202247/138‑1 (MQ=255) ccGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCG‑‑CTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAGCGTGCATGCCGGTCTGGCTGCCGGCGCTCATGGCTTCAAGCTGTCCTACACGCGCATCGATGGCGACACGCCGTTCGACTa > 4:202247/1‑138 (MQ=255) ccGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCG‑‑CTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAGCGTGCATGCCGGTCTGGCTGCCGGCGCTCATGGCTTCAAGCTGTCCTACACGCGCATCGATGGCGACACGCCGTTCGACTACGTGTGGAaca > 1:290623/1‑149 (MQ=255) cACCCGTGACAGCGGCCAGGCG‑‑CTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAGCGTGCATGCCGGTCTGGCTGCTGGCGCTCATGGCTTCAAGCTGTCCTACACGCGCATCGATGGCGACACGCCGTTCGACTACGTGTGGAACACCt < 8:5654/149‑1 (MQ=255) cACCCGTGACAGCGGCCAGGCG‑‑CTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAGCGTGCATGCCGGTCTGGCTGCCGGCGCTCATGGCTTCAAGCTGTCCTACACGCGCATCGATGGCGACACGCCGTTCGACTACGTGTGGAACAcc > 7:79705/1‑148 (MQ=255) cACCCGTGACAGCGGCCAGGCG‑‑CTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAGCGTGCATGCCGGTCTGGCTGCCGGCGCTCATGGCTTCAAGCTGTCCTACACGCGCATCGATGGCGACACGCCGTTCGACTACGTGTGGAACAcc > 1:319756/1‑148 (MQ=255) ccGTGACAGCGGCCAGGCG‑‑CTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAGCGTGCATGCCGGTCTGGCTGCCGGCGCTCATGGCTTCAAGCTGTCCTACACGCGCATCGATgg > 2:266747/1‑114 (MQ=255) ccGTGACAGCGGCCAGGCC‑‑CTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAGCGTGCATGCCGGTCTGGCTGCCGGCGCTCATGGCTTCAAGCTGTCCTACACGCGCATCGATgg < 1:266747/114‑1 (MQ=255) gTGACAGCGGCCAGGCG‑‑CTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAGCGTGCATGCCGGTCTGGCTGCCGGCGCTCATGGCTTCAAGCTGTCCTACACGCGCATCGATGGCGACACGCCGTTCGACTACGTGTGGAACACCTATGAc < 5:27439/149‑1 (MQ=255) ccGGCCAGCGC‑‑CTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAGCGTGCATGCCGGTCTGGCTGCCGGCGCTCATGGCTTCAAGCTGTCCTACACGCGCATCGATGGCGACACGCCGTTCGACTACGTGTGGAACACCTATGACCTGCAg > 1:47448/2‑149 (MQ=255) ccAGGCG‑‑CTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAGCGTGCATGCCGGTCTGGCTGCCGGCGCTCATGGCTTCAAGCTGTCCTACACGCGCATCGATGGCGACACGCCGTTCGACTACGTGTGGAACACCTATGACCTGCAGCTgg < 8:79705/149‑1 (MQ=255) g‑‑cTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAGCGTGCATGCCGGTCTGGCTGCCGGCGCTCATGGCTTCAAGCTGTCCTACACGCGCATCGATGGCGACACGCCGTTCGACTACGTGTGGAACACCTATGACCTGCAGCTGGATgccg > 4:132877/1‑149 (MQ=255) | TCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCG‑‑CTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAGCGTGCATGCCGGTCTGGCTGCCGGCGCTCATGGCTTCAAGCTGTCCTACACGCGCATCGATGGCGACACGCCGTTCGACTACGTGTGGAACACCTATGACCTGCAGCTGGATGCCG > NC_002947/3138565‑3138855 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |