Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,474,290 | T→C | 10.0% | D808G (GAT→GGT) | PP_3087 ← | excinuclease ABC subunit A |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,474,290 | 0 | T | C | 10.0% | 101.8 / 2.7 | 40 | D808G (GAT→GGT) | PP_3087 | excinuclease ABC subunit A |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (16/20); new base C (2/2); total (18/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.15e-01 |
GATCGCATTCTAATCGGCGGCCCAGGAAACTGGCAATGCGCAGGGGTTACAAGGCCTTTGCCAAAAACGTCGCCGTGCGGCTGTCGGTACATGCCGCCACCACCTGCGGCGTGCCACTGACCACCAC‑CTTGCCCCCGGCATCACCAGCCCCCGGCCCGATATCGATCACCCAGTCGCTCTGCGCCACCACTCGCATGTCGTGTTCGACCACCACCACGCTATGCCCGCTTTCTACCAGGCGGTTCAGTTGTACCAGCAGCCGGTCGATGTCCTGCGGGTG > NC_002947/3474150‑3474429 | gATCGCATTCTAATCGGCGGCCCAGGAAACTGGCAATGCGCAGGGGTTACAAGGCCTTTGCCAAAAACGTCGCCGTGCGGCTGTCGGTACATGCCGCCACCACCTGCGGCGTGCCACTGACCACCAC‑CTTGCCCCCGGCATCACCAGcc > 6:82197/1‑149 (MQ=255) gATCGCATTCTAATCGGCGGCCCAGGAAACTGGCAATGCGCAGGGGTTACAAGGCCTTTGCCAAAAACGTCGCCGTGCGGCTGTCGGTACATGCCGCCACCACCTGCGGCGTGCCACTGACCACCAC‑CTTGCCCCCGGCATCACCAGc < 6:102204/148‑1 (MQ=255) tCGCATTCTAATCGGCGGCCCAGGAAACTGGCAATGCGCAGGGGTTACAAGGCCTTTGCCAAAAACGTCGCCGTGCGGCTGTCGGTACATGCCGCCACCACCTGCGGCGTGCCACTGACCACCAC‑CTTGCCCCCGGCACCACCAGcccc > 3:73635/1‑149 (MQ=255) tCGCATTCTAATCGGCGGCCCAGGAAACTGGCAATGCGCAGGGGTTACAAGGCCTTTGCCAAAAACGTCGCCGTGCGGCTGTCGGTACATGCCGCCACCACCTGCGGCGTGCCACTGACCACCAC‑CTTGCCCCCGGCACCACCAGcccc > 3:69256/1‑149 (MQ=255) gCATTCTAATCGGCGGCCCAGGAAACTGGCAATGCGCAGGGGTTACAAGGCCTTTGCCAAAAACGTCGCCGTGCGGCTGTCGGTACATGCCGCCACCACCTGCGGCGTGCCACTGACCACCAC‑CTTGCGCCCGGCATCACCAGCCCCCg > 1:25534/1‑149 (MQ=255) gCATTCTAATCGGCGGCCCAGGAAACTGGCAATGCGCAGGGGTTACAAGGCCTTTGCCAAAAACGTCGCCGTGCGGCTGTCGGTACATGCCGCCACCACCTGCGGCGTGCCACTGACCACCAC‑CTTGCCCCCGGCATCACCAGCCCCCg > 6:149219/1‑149 (MQ=255) aTTCTAATCGGCGGCCCAGGAAACTGGCAATGCGCAGGGGTTACAAGGCCTTTGCCAAAAACGTCGCCGTGCGGCTGTCGGTACATGCCGCCACCACCTGCGGCGTGCCACTGACCACCAC‑CTTGCCCCCGGCATCACCAGCCCCCGGc > 6:211595/1‑149 (MQ=255) tCTAATCGGCGGCCCAGGAAACTGGCAATGCGCAGGGGTTACAAGGCCTTTGCCAAAAACGTCGCCGTGCGGCTGTCGGTACATGCCGCCACCACCTGCGGCGTGCCACTCACCACCAC‑CTTCCCCCCCGCATACCCAGCCCCCGGccc > 2:221776/1‑149 (MQ=255) tCGGCGGCCCAGGAAACTGGCAATGCGCAGGGGTTACAAGGCCTTTGCCAAAAACGTCGCCGTGCGGCTGTCGGTACATGCCGCCACCACCTGCGGCGTGCCACTGACCACCAC‑CTTGCCCCCGGCATCACCAGCCCCCGGCCCGatat > 3:270949/1‑149 (MQ=255) atatcggcCCAGGAAACTGGCAATGCGCAGGGGTTACAAGGCCTTTGCCAAAAACGTCGCCGTGCGGCTGTCGGTACATGCCGCCACCACCTGCGGCGTGCCACTGACCACCAC‑CTTGCCCCCGGCATCACCAGCCCCCGGCCCGatat < 7:277752/145‑1 (MQ=255) gcggcCCATGAAACTGGGAATGCGGAGGGGTTTCAATGGCTTTGCCAAAAACGTCGCCGTGCGGCTGTCGGTTCATGCCGCCACCACCTTCGGCGTGCCACTGACCACCACTCTTGCCCCCGGCATCACCAGCCCCCGGCCCGATATCg < 1:221776/149‑1 (MQ=255) cccAGGAAACTGGCAATGCGCAGGGGTTACAAGGCCTTTGCCAAAAACGTCGCCGTGCGGCTGTCGGTACATGCCGCCACCACCTGCGGCGTGCCACTGACCACCAC‑CTTGCCCCCGGCACCACCAGCCCCCGGCCCGATATCGATCAc < 4:73635/149‑1 (MQ=255) cccAGGAAACTGGCAATGCGCAGGGGTTACAAGGCCTTTGCCAAAAACGTCGCCGTGCGGCTGTCGGTACATGCCGCCACCACCTGCGGCGTGCCACTGACCACCAC‑CTTGCCCCCGGCACCACCAGCCCCCGGCCCGATATCGATCAc < 4:69256/149‑1 (MQ=255) cAGGAAACTGGCAATGCGCAGGGGTTACAAGGCCTTTGCCAAAAACGTCGCCGTGCGGCTGTCGGTACATGCCGCCACCACCTGCGGCGTGCCACTGACCACCAC‑CTTGCCCCCGGCATCACCAGCCCCCGGCCCGATATCGATCAccc < 2:25534/149‑1 (MQ=255) cAGGAAACTGGCAATGCGCAGGGGTTACAAGGCCTTTGCCAAAAACGTCGCCGTGCGGCTGTCGGTACATGCCGCCACCACCTGCGGCGTGCCACTGACCACCAC‑CTTGCCCCCGGCATCACCAGCCCCCGGCCCGATATCGATCAcc > 4:37138/1‑148 (MQ=255) tGGCAATGCGCAGGGGTTACAAGGCCATTGCCAAAAACGTCGCCGTGCGGCTGTCGCTACATGCCGCCACCACCTGCGGCGTGCCACTGACCACCAC‑CTAGCCCACGCCATCACCAGCCCCCCCCACGATATAGATCACCCACTCGctc > 6:200849/1‑149 (MQ=255) cAATGCGCAGGGGTTACAAGGCCTTTGCCAAAAACGTCGCCGTGCGGCTGTCGGTACATGCCGCCACCACCTGCGGCGTGCCACTGACCACCAC‑CTTGCCCCCGGCATCACCAGCCCCCGGCCCGATATCGATCACCCAGTCGCTCTgc > 4:134523/1‑149 (MQ=255) gTTACAAGGCCTTTGCCAAAAACGTCGCCGTGCGGCTGTCGGTACATGCCGCCACCACCTGCGGCGTGCCACTGACCACCAC‑CTTGCCCCCGGCATCa < 5:295344/98‑1 (MQ=255) gTTACAAGGCCTTTGCCAAAAACGTCGCCGTGCGGCTGTCGGTACATGCCGCCACCACCTGCGGCGTGCCACTGACCACCAC‑CTTGCCCCCGGCATCa > 6:295344/1‑98 (MQ=255) aaGGCCTTTGCCAAAAACGTCGCCGTGCGGCTGTCGGTACATGCCGCCACCACCTGCGGCGTGCCACTGACCACCAC‑CTTGCCCCCGGCATCACCAGCCCCCGGCCCGATATCGATCACCCAGTCGCTCTGCGCCACCACTCGCATGTc < 3:313511/149‑1 (MQ=255) aaGGCCTTTGCCAAAAACGTCGCCGTGCGGCTGTCGGTACATGCCGCCACCACCTGCGGCGTGCCACTGACCACCAC‑CTTGCCCCCGGCATCACCAGCCCCCGGCCCGATATCGATCACCCAGTCGCTCTGCGCCACCACTCGCATGTc > 6:237425/1‑149 (MQ=255) aaGGCCTTTGCCAAAAACGTCGCCGTGCGGCTGTCGGTACATGCCGCCACCACCTGCGGCGTGCCACTGACCACCAC‑CTTGCCCCCGGCATAACCAGCCCCCGGCCCGATATCGATCACCCATTCGCTCTGCGCCACCACTAGCATGTc > 3:63926/1‑149 (MQ=255) tGCCAAAAACGTCGCCGTGCGGCTGTCGGTACATGCCGCCACCACCTGCGGCGTGCCACTGACCACCAC‑CTTGCCCCCGGCATCACCAGCCCCCGGCCCGATATCGATCACCCAGTCGCTCTGCGCCACCACTCGCATGTCGTGTTc < 5:82197/147‑1 (MQ=255) ccAAAAACGTCGCCGTGCGGCTGTCGGTACATGCCGCCACCACCTGCGGCGTGCCACTGACCACCAC‑CTTGCCCCCGGCATCACCAGCCCCCGGCCCGATATCGATCACCCAGTCGCTCTGCGCCACCACTCGCATGTCGTGTTCGac < 3:37138/148‑1 (MQ=255) aCGTCGCCGTGCGGCTGTCGGTACATGCCGCCACAACCTGCGGCGTGCCACTGACCACCAC‑CTTGCCCCCGGCATCACCAGCCCCCGGCCCGATATCGATCACCCAGTCGCTCTGCTCCACCACACGCATGTCGTTTTAGaccaccacc > 4:226462/1‑149 (MQ=255) tCGGTACATGCCGCCACCACCTGCGGCGTGCCACTGACCACCAC‑CTTGCCCCCGGCATCACCAGCCCCCGGCCCGATATCGATCACCCAGTCGCTCTGTGCCACCACTCGCATGTCGTGTTCGACCACCACCACGCTATGCCCGCttt < 5:211595/148‑1 (MQ=255) gcGGTACATGCCGCCACCACCTGCGGCGTGCCACTGACCACCAC‑CTTGCCCCCGGCATCACCAGCCCCCGGCCCGATATCGAACACCCAGTCGCTCTGCGCCACCACTCGCATGTCGTGTTCGACCACCACCACGCTATGCCCGCTTTc < 7:83875/148‑1 (MQ=255) cATGCCGCCACCACCTGCGGCGTGCCACTGACCACCAC‑CTTGCCCCCGGCATCACCAGCCCCCGGCCCGATATCGATCACCCAGTCGCTCTGCGCCACCACTCGCATGTCGTGTTCGACCACCACCACGCTATGCCCGCTTTCTACCa < 2:122655/148‑1 (MQ=255) cagccACCACCTGCTGCTTGCCACTGACCACCAC‑CTTGCCCCCGGCATCACCAGCCCCCGGCACGATATCGATCACCCAGTCGCTCTGCGCCACCACTCGCATGTCGTGTTCGACCACCACCACGCTATGCCCGCTTTCTACCAGGCgg < 6:323283/147‑1 (MQ=255) caccTGCGGCGTGCCACTGACCACCAC‑CTTGCCCCCGGCATCACCAGCCCCCGGCCCGATATCGATCACCCAGTCGCTCTGCGCCACCACTCGCATGTCGTGTTCGACCACCACCACGCTATGCCCGCTTTCTACCAGGCGGTTCAGtt < 1:37413/149‑1 (MQ=255) ccTGCGGCGTGCCACTGACCACCAC‑CTTGCCCCCGGCATCACCAGCCCCCGGCCCGATATCGATCACCCAGTCGCTCTGCGCCACCACTCGCATGTCGTGTTCGACCACCACCACGCTATGCCCGCTTTCTACCAGGCGGTTCAGTTGt < 5:200849/149‑1 (MQ=255) ggcgTGCCACTGACCACCAC‑CTTGCCCCCGGCATCACCAGCCCCCGGCCCGATATCGATCACCCAGTCGCTCTGCGCCACCACTCGCATGTCGTGTTCGACCACCACCACGCTATGCCCGCTTTCTACCAGGCGGTTCAGTTGTACcag < 2:86938/149‑1 (MQ=255) tGCCACTGACCACCAC‑CTTGCCCCCGGCATCACCAGCCCCCGGCCCGATATCGATCACCCAGTCGCTCTGCGCCACCACTCGCATGTCGTGTTCGACCACCACCACGCTATGCCCGCTTTCTACCAGGCGGTTCAGTTGTACCagcagc < 4:270949/149‑1 (MQ=255) ccACTGACCACCAC‑CTTGCCCCCGGCATCACCAGCCCCCGGCCCGATATCGATCACCCAGTCGCTCTGCGCCACCACTCGCATGTCGTGTTAGACCACCACCACGCTATGCCCGCGTACTACCAGGCGGTTCAGTTGTACCAGCAGCCg > 1:35738/1‑149 (MQ=255) accac‑cTTGCCCCCGGCATCACCAGCCCCCGGCCCGATATCGATCACCCAGTCGCTCTGCGCCACCACTCGCATGTCGTGTTCGACCACCACCACGCTATGCCCGCTTTCTACCAGGCGGTTCAGTTGTACCAGCAGCCGGTCGATGt > 7:305038/1‑148 (MQ=255) accac‑cTTGCCCCCGGCATCACCAGCCCCCGGCCCGATATCGATCACCCAGTCGCTCTGCGCCACCACTCGCATGTCGTGTTCGACCACCACCACGCTATGCCCGCTTTCTACCAGGCGGTTCAGTTGTACCAGCAGCCGGTCGATGTc < 8:305038/149‑1 (MQ=255) c‑cTTGCCCCCGGCATCACCAGCCCCCGGCCCGATATCGATCACCCAGTCGCTCTGCGCCACCACTCGCATGTCGTGTTCGACCACCACCACGCTATGCCCGCTTTCTACCAGGCGGTTCAGTTGTACCAGCAGCCGGTCGATGTCCTGc < 3:134523/149‑1 (MQ=255) gCCCCCGTCATCACCAGCCCCCGGCCCGATATCGATCACCCAGTCGCTCTGCTCCACCACTCGCATGTCGTGTTCGACCACCACCACGCTATGCCCGCTTTCTACCAGGCGGTTCAGTTGTACCAGCAGCCGGTCGATGTCCTGCggg < 3:226462/148‑1 (MQ=255) gCCCCCGGCATCACCAGCCCCCGGCCCGATATCGATCACCCAGTCGCTCTGCGCCACCACTCGCATGTCGTGTTCGACCACCACCACGCTATGCCCGCTTTCTACCAGGCGGTTCAGTTGTACCAGCAGCCGGTCGATGTCCTGCgg < 1:245837/147‑1 (MQ=255) ccccGGCATCACCAGCCCCCGGCCCGATATCGATCACCCAGTCGCTCTGCGCCACCACTCGCATGTCGTGTTCGACCACCACCACGCTATGCCCGCTATCTACCAGGCGGTTCAGTTGTACCAGCAGCCGGTCGATGTCCTGCGGGTg > 7:149419/1‑148 (MQ=255) | GATCGCATTCTAATCGGCGGCCCAGGAAACTGGCAATGCGCAGGGGTTACAAGGCCTTTGCCAAAAACGTCGCCGTGCGGCTGTCGGTACATGCCGCCACCACCTGCGGCGTGCCACTGACCACCAC‑CTTGCCCCCGGCATCACCAGCCCCCGGCCCGATATCGATCACCCAGTCGCTCTGCGCCACCACTCGCATGTCGTGTTCGACCACCACCACGCTATGCCCGCTTTCTACCAGGCGGTTCAGTTGTACCAGCAGCCGGTCGATGTCCTGCGGGTG > NC_002947/3474150‑3474429 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |