Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,662,978 | T→C | 13.7% | intergenic (‑145/+41) | PP_3226 ← / ← PP_3227 | acyl‑CoA dehydrogenase‑related protein/LysR family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,662,978 | 0 | T | C | 13.7% | 86.9 / 5.0 | 38 | intergenic (‑145/+41) | PP_3226/PP_3227 | acyl‑CoA dehydrogenase‑related protein/LysR family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (15/17); new base C (2/3); total (17/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ATCCCTGAATGACGGTGCGTTGCCTAAGACCGTATTCGCATGGATGAAGGCTGTAAAAGGCTTTTTAGCTATATGCTAATTATGAGTTTTAATGATTTAGAGTTTTGCTTGTTATGCGTAATTTGCATTTATAGCTTGGGCTGCGTTGCAGCCCTTTCGCCACGCAAGGCGCCACAGGCCAGTGAGCTCAACCC‑AACAACCGATGTCCCGCGACCTCACCAAAAAGCTCCACCGGCTCCTGTAAATTACCCAGGTAGCGCGGATGGAACAGCCACAGATCCACCTGCGGC > NC_002947/3662832‑3663121 | atgccTGAATGAGGTTGTGGTGTCTATTACCTTTTTCGCTTGGTTGAAGGCTTTATAAGGCTTTTTATGTATATGGTTAATATGTGTTTTAATGATTTAGTGTTTAGGTTGTTATGCGTAATTTTCATTTATAGCTTGGGCTGCGTTGc < 6:199607/146‑1 (MQ=255) tCCCTGAATGACGGTGCGTTGCCTAAGACCGTATTCGCATGGATGAAGGCTGTAAAAGGCTTTTTAGCTATATGCTAATTATGAGTTTTAATGATTTAGAGTTTTGCTTGTTATGCGTAATTTGCATTTATAGCTTGGGCTGCGTTGCa < 2:316517/149‑1 (MQ=255) aaTGACGGTGCGTTGCCTAAGACCGTATTCGCATGGATGAAGGCTGTAAAAGGCTTTTTATCTATATGCTAATTATGAGTTTTAATGATTTAGAGTTTTGCTTGTTATGCGTAATTTGCATTTATAGCTTGGGCTGCGTTGCAGCCCt < 8:208598/148‑1 (MQ=255) aaTGACGGTGCGTTGCCTAAGACCGTATTCGCATGGATGAAGGCTGTAAAAGGCTTTTTAGCTATATGCTAATTATGAGTTTTAATGATTTAGACTTTTGCTTGTTATGCGTAATTTGCATTTATAGCTTGGGCTGCAACGCAGcccaa < 1:124244/149‑3 (MQ=255) tGACGGTGCGTTGCCTAAGACCGTATTCGCATGGATGAAGGCTGTAAAAGGCTTTTTAGCTATATGCTAATTATGAGTTTTAATGATTTAGAGTTTTGCTTGTTATGCGTAATTTGCATTTATAGCTTGGGCTGCGTTGCAGCCCTTTc < 2:9551/149‑1 (MQ=255) ttGCCTAAGACCGTATTCGCATGGATGAAGGCTGTAAAAGGCTTTTTAGCTATATGCTAATTATGAGTTTTAATGATTTAGAGTTTTGCTTGTTATGCGTAATTTGCATTTATAGCTTGGGCTGCGTTGCAGCCCTTTCGCCACGCAAg < 8:1586/149‑1 (MQ=255) gACCGTATTCGCATGGATGAAGGCTGTAAAAGGCTTTTTAGCTATATGCTAATTATGAGTTTTAATGATTTAGAGTTTTGCTTGTTATGCGTAATTTGCATTTATAGCTTGGGCTGCGTTGCAGACCTTTCGCCACGCAAGGCTCca > 5:17335/1‑147 (MQ=255) gCATGGATGAAGGCTGTAAAAGGCTTTTTAGCTATATGCTAATTATGAGTTTTAATGATTTAGAGTTTTGCTTGTTATGCGTAATTTGCATTTATAGCTTGGGCTGCGTTGCAGCCCTTTCGCCACGCAAGGCGCCACAGGCCAGTGAg > 6:137350/1‑149 (MQ=255) gCATGGATGAAGGCTGTAAAAGGCTTTTTAGCTATATGCTAATTATGAGTTTTAATGATTTAGAGTTTTGCTTGTTATGCGTAATTTGCATTTATAGCTTGGGCTGCAACGCAGcccaag > 5:250475/1‑117 (MQ=255) gCATGGATGAAGGCTGTAAAAGGCTTTTTAGCTATATGCTAATTATGAGTTTTAATGATTTAGAGTTTTGCTTGTTATGCGTAATTTGCATTTATAGCTTGGGCTGCAACGCAGcccaag < 6:250475/120‑4 (MQ=255) aGGCTGTAAAAGGCTTTTTAGCTATATGCTAATTATGAGTTTTAATGATTTAGAGTTTTGCTTGTTATGCGTAATTTGCATTTATAGCTTGGGCTGCGTTGCAGCCCTTTCGCCACGCAAGGCGCCACAGGCCAGTGAGCTCAACCc‑aa < 5:137350/149‑1 (MQ=255) aaaaGGCTTTTTAGCTATATGCTAATTATGAGTTTTAATGATTTAGAGTTTTGCTTGTTATGCGTAATTTGCATTTATAGCTTGGGCTGCGTTGCAGCCCTTTCGCCACGCAAGGCGCCACAGGCCAGTGAGCTCAACCc‑a < 3:143198/141‑1 (MQ=255) aaaaGGCTTTTTAGCTATATGCTAATTATGAGTTTTAATGATTTAGAGTTTTGCTTGTTATGCGTAATTTGCATTTATAGCTTGGGCTGCGTTGCAGCCCTTTCGCCACGCAAGGCGCCACAGGCCAGTGAGCTCAACCc‑a > 4:143198/1‑141 (MQ=255) tttttAGCTATATGCTAATTATGAGTTTTAATGATTTAGAGTTTTGCTTGTTATGCGTAATTTGCATTTATAGATTGGGCTGAGTTGCAGCACTTTCGCCACGCAAGGCGCCACAGGCCAGTGAGCTCAACCC‑AACAACCGATGTCCcg > 7:216428/1‑149 (MQ=255) aTTATGAGTTTTAATGATTTAGAGTTTTGCTTGTTATGCGTAATTTGCATTTATAGCTTGTGCGGCGTATCAGCCCTTTCGCCACGCAAGGCGCCACAGGCCAGTGAGCTCAACCCGAACAACCGATGTCCCGCGACCTCACCaaa < 1:189930/146‑1 (MQ=255) aTTATGAGTTTTAATGATTTAGAGTTTTGCTTGTTATGCGTAATTTGCATTTATAGCTTGGGCTGCGTTGCAGCCCTTTCGCCACGCAAGGCGCCACAGGCCAGTGAGCTCAACCC‑AACAACCGATGTCCCGCGACCTCACCaaaaa < 3:201996/147‑1 (MQ=255) tttAATGATTTAGAGTTTTGCTTGTTATGCGTAATTTGCATTTATAGCTTGGGCTGCGTTGCAGCCCTTTCGCCACGCAAGGCGCCACAGGCCAGTGAGCTCAACCC‑AACAACCGATGTCCCGCGACCTCACCAAAAAGCTCCACCGGc > 2:54604/1‑149 (MQ=255) ttAATGATTTAGAGTTTTGCTTGTTATGCGTAATTTGCATTTATAGCTTGGGCTGCGTTGCAGCCCTTTCGCCACGCAAGGCGCCACAGGCCAGTGAGCTCAACCC‑AACAACCGATGTCCCGCGACCTCACCAAAAAGCTCCACCGGCt > 3:218553/1‑149 (MQ=255) aaTGATTTAGAGTTTTGCTTGTTATGCGTAATTTGCATTTATAGCTTGGGCTGCGTTGCAGCCCTTTCGCCACGCAAGGCGCCACAGGCCAGTGAGCTCAACCC‑AACAACCGATGTCCCGCGACCTCACCAAAAAGCTCCACCGGCTc < 5:49360/148‑1 (MQ=255) aTGATTTAGAGTTTTGCTTGTTATGCGTAATTTGCATTTATAGCTTGGGCTGCGTTGCAGCCCTTTCGCCACGCAAGGCGCCACAGGc > 5:166215/1‑88 (MQ=255) aTGATTTAGAGTTTTGCTTGTTATGCGTAATTTGCATTTATAGCTTGGGCTGCGTTGCAGCCCTTTCGCCACGCAAGGCGCCACAGGc < 6:166215/88‑1 (MQ=255) aTGATTTAGAGTTTTGCTTGTTATGCGTAATTTGCATTTATAGCTTGGGCTGCGTTGCAGCCCTTTCGCCACGCAAGGCGCCACAGGCCAGTGAGCTCAACCC‑AACAACCGATGTCCCGCGACCTCACCAAAAAGCTCCACCGGCTCCt > 1:23066/1‑149 (MQ=255) tGATTTAGAGTTTTGCTTGTTATGCGTAATTTGCATTTATAGCTTGGGCTGCGTTGCATCCCTTTCGCCACGCAAGGCGCCACAGGACAGTGAGATCAACCC‑AACAACCGATGTCCCGCGACCTCACCAAAAAGCTCCACCGGGTCCTg > 4:190899/1‑149 (MQ=255) aTTTAGAGTTTTGCTTGTTATGCGTAATTTGCATTTATAGCTTGGGCTGCGTTGCAGCCCTTTCGCCACGCAAGGCGCCACAGGCCAGTGAGCTCAACCC‑AACAACCGATGTCCCGCGACCTCACCAAAAAGCTCCACCGGCTCCTGt > 4:120274/1‑148 (MQ=255) gCTTGTTATGCGTAATTTGCATTTATAGCTTGGGCTGCGTTGCAGCCCTTTCGCCACGCAAGGCGCCACAGGCCAGTGAGCTCAACCC‑AACAACCGATGTCCCGCGACCTCACCAAAAAGCTCCACCGGCTCCTGTAAATTACCCAgg < 8:216428/148‑1 (MQ=255) tGTTATGCGTAATTTACATTTATAGCTTGGGCTGCGTTGCAGCCCTTTCGCCACGCAAGGCGCCACAGGCCAGTGAGCTCAACCC‑AACAACCGATGTCCCGCGACCTCACCAAAAAGCTCCACCGGCTCCTGTAAATTACCCAGGTAgc > 7:137578/1‑149 (MQ=255) ttATGCGTAATTTGCATTTATAGCTTGGGCTGCGTTGCAGCCCTTTCGCCACGCAAGGCGCCACAGGCCAGTGAGCTCAACCC‑AACAACCGATGTCCCGCGACCTCACCAAAAAGCTCCACCGGCTCCTGTAAATTACCCAGGTAgcgc < 2:23066/149‑1 (MQ=255) tATGCGTAATTTGCATTTATAGCTTGGGCTGCGTTGCAGCCCTTTCGCCACGCAAGGCGCCACAGGCCAGTGAGCTCAACCC‑AACAACCGATGTCCCGCGACCTCACCAAAAAGCTCCACCGGCTCCTGTAAATTACCCAGGTAgcgc < 4:218553/148‑1 (MQ=255) cGTAATTTGCATTTATAGCTTGGGCTGCGTTGCAGCCCTTTCGCCACGCAAGGCGCCACAGGCCAGTGAGCTCAACCC‑AACAACCGATGTCCCGCGACCTCACCAAAAAGCTCCACCGGCTCCTGTAAATTACCCAGGTAGCGCGGATg > 4:58406/1‑149 (MQ=255) cGTAATTTGCATTTATAGCTTGGGCTGCGTTGCAGCCCTTTCGCCACGCAAGGCGCCACAGGCCAGTGAGCTCAACCC‑AACAACCGATGTCCCGCGACCTCACCAAAAAGCTCCACCGGCTCCTGTAAATTACCCAGGTAGCGCGGATg < 3:120274/149‑1 (MQ=255) aTTTGCATTTATAGCTTGGGCTGCGTTGCAGCCCTTTCGCCACGCAAGGCGCCACAGGCCAGTGAGCTCAACCC‑AACAACCGATGTCCCGCGACCTCACCAAAAAGCTCCACCGGCTCCTGTAAATTACCCAGGTAGCGCGGATGGaa < 1:54604/148‑1 (MQ=255) cgaaagggCTGCAACGCAGCCCTTTCGCCACGCAAGGCGCCACAGGCCAGTGAGCTCAACCC‑AACAACCGATGTCCCGCGACCTCACCAAAAAGCTCCACCGGCTCCTGTaaa < 2:37368/108‑1 (MQ=255) aaagggCTGCAACGCAGCCCTTTCGCCACGCAAGGCGCCACAGGCCAGTGAGCTCAACCC‑AACAACCGATGTCCCGCGACCTCACCAAAAAGCTCCACCGGCTCCTGTAAATTACCCAGGTAGCGCGGATGGAAAAGCCACAGATCCAc > 5:274424/4‑149 (MQ=255) ttGGGCTGCGTTGCAGCCCTTTCGCCACGCAAGGCGCCACAGGCCAGTGAGCTCAACCC‑AACAACCGATGTCCCGCGACCTCACCAAAAAGCTCCACCGGCTCCTGTAAATTAccc > 4:167793/1‑116 (MQ=255) ttGGGCTGCGTTGCAGCCCTTTCGCCACGCAAGGCGCCACAGGCCAGTGAGCTCAACCC‑AACAACCGATGTCCCGCGACCTCACCAAAAAGCTCCACCGGCTCCTGTAAATTAccc < 3:167793/116‑1 (MQ=255) ggCTGCGTTGCAGCCCTTTCGCCACGCAAGGCGCCACAGGCCAGTGAGCTCAACCC‑AACAACCGATGTCCCGCGACCTCACCAAAAAGCTCCACCGGCTCCTGTAAATTACCCAGGTAGCGCGGATGGAACAGCCACAGATCCACCTGc > 1:183957/1‑149 (MQ=255) cTGCGTTGCAGCCCTTTCGCCACGCAAGGCGCCACAGGCCAGTGAGCTCAACCC‑AACAACCGATGTCCCGCGACCTCACCAAAAAGCTCCACCGGCTCCTGTAAATTACCCAGGTAGCGCGGATGGAACAGCCACAGATCCACCTGCgg < 8:137578/149‑1 (MQ=255) tGCGTTGCAGCCCTTTCGCCACGCAAGGCGCCACAGGCCAGTGAGCTCAACCC‑AACAACCGATGTCCCGCGACCTCACCAAAAAGCTCCACCGGCTCCTGTAAATTACCCAGGTAGCGCGGATGGAACAGCCACAGATCCACCTGCGGc > 8:189501/1‑149 (MQ=255) | ATCCCTGAATGACGGTGCGTTGCCTAAGACCGTATTCGCATGGATGAAGGCTGTAAAAGGCTTTTTAGCTATATGCTAATTATGAGTTTTAATGATTTAGAGTTTTGCTTGTTATGCGTAATTTGCATTTATAGCTTGGGCTGCGTTGCAGCCCTTTCGCCACGCAAGGCGCCACAGGCCAGTGAGCTCAACCC‑AACAACCGATGTCCCGCGACCTCACCAAAAAGCTCCACCGGCTCCTGTAAATTACCCAGGTAGCGCGGATGGAACAGCCACAGATCCACCTGCGGC > NC_002947/3662832‑3663121 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |