Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,830,256 | C→G | 10.2% | G375A (GGC→GCC) | PP_3383 ← | gluconate 2‑dehydrogenase flavoprotein subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,830,256 | 0 | C | G | 10.2% | 138.2 / 7.0 | 49 | G375A (GGC→GCC) | PP_3383 | gluconate 2‑dehydrogenase flavoprotein subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (25/19); new base G (2/3); total (27/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.46e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.57e-01 |
CTGCCCCAGGCCGGAGTGCCCGGCGGGTTGGAGGTACCGGCAATCGGCCGGCTGCCGGCCTGGTTCACCCACATTGGCGAACCGCCGACGAAGCCGTGCGGGCCATGGTCGAAGTTGTCGGCGTTGAAATCGTCGATGGCAATGCCATTGCCACCCGCGCCGATGAAGTTGTTGGTGTAGGTGTCCTTGTCGAAGAACGCCTTCACTGTACCCATGTTCTGATAGGCGAAGTTACGCCCGACCACACCCTCGTTCTTTACCGGGTCGTAAGGTTTGCCAATGCCGGAAA > NC_002947/3830112‑3830400 | cTGCCCCAGGCCGGAGTGCCCGGCGGGTTGGAGGTACCGGCAATCGGCCGGCTGCCGGCCTGGTTCACCCACATTGGCGAACCGCCGACGAAGCCGTGCGGGCCATGGTCGAAGTTGTCGGCGTTGAAATCGTCGATGGCAATGGCAtt < 5:78205/149‑1 (MQ=255) ggCCGGAGTGCCCGGCGGGTTGGAGGTACCGGCAATCGGCCGGCTGCCGGCCTGGTTCACCCACATTGGCGAACCGCCGACGAAGCCGTGCGGGCCATGGTCGAAGTTGTCGGCGTTGAAATCGTCGATGGCAATGGCATTGCCatcga < 3:317705/149‑5 (MQ=255) gAGTGCCCGGCGGGTTGGAGGTTCCGGCAATCGGCCGGCTGCCTGCCTTGTTCACCCACATTGGCGAACCGCCGACGAAGCCGTGCGGGCCATGGTCGAAGTTGTCGGCGTTGAAATCGTCGATGGCAATGCCATTGCCACCCGCGCCg < 1:210996/149‑1 (MQ=255) gAGTGCCCGGCGGGTTGGAGGTACCGGCAATCGGCCGGCTGCCGGCCTGGTTCACCCACATTGGCGAACCGCCGACGAAGCCGTGCGGGCCATGGTCGAAGTTGTCGGCGTTGAAATCGTCGATGGCAATGGCATTGCCatc > 1:209457/1‑140 (MQ=255) gAGTGCCCGGCGGGTTGGAGGTACCGGCAATCGGCCGGCTGCCGGCCTGGTTCACCCACATTGGCGAACCGCCGACGAAGCCGTGCGGGCCATGGTCGAAGTTGTCGGCGTTGAAATCGTCGATGGCAATGGCATTGCCatc < 2:209457/142‑3 (MQ=255) cccGGCGGGTTGGAGGTACCGGCAATCGGCCGGCTGCCGGCCTGGTTCACCCACATTGGCGAACCGCCGACGAAGCCGTGCGGGCCATGGTCGAAGTTGTCGGCGTTGAAATCGTCGATGGCAATGCCATTGCCACCCGCGCCGAt > 5:317026/1‑146 (MQ=255) cccGGCGGGTTGGAGGTACCGGCAATCGGCCGGCTGCCGGCCTGGTTCACCCACATTGGCGAACCGCCGACGAAGCCGTGCGGGCCATGGTCGAAGTTGTCGGCGTTGAAATCGTCGATGGCAATGCCATTGCCACCCGCGCCGAt < 6:317026/146‑1 (MQ=255) ccGGCGGGTTGGAGGTACCGGCAATCGGCCGGCTGCCGGCCTGGTTCACCCACATTGGCGAACCGCCGACGAAGCCGTGCGGGCCATGGTCGAAGTTGTCGGCGTTGAAATCGTCGATGGCAATGCCATTGCCACCCGCGCCGATGAAg > 3:76340/1‑149 (MQ=255) ggTTGGAGGTACCGGCAATCGGCCGGCTGCCGGCCTGGTTCACCCACATTGGCGAACCGCCGACGAAGCCGTGCGGGCCATGGTCGAAGTTGTCGGCGTTGAAATCGTCGATGGCAATGCCATTGCCACCCGCGCCGATGAAGttgttg < 1:186060/149‑1 (MQ=255) gAGGTACCGGCAATCGGCCGGCTGCCGGCCTGGTTCACCCACATTGGCGAACCGCCGACGAAGCCGTGCGGGCCATGGTCGAAGTTGTCGGCGTTGAAATCGTCGATGGCAATGCCATTGCCACCCGCGCCGATGAAGTTGTTGgtgt < 6:176695/148‑1 (MQ=255) aCCGGCAATCGGCCGGCTGCCGGCCTGGTTCACCCACATTGGCGAACCGCCGACGAAGCCGTGCGGGCCATGGTCGAAGTTGTCGGCGTTGAAATCGTCGATGGCAATGCCATTGCGACCCGCGCCGATGAAGTTGTTGGTGTAGgtgt > 7:214178/1‑149 (MQ=255) ggCAATCGGCCGGCTGCCGGCCTGGTTCACCCACATTGGCGAACCGCCGACGAAGCCGTGCGGGCCATGGTCGAAGTTGTCGGCGTTGAAATCGTCGATGGCAATGCCATTGCCACCCGCGCCGATGAAGTTGTTGGTGTAGGTGTCCt > 3:293366/1‑149 (MQ=255) ggCAATCGGCCGGCTGCCGGCCTGGTTCACCCACATTGGCGAACCGCCGACGAAGCCGTGCGGGCCATGGTCGAAGTTGTCGGCGGTGAAATCGTCGATGGCAATGCCATTGCCACCCGCGCCGATGAAGTTGTTGGTGTAGGTGTCCt > 7:129748/1‑149 (MQ=255) ggccggcTGCCGGCCTGGTTCACCCACATTGGCGAACCGCCGACGAAGCCGTGCGGGCCATGGTCGAAGTTGTCGGCGTTGAAATCGTCGATGGCAATGCCATTGCCACCCGCGCCGATGAAGTTGTTGGTGTAGGTGTCCTTGTCgaa < 8:129748/149‑1 (MQ=255) gccggcTGCCGGCCTGGTTCACCCACATTGGCGAACCGCCGACGAAGCCGTGCGGGCCATGGTCGAAGTTGTCGGCGTTGAAATCGTCGATGGCAATGCCATTGCCACCCGCGCCGATGAAGTTGTTGGTGTAg > 4:129543/1‑134 (MQ=255) gccggcTGCCGGCCTGGTTCACCCACATTGGCGAACCGCCGACGAAGCCGTGCGGGCCATGGTCGAAGTTGTCGGCGTTGAAATCGTCGATGGCAATGCCATTGCCACCCGCGCCGATGAAGTTGTTGGTGTAg < 3:129543/134‑1 (MQ=255) ccggcTGCCGGCCTGGTTCACCCACATTGGCGAACCGCCGACGAAGCCGTGCGGGCCATGGTCGAAGTTGTCGGCGTTGAAATCGTCGATGGCAATGCCATTGCCACCCGCGCCGATGAAGTTGTTGGTGTAGGTGTCCTTGTCgaag > 1:237383/1‑148 (MQ=255) cTGGTTCACCCACATTGGCGAACCGCCGACGAAGCCGTGCGGGCCATGGTCGAAGTTGTCGGCGTTGAAATCGTCGATGGCAATGCCATTGCCACCCGCGCCGATGAAGTTGTTGGTGTAGGTGTCCTTGTCGAAGAACGCCTTCCCTg > 7:299944/1‑149 (MQ=255) gTTCACCCACATTGGCGAACCGCCGACGAAGCCGTGCGGGCCATGGTCGAAGTTGTCGGCGTTGAAATCGTCGATGGCAATGCCATTGCCACCCGCGCCGATGAAGTTGTTGGTGTAGGTGTCCTTGTCGAAGAACGCCTTCACTGTAc > 2:45148/1‑149 (MQ=255) ccACATTGGCGAACCGCCGACGAAGCCGTGCGGGCCATGGTCGAAGTTGTCGGCGTTGAAATCGTCGATGGCAATGCCATTGCCACCCGCGCCGATGAAGTTGTTGGTGTAGGTGTCCTTGTCGAAGAACGCCTTCACTGt > 6:48284/1‑141 (MQ=255) ccACATTGGCGAACCGCCGACGAAGCCGTGCGGGCCATGGTCGAAGTTGTCGGCGTTGAAATCGTCGATGGCAATGCCATTGCCACCCGCGCCGATGAAGTTGTTGGTGTAGGTGTCCTTGTCGAAGAACGCCTTCACTGt < 5:48284/141‑1 (MQ=255) ccACATTGGCGAACCGCCGACGAAGCCGTGCGGGCCATGGTCGAAGTTGTCGGCGTTGAAATCGTCGATGGCAATGCCATTGCCACCCGCGCCGATGAAGTTGTTGGTGTAGGTGTCCTTGTCGAAGAACGCCTTCACTGTACCCATGt > 6:127731/1‑149 (MQ=255) acaTTGGCGAACCGCCGACGAAGCCGTGCGGGCCATGGTCGAAGTTGTCGGCGTTGAAATCGTCGATGGCAATGCCATTGCCACCCGCGCCGATGAAGTTGTTGGTGTAGGTGTCCTTGTCGAAGAACGCCTTCACTGTACCCATGTTc > 1:273693/1‑149 (MQ=255) caTTGGCGAACCGCCGACGAAGCCGTGCGGGCCATGGTCGAAGTTGTCGGCGTTGAAATCGTCGATGGCAATGCCATTGCCACCCGCGCCGATGAAGTTGTTGGTGTAGGTGTCCTTGTCGAAGAACGCCTTCACTGTACCCATGTTCt < 4:125317/149‑1 (MQ=255) ttGGCGAACCGCCGACGAAGCCGTGCGGGCCATGGTCGAAGTTGTCGGCGTTGAAATCGTCGATGGCAATGCCATTGCCACCCGCGCCGATGAAGTTGTTGGTGTAGGTGTCCTTGTCGAAGAACGCCTTCACTGTACCCATGTTCTGa < 4:293366/149‑1 (MQ=255) gCGAACCGCCGACGAAGCCGTGCGGGCCATGGTCGAAGTTGTCGGCGTTGAAATCGTCGATGGCAATGCCATTGCCACCCGCGCCGAt < 6:275956/88‑1 (MQ=255) gCGAACCGCCGACGAAGCCGTGCGGGCCATGGTCGAAGTTGTCGGCGTTGAAATCGTCGATGGCAATGCCATTGCCACCCGCGCCGAt > 5:275956/1‑88 (MQ=255) gCGAACCGCCGACGAAGCCGTGCGGGCCATGGTCGAAGTTGTCGGCGTTGAAATCGTCGATGGCAATGCCATTGCCACCCGCGCCGATGAAGTTGTTGGTGTAGGTGTCCTTGTCGAAGAACGCCTTCACTGTACCCATGTTCTGATAg < 5:127731/149‑1 (MQ=255) gAACCGCCGACGAAGCCGTGCGGGCCATGGTCGAAGTTGTCGGAGTTGAAATCGTCGATGGCAATGCCATTGCCACCCGCGCCGATGAAGTTGTTGGTGTAGGTGTCCTTGTCGAAGAACGCCTTCACTGTACCCATGTTCTGATAGGc > 7:257749/1‑149 (MQ=255) gatgCCTTGCGGGCCATGGTCGAAGTTGTCGGCGTTGAAATCGTCGATGGCAATGCCATTGCCACCCGCGCCGATGAAGTTGTTGGTGTAGGTGTCCTTGTCGAAGAACGCCTTCACTGTACCCATGTTCTGATAGGCGAAGTTACGcc < 4:30703/146‑1 (MQ=255) gCCGTGCGGGCCATGGTCGAAGTTGTCGGCGTTGAAATCGTCGATGGCAATGCCATTGCCACCCGCGCCGATGAAGTTGTTGGTGTAGGTGTCCTTGTCGAAGAACGCCTTCACTGTACCCATGTTCTGATAGGCGAAGTTACGCCCGa > 5:65469/1‑149 (MQ=255) gCCGTGCGGGCCATGGTCGAAGTTGTCGGCGTTGAAATCGTCGATGGCAATACCATTGCCACCCGCGCCGATGAAGTTGTTGGTGTAGGTGTCCTTGTCGAAGAACGCCTTCACTGTACCCATGTTCTGATAGGCGAAGTTACGCCCGa > 3:109014/1‑149 (MQ=255) ccGTGCGGGCCATGGTCGAAGTTGTCGGCGTTGAAATCGTCGATGGCAATACCATTGCCACCCGCGCCGATGAAGTTGTTGGTGTAGGTGTCCTTGTCGAAGAACGCCTTCACTGTACCCATGTTCTGATAGGCGAAGTTACGCCCGAc < 4:109014/149‑1 (MQ=255) ggCCATGGTCGAAGTTGTCGGCGTTGAAATCGTCGATGGCAATGCCATTGCCACCCGCGCCGATGAAGTTGTTGGTGTAGGTGTCCTTGTCGAAGAACGCCTTCACTGTACCCATGTTCTGATAGGCGAAGTTACGCCCGACCACAccc > 5:328103/1‑149 (MQ=255) gCCATGGTCGAAGTTGTCGGCGTTGAAATCGTCGATGGCAATGCCATTGCCACCCGCGCCGATGAAGTTGTTGGTGTAGGTGTCCTTGTCGAAGAACGCCTTCACTGTACCCATGTTCTGATAGGCGAAGTTACGCCCGACCACACCCt > 7:79649/1‑149 (MQ=255) ggTCGAAGTTGTCGGCGTTGAAATCGTCGATGGCAATGCCATTGCCACCCGCGCCGATGAAGTTGTTGGTGTAGGTGTCCTTGTCGAAGAACGCCTTCACTGTACCCATGTTCTGATAGGCGAAGTTACGCCCGACCACACCCTCGCTc > 8:84583/1‑149 (MQ=255) ggTCGAAGTTGTCGGCGTTGAAATCGTCGATGGCAATGCCATTGCCACCCGCGCCGATGAAGTTGTTGGTGTAGGTGTCCTTGTCGAAGAACGCCTTCACTGTACCCATGTTCTGATAGGCGAAGTTACGCACGACCACACCCTCGTTc > 3:230139/1‑149 (MQ=255) gAAGTTGTCGGCGTTGAAATCGTCGATGGCAATGCCATTGCCACCCGCGCCGATGAAGTTGTTGGTGTAGGTGTCCTTGTCGAAGAACGCCTTCACTGTACCCATGTTCTGATAGGCGAAGTTACGCCCGACCACACCCTCGTTCTTTa > 1:1203/1‑149 (MQ=255) aaGTTGTCGGCGTTGAAATCGTCGATGGCAATGCCATTGCCACCCGCGCCGATGAAGTTGTTGGTGTAGGTGTCCTTGTCGAAGAACGCCTTCACTGTACCCATGTTCTGATAGGCGAAGTTACGCCCGACCACACCCTCGTTCTTTAc > 5:245469/1‑149 (MQ=255) gTCGGCGTTGAAATCGTCGATGGCAATGCCATTGCCACCCGCGCCGATGAAGTTGTTGGTGTAGGTGTCCTTGTCGAAGAACGCCTTCACTGTACCCATGTTCTGATAGGCGAAGTTACGCCCGACCACACCCTCGTTCTTTACCggg < 2:273693/148‑1 (MQ=255) cGGCGTTGAAATCGTCGATGGCAATGCCATTGCCACCCGCGCCGATGAAGTTGTTGGTGTAGGTGTCCTTGTCGAAGAACGCCTTCACTGTACCCATGTTCTGATAGGCGAAGTTACGCCCGACCACAccc > 6:174967/1‑131 (MQ=255) cGGCGTTGAAATCGTCGATGGCAATGCCATTGCCACCCGCGCCGATGAAGTTGTTGGTGTAGGTGTCCTTGTCGAAGAACGCCTTCACTGTACCCATGTTCTGATAGGCGAAGTTACGCCCGACCACAccc < 5:174967/131‑1 (MQ=255) gTTGAAATCGTCGATGGCAATGCCATTGCCACCCGCGCCGATGAAGTTGTTGGTGTAGGTGTCCTTGTCGAAGAACGCCTTCACTGTACCCATGTTCTGATAGGCGAAGTTACGCCCGACCACACCCTCGTTCTTTACCGGGTCGTAAg > 2:60332/1‑149 (MQ=255) tcgtcgATGGCAATGCCATTGCCACCCGCGCCGATGAAGTTGTTGGTGTAGGTGTCCTTGTCGAAGAACGCCTTCACTGTACCCATGTTCTGATAGGCGAAGTTACGCCCGACCACACCCTCGTTCTTTACCGGGTCGTAAGGTTTGcc < 2:1203/149‑1 (MQ=255) aTGGCAATGCCATTGCCACCCGCGCCGATGAAGTTGTTGGTGTAGGTGTCCTTGTCGAAGAACGCCTTCACTGTACCCATGTTCTGATAGGCGAAGTTACGCCCGACCACACCCTCGTTCTTTACCGGGTCGTAAGGTTTGCCAATGcc < 1:60332/149‑1 (MQ=255) tGGCAATGCCATTGCCACCCGCGCCGATGAAGTTGTTGGTGTAGGTGTCCTTGTCGAAGAACGCCTTCACTGTACCCATGTTCTGATAGGCGAAGTTACGCCCGACCACACCCTTGTTCTTTACCGGGTCGTAAGGTTTGCCAATGCCg < 1:45148/149‑1 (MQ=255) gCAATGCCATTGCCACCCGCGCCGATGAAGTTGTTGGTGTAGGTGTACTTGTCGAAGAACGCCTTCACTGTACCCATGTTCTGATAGGCGAAGTTACGCCCGACCACACCCTCGTTCTTTACCGGGTCGTAAGGTTTGCCAATGCCgg > 1:205830/1‑148 (MQ=255) aaTGGCATTGCCACCCGCGCCGATGAAGTTGTTGGTGTAGGTGTCCTTGTCGAAGAACGCCTTCACTGTACCCATGTTCTGATAGGCGAAGTTACGCCCGACCACACCCTCGTTCTTTACCGGGTCGTAAGGTTTGCCAATGCCGGa > 8:258833/1‑147 (MQ=255) aaTGCCATTGCCACCCGCGCCGATGAAGTTGTTGGTGTAGGTGTCCTTGTCGAAGAACGCCTTCACTGTACCCATGTTCTGATAGGCGAAGTTACGCCCGACCACACCCTCGTTCTTTACCGGGTCGTAATGTTTGCCAATGCCGGaaa < 8:257749/149‑1 (MQ=255) | CTGCCCCAGGCCGGAGTGCCCGGCGGGTTGGAGGTACCGGCAATCGGCCGGCTGCCGGCCTGGTTCACCCACATTGGCGAACCGCCGACGAAGCCGTGCGGGCCATGGTCGAAGTTGTCGGCGTTGAAATCGTCGATGGCAATGCCATTGCCACCCGCGCCGATGAAGTTGTTGGTGTAGGTGTCCTTGTCGAAGAACGCCTTCACTGTACCCATGTTCTGATAGGCGAAGTTACGCCCGACCACACCCTCGTTCTTTACCGGGTCGTAAGGTTTGCCAATGCCGGAAA > NC_002947/3830112‑3830400 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |