Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,006,226 | C→T | 7.5% | A550A (GCG→GCA) | PP_3535 ← | gamma‑glutamyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,006,226 | 0 | C | T | 7.5% | 151.1 / 2.7 | 53 | A550A (GCG→GCA) | PP_3535 | gamma‑glutamyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/25); new base T (2/2); total (26/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.21e-01 |
ATCACGGCTAGTCACCGAGGGCCACTCCTTCCCGCCGGGGATCGGCACCGCCTGACCAACCCTCGCCGCTGCGCTGGATGATCTGCATGCCGCTGGTCATGGTCATCGGTGTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATCAGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGCCGACCAGTGCCTTGTTCACGTAACCGATGA > NC_002947/4006078‑4006359 | aTCACGGCTAGTCACCGAGGGCCACTCCTTCCCGCCGGGGATCGGCACCGCCTGACCAACCCTCGCCGCTGCGCTGGATGATCTGCATGCCGCTGGTCATGGTCATCGGTGTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATCAgc > 1:181513/1‑149 (MQ=255) aTCACGGCTAGTCACCGAGGGCCACTCCTTCCCGCCGGGGATCGGCACCGCCTGACCAACCCTCGCCGCTGCGCTGGATGATCTGCATGCCGCTGGTCATGGTCATCGGTGTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATCAgc > 8:118902/1‑149 (MQ=255) cGGCTAGTCACCGAGGGCCACTCCTTCCCGCCGGGGATCGGCACCGCCTGACCAACCCTCGCCGCTGCGCTGGATGATCTGCATGCCGCTGGTCATGGTCATCGGTGTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATCAGCGCCg > 6:276279/1‑149 (MQ=255) cTAGTCACCGAGGGCCACTCCTTCCCGCCGGGGATCGGCACCGCCTGACCAACCCTCGCCGCTGCGCTGGATGATCTGCATGCCGCTGGTCAAGGTCATCGGTGTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATCAGCGCCGGgc > 7:148358/1‑149 (MQ=255) tCACCGAGGGCCACTCCTTCCCGCCGGGGATCGGCACCGCCTGACCAACCCTCGCCGCTGCGCTGGATGATCTGCATGCCGCTGGTCATGGTCATCGGTGTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATCAGTGCCGGgctgct > 6:265448/1‑149 (MQ=255) tCACCGAGGGCCACTCCTTCCCGCCGGGGATCGGCACCGCCTGACCAACCCTCGCCGCTGCGCTGGATGATCTGCATGCCGCTGGTCATGGTCATCGGTGTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATCAGTGCCGGgctgct > 6:269912/1‑149 (MQ=255) cACCGAGGGCCACTCCTTCCCGCCGGGGATCGGCACCGCCTGACCAACCCTCGCCGCTGCGCTGGATGATCTGCATGCCGCTGGTCATGGTCATCGGTGTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATCAGCGCCg < 8:108103/141‑1 (MQ=255) cACCGAGGGCCACTCCTTCCCGCCGGGGATCGGCACCGCCTGACCAACCCTCGCCGCTGCGCTGGATGATCTGCATGCCGCTGGTCATGGTCATCGGTGTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATCAGCGCCg > 7:108103/1‑141 (MQ=255) ggCCACTCCTTCCCGCCGGGGATCGGCACCGCCTGACCAACCCTCGCCGCTGCGCTGGATGATCTGCATGCCGCTGGTCATGGTCATCGGTGTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATCAGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTg < 2:181513/149‑1 (MQ=255) ggCCACTCCTTCCCGCCGGGGATCGGCACCGCCTGACCAACCCTCGCCGCTGCGCTGGATGATCTGCATGCCGCTGGTCATGGTCATCGGTGTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATCAGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTg > 2:94085/1‑149 (MQ=255) cACTCCTTCCCGCCGGGGATCGGCACCGCCTGACCAACCCTCGCCGCTGCGCTGGATGGTCTGCATGCCGCTGGTCATGGTCATCGGTGTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATCAGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCtt > 8:13392/1‑149 (MQ=255) ttCCCGCCGGGGATCGGCACCGCCTGACCAACCCTCGCCGCTGCGCTGGATGATCTGCATGCCGCTGGTCATGGTCATCGGTGTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATCAGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACtt > 4:120923/1‑149 (MQ=255) cccGCCGGGGATCGGCACCGCCTGACCAACCCTCGCCGCTGCGCTGGATGATCTGCATGCCGCTGGTCATGGTCATCGGTGTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATCAGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTc < 1:9059/148‑1 (MQ=255) cgccgGGGATCGGCACCGCCTGACCAACCCTCGCCGCTGCGCTGGATGATCTGCATGCCGCTGGTCATGGTCATCGGTGTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATCAGCGcc < 7:240889/120‑1 (MQ=255) cgccgGGGATCGGCACCGCCTGACCAACCCTCGCCGCTGCGCTGGATGATCTGCATGCCGCTGGTCATGGTCATCGGTGTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATCAGCGcc > 8:240889/1‑120 (MQ=255) gggATCGGCACCGCCTGACCAACCCTCGCCGCTGCGCTGGATGATCTGCATGCCGCTGGTCATGGTCATCGGTGTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATCAGTGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCgg < 5:269912/149‑1 (MQ=255) gggATCGGCACCGCCTGACCAACCCTCGCCGCTGCGCTGGATGATCTGCATGCCGCTGGTCATGGTCATCGGTGTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATCAGTGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCgg < 5:265448/149‑1 (MQ=255) cGGCACCGCCTGACCAACCCTCGCCGCTGCGCTGGATGATCTGCATGCCGCTGGTCATGGTCATCGGTGTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATCAGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCAtt < 7:118902/148‑1 (MQ=255) ggCACCGCCTGACCAACCCTCGCCGCTGCGCTGGATGATCTGCATGCCGCTGGTCATGGTCATCGGTGTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATCAGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGc > 6:221118/1‑149 (MQ=255) gCACCGCCTGACCAACCCTCGCCGCTGCGCTGGATGATCTGCATGCCGCTGGTCATGGTCATCGGTGTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATCAGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCg > 4:73195/1‑149 (MQ=255) gCCTGACCAACCGTCGCCGCTGCGCTGGATGATCTGCATGCCGCTGGTCATGGTCATCGGTGTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATCAGCGCCGGGCTGCTCTGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGc < 6:154295/149‑1 (MQ=255) gCCTGACCAACCCTCGCCGCTGCGCTGGATGATCTGCATGCCGCTGGTCATGGTCATCGGTGTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATCAGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGc > 1:292914/1‑149 (MQ=255) cAACCCTCGCCGCTGCGCTGGATGATCTGCATGCCGCTGGTCATGATCATCGGTGTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATCAGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGtt > 1:67470/1‑149 (MQ=255) aCCCTCGCCGCTGCGCTGGATGATCTGCATGCCGCTGGTCAAGGTCATCGGTGTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATCAGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTgg < 5:276279/149‑1 (MQ=255) cgcTCGCCGCTGCTCTGGATGATCTGCATGCCGATCGTCATGGTCATCGGTGTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATCAGCGCCGGGCTGGTCAGCCCTGCTTCCAGTCCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTggg < 1:315773/147‑1 (MQ=255) cccTCGCCGCTGCGCTGGATGGTCTGCATGCCGCTGGTCATGGTCATCGGTGTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATCAGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTggg < 7:13392/149‑1 (MQ=255) cTCGCCGCTGCGCTGGATGATCTGCATGCCGCTGGTCATGGTCATCGGTGTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATCAGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTggg > 6:249820/1‑147 (MQ=255) cTCGCCGCTGCGCTGGATGATCGGCATGCCGCTGGTCATGGTCATCGGTGTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATCAGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTggg > 6:211010/1‑147 (MQ=255) gctgcgctgGATGATCTGCATGCCGCTGGTCATGGTCATCGGTGTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATCAGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTcgg < 5:221118/149‑1 (MQ=255) ggcgctgGATGATCTGCATGCCGCTGGTCATGGTCATCGGTGTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCACCTGGCGGAGCAGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTcggcg < 5:174975/148‑1 (MQ=255) cgctgGATGATCTGCATGCCGCTGGTCAAGGTCATCGGTGTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATCAGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTcggcg < 8:148358/147‑1 (MQ=255) tgGATGATCTGCATGCCGCTGGTCATGGTCATCGGTGTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATCAGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTc < 2:98207/98‑1 (MQ=255) tgGATGATCTGCATGCCGCTGGTCATGGTCATCGGTGTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTAGCGGATCAGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTc > 1:98207/1‑98 (MQ=255) gatCTGCATGCCGCTGGTCATGGTCATCGGTGTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATCAGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCg > 7:9849/1‑149 (MQ=255) atCGGCATGCCGCTGGTCATGGTCATCGGTGTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATCAGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCgg < 5:211010/149‑1 (MQ=255) tCTGCATGCCGCTGGTCTTGGTCATCGGTGTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATCAGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCctgctggatt > 8:270392/1‑145 (MQ=255) gCATGCCGCTGGTCATGGTCATCGGTGTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATCAGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCggg > 2:87400/1‑146 (MQ=255) gCATGCCGCTGGTCATGGTCATCGGTGTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATCAGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCggg < 1:87400/146‑1 (MQ=255) cGCTGGTCATGGTCATCGGTGTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATCAGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAgccgc < 6:283957/149‑1 (MQ=255) atCGGTGTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATCAGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGcc < 5:249820/149‑1 (MQ=255) atCGGTGTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATCAGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGcc > 7:114045/1‑149 (MQ=255) gtgtCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATCAGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGCCGAc > 4:53825/1‑148 (MQ=255) tgtCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATCAGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGCCGACCa < 3:120923/149‑1 (MQ=255) aCCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATCAGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAgccgc < 2:132786/126‑1 (MQ=255) aCCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATCAGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAgccgc > 1:132786/1‑126 (MQ=255) cTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATCAGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGCCGACCAGTGCCt > 6:35543/1‑149 (MQ=255) tCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATCAGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGCCGACCAGTGCCtt > 7:59125/1‑149 (MQ=255) cTGCCAACTGGCGGATCAGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGCCGACCAGTGCCTTGTTCACGTAACCg < 2:3722/149‑1 (MQ=255) tGCCAACTGGCGGATCAGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCAGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGCCGACCAGTGCCTTGTTCACGTAACCga > 6:197132/1‑149 (MQ=255) ccAACTGGCGGATCAGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGCCGACCAGTGCCTTGTTCACGTAACCgatg < 1:94085/149‑1 (MQ=255) ccAACTGGCGGATCAGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGCCGACCAGTGCCTTGTTCACGTAACCgatg < 8:114045/149‑1 (MQ=255) ccAACTGGCGGATCAGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGCCGACCAGTGCCTTGTTCACGTAACCgatg < 8:178727/149‑1 (MQ=255) ccAACTGGCAGATCAGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGCCGACCAGTGcc > 7:285/1‑131 (MQ=255) ccAACTGGCAGATCAGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGCCGACCAGTGcc < 8:285/131‑1 (MQ=255) cAACTGGCGGATCAGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGCCGACCAGTGCCTTGTTCACGTAACCgatga < 5:35543/149‑1 (MQ=255) | ATCACGGCTAGTCACCGAGGGCCACTCCTTCCCGCCGGGGATCGGCACCGCCTGACCAACCCTCGCCGCTGCGCTGGATGATCTGCATGCCGCTGGTCATGGTCATCGGTGTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATCAGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGCCGACCAGTGCCTTGTTCACGTAACCGATGA > NC_002947/4006078‑4006359 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |