Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 329,843 | G→A | 8.5% | A43V (GCC→GTC) | gltR‑I ← | two‑component system response regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 329,843 | 0 | G | A | 8.5% | 127.8 / 2.3 | 47 | A43V (GCC→GTC) | gltR‑I | two‑component system response regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/20); new base A (2/2); total (25/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.06e-01 |
AGACCGATGATGCGGTCCAGCGTGCTGCCCTTGGCTGACAGCATGATCACTGCCAACCCAGGTGTGGCCTGCAACTGCCTGCACAGGCTAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCCGCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATCACAAAGAAGTTCGCGGATCTCGTCGTCATCATCGACAACCAGCAGGGTCGTGCTCATGCAGAAAAACACCTGTTCGGT > NC_002947/329696‑329991 | aGACCGATGATGCGGTCCAGCGTGCTGCCCTTGGCTGACAGCATGATCACTGCCAACCCAGGTGTGGCCTGCAACTGCCTGCACAGGCTAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCCCCAGCTCCACTTTGTGCCGGGc > 6:168231/1‑149 (MQ=255) aGACCGATGATGCGGTCCAGCGTGCTGCCCTTGGCTGACAGCATGATCACTGCCAACCCAGGTGTGGCCTGCAACTGCCTGCACAGGCTAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGc < 1:57064/149‑1 (MQ=255) gACCGATGATGCGGTCCAGCGTGCTGCCCTTGGCTGACAGCATGATCACTGCCAACCCAGGTGTGGCCTGCAACTGCCTGCACAGGCTAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGcc < 4:118795/149‑1 (MQ=255) tgCGGTCCAGCGTGCTGCCCTTGGCTGACAGCATGATCACTGCCAACCCAGGTGTGGCCTGCAACTGCCTGCACAGGCTAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCa > 3:34222/1‑149 (MQ=255) cccTTGGCTGACAGCATGATCACTGCCAACCCAGGTGTGGCCTGCAACTGCCTGCACAGGCTAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTc > 2:121391/1‑149 (MQ=255) ccTTGGCTGACAGCATGATCACTGCCAACCCAGGTGTGGCCTGCAACTGCCTGCACAGGCTAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTct < 6:15117/149‑1 (MQ=255) aGCATGATCACTGCCAACCCAGGTGTGGCCTGCAACTGCCTGCACAGGCTAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCCCGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCCGCCAg > 7:218685/1‑149 (MQ=255) cATGATCACTGCCAACCCAGGTGTGGCCTGCAACTGCCTGCACAGGCTAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCCGCCAGCa < 7:15433/149‑1 (MQ=255) tCACTGCCAACCCAGGTGTGGCCTGCAACTGCCTGCACAGGCTAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCCGCCAGCACGTTg < 4:34222/149‑1 (MQ=255) tCACTGCCAACCCAGGTGTGGCCTGCAACTGCCTGCACAGGCTAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCCGCCAGCACGTTg > 6:66477/1‑149 (MQ=255) aCTGCCAACCCAGGTGTGGCCTGCAACTGCCTGCACAGGCTAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCCGCCAGCACGTTg > 6:66841/1‑147 (MQ=255) aaCCCAGGTGTGGCCTGCAACTGCCTGCACAGGCTAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCCGCCAGCACGTTGTAGCCgg > 4:15797/1‑148 (MQ=255) aaCCAAGGTCTGGCCTGCAACTGCCTGCACAGGCTAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCCGCCAGCACGTTGTAGCCgg > 1:245930/1‑148 (MQ=255) aCCCAGGTGTGGCCTGCAACTGCCTGCACAGGCTAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTCTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCCGCCAGCACGTTGTAGCCGGc > 6:243732/1‑148 (MQ=255) gtgtGGCCTGCAACTGCCTGCACAGGCTAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGGCGCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTc < 2:245930/149‑1 (MQ=255) tgtgGCCTGCAACTGCCTGCACAGGCTAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCCGCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCa < 2:69721/149‑1 (MQ=255) cAACTGCCTGCACAGGCTAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCCGCCAGCACGTTGTAGCCGTCATCGGTCAGGTAATcac < 4:10537/149‑1 (MQ=255) aaCTGCCTGCACAGGCTAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCCGCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATcac > 3:129480/1‑148 (MQ=255) aaCTGCCTGCACAGGCTAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCACCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCCGCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATcac > 7:265006/1‑148 (MQ=255) ctgcctgcACAGGCTAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCCGCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATcaca > 2:110719/1‑147 (MQ=255) cctgcACAGGCTAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCCGCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATCACAaag < 5:66841/147‑1 (MQ=255) tgcACAGGCTAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCCGCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATCACAAAGAAGt > 2:54689/1‑149 (MQ=255) gcACAGGCTAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGACCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCCGCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATc < 4:115222/138‑1 (MQ=255) gcACAGGCTAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGACCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCCGCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATc < 4:119892/138‑1 (MQ=255) gcACAGGCTAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGACCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCCGCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATc > 3:119892/1‑138 (MQ=255) gcACAGGCTAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGACCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCCGCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATc > 3:115222/1‑138 (MQ=255) cacaGGCTAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGTTGCCGCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATCACAAAGAAGTTc > 8:204455/1‑149 (MQ=255) gCTAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTgccgc < 6:60510/99‑1 (MQ=255) tAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCCGCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATCACAAAGAAGTTCGCGGAtc > 3:128419/1‑149 (MQ=255) tAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCCGCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATCACAAAGAAGTTCGCGGAtc > 5:268260/1‑149 (MQ=255) cccGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCCGCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATCACAAAGAAGTTCGCGGATCTCGTCGTCatcatc < 5:66477/149‑1 (MQ=255) cccGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTCGACCGTCTGCTGCCGCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATCACAAAGAAGTTCGCGGATCTCGTCGTCatcatc < 2:224005/149‑1 (MQ=255) ccGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCCGCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATAACAAAGAAGTTCGCGGATCTCTTCGtcatca > 2:88211/1‑146 (MQ=255) caTCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCCGCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATCACAAAGAAGTTCGCGGATCTCGTCGTCATCATCGACAAc > 1:292776/1‑147 (MQ=255) caTCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCCGCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATCACAAAGAAGTTCGCGGATCTCGTCGTCATCATCGACAAc > 8:102051/1‑147 (MQ=255) gAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCCGCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATCACAAAGAAGTTCGCGGATCTCGTCGTCATCATCGACAACCAGCAGGGTc < 6:268260/148‑1 (MQ=255) ccaccaGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGTCCGTCTGTTGCCGCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATCACAAAGAAGTTCGCGGATCTCGTCGTCATCATCGACAACCAGCAGGGTCGTGcgc < 7:204455/149‑3 (MQ=255) ccaccaGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCCGCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATCACAAAGAAGTTCGCGGATCTCGTCGTCATCATCGACAACCAGCAGGGTCGTGCt > 8:221351/1‑148 (MQ=255) cTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCCGCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATCACAAAGAAGTTCGCGGATCTCGTCGTCATCATCGACAACCAGCAGGGTCGTGCTCATGCAg > 8:90283/1‑148 (MQ=255) ccACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCCGCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATCACAAAGAAGTTCGCGGATCTCGTCGTCATCATCGACAACCAGCAGGGTCGTGCTCATGCAGaa > 7:124537/1‑148 (MQ=255) cACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCCGCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATCACAAAGAAGTTCGCGGATCTCGTCGTCATCATCGACAACCAGCAGGGTCGTGCTCATGCAGaaa < 3:15797/148‑1 (MQ=255) aCTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCCGCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATCACAAAGAAGTTCGCGGATCTCGTCGTCATCATCGACAACCAGCAGGGTCGTGCTCATGCAGaaaaa < 1:121391/149‑1 (MQ=255) cTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCCGCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATCACAAAGAAGTTCGCGGATCTCGTCGTCATCATCGACAACCAGCAGGGTCGTGCTCATGCAGAAAAac < 1:110719/149‑1 (MQ=255) tttGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCCGCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATCACAAAGAAGTTCGCGGATCTCGTCGTCATCATCGACAACCAGCAGGGTCGTGCTCATGCAGAAAAac > 5:126585/1‑148 (MQ=255) tgtgCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCCGCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATCACAAAGAAGTTCGCGGATCTCGTCGTCATCATCGACAACCAGCAGGGTCGTGCTCATGCAGAAAAacac < 5:286514/148‑1 (MQ=255) tgtgCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCCGCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATCACAAAGAAGTTCGCGGATCTCGTCGTCATCATCGACAACCAGCAGGGTCGTGCTCATGCAGAAAAacac < 1:54689/148‑1 (MQ=255) tgtgCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGGCTGCTGCCGCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATCACAAAGAAGTTCGCGGATCTCGTCGTCATCATCGACAACCAGCAGGGTCGTGCTCATGCAGAAAAacac < 8:238911/148‑1 (MQ=255) gCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCCGCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGTTAATCACAAAGAAGTTCGCGGATCTTGTCGTCATCATCGACAACCAGCAGGGTCGTGCTCATGCAGAAAAACACCTGTTCGGt < 1:88211/149‑1 (MQ=255) | AGACCGATGATGCGGTCCAGCGTGCTGCCCTTGGCTGACAGCATGATCACTGCCAACCCAGGTGTGGCCTGCAACTGCCTGCACAGGCTAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCCGCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATCACAAAGAAGTTCGCGGATCTCGTCGTCATCATCGACAACCAGCAGGGTCGTGCTCATGCAGAAAAACACCTGTTCGGT > NC_002947/329696‑329991 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |