Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 332,461 | A→T | 8.5% | intergenic (+53/+13) | PP_0272 → / ← PP_0273 | ferric siderophore receptor/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 332,461 | 0 | A | T | 8.5% | 155.0 / 2.5 | 55 | intergenic (+53/+13) | PP_0272/PP_0273 | ferric siderophore receptor/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (23/27); new base T (3/2); total (26/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.59e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AAGCACTACTACAGCCAGTACGGGTTCTATGCCGGGGCGATTTATGGCGACCCGCGTAACCTGTCGTTGACGGTAAGCACCGCGTTCTGATCAAGCCCTTCCACAGAACCAGCGCTGGGTTCAAGGCCTGCGCTGGGCCGCCAAGCGGCCCTTTCTTACCTGGGCTCTACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGAAGCTATCCCAATCCTCGCCAAACAGCTCCACCGGATGCATGGTCCGGTCTGCGCCATTGCCACAGGCTAGCGCCTT > NC_002947/332319‑332605 | aaGCACTACTACAGCCAGTACGGGTTCTTTGCCGGGGCGATTTATGGCGACCCGCGTAACCTGTCGTTGACGGTAAGCACCGCGTTCTGATCAAGCCCTTCCACAGAACCAGCGCTGGGTTCAAGGCCTGCGCTGGGCCGCCAAGCg > 1:185805/1‑147 (MQ=255) aaGCACTACTACAGCCAGTACGGGTTCTATGCCGGGGCGATTTATGGCGACCCGCGTAACCTGTCGTTGACGGTAAGCACCGCGTTCTGATCAAGCCCTTCCACAGAACCAGCGCTGGGTTCAAGGCCTGCGCTGGGCCGCCAAGCg < 2:185805/147‑1 (MQ=255) cACTACTACAGCCAGTACGGGTTCTATGCCGGGGCGATTTATGGCGACCCGCGTAACCTGTCCTTGACGGTAAGCACCGCGTTCTGATCAAGCCCTTCCACAGAACCAGCGCTGGGTTCAAGGCCTGCGCTGGGCCGCTTGGCGGccca < 7:169833/149‑2 (MQ=255) ctacAGCCAGTACGGGTTCTATGCCGGGGCGATTTATGGCGACCCGCGTAACCTGTCGTTGACGGTAAGCACCGCGTTCTGATCAAGCCCTTCCACAGAACCAGCGCTGGGTTCAAGGCCTGCGCTGGGCCGCCAAGCGGCCCTTTc < 8:50770/147‑1 (MQ=255) ctacAGCCAGTACGGGTTCTATGCCGGGGCGATTTATGGCGACCCGCGTAACCTGTCGTTGACGGTAAGCACCGCGTTCTGATCAAGCCCTTCCACAGAACCAGCGCTGGGTTCAAGGCCTGCGCTGGGCCGCCAAGCGGCCCTTTCt > 1:180951/1‑148 (MQ=255) aGTACGGGGTCTATGCCGGGGCGATTTATGGCGCCCCGCGTAACCTGTCGTTGACGGTAAGCACCGCGTTCTGATCATGCCCTTCCACAGAACCAGCGCTGGGTTCAAGGCCTGCGCTGGGCCGCCAAGCGGCCCTTTCTTACCTGGGc < 6:271337/149‑1 (MQ=255) gggTTCTATGCCGGGGCGATTTATGGCGACCCGCGTAACCTGTCGTTGACGGTAAGCACCGCGTTCTGATCAAGCCCTTCCACAGAACCAGCGCTGGGTTCAAGGCCTGCGCTGGGCCGCCAAGCGGCCCTTTCTTACCTGGGCTCTAc > 8:278980/1‑149 (MQ=255) aTGCCGGGGCGATTTATGGCGACCCGCGTAACCTGTCGTTGACGGTAAGCACCGCGTTCTGATCAAGCCCTTCCACAGAACCAGCGCTGGGTTCAAGGCCTGCGCTGGGCCGCCAAGCGGCCCTTTCTTACCTGGGCTCTACCGCTTGc > 7:151690/1‑149 (MQ=255) tGCCGGGGCGATTTATGGCGACCCGCGTAACCTGTCGTTGACGGTAAGCACCGCGTTCTGATCAAGCCCTTCCACAGAACCAGCGCTGGGTTCAAGGCCTGCGCTGGGCCGCCAAGCGGCCCTTTCTTACCTGGGCTCTACCGCTTGcc < 2:134114/149‑1 (MQ=255) ccGGGGCGATTTATGGCGACCCGCGTAACCTGTCGTTGACGGTAAGCACCGCGTTCTGATCAAGCCCTTCCACAGAACCAGCGCTGGGTTCAAGGCCTGCGCTGGGCCGCCAAGCGGCCCTTTCTTACCTGGGCTCTACCGCTTGCCCt > 1:311294/1‑149 (MQ=255) cGGGGCGATTTATGGCGACCCGCGTAACCTGTCGTTGACGGTAAGCACCGCGTTCTGATCAAGCCCTTCCACAGAACCAGAGCTGGGTTCAAGGCCTGCGCTGGGCCGCCAAGAGGCCCTTTCTTACCTGGGCTCTACCGCTTGCCCTg > 3:60072/1‑149 (MQ=255) ggggCGATTTATGGCGACCCGCGTAACCTGTCGTTGACGGTAAGCACCGCGTTCTGATCAAGCCCTTCCACAGAACCAGCGCTGGGTTCAAGGCCTGCGCTGGGCCGCCAAGCGGCCCTTTCTTACCTGGGCTCTACCGCTTGCCCTg > 3:286056/1‑148 (MQ=255) gggCGATTTATGACGACCCGCGTAACCTGTCGTTGACGGTAAGCACCGCGTTCTGATCAAGCCCTTCCACAGAACCAGCGCTGGGTTCAAGGCCTGCGCTGGGCCGCCAAGCGGCCCTTTCTTACCTGGGCTCTACCGCTTGCCCTGGa < 5:83485/149‑1 (MQ=255) ggCGATTTATGGCGACCCGCGTAACCTGTCGTTGACGGTAAGCACCGCGTTCTGATCAAGCCCTTCCACAGAACCAGCGCTGGGTTCAAGGCCTGCGCTGGGCCGCCAAGCGGCCCTTTCTTACCTGGGCTCTACCGCtt > 1:162860/1‑140 (MQ=255) ggCGATTTATGGCGACCCGCGTAACCTGTCGTTGACGGTAAGCACCGCGTTCTGATCAAGCCCTTCCACAGAACCAGCGCTGGGTTCAAGGCCTGCGCTGGGCCGCCAAGCGGCCCTTTCTTACCTGGGCTCTACCGCtt < 2:162860/140‑1 (MQ=255) aTTTATGGCGACCCGCGTAACCTGTCGTTGACGGTAAGCACCGCGTTCTGATCAAGCCCTTCCACAGAACCAGCGCTGGGTTCAAGGCCTGCGCTGGGCCGCCAAGCGGCCCTTTCTTACCTGGGCTCTACCGCTTGCCCTGGATCAAc < 2:311294/149‑1 (MQ=255) aTTTATGGCGACCCGCGTAACCTGTCGTTGACGGTAAGCACCGCGTTCTGATCAAGCCCTTCCACAGAACCAGCGCTGGGTTCAAGGCCTGCGCTGGGCCGCCAAGCGGCCCTTTCTTACCTGGGCTCTACCGCTTGCCCTGGATCAAc < 2:143337/149‑1 (MQ=255) ggCGACCCGCGTAACCTGTCGTTGACGGTAAGCACCGCGTTCTGATCAAGCCCTTCCACAGAACCAGCGCTGGGTTCAAGGCCTGCGCTGGGCCGCCAAGCGGCCCTTTCTTACCTGGGCTCTACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCtt > 3:116078/1‑149 (MQ=255) gACCCGCGTAACCTGTCGTTGACGGTAAGCACCGCGTTCTGATCAAGCCCTTCCACAGAACCAGCGCTGGGTTCAAGGCCTGCGCTGTGCCGCCAAGCGGCCCTTTCTTACCTGGGCTCTACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTtctc > 7:179364/1‑149 (MQ=255) ccGCGTAACCTGTCGTTGACGGTAAGCACCGCGTTCTGATCAAGCCCTTCCACAGAACCAGCGCTGGGTTCAAGGCCTGCGCTGGGCCGCCAAGCGGCCCTTTCTTACCTGGGCTCTACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCaa > 2:206806/1‑149 (MQ=255) cgcgTAACCTGTCGTTGACGGTAAGCACCGCGTTCTGATCAAGCCCTTCCACAGAACCAGCGCTGGGTTCAAGGCCTGCGCTGGGCCGCCAAGCGGCCCTTTCTTACCTGGGCTCTACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCAAc < 2:180951/149‑1 (MQ=255) tAACCTGTCGTTGACGGTAAGCACCGCGTTCTGATCAAGCCCTTCCACAGAACCAGCGCTGGGTTCAAGGCCTGCGCTGGGCCGCCAAGCGGCCCTTTCTTACCTGGGCTCTACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGc < 5:146868/149‑1 (MQ=255) aaCCTGTCGTTGACGGTAAGCACCGCGTTCTGATCAAGCCCTTCCACAGAACCAGCGCTGGGTTCAAGGCCTGCGCTGGGCCGCCAAGCGGCCCTTTCTTACCTGGGCTCTACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGcc > 1:303177/1‑149 (MQ=255) cTGTCGTTGACGGTAAGCACCGCGTTCTGATCAAGCCCTTCCACAGAACCAGCGCTGGGTTCAAGGCCTGCGCTGGGCCGCCAAGCGGCCCTTTCTTACCTGGGCTCTACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTc > 3:274913/1‑149 (MQ=255) tCGTTGACGGTAAGCACCGCGTTCTGATCAAGCCCTTCCACAGAACCAGCGCTGGGTTCAAGGCCTGCGCTGGGCCGCCAAGCGGCCCTTTCTTACCTGGGCTCTACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGaa < 4:274913/149‑1 (MQ=255) gTTGACGGTAAGCACCGCGTTCTGATCAAGCCCTTCCACAGAACCAGCGCTGGGTTCAAGGCCTGCGCTGGGCCGCCAAGCGGCCCTTTCTTACCTGGGCTCTACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGAAGc > 5:174880/1‑149 (MQ=255) ttGACGGTAAGCACCGCGTTCTGATCAAGCCCTTCCACAGAACCAGCGCTGGGTTCAAGGCCTGCGCTGGGCCGCCAAGCGGCCCTTTCTTACCTGGGCTCTACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGAAGc > 6:13362/1‑148 (MQ=255) ggTAAGCACCGCGTTCTGATCAAGCCCTTCCACAGAACCAGCGCTGGGTTCAAGGCCTGCGCTGGGCCGCCAAGCGGCCCTTTCTTACCTGGGCTCTACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGAAGCTATcc > 7:76856/1‑148 (MQ=255) gCACCGCGTTCTGATCAAGCCCTTCCACAGAACCAGCGCTGGGTTCAAGGCCTGCGCTGGGCCGCCAAGCGGCCCTTTCTTACCTGGGCTCTACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGAAGCTATCCCAATcc < 1:206806/149‑1 (MQ=255) gCACCGCGTTCTGATCAAGCCCTTCCACAGAACCAGCGCTGGGTTCAAGGCCTGCGCTGGGCCGCCAAGCGGCCCTTTCTTACCTCGGCTCTACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCGTCTCCAAATGGCCCTCGAAGATATCCCAATc > 4:127140/1‑148 (MQ=255) aCCGCGTTCTGATCAAACCCTTCCACAGAACCAGCGCTGGGTTCAAGGCCTGCGCTGGGCCGCCAAGCGGCCCTTTCTTACCTGGGCTCTACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGaa > 7:25953/1‑134 (MQ=255) aCCGCGTTCTGATCAAACCCTTCCACAGAACCAGCGCTGGGTTCAAGGCCTGCGCTGGGCCGCCAAGCGGCCCTTTCTTACCTGGGCTCTACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGaa < 8:25953/134‑1 (MQ=255) ttCTGATCAAGCCCTTCCACAGAACCAGCGCTGGGTTCAAGGCCTGCGCTGGGCCGCCAAGCGGCCCTTTCTTACCTGGGCTCTACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGAAGCTATCCCAATCCTCGCCaaa < 8:76856/149‑1 (MQ=255) cTGATCAAGCCCATTCACAGAACGATCGCGGTGTTCAAGGCCTGCGCTTGGTCGCCAAGGGGCCCTTTCTTACCTGGGCTCTACCGCTTGCCCTGTATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGAAGCTATCCCAATCCTCGCCAAAc < 4:60072/148‑1 (MQ=255) tCAAGCCCTTCCACAGAACCAGCGCTGGGTTCAAGGCCTGCGCTGGGCCGCCAAGCGGCCCTTTCTTACCTGGGCTCTACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGAAGCTATCCCAATCCTCGCCAAACAGCTc > 4:157322/1‑149 (MQ=255) cccTTCCACAGAACCAGCGCTGGGTTCAAGGCCTGCGCTGGGCCGCCAAGCGGCCCTTTCTTACCTGGGCTCTACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGAAGCTATCCCAATCCTCGCCAAACAGCTCCACCg < 4:116078/149‑1 (MQ=255) ccACAGAACCAGCGCTGGGTTCAAGGCCTGCGCTGGGCCGCCAAGCGGCCCTTTCTTACCTGGGCTCTACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGAAGCTATCCCAATCCTCGCCAAACAGCTCCACCGGATg > 6:162854/1‑148 (MQ=255) cacaGAACCAGCGCTGGGTTCAAGGCCTTCGCTGGGCCGCCAAGCGGCCCTTTCTTACCTGGGCTCTACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGAAGCTATCCCAATCCTCGCCAAACAGCTCCACCGGATGc < 8:179364/148‑1 (MQ=255) caGATCCAGCGCTGGGTTCAAGGCCTGCGCTGGGCCGCCAAGGGGCCCTTTCTTACCTGGTCTCTACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCATCTGGCCCTCGAAGCTATCCCAATCCTCGCCAAACAGCTCCACCGGATGCa < 5:327523/147‑1 (MQ=255) caGAACCAGCGCTGGGTTCAAGGCCTGCGCTGGGCCGCCAAGCGGCCCTTTCTTACCTGGGCTCTACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGAAGCTATCCCAATCCTCGCCAAACAGCTCCACCGGATGCATg < 5:162854/149‑1 (MQ=255) caGAACCAGCGCTGGGTTCAAGGCCTGCGCTGGGCCGCCAAGCGGCCCTTTCTTACCTGGGCTCTACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGAAGCTATCCCAATCCTCGCCAAACAGCTCCACCGGATGCATg < 2:303177/149‑1 (MQ=255) aaCCAGCGCTGGGTTCAAGGCCTGCGCTGGGCCGCCAAGCGGCCCTTTCTTACCTGGGCTCTACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGAAGCTATCCCAATCCTCGCCAAACAGCTCCACCGGATGCATGGTc < 3:157322/149‑1 (MQ=255) ccAGCGCTGGGTTCAAGGCCTGCGCTGGGCCGCCAAGCGGCCCTTTCTTACCTGGGCTCTACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGAAGCTATCCCAATCCTCGCCAAACAGCTCCACCGGATGCATGGTCCg < 6:174880/149‑1 (MQ=255) gcTGTGTTCAAGGCCTGCGGTGGGCCGTCTAGCGGCACTTTCTTACCTGTGCTCTACCTCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTATCCAACTGGCCCTCGAAGCTATCCCAATCCTCGCCAAACAGCTCCACCGGATGCATGGTCCGGTCTg < 6:328188/149‑1 (MQ=255) aaGGCCTGCGCTGGGCCGCCAAGCGGCCCTTTCTTACCTGGGCTCTACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGAAGCTATCCCAATCCTCGCCAAACAGCTCCACCGGATGCATGGTCCGGTCTGCGCCATTGc < 4:286056/149‑1 (MQ=255) gaaagggCCGCTTGGCGGCCCTTTCTTACCTGGGCTCTACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGAAGCTATCCCAATCCTCGCCAAACAGCTCCACCGGATGCATGGTCCGGTCTGCGCCATTGCCACAGGc > 7:231270/5‑148 (MQ=255) tGGGCCGCCAAGCGGCCCTTTCTTACCTGGGCTCTACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGAAGCTATCCCAATCCTCGCCAAACAGCTCCACCGGATGCATGGTCCGGTCTGCGCCATTGCCACAGGCTAgc < 8:151690/149‑1 (MQ=255) agggCCGCTTGGCGGCCCTTTCTTACCTGGGCTCTACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGAAGCTATCCCAATCCTCGCCAAACAGCTCCACCGGATGCATGGTCCGGTCTGCGCCATTGCCACAGGCTAgc > 5:68726/2‑149 (MQ=255) agggCCGCTTGGCGGCCCTTTCTTACCTGGGCTCTACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGAAGCTATCCCAATCCTCGCCAAACAGCTCCACCGGATGCATGGTCCGGTCTGCGCCATTGCCACAGGCTAgc > 6:65385/2‑149 (MQ=255) ggCCGCCAAGCGGCCCTTTCTTACCTGGGCTCTACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGAAGCTATCCCAATCCTCGCCAAACAGCTCCACCGGATGCATGGTCCGGTCTGCGCCGTTGCCACAGGCTAgt < 5:13362/147‑2 (MQ=255) gccgccAAGCGGCCCTTTCTTACCTGGGCTCTACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGAAGCTATCCCAATCCTCGCCAAACAGCTCCACCGGATGCATGGTCCGGTCTGCGCCATTGCCACAGGCTAGCGcc > 8:296479/1‑149 (MQ=255) gccgcaAAGCGGCCCTTTCTTACCTGGGCTCTACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGAAGCTATCCCAATCCTCGCCAAACAGCTCCACCGGATGCAtc > 2:113195/1‑115 (MQ=255) cgccAATCGGCCCTTTCTTACCTGGGCTCTACGGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGAAGCTATCCCAATCCTCGCCAAACAGCTCCACCGGATGCATGGTCCGGTCTGCGCCATTGCCACAGGCTAGCGCCtt < 3:127140/149‑1 (MQ=255) cgccAAGCGGCCCTTTCTTACCTGGGCTCTACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGAAGCTATCCCAATCCTCGCCAAACAGCTCCACCGGATGCATGGTCCGGTCTGCGCCATTGCCACAGGCTAGCGCCtt < 7:278980/149‑1 (MQ=255) cgccAAGCGGCCCTTTCTTACCTGGGCTCTACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGAAGCTATCCCAATCCTCGCCAAACAGCTCCACCGGATGCATGGTCCGGTCTGCGCCATTGCCACAGGCTAGCGCCtt > 2:38645/1‑149 (MQ=255) | AAGCACTACTACAGCCAGTACGGGTTCTATGCCGGGGCGATTTATGGCGACCCGCGTAACCTGTCGTTGACGGTAAGCACCGCGTTCTGATCAAGCCCTTCCACAGAACCAGCGCTGGGTTCAAGGCCTGCGCTGGGCCGCCAAGCGGCCCTTTCTTACCTGGGCTCTACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGAAGCTATCCCAATCCTCGCCAAACAGCTCCACCGGATGCATGGTCCGGTCTGCGCCATTGCCACAGGCTAGCGCCTT > NC_002947/332319‑332605 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |