Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,242,581 | A→G | 11.1% | S86P (TCG→CCG) | PP_3719 ← | putrescine‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,242,581 | 0 | A | G | 11.1% | 89.2 / 3.1 | 36 | S86P (TCG→CCG) | PP_3719 | putrescine‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (18/14); new base G (2/2); total (20/16) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 |
CCAGGTGTAGGGCGCCGAATACTTCAGGCCAGGGTCGTAGCCCTGCAGGTCGTTCACCACCTGCTGGTCGAGGTTGTGCCAACTGGGCAGTTGCTGCTTGTCCAGTGCCTGGAAC‑ACACCGGCGCTGATCAGCGGGGGGACCAGCGAGGCGTTGAGCATGACCAGGTCGTAGCCAGAACGGCCGGTGAGCAGCTTGGTCTGCACGGTTTCGTAGCCATCGAAGGTGTCGTAGATGACCTTGATGCCGGTGGCCTTCTCGAAGTCGGCCAGGGTGGTTTCACCGATGTAGTCGGTC > NC_002947/4242435‑4242729 | ccAGGTGTAGGGCGCCGAATACTTCAGGCCAGGGTCGTAGCCCTGCAGGTCGTTCACCACCTGCTGGTCGAGGTTGTGCCAACTGGGCAGTTGCTGCTTGTCCAGTGCCTGGAAC‑ACACCGGCGCTGATCAGCGGGGGGACCAGCGAgg > 7:261603/1‑149 (MQ=255) tACTTCAGGCCAGGGTCGTAGCCCTGCAGGTCGTTCACCACCTGCTGGTCGAGGTTGTGCCAACTGGGCAGTTGCTGGTTGTCCAGTGCCTGGAAC‑ACACCGGCGCTGATCAGCGGGGGGACCAGCGAGGCGTTGAGCATGACCAGGTc > 1:103556/1‑149 (MQ=255) cTGCAGGTCGTTCACCACCTGCTGGTCGAGGTTGTGCCAACTGGGCAGTTGCTGCTTGTCCAGTGCCTGGAAC‑ACACCGGCGCTGATCAGCGGGGGGACCAGCGAGGCGTTGAGCATGACCAGGTCGTAGCCAGAACGGCCGGTGag > 5:235002/1‑147 (MQ=255) gTCGTTCACCACCTGCTGGTCGAGGTTGTGCCAACTGGGCAGTTGCTGCTTGTCCAGTGCCTGGAAC‑ACACCGGCGCTGATCAGCGGGGGGACCAGCGAGGCGTTGAGCATGACCAGGTCGTAGCCAGAACGGCCGGTGAGCAGCTTgg > 8:198371/1‑149 (MQ=255) tCGTTCACCACCTGCTGGTCGAGGTTGTGCCAACTGGGCAGTTGCTGCTTGTCCAGTGCCTGGAAC‑ACACCGGCGCTGATCAGCGGGGGGACCAGCGAGGCGTTGAGCATGACCAGGTCGTAGCCAGAACGGCCGGTGAGCAGCTTGGt < 2:101052/149‑1 (MQ=255) gTTCACCACCTGCTGGTCGAGGTTGTGCCAACTGGGCAGTTGCTGCTTGTCCAGTGCCTGGAAC‑ACACCGGCGCTGATCAGCGGGGGGACCAGCGAGGCGTTGAGCATGACCAGGTCGTAGCCAGAACGGCCGGTGAGCAGCTTGGTc < 8:261603/148‑1 (MQ=255) ttCACCACCTGCTGGTCGAGGTTGTGCCAACTGGGCAGTTGCTGCTTGTCCAGTGCCTGGAAC‑ACACCGGCGCTGATCAGCGGGGGGACCAGCGAGGCGTTGAGCATGACCAGGTCGTAGCCAGAACGGCCGGTGAGCAGCTTGGTCTg > 1:106454/1‑149 (MQ=255) ccaccTGCTGGTCGAGGTTGTGCCAACTGGGCAGTTGCTGCTTGTCCAGTGCCTGGAAC‑ACACCGGCGCTGATCAGCGGGGGGACCAGCGAGGCGTTGAGCATGACCAGGTCGTAGCCAGAACGGCCGGt < 8:37992/130‑1 (MQ=255) ccaccTGCTGGTCGAGGTTGTGCCAACTGGGCAGTTGCTGCTTGTCCAGTGCCTGGAAC‑ACACCGGCGCTGATCAGCGGGGGGACCAGCGAGGCGTTGAGCATGACCAGGTCGTAGCCAGAACGGCCGGt > 7:37992/1‑130 (MQ=255) caccTGCTGGTCGAGGTTGTGCCAACTGGGCAGTTGCTGCTTGTCCAGTGCCTGGAAC‑ACACCGGCGCTGATCAGCGGGGGGACCAGCGAGGCGTTGAGCATGACCAGGTCGTAGCCAGAACGGCCGGTGAGCAGCTTGGTCTGCACgg > 4:115558/1‑149 (MQ=255) ctgGTCGAGGTTGTGCCAACTGGGCAGTTGCTGCTTGTCCAGTGCCTGGAAC‑ACACCGGCGCTGATCAGCGGGGGGACCAGCGAGGCGTTGAGCATGACCAGGTCGTAGCCAGAACGGCCGGTGAGCAGCTTGGTCTGCACGGTTTc < 3:115558/147‑1 (MQ=255) gAGGTTGTGCCAACTGGGCAGTTGCTGCTTGTCCAGTGCCTGGAAC‑ACACCGGCGCTGATCAGCGGGGGGACCAGCGAGGCGTTGAGCATGACCAGGTCGTAGCCAGAACGGCCGGTGAGCAGCTTGGTCTGCACGGTTTCGTAGCCAt > 2:170825/1‑149 (MQ=255) aGGTTGTGCCAACTGGGCAGTTGCTGCTTGTCCAGTGCCTGGAAC‑ACACCGGCGCTGATCAGCGGGGGGACCAGCGGGGCGTTGAGCATGACCAGGTCGTAGCCAGAACGGCCGGTGAGCAGCTTGGTCTGCACGGTTTCGTAGCCATc > 8:158200/1‑149 (MQ=255) aGGTTGTGCCAACTGGGCAGTTGCTGCTTGTCCAGTGCCTGGAAC‑ACACCGGCGCTGATCAGCGGGGGGACCAGCGGGGCGTTGAGCATGACCAGGTCGTAGCCAGAACGGCCGGTGAGCAGCTTGGTCTGCACGGTTTCGTAGCCATc > 8:162585/1‑149 (MQ=255) gTTGTGCCAACTGGGCAGTTGCTGCTTGTCCAGTGCCTGGAACAAGACCGGCGCTGATCAGCGGGGGGACCAGCGAGGCGTTGAGCATGACCAGGTCGTAGCCAGAACGGCCGGTGAGCAGCTTGGTCTGCACGGTTTCGTAGCCATc > 1:230262/1‑148 (MQ=255) cAACTGGGCAGTTGCTGCTTGTCCAGTGCCTGGAAC‑ACACCGGCGCTGATCAGCGGGGGGACCAGCGAGGCGTTGAGCATGACCAGGTCGTAGCCAGAACGGCCGGTGAGCAGCTTGGTCTGCACGGTTTCGTAGCCATCGAAGGTGTc < 8:164229/149‑1 (MQ=255) aCTGGGCAGTTGCTGCTTGTCCAGTGCCTGGAAC‑ACACCGGCGCTGATCAGCGGGGGGACGAGCGAGGCGTTGAGCATGACCAGGTCGTAGCCAGAACGGCCGGTGAGCAGCTTGGTCTGCACGGTTTCGTAGCCATCGAAGGTGTCGt < 2:106454/149‑1 (MQ=255) aCTGGGCAGTTGCTGCTTGTCCAGTGCCTGGAAC‑ACACCGGCGCTGATCAGCGGGGGGACCAGCGAGGCGTTGAGCATGACCAGGTCGTAGCCAGAACGGCCGGTGAGCAGCTTGGTCTGCACGGTTTCGTAGCCATCGAAGGTGTCg > 2:177528/1‑148 (MQ=255) ggCAGTTGCTGCTTGTCCAGTGCCTGGAAC‑ACACCGGCGCTGATCAGCGGGGGGACCAGCGAGGCGTTGAGCATGACCAGGTCGTAGCCAGAACGGCCGGTGATCAGCTTGGTCTGCACGGTTTCGTAGCCATCGAAGGTGTCGTAGa < 2:103556/148‑1 (MQ=255) tCCAGTGCCTGGAAC‑ACACCGGCGCTGATCAGCGGGGGGACCAGCGAGGCGTTGAGCATGACCAGGTCGTAGCCAGAACGGCCGGTGAGCAGCTTGGTCTGCACGGTTTCGTAGCCATCGAAGGTGTCGTAGATGACCTTGATGCCGGt > 7:56676/1‑149 (MQ=255) aGTGCCTGGAAC‑ACACCGGCGCTGATCAGCGGGGGGACCAGCGAGGCGTTGAGCATGACCAGGTCGTAGCCAGAACGGCCGGTGAGCAGCTTGGTCTGCACGGTTTCGTAGCCATCGAAGGTGTCGTAGATGACCTTGATGCCGGTGGc > 7:241689/1‑149 (MQ=255) gAAC‑ACACCGGCGCTGATCAGCGGGGGGACCAGCGAGGCGTTGAGCATGACCAGGTCGTAGCCAGAACGGCCGGTGAGCAGCTTGGTCTGCACGGTTTCGTAGCCATCGAAGGTGTCGTAGATGACCTTGATGCCGGTGGCCTTCTCg < 6:236620/148‑1 (MQ=255) aaC‑ACACCGGCGCTGATCAGCGGGGGGACCAGCGAGGCGTTGAGCATGACCAGGTCGTAGCCAGAACGGCCGGTGAGCAGCTTGGTCTGCACGGTTTCGTAGCCATCGAAGGTGTCGTAGATGACCTTGATGCCGGTGGCCTTCTCGaa < 7:198371/149‑1 (MQ=255) c‑acacCGGCGCTGATCAGCGGGGGGACCAGCGAGGCGTTGAGCATGACCACGTCGTAGCCAGAACGGCCGGTGAGCAGCTTGGTCTGCACGGTTTCGTAGCCATCGAACGTGTCGTAGATGACCTTGAAGCCGGTGGCCTTCTCGaatt > 6:201569/1‑147 (MQ=255) acacCGGCGCTGATCAGCGGGGGGACCAGCGAGGCGTTGAGCATGACCAGGTCGTAGCCAGAACGGCCGGTGAGCAGCTTGGTCTGCACGGTTTCGTAGCCATCGAAGGTGTCGTAGATGACCTTGATGCCGGTGGCCTTCTCGAAGTc > 2:25482/1‑149 (MQ=255) cacCGGCGCTGATCAGCGGGGGGACCAGCGAGGCGTTGAGCATGACCAGGTCGTAGCCAGAACGGCCGGTGAGCAGCTTGGTCTGCACGGTTTCGTAGCCATCGAAGGTGTCGTAGATGACCTTGATGCCGGTGGCCTTCTCGAAGTCg < 2:230262/149‑1 (MQ=255) acCGGCGCTGATCAGCGGGGGGACCAGCGAGGCGTTGAGCATGACCAGGTCGTAGCCAGAACGGCCGGTGAGCAGCTTGGTCTGCACGGTTTCGTAGCCATCGAAGGTGTCGTAGATGACCTTGATGCCGGTGGCCTTCTCGAAGTCgg > 7:181268/1‑149 (MQ=255) ccGGCGCTGATCAGCGGGGGGACCAGCGGGGCGTTGAGCATGACCAGGTCGTAGCCAGACCGGCCGGTGAGCAGCTTGGTCTGCACGGTTTCGTAGCCATCGAAGGTGTCGTAGATGACCTTGATGCCGGTGGCCTTCTCGAAGTCGGc < 7:162585/149‑1 (MQ=255) ccGGCGCTGATCAGCGGGGGGACCAGCGGGGCGTTGAGCATGACCAGGTCGTAGCCAGAACGGCCGGTGAGCAGCTTGGTCTGCACGGTTTCGTAGCCATCGAAGGTGTCGTAGATGACCTTGATGCCGGTGGCCTTCTCGAAGTCGGc < 7:158200/149‑1 (MQ=255) gCGGGGGGACCAGCGAGGCGTTGAGCATGACCAGGTCGTAGCCAGAACGGCCGGTGAGCAGCTTGGTCTGCACGGTTTCGTAGCCATCGAAGGTGTCGTAGATGACCTTGATGCCGGTGGCCTTCTCGAAGTCGGCCAGGGTGGTTTCa < 1:177528/149‑1 (MQ=255) gggACCAGCGAGGCGTTGAGCATGACCAGGTCGTAGCCAGAACGGCCGGTGAGCAGCTTGGTCTGCACGGTTTCGTAGCCATCGAAGGTGTCGTAGATGACCTTGATGCCGGTGGCCTTCTCGAAGTCGGCCAGGGTGGTTTCACCGAt < 8:181268/149‑1 (MQ=255) ggACCAGCGAGGCGTTGAGCATGACCAGGTCGTAGCCAGAACGGCCGGTGAGCAGCTTGGTCTGCACGGTTTCGTAGCCATCGAAGGTGTCGTAGATGACCTTGATGCCGGTGGCCTTCTCGAAGTCGGCCAGGGTGGTTTCACCGATg < 1:25482/149‑1 (MQ=255) cAGCGAGGCGTTGAGCATGACCAGGTCGTAGCCAGAACGGCCGGTGAGCAGCTTGGTCTGCACGGTTTCGTAGCCATCGAAGGTGTCGTAGATGACCTTGATGCCGGTGGCCTTCTCGAAGTCGGCCAGGGTGGTTTCACCGATGTAGt < 8:241689/149‑1 (MQ=255) cAGCGAGGCGTTGAGCATGACCAGGTCGTAGCCAGAACGGCCGGTGAGCAGCTTGGTCTGCACGGTTTCGTAGCCATCGAAGGTGTCGTAGATGACCTTGATGCCGGTGGCCTTCTCGAAGTCGGCCAGCGAGGTTTCACCCATGTatt > 3:51102/1‑147 (MQ=255) cGAGGCGTTGAGCATGACCAGGTCGTAGCCAGAACGGCCGGTGAGCAGCTTGGTCTGTACGGTTTCGTAGCCATCGAAGGTGTCGTAGATGACCTTGATGCCGGTGGCCTTCTCGAAGTCGGCCAGGGTGGTTTCACCGATGTAGTCgg > 5:290093/1‑149 (MQ=255) cGAGGCGTTGAGCATGACCAGGTCGTAGCCAGAACGGCCGGTGAGCAGCTTGGTCTGCACGGTTTCGTAGCCATCGAAGGTGTCGTAGATGACCTTGATGCCGGTGGCCTTCTCGAAGTCGGCCAGGGTGGTTTCACCGATGTAGTCgg > 7:44593/1‑149 (MQ=255) aGGCGTTGAGCATGACCAGGTCGTAGCCAGAACGGCCGGTGAGCAGCTTGGTCTGCACGGTTTCGTAGCCATCGAAGGTGTCGTAGATGACCTTGATGCCGGTGGCCTTCTCGAAGTCGGCCAGGGTGGTTTCACCGATGTAGTCGGTc > 5:107316/1‑149 (MQ=255) | CCAGGTGTAGGGCGCCGAATACTTCAGGCCAGGGTCGTAGCCCTGCAGGTCGTTCACCACCTGCTGGTCGAGGTTGTGCCAACTGGGCAGTTGCTGCTTGTCCAGTGCCTGGAAC‑ACACCGGCGCTGATCAGCGGGGGGACCAGCGAGGCGTTGAGCATGACCAGGTCGTAGCCAGAACGGCCGGTGAGCAGCTTGGTCTGCACGGTTTCGTAGCCATCGAAGGTGTCGTAGATGACCTTGATGCCGGTGGCCTTCTCGAAGTCGGCCAGGGTGGTTTCACCGATGTAGTCGGTC > NC_002947/4242435‑4242729 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |