| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 74,165 | T→G | 8.3% | V214G (GTG→GGG) ‡ | PP_0063 → | lipid A biosynthesis lauroyl acyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 74,165 | 0 | T | G | 8.3% | 314.9 / 16.5 | 107 | V214G (GTG→GGG) ‡ | PP_0063 | lipid A biosynthesis lauroyl acyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (45/52); new base G (3/6); total (49/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.07e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.00e-01 | |||||||||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
ACCGTCGACCAAGGAAGGCATCCTCAGCGTGATCAAGGAAGTGCGCCGTGGTGGCCAGGTGGGTATTCCTGCCGACCCGGAGCCGGCGGAATCGGCGGGCGTGTTCGTACCGTTCCTCGGCACCCAGGCGCTGACCAGCAAGTTCGTGCCGAACATGCTGGCCGGTGGCAAGGCGGTAGGTGTGTTCCTGCATGCGCTGCGGTTGCCGGATGGCTCGGGCTTCAAGGTGTTCCTCGAAGCTGCGCCGGAAGAGATGTACAGCACCGATGTGAATGTGTCGGCGGCGGCGATGAG > NC_002947/74019‑74312 | aCCGTCGACCAAGGAAGGCATCCTCAGCGTGATCAAGGAAGTGCGCCGTGGTGGCCAGGTGGGTATTCCTGCCGACCCGGAGCCGGCGGAATCGGCGGGCGTGTTCGTACCGTTCCTCGGCACCCAGGCGCTGACCAGCAAGTTCGTGc > 5:4569/1‑149 (MQ=255) gTCGACCAAGGAAGGCATCCTCAGCGTGATCAAGGAAGTGCGCCGTGGTGGCCAGGTGGGTATTCCTGCCGACCCGGAGCCGGCGGAATCGGCGGGCGTGTTCGTACCGTTCCTCGGCACCCAGGCGCTGACCAGCAAGTTCGTGCCGa < 2:195721/149‑1 (MQ=255) gTCGACCAAGGAAGGCATCCTCAGCGTGATCAAGGAAGTGCGCCGTGGTGGCCAGGTGGGTATTCCTGCCGACCCGGAGCCGGCGGAATCGGCGGGCGTGTTCGTACCGTTCCTCGGCACCCAGGCGCTGACCAGCAAGTTCGTGCCGa < 8:294869/149‑1 (MQ=255) ccAAGGAAGGCATCCTCAGCGTGATCAAGGAAGTGCGCCGTGGTGGCCAGGTGGGTATTCCTGCCGACCCGGAGCCGGCGGAATCGGCGGGCGTGTTCGTACCGTTCCTCGGCACCCAGGCGCTGACCAGCAAGTTCGTGCCGAACATg > 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< 7:181468/149‑1 (MQ=255) aGTTCGTGCCGAACATGCTGGCCGGTGGCAAGGCGGTAGGTGTGTTCCTGCATGCGCTGCGGTTGCCGGATGGCTCGGGCTTCAAGGTGTTCCTCGAAGCTGCGCCGGAAGAGATGTACAGCACCGATGTGAATGTGTCggcggcggc > 8:70112/1‑148 (MQ=255) gTTCGTGCCGAACATGCTGGCCGGTGGCAAGGCGGTAGGTGTGTTCCTGCATGCGCTGCGGTTGCCGGATGGCTCGGGCTTCAAGGTGTTCCTCGAAGCTGCGCCGGAAGAGATGTACAGCACCGATGTGAATGTGTCGGCGGCGGCGa > 1:170250/1‑149 (MQ=255) ttCGTGCCGAACATGCTGGCCGGTGGCAAGGCGGTAGGTGTGTTCCTGCATGCGCTGCGGTTGCCGGATGGCTCGGGCTTCAAGGTGTTCCTCGAAGCTGCGCCGGAAGAGATGTACAGCACCGATGTGAATGTGTCGGCGGCGGCGAt < 1:44713/149‑1 (MQ=255) ttCGTGCCGAACATGCTGGCCGGTGGCAAGGCGGTAGGTGTGTTCCTGCATGCGCTGCGGTTGCCGGATGGCTCGGGCTTCAAGGTGTTCCTCGAAGCTGCGCCGGAAGAGATGTACAGCACCGATGTGAATGTGTCGGCGGCGGCGAt < 1:77368/149‑1 (MQ=255) tCGTGCCGAACATGCTGGCCGGTGGCAAGGCGGTAGGTGTGTTCCTGCATGCGCTGCGGTTGCCGGATGGCTCGGGCTTCAAGGTGTTCCTCGAAGCTGCGCCGGAAGAGATGTACAGCACCGATGTGAATGTGTCGGCGGCGGCGAt < 3:95058/148‑1 (MQ=255) cGTGCCGAACATGCTGGCCGGTGGCAAGGCGGTAGGTGTGTTCCTGCATGCGCTGCGGTTGCCGGATGGCTCGGGCTTCAAGGTGTTCCTCGAAGCTGCGCCGGAAGAGATGTACAGCACCGATGTGAATGTGTCGGCGGCGGCGATg < 5:161345/148‑1 (MQ=255) gTGCCGAACATGCTGGCCGGTGGCAAGGCGGTAGGTGTGTTCCTGCATGCGCTGTGGTTGCCGGATGGCTCGGGCTTCAAGGTGTTCCTCGAAGCTGCGCCGGAAGAGATGTACAGCACCGATGTGAATGTGTCGGCGGCGGCGATGAg < 3:50651/149‑1 (MQ=255) gTGCCGAACATGCTGGCCGGTGGCAAGGCGGTAGGTGTGTTCCTGCATGCGCTGCGGTTGCCGGATGGCTCGGGCTTCAAGGTGTTCCTCGAAGCTGCGCCGGAAGAGATGTACAGCACCGATGTGAATGTGTCGGCGGCGGCGATGa < 1:66451/148‑1 (MQ=255) gTGCCGAACATGCTGGCCGGTGGCAAGGCGGTAGGTGTGTTCCTGCATGCGCTGCGGTTGCCGGATGGCTCGGGCTTCAAGGTGTTCCTCGAAGCTGCGCCGGAAGAGATGTACAGCACCGATGTGAATGTGTCGGCGGCGGCGATGa < 2:323702/148‑1 (MQ=255) gTGCCGAACATGCTGGCCGGTGGCAAGGCGGTAGGTGTGTTCCTGCATGCGCTGCGGTTGCCGGATGGCTCGGGCTTCAAGGTGTTCCTCGAAGCTGCGCCGGAAGAGATGTACAGCACCGATGTGAATGTGTCGGCGGCGGCGATGa < 2:13960/148‑1 (MQ=255) | ACCGTCGACCAAGGAAGGCATCCTCAGCGTGATCAAGGAAGTGCGCCGTGGTGGCCAGGTGGGTATTCCTGCCGACCCGGAGCCGGCGGAATCGGCGGGCGTGTTCGTACCGTTCCTCGGCACCCAGGCGCTGACCAGCAAGTTCGTGCCGAACATGCTGGCCGGTGGCAAGGCGGTAGGTGTGTTCCTGCATGCGCTGCGGTTGCCGGATGGCTCGGGCTTCAAGGTGTTCCTCGAAGCTGCGCCGGAAGAGATGTACAGCACCGATGTGAATGTGTCGGCGGCGGCGATGAG > NC_002947/74019‑74312 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |