| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,747,373 | A→T | 6.5% | M130K (ATG→AAG) ‡ | etfB ← | electron transfer flavoprotein subunit beta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,747,373 | 0 | A | T | 6.5% | 249.4 / 4.6 | 86 | M130K (ATG→AAG) ‡ | etfB | electron transfer flavoprotein subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (42/38); new base T (4/2); total (46/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.81e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.56e-01 | |||||||||||
GTCGGTGGTGACGATCGCAGGCAGGTTCAGTGCAACGGTCTGCAGGCCGCCATCGATTTCACGGGTGACATTAAGCTTGTCGCCAGCGACTTCGACCTTGGACGCAAAGGTACCCTGGGCGAAGCCAGTCAGCGCGGCCAGCATCTGGCCGGTCTGGTTGTTGTCACTGTCGATGGCCTGCTTGCCGAGGATGACCAGCTGCGGCTGCTCCTTGTCGACAACGGCCTTCAGCGCCTTGGCCACGGCCAGGGAGTTCAGTTCGTCAGCGGCTTCTACCAGGATGGCACGGTC > NC_002947/4747231‑4747521 | gTCGGTGGTGACGATCGCAGGCAGGTTCAGTGCAACGGTCTGCAGGCCGCCATCGATTTCACGGGTGACATTAAGCTTGTCGCCAGCGACTTCGACCTTGGACGCAAAGGTACCCTGGGCGAAGCCAGTCAGCGCGGCCAGCATCTGGc < 7:114117/149‑1 (MQ=255) gtggtgACGATCGCAGGCAGGTTCAGTGCAACGGTCTGCAGGCCGCCATCGATTTCACGGGTGACATTAAGCTTGTCGCCAGCGACTTCGACCTTGGACGCAAAGGTACCCTGGGCGAAGCCAGTCAGCGCGGCCAGATGCTGGCCgcg < 1:118903/149‑3 (MQ=255) gtgACGATCGCAGGCAGGTTCAGTGCAACGGTCTGCAGGCCGCCATCGATTTCACGGGTGACATTAAGCTTGTCGCCACCGACTACGACCTTCCACGCAAAGCTACCCTGGGCGAAGCCAGTCAGCGCGGCCAGCATCTGGCCGGTATg > 2:98708/1‑149 (MQ=255) aCGATCGCAGGCAGGTTCAGTGCAACGGTCTGCAGGCCGCCATCGATTTCACGGGTGACATTAAGCTTGTCGCCAGCGACTTCGACCTTGGACGCAAAGGTACCCTGGGCGAAGCCAGTCAGCGCGGCCAGCATCTGGCCGGTCTGgtt < 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tCGCAGGCAGGTTCAGTGCAACGGTCTGCAGGCCGCCATCGATTTCACGGGTGACATTAAGCTTGTCGCCAGCGACTTCGACCTTGGACGCAAAGGTACCCTGGGCGAAGCCAGTCAGCGCGGCCAGCATCTGGCCGGTCTGGttgttg < 2:23870/149‑1 (MQ=255) gcaggcagGTTCAGTGCAACGGTCTGCAGGCCGCCATCGATTTCACGGGTGACATTAAGCTTGTCGCCAGCGACTTCGACCTTGGACGCAAAGGTACCCTGGGCGAAGCCAGTCAGCGCGGCCAGCATCTGGCCGGTCTGGTTGTTGTc < 6:172112/149‑1 (MQ=255) gcaggTTCAGTGCAACGGTCTGCAGGCCGCCATCGATTTCACGGGTGACATTAAGCTTGTCGCCAGCGACTTCGACCTTGGACGCAAAGGTACCCTGGGCGAAGCCAGTCAGCGCGGCCAGCATCTGGCCGGTCTGGTTGTTGTCACTg > 1:210458/1‑149 (MQ=255) gcaggTTCAGTGCAACGGTCTGCAGGCCGCCATCGATTTCACGGGTGACATTAAGCTTGTCGCCAGCGACTTCGACCTTGGACGCAAAGGTACCCTGGGCGAAGCCAGTCAGCGCGGCCAGCATCTGGCCGGTCTGGTTGTTGTCACTg > 1:215007/1‑149 (MQ=255) gcaggTTCAGTGCAACGGTCTGCAGGCCGCCATCGATTTCACGGGTGACATTAAGCTTGTCGCCAGCGACTTCGACCTTGGACGCAAAGGTACCCTGGGCGAAGCCACTCAGCGCGGCCAGCATCTGGCCGGTCTGGTTGTTGTCACTg > 5:280395/1‑149 (MQ=255) gcaggTTCAGTGCAACGGTCTGCAGGCCGCCATCGATTTCAAGGGTGACATTAAGCTTGTCGCCAGCGACTTCGACCTTGGACGCAAAGGTACCCTGGGCGAAGCCAGTCAGCGCGGCCAGCATCTGGCCGGTCTGGTTGTTGTCACTg > 4:185074/1‑149 (MQ=255) gcaggTTCAGTGCAACGGTCTGCACGCCGCCATCGATTTCACGGGTGACATTAAGATTCTCGCCAGCGACATCGACCTTGGACGCAAAGGTACCCTGCGCGAAGCCACTCAGCGCGGCCACAATCTCGCCGGTCTGGTTGTTCTCACTg > 4:77993/1‑149 (MQ=255) gaGTGCAACGGTCTGCAGGCCGCCATCGATTTCACGGGTGACATTAAGCTTGTCGCCAGTGAGTTGGACCTTGGTCGCTAAGTTACCGTGTGCGAAGCCTGTCAGCGCGGCCTGCTTCTGGCGGGTCTGGTTGTTGTCACTGTCGATg < 1:98708/147‑1 (MQ=255) cAGTGCAACGGTCTGCAGGCCGCCATCGATTTCACGGGTGACATTAAGCTTGTCGCCAGCGACTTCGACCTTGGACGCAAAGGTACCCTGGGCGAAGCCAGTCAGCGCGGCCAGCATCTGGCCGGTCTGGTTGTTGTCACTGTCGATg < 3:77993/148‑1 (MQ=255) aGTGCAACGGTCTGCAGGCCGCCATCGATTTCACGGGTGACATTAAGCTTGTCGCCAGCGACTTCGACCTTGGACGCAAAGGTACCCTGGGCGAAGCCAGTCAGCGCGGCCAGCATCTGGCCGGTCTGGTTGTTGTCACTGTCGATGGc > 6:123056/1‑149 (MQ=255) tGCAACGGTCTGCAGGCCGCCATCGATTTCACGGGTGACATTAAGCTTGTCGCCAGCGACTTCGACCTTGGACGCAAAGGTACCCTGGGCGAAGCCAGTCAGCGCGGCCAGCATCTGGCCGGTCTGGTTGTTGTCACTGTCGATGGCCt > 1:40361/1‑149 (MQ=255) aaCGGTCTGCAGGCCGCCATCGATTTCACGGGTGACATTAAGCTTGTCGCCAGCGACTTCGACCTTGGACGCAAAGGTACCCTGGGCGAAGCCAGTCAGCGCGGCCAGCATCTGGCCGGTCTGGTTGTTGTCACTGTCGATGGCCTGCt > 6:50508/1‑149 (MQ=255) aaCGGTCTGCAGGCCGCCATCGATTTCACGGGTGACATTAAGCTTGTCGCCAGCGACTTCGACCTTGGACGCAAAGGTACCCTGGGCGAAGCCAGTCAGCGCGGCCAGCATCTGGCCGGTCTGGTTGTTGTCACTGTCGATGGCCTGCt > 8:29909/1‑149 (MQ=255) aaCGGTCTGCAGGCCGCCATCGATTTCACGGGTGACATTAAGCTTGTCGCCAGCGACTTCGACCTTGGACGCAAAGGTACCCTGGGCGAAGCCAGTCAGCGCGGCAAGCATCTGGCCGGTATGGTAGTTGTCACTGTCGATGTCCTTCt > 5:92167/1‑149 (MQ=255) ggTCTGCAGGCCGCCATCGATTTCACGGGTGACATTAAGCTTGTCGCCAGCGACTTCGACCTTGGACGCAAAGGTACCCTGGGCGAAGCCAGTCAGCGCGGCCAGCATCTGGCCGGTCTGGTTGTTGTCACTGTCGATGGCCTGCTTGc > 4:191205/1‑149 (MQ=255) 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gccATCGATTTCACGGGTGACATTAAGCTTGTCGCCAGCGACTTCGACCTTGGACGCAAAGGTACCCTGGGCGAAGCCAGTCAGCGCGGCCAGCATCTGGCCGGTCTGGTTGTTGTCACTGTCGATGGCCTGCTTGCCGAGGATGAc > 1:174727/1‑147 (MQ=255) aTCGATTTCACGGGTGACATTAAGCTTGTCGCCAGCGACTTCGACCTTGGACGCAAAGGTACCCTGGGCGAAGCCAGTCAGCGCGGCCAGCATCTGGCCGGTCTGGTTGTTGTCACTGTCGATGGCCTGCTTGCCGAGGATGACCAGCt < 2:174727/149‑1 (MQ=255) tttCACGGGTGACATTAAGCTTGTCGCCAGCGACTTCGACCTTGGACGCAAAGGTACCCTGGGCGAAGCCAGTCAGCGCGGCCAGCATCTGGCCGGTCTGGTTGTTGTCACTGTCGATGGCCTGCTTGCCGAGGATGACCAGCTGCGgc < 2:105721/149‑1 (MQ=255) cACGGGTGACATTAAGCTTGTCGCCAGCGACTTCGACCTTGGACGCAAAGGTACCCTGGGCGAAGCCAGTCAGCGCGGCCAGCATCTGGCCGGTCTGGTTGTTGTCACTGTCGATGGCCTGCTTGCCGAGGATGACCAGCTGCGgctg < 3:251565/148‑1 (MQ=255) aCGGGTGACATTAAGCTTGTCGCCAGCGTCTTCGACCTTGGACGCAAAGGTACCCTGGGCGAAGCCAGTCAGCGCGGCCAGCATCTGGCCGGTCTGGTTGTTGTCACTGTCGATGGCCTGCTTGCCGAGGATGACCAGCTGCGgctgct > 6:259321/1‑149 (MQ=255) gggTGACATTAAGCTTGTCGCCAGCGACTTCGACCTTGGACGCAAAGGTACCCTGGGCGAAGCCAGTCAGCGCGGCCAGCATCTGGCCGGTCTGGTTGTTGTCACTGTCGATGGCCTGCTTGCCGAGGATGACCAGCTGCGGCTGCTcc > 4:243451/1‑149 (MQ=255) gTGACATTAAGCTTGTCGCCAGCGACTTCGACCTTGGACGCAAAGGTACCCTGGGCGAAGCCAGTCAGCGCGGCCAGCATCTGGCCGGTCTGGTTGTTGTCACTGTCGATGGCCTGCTTGCCGAGGATGACCAGCTGCGGCTGCTCCtt > 7:28638/1‑149 (MQ=255) aTTAAGCTTGTCGCCAGCGACTTCGACCTTGGACGCAAAGGTACCCTGGGCGAAGCCAGTCAGCGCGGCCAGCATCTGGCCGGTCTGGTTGTTGTCACTGTCGATGGCCTGCTTGCCGAGGATGACCAGCTGCGGCTGCTCCTTGTCGa > 8:132250/1‑149 (MQ=255) aTTAAGCTTGTCGCCAGCGACTTCGACCTTGGACGCAAAGGTACCCTGGGCGAAGCCAGTCAGCGCGGCCAGCATCTGGCCGGTCTGGTTGTTGTCACTGTCGATGGCCTGCTTGCCGAGGATGACCAGCTGCGGCTGCTCCTTGTCGa > 2:229238/1‑149 (MQ=255) aTTAAGCTTGTCGCCAGCGACTTCGACCTTGGACGCAAAGGTACCCTGGGCGAAGCCAGTCAGCGCGGCCAGCATCTGGCCGGTCTGGTTGTTGTCACTGTCGATGGCCTGCTTGCCGAGGATGACCAGCTGCGGCTGCTCCTTGTCGa < 5:123056/149‑1 (MQ=255) aTTAAGCTTGTCGCCAGCGACTTCGACCTTGGACGCAAAGGTACCCTGGGCGAAGCCAGTCAGCGCGGCCAGCATCTGGCCGGTCTGGTTGTTGTCACTGTCGATGGCCTGCTTGCCGAGGATGACCAGCTGCGGCTGCTCCTTGTCGa < 3:84548/149‑1 (MQ=255) ttAAGCTTGTCGCCAGCGACTTCGACCTTGGACGCAAAGGTACCCTGGGCGAAGCCAGTCAGCGCGGCCAGCATCTGGCCGGTCTGGTTGTTGTCACTGTCGATGGCCTGCTTGCCGAGGATGACCAGCTGCGGCTGCTCCTTGTCGa > 8:152733/1‑148 (MQ=255) gCTTGTCGCCAGCGACTTCGACCTTGGACGCAAAGGTACCCTGGGCGAAGCCAGTCAGCGCGGCCAGCATCTGGGCGGTCTGGTTGTTGTCACTGTCGATGGCCTGCTTGCCGAGGATGACCAGCTGCGGCTGCTCCTTGTCGACAACg < 3:185074/149‑1 (MQ=255) gCTTGTCGCCAGCGACTTCGACCTTGGACGCAAAGGTACCCTGGGCGAAGCCAGTCAGCGCGGCCAGCATCTGGCCGGTCTGGTTGTTGTCACTGTCGATGGCCTGCTTGCCGAGGATGACCAGCTGCGGCTGCTCCTTGTCGACAACg < 5:50508/149‑1 (MQ=255) ttGTCGCCAGCGACTTCGACCTTGGACGCAAAGGTACCCTGGGCGAAGCCAGTCAGCGCGGCCAGCATCTGGCCGGTCTGGTTGTTGTCACTGTCGATGGCCTGCTTGCCGAGGATGACCAGCTGCGGCTGCTCCTTGTCGACAACGGc > 3:96509/1‑149 (MQ=255) 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gTCGCCAGCGACTTCGACCTTGGACGCAAAGGTACCCTGGGCGAAGCCAGTCAGCGCGGCCAGCATCTGGCCGGTCTGGTTGTTGTCACTGTCGATGGCCTGCTTGCCGAGGATGACCAGCTGCGGCTGCTCCTTGTCGACAACGGcc < 6:280395/148‑1 (MQ=255) gCCAGCGACTTCGACCTTGGACGCAAAGGTACCCTGGGCGAAGCCAGTCAGCGCGGCCAGCATCTGGCCGGTCTGGTTGTTGTCACTGTCGATGGCCTGCTTGCCGAGGATGACCAGCTGCGGCTGCTCCTTGTCGACAACGGCCTTCa < 7:132250/149‑1 (MQ=255) gCCAGCGACTTCGACCTTGGACGCAAAGGTACCCTGGGCGAAGCCAGTCAGCGCGGCCAGCATCTGGCCGGTCTGGTTGTTGTCACTGTCGATGGCCTGCTTGCCGAGGATGACCAGCTGCGGCTGCTCCTTGTCGACAACGGCCTTCa < 1:229238/149‑1 (MQ=255) cTTCGACCTTGGACGCAAAGGTACCCTGGGCGAAGCCAGTCAGCGCGGCCAGCATCTGGCCGGTCTGGTTGTTGTCACTGTCGATGGCCTGCTTGCCGAGGATGACCAGCTGCGGCTGCTCCTTGTCGACAACGGCCTTCAGCGCCTTg < 3:191205/149‑1 (MQ=255) ttCGACCTTGGACGCAAAGGTACCCTGGGCGAAGCCAGTCAGCGCGGCCAGCATCTGGCCGGTCTGGTTGTTGTCACTGTCGATGGCCTGCTTGCCGAGGATGACCAGCTGCGGCTGCTCCTTGTCGACAACGGCCTTCAGCGCCTTgg > 2:267551/1‑149 (MQ=255) 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ccgGCCAGATGCTGGCCGGTCTGGTTGTTGTCACTGTCGATGGCCTGCTTGCCGAGGATGACCAGCTGCGGCTGCTCCTTGTCGACAACGGCCTTCAGCGCCTTGGCCACGGCCAGGGAGTTCAGTTCGTCAGCGGCTTCTACCAGGAt > 5:129609/2‑149 (MQ=255) cgGCCAGCATCTGGCCGGTCTGGTTGTTGTCACTGTCGATGGCCTGCTTGCCGAGGATGACCAGCTGCGGCTGCTCCTTGTCGACAACGGCCTTCAGCGCCTTGGCCACGGCCAGGGAGTTCAGTTCGTCAGCGGCTTCTACCAGGATg < 2:90453/149‑1 (MQ=255) ccAGCATCTGGCCGGTCTGGTTGTTGTCACTGTCGATGGCCTGCTTGCCGAGGATGACCAGCTGCGGCTGCTCCTTGTCGACAACGGCCTTCAGCGCCTTGGCCACGGCCAGGGAGTTCAGTTCGTCAGCGGCTTCTACCAGGATGGCa < 1:87691/149‑1 (MQ=255) cAGCATCTGGCCGGTCTGGTTGTTGTCACTGTCGATGGCCTGCTTGCCGAGGATGACCAGCTGCGGCTGCTCCTTGTCGACAACGGCCTTCAGCGCCTTGGCCACGGCCAGGGAGTTCAGTTCGTCAGCGGCTTCTACCAGGATGGCAc > 4:158769/1‑149 (MQ=255) gCATCTGGCCGGTCTGGTTGTTGTCACTGTCGATGGCCTGCTTGCCGAGGATGACCAGCTGCGGCTGCTCCTTGTCGACAACGGCCTTCAGCGCCTTGGCCACGGCCAGGGAGTTCAGTTCGTCAGCGGCTTCTACCAGGATGGCACg > 5:316718/1‑148 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |