Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,820,199 | A→T | 10.8% | L3664Q (CTG→CAG) | pvdL ← | non‑ribosomal peptide synthetase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,820,199 | 0 | A | T | 10.8% | 143.2 / 6.4 | 53 | L3664Q (CTG→CAG) | pvdL | non‑ribosomal peptide synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (21/26); new base T (2/4); total (23/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.87e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CTGCGCTTCGAACTGCGCGATGTAGCTCTGCTCCAGCGGATAAACCCGCTCGGTCCGGTTGCAGTCCTCCAGCAGGAAGCCTTGCTCCTGGGCGCTCA‑GCAGCGGTAGCTCGCTCACCTCCCCTTCAAAACCTTGTACCAGCGCCAGCAGCAGGCGCTTGAATTCGGCCAGCAGGCGCTCGACGGTCGGGTAGTCGAAGTAGCGCTGGTCGAACGACAGGTGCAGGCCCAGGTCATCACCCGGGTAACACACCGCCGTCAGCGGGAAGTTGGTGTGGGTACGGCCCGAG > NC_002947/4820054‑4820342 | cTGCGCTTCGAACTGCGCGATGTAGCTCTGCTCCAGCGGATAAACCCGCTCGGTCCGGTTGCAGTCCTCCAGCAGGAAGCCTTGCTCCTGGGCGCTCA‑GCAGCGGTAGCTCGCTCACCTCCCCTTCAAAACCTTGTACCAGCGCcagca > 6:172588/1‑149 (MQ=255) tGCGCTTCGAACTGCGCGATGTAGCTCTGCTCCAGCGGATAAACCCGCTCGGTCCGGTTGCAGTCCTCCAGCAGGAAGCCTTGCTCCTGGGCGCTCA‑GCAGCGGTAGCTCGCTCACCTCCCCTTCAAAACCTTGTACCAGCGCcagcag > 4:226823/1‑149 (MQ=255) tGCGCTTCGAACTGCGCGATGTAGCTCTGCTCCAGCGGATAAACCCGCTCGGTCCGGTTGCAGTCCTCCAGCAGGAAGCCTTGCTCCTGGGCGCTCA‑GCAGCGGTAGCTCGCTCACATCCCCTTCAAAACCTTGTACCAGCGCcagcag > 7:174222/1‑149 (MQ=255) gcTTCGAACTGCGCGATGTAGCTCTGCTCCAGCGGATAAACCCGCTCGGTCCGGTTGCAGTCCTCCAGCAGGAAGCCTTGCTCCTGGGCGCTCA‑GCAGCGGTAGCTCGCTCACCTCCCCTTCAAAACCTTGTACCAGCGCcagcagcag < 7:15880/149‑1 (MQ=255) gAACTGCGCGATGTAGCTCTGCTCCAGCGGATAAACCCGCACGGTCCGGTTGCAGTCCTCCAGCAGGAAGCCTTGCTCCTGGGCGCTCA‑GCAGCGGTAGCTCGCTCACCTCCCCTTCAAAACCTTGTACCAGCGCCAGCAGCAGgcgc < 5:280282/148‑1 (MQ=255) aaCTGCGCGATGTAGCTCTGCTCCAGCGGATAAACCCGCTCGGTCCGGTTGCAGTCCTCCAGCAGGAAGCCTTGCTCCTGGGCGCTCA‑GCAGCGGTAGCTCGCTCACCTCCCCTTCAAAACCTTGTACCAGCGCCTGCTGCTGGCGCtg < 8:181783/149‑2 (MQ=255) aaCTGCGCGATGTAGCTCTGCTCCAGCGGATAAACCCGCTCGGTCCGGTTGCAGTCCTCCAGCAGGAAGCCTTGCTCCTGGGCGCTCA‑GCAGCGGTAGCTCGCTCACCTCCCCTTCAAAACCTTGTACCAGCGCCAGCAGCAGGCGCtt < 4:269696/149‑1 (MQ=255) aCTGCGCGATGTAGCTCTGCTCCAGCGGATAAACCCGCTCGGTCCGGTTGCAGTCCTCCAGCAGGAAGCCTTGCTCCTGGGCGCTCA‑GCAGCGGTAGCTCGCTCACCTCCCCTTCAAAACCTTGTACCAGCGCCTGCTGCTGGCGCtgg < 2:155033/149‑3 (MQ=255) aCTGCGCGATGTAGCTCTGCTCCAGCGGATAAACCCGCTCGGTCCGGTTGCAGTCCTCCAGCAGGAAGCCTTGCTCCTGGGCGCTCA‑GCAGCGGTAGCTCGCTCACCTCCCCTTCAAAACCTTGTACCAGCGCCTGCTGCTGGCGCtg > 6:61030/1‑147 (MQ=255) aCTGCGCGATGTAGCTCTGCTCCAGCGGATAAACCCGCTCGGTCCGGTTGCAGTCCTCCAGCAGGAAGCCTTGCTCCTGGGCGCTCA‑GCAGCGGTAGCTCGCTCACCTCCCCTTCAAAACCTTGTACCAGCGCCTGCTGCTGGCGCtg < 5:61030/148‑2 (MQ=255) cTGCGCGATGTAGCTCTGCTCCAGCGGATAAACCCGCTCGGTCCGGTTGCAGTCCTCCAGCAGGAAGCCTTGCTCCTGGGCGCTCA‑GCAGCGGTAGCTCGCTCACCTCCCCTTCAAAACCTTGTACCAGCGCCAGCAGCAGGCGCTTg > 6:143247/1‑148 (MQ=255) gATGTAGCTCTGCTCCAGCGGATAAACCCGCTCGGTCCGGTTGCAGTCCTCCAGCAGGAAGCCTTGCTCCTGGGCGCTCA‑GCAGCGGTAGCTCGCTCACCTCCCCTTCAAAACCTTGTACCAGCGCCAGCAGCAGGCGCTTGAATTCgg < 6:292916/149‑1 (MQ=255) gATGTAGCTCTGCTCCAGCGGATAAACCCGCTCGGTCCGGTTGCAGTCCTCCAGCAGGAAGCCTTGCTCCTGGGCGCTCA‑GCAGCGGTAGCTCGCTCACCTCCCCTTCAAAACCTTGTACCAGCGCCAGCAGCAGGCGCTTGAATTCgg < 5:143247/149‑1 (MQ=255) gATGTAGCTCTGCTCCAGCGGATAAACCCGCTCGGTCCGGTTGCAGTCCTCCAGCAGGAAGCCTTGCTCCTGGGCGCTCA‑GCAGCGGTAGCTCGCTCACCTCCCCTTCAAAACCTTGTACCAGCGCCAGCAGCAGGCGCTTGAATTCgg > 5:140710/1‑149 (MQ=255) aTGTAGCTCTGCTCCAGCGGATAAACCCGCTCGGTCCGGTTGCAGTCCTCCAGCAGGAAGCCTTGCTCCTGGGCGCTCA‑GCAGCGGTAGCTCGCTCACCTCCCCTTCAAAACCTTGTACCAGCGCCAGCAGCAGGCGCTTGAATTCGGc > 3:144646/1‑149 (MQ=255) ctctGCTCCAGCGGATAAACCCGCTCGGTCCGGTTGCAGTCCTCCAGCAGGAAGCCTTGCTCCTGGGCGCTCA‑GCAGCGGTAGCTCGCTCACCTCCCCTTCAAAACCTTGTACCAGCGCCAGCAGCAGGCGCTTGAATTCGGCcagcag < 1:218786/149‑1 (MQ=255) ctctGCTCCAGCGGATAAACCCGCTCGGTCCGGTTGCAGTCCTCCAGCAGGAAGCCTTGCTCCTGGGCGCTCA‑GCAGCGGTAGCTCGCTCACCTCCCCTTCAAAACCTTGTACCAGCGCCAGCAGCAGGCGCTTGAATTCGGCcagcag < 1:22309/149‑1 (MQ=255) gCTCCAGCGGATAAACCCGCTCGGTCCGGTTGCAGTCCTCCAGCAGGAAGCCTTGCTCCTGGGCGCTCA‑GCAGCGGTAGCTCGCTCACCTCCCCTTCAAAACCTTGTACCAGCGCCAGCAGCAGgcgc > 4:126598/1‑128 (MQ=255) gCTCCAGCGGATAAACCCGCTCGGTCCGGTTGCAGTCCTCCAGCAGGAAGCCTTGCTCCTGGGCGCTCA‑GCAGCGGTAGCTCGCTCACCTCCCCTTCAAAACCTTGTACCAGCGCCAGCAGCAGgcgc < 3:126598/128‑1 (MQ=255) cTCCAGCGGATAAACCCGCTCGGTCCGGTTGCAGTCCTCCAGCAGGAAGCCTTGCTCCTGGGCGCTCA‑GCAGCGGTAGCTCGCTCACCTCCCCTTCAAAACCTTGTACCAGCGCCAGCAGCAGGCGCTTGAATTCGGCCAGCAGGCGCt < 6:140710/149‑1 (MQ=255) aaaCCCGCTCGGCCCGGTTGCCGTCCTCCACCAGGAAGCCTTGCTCCTGGGCGCTCA‑GCAGCGGTAGCTCGCTCACCTCCCCTTCAAAACCTTGTACCAGCGCCAGCAGCAGGCGCTTGAATTCGGCCAGCAGGCGCTCGACGGTCggg < 4:61654/149‑1 (MQ=255) tCCGGTTTCAGTCCTCCAGCAGGAAGCCTTGATCCTGGTCGCTAA‑GCAGCTGTAGCTCGCTCACCTCCCCTTCAATACCTTGTACCAGCGCCTGCAGCAGTCTCTTTAATTCTGCCAGCAGTCGCTCTAATGTCGGGTAGTCGAAg < 8:220595/146‑1 (MQ=255) ggTTGCAGTCCTCCAGCAGGAAGCCTTGCTCCTGGGCGCTCAGGCAGCGGTAGCTCGCTCACCTCCCCTTCAAAACCTTGTACCAGCGCCAGCAGCAGGCGCTTGAATTCGGCCAGCAGGCGCTCGACGGTCGGGTAGTCGaa > 1:226718/1‑143 (MQ=255) ggTTGCAGTCCTCCAGCAGGAAGCCTTGCTCCTGGGCGCTCA‑GCAGCGGTAGCTCGCTCACCTCCCCTTCAAAACCTTGTACCAGCGCCAGCAGCAGGCGCTTGAATTCGGCCAGCAGGCGCTCGACGGTCGGGTAGTCGaa < 2:226718/142‑1 (MQ=255) tGCAGTCCTCCAGCAGGAAGCCTTGCTCCTGGGCGCTCA‑GCAGCGGTAGCTCGCTCACCTCCCCTTCAAAACCTTGTACCAGCGCCAGCAGCAGGCGCTTGAATTCg > 8:253942/1‑107 (MQ=255) tGCAGTCCTCCAGCAGGAAGCCTTGCTCCTGGGCGCTCA‑GCAGCGGTAGCTCGCTCACCTCCCCTTCAAAACCTTGTACCAGCGCCAGCAGCAGGCGCTTGAATTCg < 7:253942/107‑1 (MQ=255) tccAGCAGGAAGCCTTGCTCCTGGGCGCTCA‑GCAGCGGTAGCTCGCTCACCTCCCCTTCAAAACCTTGTACCAGCGCCAGCAGCAGGCGCTTGAATTCGGCCAGCAGGCGCTCGACGGTCGGGTAGTCGAAGTAGCGCTGGTCGAACGa > 1:114666/1‑149 (MQ=255) tccAGCAGGAAGCCTTGCTCCTGGGCGCTCA‑GCAGCGGTAGCTCGCTCACCTCCCCTTCAAAACCTTGTACCAGCGCCAGCAGCAGGCGCTTGAATTCGGCCAGCAGGCGCTCGACGGTCGGGTAGTCGAAGTAGCGCTGGTCGAACGa > 3:100104/1‑149 (MQ=255) cagcagGAAGCCTTGCTCCTGGGCGCTCA‑GCAGCGGTAGCTCGCTCACCTCCCCTTCAAAACCTTGTACCAGCGCCAGCAGCAGGCGCTTGAATTCGGCCAGCAGGCGCTCGACGGTCGGGTAGTCGAAGTAGCGCTGGTCGAACGAc < 6:41450/148‑1 (MQ=255) gAAGCCTTGCTCCTGGGCGCTCA‑GCAGCGGTAGCTCGCTCACCTCCCCTTCAAAACCTTGTACCAGCGCCAGCAGCAGGCGCTTGAATTCGGCCAGCAGGCGCTCGACGGTCGGGTAGTCGAAGTAGCGCTGGTCGAACGACAGGTg > 3:68906/1‑147 (MQ=255) cTTGCTCCTGGGCGCTCA‑GCAGCGGTAGCTCGCTCACCTCCCCTTCAAAACCTTGTACCAGCGCCAGCAGCAGGCGCTTGAATTCGGCCAGCAGGCGCTCGACGGTCGGGTAGTCGAAGTAGCGCTGGTCGAACGACAGGTGCAGGccc > 3:23398/1‑149 (MQ=255) cTTGCTCCTGGGCGCTCA‑GCAGCGGTAGCTCGCTCACCTCCCCTTCAAAACCTTGTACCAGCGCCAGCAGCAGGCGCTTGAATTCGGCCAGCAGGCGCTCGACGGTCGGGTAGTCGAAGTAGCGCTGGTCGAACGACAGGTGCAGGcc > 5:298924/1‑148 (MQ=255) tGCTCCTGGGCGCTCA‑GCAGCGGTAGCTCGCTCACCTCCCCTTCAAAACCTTGTACCAGCGCCAGCAGCAGGCGCTTGAATTCGGCCAGCAGGCGCTCGACGGTCGGGTAGTCGAAGTAGCGCTGGTCGAACGACAGGAGCAGGCCCAg > 5:73928/1‑149 (MQ=255) cTGGGCGCTCA‑GCAGCGGTAGCTCGCTCACCTCCCCTTCAAAACCTTGTACCAGCGCCAGCAGCAGGCGCTTGAATTCGGCCAGCAGGCGCTCGACGGTCGGGTAGTCGAAGTAGCGCTGGTCGAACGACAGGTGCAGGCCCAGGtcat < 5:72678/149‑1 (MQ=255) ggCGCTCA‑GCAGCGGTAGCTCGCTCACCTCCCCTTCAAAACCTTGTACCAGCGCCAGCAGCAGGCGCTTGAATTCGGCCAGCAGGCGCTCGACGGTCGGGTAGTCGAAGTCGCGCTGGTCGAACGACAGGTGCAGGCCCAGGGCGTCAc > 6:5419/1‑149 (MQ=255) tCA‑GCAGCGGTAGCTCGCTCACCTCCCCTTCAAAACCTTGTACCAGCGCCAGCAGCAGGCGCTTGAATTCGGCCAGCAGGCGCTCGACGGTCGGGTAGTCGAAGTAGCGCTGGTCGAACGAc > 2:231930/1‑122 (MQ=255) tCA‑GCAGCGGTAGCTCGCTCACCTCCCCTTCAAAACCTTGTACCAGCGCCAGCAGCAGGCGCTTGAATTCGGCCAGAAGGCGCTCGACGGTCGGGTAGTCGAAGTAGCGCTGGTCGAACGAc < 1:231930/122‑1 (MQ=255) agcGGGAGCTCGCTCACCTCCCCTTCACAACCTTGTACCAGCGCCAGCAGCAGGCGCTTGAATTCGGCCAGCAGGCGCTCGACGGTCGTGTAGTCGAAGTAGCGCTGGTCGAACGACAGGTGCAGGCCCAGGTCATCACCCGGGTAaca < 8:210274/149‑1 (MQ=255) cgctcACCTCCCCTTCAAAACCTTGTACCAGCGCCAGCAGCAGGCGCTTGAATTCGGCCAGCAGGCGCTCGACGGTCGGGTAGTCGAAGTAGCGCTGGTCGAACGACAGGTGCAGGCCCAGGTCATCACCCGGGTAACACACCGCCGt > 2:172920/1‑148 (MQ=255) aCCTCCCCTTCAAAACCTTGTACCAGCGCCAGCAGCAGGCGCTTGAATTCGGCCAGCAGGCGCTCGACGGTCGGGTAGTCGAAGTAGCGCTGGTCGAACGACAGGTGCAGGCCCAGGTCATCACCCGGGTAACACACCGCCGTCAGCgg < 6:195705/149‑1 (MQ=255) cTCCCCTTCAAAACCTTGTACCAGCGCCAGCAGCAGGCGCTTGAATTCGGCCAGCAGGCGCTCGACGGTCGGGTAGTCGAAGTAGCGATGGTCGAACGACAGGTGCAGGCCCAGGTCATAACCCGTGTAACAAACCGCAGTCATCggg > 4:237008/1‑148 (MQ=255) cccTTCAAAACCTTGTACCAGCGCCAGCAGCAGGCGCTTGAATTCGGCCAGCAGGCGCTCGACGGTCGGGTAGTCGAAGTAGCGCTGGTCGAACGACAGGTGCAGGCCCAGGTCATCACCCGGGTAACACACCGCCGTCAGCGGGAAg < 6:73928/148‑1 (MQ=255) cccTTCAAAACCTTGTACCAGCGCCAGCAGCAGGCGCTTGAATTCGGCCAGCAGGCGCTCGACGGGCGGGTAGTCGAAGTAGCGCTGGTCGAACGACAGGTGCAGGCCCAGGTCATCACCCGGGTAACACACCGCCGTCAGCGGGAAGt < 8:174222/149‑1 (MQ=255) ttCAAAACCTTGTACCAGCGCCAGCAGCAGGCGCTTGAATTCGGCCAGCAGGCGCTCGACGGTCGGGTAGTCGAAGTAGCGCTGGTCGAACGACAGGTGCAGGCCCAGGTCATCACCCGGGTAACACACCGCCGTCAGCGGGAAGTTgg > 8:195915/1‑149 (MQ=255) ttCAAAACCTTGTACCAGCGCCAGCAGCAGGCGCTTGAATTCGGCCAGCAGGCGCTCGACGGTCGGGTAGTCGAAGTAGCGCTGGTCGAACGACAGGTGCAGGCCCAGGTCATCACCCGGGTAACACACCGCCGTCAGCGGGAAGTTgg > 8:197415/1‑149 (MQ=255) cAAAACCTTGTACCAGCGCCAGCAGCAGGCGCTTGAATTCGGCCAGCAGGCGCTCGACGGTCGGGTAGTCGAAGTAGCGCTGGTCGAACGACAGGTGCAGGCCCAGGTCATCACCCGGGTAACACACCGCCGTCAGCGGGAAGTTGgt < 5:172588/148‑1 (MQ=255) cAAAACCTTGTACCAGCGCCAGCAGCAGGCGCTTGAATTCGGCCAGCAGGCGCTCGACGGTCGGGTAGTCGAAGTAGCGCTGGTCGAACGACAGGTGCAGGCCCAGGTCATCACCCGGGTAACACACCGCCGTCAGCGGGAAGTTGgt < 7:195915/148‑1 (MQ=255) aaaaCCTTGTACCAGCGCCAGCAGCAGGCGCTTGAATTCGGCCAGCAGGCGCTCGACGGTCGGGTAGTCGAAGTAGCGCTGGTCGCACGACAGGTGCAGGCCCAGGTCATCACCCGGGTAACACAACGCCGTCAGCGGGAAGGTGgtgt > 4:211711/1‑149 (MQ=255) aaCCTTGTACCAGCGCCAGCAGCAGGCGCTTGAATTCGGCCAGCAGGCGCTCGACGGTCGGGTAGTCGAAGTAGCGCTGGTCGAACGACAGGTGCAGGCCCAGGTCATCACCCGGGTAACACACCGCCGTCAGCGGGAAGTTGGTGTgg < 4:23398/149‑1 (MQ=255) aaCCTTGTACCAGCGCCAGCAGCAGGCGCTTGAATTCGGCCAGCAGGCGCTCGACGGTCGGGTAGTCGAAGTAGCGCTGGTCGAACGACAGGTGCAGGCCCAGGTCATCACCCGGGTAACACACCGCCGTCAGCGGGAAGTTGGTGTgg < 2:114666/149‑1 (MQ=255) tACCAGCGCCAGCAGCAGGCGCTTGAATTCGGCCAGCAGGCGCTCGACGGTCGGGTAGTCGAAGTAGCGCTGGTCGAACGACAGGTGCAGGCCCAGGTCATCACCCGGGTAACACACCGCCGTCAGCGGGAAGTTGGTGTGGGTACgg < 4:144646/148‑1 (MQ=255) ccAGCGCCAGCAGCAGGCGCTTGAATTCGGCCAGCAGGCGCTCGACGGTCGGGTAGTCGAAGTAGCGCTGGTCGAACGACAGGTGCAGGccc > 4:216632/1‑92 (MQ=255) ccAGCGCCAGCAGCAGGCGCTTGAATTCGGCCAGCAGGCGCTCGACGGTCGGGTAGTCGAAGTAGCGCTGGTCGAACGACAGGTGCAGGccc < 3:216632/92‑1 (MQ=255) ccAGCGCCAGCAGCAGGCGCTTGAATTCGGCCAGCAGGCGCTCGACGGTCGGGTAGTCGAAGTAGCGCTGGTCGAACGACAGGTGCAGGCCCAGGTCATCACCCGGGTAACACACCGCCGTCAGCGGGAAGTTGGTGTGGGTACGGccc < 4:100104/149‑1 (MQ=255) caaGCGCCTGCTGCTGGCGCTTGAATTCGGCCAGCAGGCGCTCGACGGTCGGGTAGTCGAAGTAGCGCTGGTCGAACGACAGGTGCAGGCCCAGGTCATCACCCGGGTAACACACCGCCGTCAGCGGGAAGTTGGTGTGGGTACGGccc > 1:223707/3‑149 (MQ=255) aGCGCCAGCAGCAGGCGCTTGAATTCGGCCAGCAGGCGCTCGACGGGCGGGTAGTCGAAGTAGCGCTGGTCGAACGACAGGTGCAGGCCCAGGTCATCACCCGGGTAACACACCGCCGTCAGCGGGAAGTTGGTGTGGGTACGGCCCGa < 4:16918/149‑1 (MQ=255) gcgcCAGCAGCAGGCGCTTGAATTCGGCCAGCAGGCGCTCGACGGTCGGGTAGTCGAAGTAGCGCTGGTCGAACGACAGGTGCAGGCCCAGGTCATCACCCGGGTAACACACCGCCGTCAGCGGGAAGTTGGTGTGGGTACGGCCCGAg > 6:93785/1‑149 (MQ=255) | CTGCGCTTCGAACTGCGCGATGTAGCTCTGCTCCAGCGGATAAACCCGCTCGGTCCGGTTGCAGTCCTCCAGCAGGAAGCCTTGCTCCTGGGCGCTCA‑GCAGCGGTAGCTCGCTCACCTCCCCTTCAAAACCTTGTACCAGCGCCAGCAGCAGGCGCTTGAATTCGGCCAGCAGGCGCTCGACGGTCGGGTAGTCGAAGTAGCGCTGGTCGAACGACAGGTGCAGGCCCAGGTCATCACCCGGGTAACACACCGCCGTCAGCGGGAAGTTGGTGTGGGTACGGCCCGAG > NC_002947/4820054‑4820342 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |