Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,948,996 | A→T | 5.5% | L117Q (CTG→CAG) | fliN ← | flagellar basal‑body C‑ring protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,948,996 | 0 | A | T | 5.5% | 225.1 / 2.5 | 73 | L117Q (CTG→CAG) | fliN | flagellar basal‑body C‑ring protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (30/39); new base T (2/2); total (32/41) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.03e-01 |
GTGCCCTTCACTCAGCGCAGCTTCTTGATACGTTCGCTGGGGCTGATCACGTCGGTCAGGCGGATGCCGAACTTTTCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCT‑GGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATGTTGATCTCGGTGCTGCCCACTTCCATGGAAATGTTCACCGGGATGTCCAGGATCACGTCCAGGTTCGGGCCTTCGAGGCTGACATTTTCA > NC_002947/4948849‑4949139 | gTGCCCTTCACTCAGCGCAGCTTCTTGATACGTTCGCTGGGGCTGATCACGTCGGTCAGGCGGATGCCGAACTTTTCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAg < 7:155734/149‑1 (MQ=255) cTTCACTCAGCGCAGCTTCTTGATACGTTCGCTGGGGCTGATCACGTCGGTCAGGCGGATGCCGAACTTTTCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGt > 1:213200/1‑149 (MQ=255) ttCACTCAGCGCAGCTTCTTGATACGTTCGCTGGGGCTGATCACGTCGGTCAGGCGGATGCCGAACTTTTCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTc > 1:315389/1‑149 (MQ=255) aCTCAGCGCAGCTTCTTGATACGTTCGCTGGGGCTGATCACGTCGGTCAGGCGGATGCCGAACTTTTCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGa < 8:31486/148‑1 (MQ=255) gcAGCTTCTTGATACGTTCGCTGGGGCTGATCACGTCGGTCAGGCGGATGCCGAACTTTTCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGAt > 7:130781/1‑148 (MQ=255) cttcttGATACGTTCGCTGGGGCTGATCACGTCGGTCAGGCGGATGCCGAACTTTTCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGCGCTCGATCAcc > 8:245217/1‑148 (MQ=255) ttcttGATACGTTCGCTGGGGCTGATCACGTCGGTCAGGCGGATGCCGAACTTTTCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCAcc > 1:70283/1‑147 (MQ=255) cttGATACGTTCGCTGGGGCTGATCACGTCGGTCAGGCGGATGCCGAACTTTTCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGa < 5:37724/147‑1 (MQ=255) gATACGTTCGCTGGGGCTGATCACGTCAGTCAGGCGGATGCCGAACTTTTCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGcc < 7:37322/147‑1 (MQ=255) tACTTTCGCTGGGGCTGATGACGTAGTTCAGGCGTATGCCGTACTTTTCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGAGTGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTGGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGGTGATCGAGctcga < 5:243754/148‑5 (MQ=255) tACGTTCGCTGGGGCTGATCACGTCGGTCAGGCGGATGCCGAACTTTTCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCT‑g < 7:178971/148‑1 (MQ=255) gTTCGCTGGGGCTGATCCCGTCGGTCAGGCGGATGCCGAACTTTTCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCT‑GGtt > 3:138109/1‑148 (MQ=255) gTTCGCTGGGGCTGATCACGTCGGTCAGGCGGATGCCGAACTTTTCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCT‑GGtt > 7:21472/1‑148 (MQ=255) gTTCGCTGGGGCTGATCACGTCGGTCAGGCGGATGCCGAACTTTTCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCT‑GGTTg < 3:256532/149‑1 (MQ=255) cTGGGGCTGATCACGTCGGTCAGGCGGATGCCGAACTTTTCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCT‑GGTTGAGCTg < 4:31186/149‑1 (MQ=255) gggCTGATCACGTCGGTCAGGCGGATGCCGAACTTTTCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCAcc < 5:175357/129‑1 (MQ=255) gggCTGATCACGTCGGTCAGGCGGATGCCGAACTTTTCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCAcc > 6:175357/1‑129 (MQ=255) gggCTGATCACGTCGGTCAGGCGGATGCCGAACTTTTCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCT‑GGTTGAGCTgca < 2:315389/148‑1 (MQ=255) gCTGATCACGTCGGTCAGGCGGATGCCGAACTTTTCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCT‑GGTTGAGCTgcag > 4:142822/1‑147 (MQ=255) gCTGATCACGTCGGTCAGGCGGATGCCGAACTTTTCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCT‑GGTTGAGCTgcag > 5:106012/1‑147 (MQ=255) cTGATCACGTCGGTCAGGCGGATGCCGAACTTTTCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGGTCGACCGCCTGGCCGGCGAGc > 5:328244/1‑117 (MQ=255) cTGATCACGTCGGTCAGGCGGATGCCGAACTTTTCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGACCGCCTGGCCGGCGAGc < 6:328244/117‑1 (MQ=255) aTCACGTCGGTCAGGCGGATGCCGAACTTTTCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCT‑GGTTGAGCTGCAGCAgg < 2:213200/147‑1 (MQ=255) aTCACGTCGGTCAGGCGGATGCCGAACTTTTCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCT‑GGTTGAGCTGCAGCAGGtt > 3:286403/1‑149 (MQ=255) aTCACGTCGGTCAGGCGGATGCCGAACTTTTCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCT‑GGTTGAGCTGCAGCAGGtt > 2:134132/1‑149 (MQ=255) tCACGTCGGTCAGGCGGATGCCGAACTTTTCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCT‑GGtt < 3:16314/133‑1 (MQ=255) tCACGTCGGTCAGGCGGATGCCGAACTTTTCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCT‑GGtt > 4:16314/1‑133 (MQ=255) gTCGGTCAGGCGGATGCCGAACTTTTCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCT‑GGGTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGa < 8:100714/149‑1 (MQ=255) ggTCAGGCGGATGCCGAACTTTTCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCT‑GGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATGt < 8:130781/149‑1 (MQ=255) ggTCAGGCGGATGCCGAACTTTTCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCT‑GGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATGt < 7:69763/149‑1 (MQ=255) tCAGGCGGATGCCGAACTTTTCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCT‑GGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATGTTg < 1:134132/149‑1 (MQ=255) ggCGGATGCCGAACTTTTCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCT‑GGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATGTTGAtc < 3:142822/149‑1 (MQ=255) ccGAACTTTTCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCAGCGAGCCCT‑GGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATGTTGATCTCGGtgct > 3:302494/1‑149 (MQ=255) cGAACTTTTCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCT‑GGTTGAGCTgca > 3:97621/1‑120 (MQ=255) cGAACTTTTCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCT‑GGTTGAGCTgca < 4:97621/120‑1 (MQ=255) cGAACTTTTCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCT‑GGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATGTTGATCTCGGtgctg < 3:288181/149‑1 (MQ=255) ttttCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCT‑GGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATGTTGATCTCGGTGCTGCCCAc > 8:152348/1‑149 (MQ=255) tttCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCT‑GGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATGTTGATCTCGGTGCTGCCCACt > 4:4166/1‑149 (MQ=255) tagTTGACCACGAGCACTTCGCCTTGGGCGATCAGCGTGCAGTTGACCAGCCCTCTGTCGTCCCGCTCGACGGCCAGGCGGTGGAGCTCGATCACCGAGCCCT‑GGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATGTTGATCTCTGTGCTGCCCa < 1:105741/146‑1 (MQ=255) gTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCT‑GGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATGTTGATCTCGGTGCTGCCCACTTCCa > 2:123209/1‑149 (MQ=255) ccacgaccacTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCT‑GGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATGtt < 3:54415/121‑1 (MQ=255) ccacgaccacTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCT‑GGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATGtt > 4:54415/1‑121 (MQ=255) ccacgaccacTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCT‑GGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATGTTGATCTCGGTGCTGCCCACTTCCATGGa > 6:91715/1‑148 (MQ=255) cacgaccacTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCT‑GGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATGTTGATCTCGGTGCTGCCCACTTCCATGGaaa > 6:77162/1‑149 (MQ=255) accacTTCGCCATCGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCT‑GGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATGTTGATCTCGGTGCTGCCCACTTCCATGGAAATGtt < 2:45625/149‑1 (MQ=255) ccacTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCT‑GGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATGTTGATCTCGGTGCTGCCCACTTCCATGGAAATGtt > 4:218468/1‑148 (MQ=255) cTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCTCTGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATGTTGATCTCGGTGCTGCCCACTTCCATGGAAATGTTCAc < 1:261046/149‑1 (MQ=255) cTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCT‑GGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATGTTGATCTCGGTGCTGCCCACTTCCATGGAAATGTTCAcc > 1:302480/1‑149 (MQ=255) cTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCT‑GGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATGTTGATCTCGGTGCTGCCCACTTCCATGGAAATGTTCAcc < 7:152348/149‑1 (MQ=255) ttCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCT‑GGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATGTTGATCTCGGTGCTGCCCACTTCCATGGAAATGTTCACCg > 3:75266/1‑149 (MQ=255) gCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCT‑GGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATGTTGATCTCGGt > 4:277312/1‑117 (MQ=255) gCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCT‑GGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATGTTGATCTCGGt < 3:277312/117‑1 (MQ=255) gCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCT‑GGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATGTTGATCTCGGTGTTGCCCACTTCCATGGAAATGTTCACCGGGa < 4:138109/149‑1 (MQ=255) ggCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCT‑GGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATGTTGATCTCGGTGCTGCCCACTTCCATGGAAATGTTCACCGGGATGTcc < 2:302480/148‑1 (MQ=255) cGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCT‑GGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATGTTGATCTCGGTGCTGCCCACTTCCATGGAAATGTTCACCGGGATGTCCAgg < 5:91715/149‑1 (MQ=255) cGATCAGCGGGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCT‑GGTTGAGCTGCAGCAGGATGCGGATGTTGATCTCGGTGCTGCCCACTTCCATGGAAATGTTCACCGGGATGTCCAgg < 2:234170/149‑1 (MQ=255) tCAGCGTGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCT‑GGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATGTTGATCTCGGTGCTGCCCACTTCCATGGAAATGTTCACCGGGATGTCCAGGAt > 4:176053/1‑148 (MQ=255) tCAGCGTGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCT‑GGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATGTTGATCTCGGTGCTGCCCACTTCCATGGAAATGTTCACCGGGATGTCCAGGATc < 4:155128/149‑1 (MQ=255) ccGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCT‑GGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATGTTGATCTCGGTGCTGCCCACTTCCATGGAAATGTTCACCGGGATGTCCAGGATCACGTCCAg < 8:21472/149‑1 (MQ=255) ccGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCT‑GGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATGTTGATCTCGGTGCTGCCCACTTCCATGGAAATGTTCACCGGGATGTCCAGGATCACGTCCAg < 4:286403/149‑1 (MQ=255) gTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCT‑GGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATGTTGATCTCGGTGCTGCCCACTTCCATGGAAATGTTCACCGGGATGTCCAGGATCACGTCCAGGt > 5:113328/1‑149 (MQ=255) gTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCT‑GGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATGTTGATCTCGGTGCTGCCCACTTCCATGGAAATGTTCACCGGGATGTCCAGGATCACGTCCAGGt < 2:70283/149‑1 (MQ=255) c‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCAGCGAGCCCT‑GGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATGTTGATCTCGGTGCTGCCCACTTCGATGGAAATGTTCACCGGGATGTCCAGGATCACGTCCAGGTTCGGGCCTTCg < 4:302494/149‑1 (MQ=255) tCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCT‑GGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATGTTGATCTCGGTGCTGCCCACTTCCATGGAAATGTTCACCGGGATGTCCAGGATCACGTCCAGGTTCGGGCCTTCGAg < 2:214872/149‑1 (MQ=255) gagCTCGACCGCCTGGCCGGCGAGCTCGATCACCGAGCCCT‑GGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATGTTGATCTCGGTGCTGCCCACTTCCATGGAAATGTTCACCGGGATGTCCAGGATCACGTCCAGGTTCGGGCCTTCGAGGCt > 3:214862/3‑147 (MQ=255) gagCTCGACCGCCTGGCCGGCGAGCTCGATCACCGAGCCCT‑GGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATGTTGATCTCGGTGCTGCCCACTTCCATGGAAATGTTCACCGGGATGTCCAGGATCACGTCCAGGTTCGGGCCTTCGAGGCt < 4:214862/145‑1 (MQ=255) gCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCT‑GGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATGTTGATCTCGGTGCTGCCCACTTCCATGGAAATGTTCACCGGGATGTCCAGGATCACGTCCAGGTTCggg > 3:44785/1‑134 (MQ=255) gCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCT‑GGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATGTTGATCTCGGTGCTGCCCACTTCCATGGAAATGTTCACCGGGATGTCCAGGATCACGTCCAGGTTCggg < 4:44785/134‑1 (MQ=255) cTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCT‑GGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATGTTGATCTCGGTGCTGCCCACTTCCATGGAAATGTTCACCGGGATGTCCAGGATCACGTCCAGGTTCGGGCCTTCGAGGCTGACAt < 6:106012/149‑1 (MQ=255) tCGCCGGCCAGGCGGTAGAGCTCGATCACCGAGCCCT‑GGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATCTAGATCTCGGTGCTGCCCAATTCCATGTAAATGAACACCCGGATGACCAGGATCACCTCCAGTTTCGGGCCTTCGAGGATGACAtt > 6:236203/1‑149 (MQ=255) ccGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCT‑GGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATGTTGATCTCGGTGCTGCCCACTTCCATGGAAATGTTCACCGGGATGTCCAGGATCACGTCCAGGTTCGGGCCTTCGAGGCTGACATTTTc < 1:123209/149‑1 (MQ=255) cGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCT‑GGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATGTTGATCTCGGTGCTGCCCACTTCCATGGAAATGTTCACCGGGATGTCCAGGATCACGTCCAGGTTCGGGCCTTCGAGGCTGACAtttt < 4:75266/147‑1 (MQ=255) cGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCT‑GGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATGTTGATCTCGGTGCTGCCCACTTCCATGGAAATGTTCACCGGGATGTCCAGGATCACGTCCAGGTTCGGGCCTTCGAGGCTGACATTTTCa > 6:100/1‑149 (MQ=255) | GTGCCCTTCACTCAGCGCAGCTTCTTGATACGTTCGCTGGGGCTGATCACGTCGGTCAGGCGGATGCCGAACTTTTCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCAC‑‑‑GTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCT‑GGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATGTTGATCTCGGTGCTGCCCACTTCCATGGAAATGTTCACCGGGATGTCCAGGATCACGTCCAGGTTCGGGCCTTCGAGGCTGACATTTTCA > NC_002947/4948849‑4949139 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |