Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 380,123 | G→A | 9.3% | V140V (GTG→GTA) | gbcB → | glycine‑betaine dioxygenase subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 380,123 | 0 | G | A | 9.3% | 119.6 / 2.4 | 43 | V140V (GTG→GTA) | gbcB | glycine‑betaine dioxygenase subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (20/19); new base A (2/2); total (22/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.93e-01 |
CGGGTGGCCTGGTGTCGAACTTCCTGCATGACACCATGCACGAAGGCGCCGAGCTGCCGGTGCACGGCCCGGTGGGGCTGTTCAACGCCATCGACTTCCCTGCTGGCAAGGTGCTGTACCTGTCGGGCGGCGTCGGTATTACCCCAGTGATGTCGATGGCGCGCTGGTTCTACGACACCAATGCCAACGTCGACATGGTGTTCGTCCACAGCGCCCGTTCGCCGAAAGACATCATCTACCACCGCGAGCTGGAACAGATGGCGTCGCGCATCCCCAACTTCAGCCTGCACAT > NC_002947/379975‑380266 | cGGGTGGCCTGGTGTCGAACTTCCTGCATGACACCATGCACGAAGGCGCCGAGCTGCCGGTGCACGGCCCGGTGGGGCTGTTCAACGCCATCGACTTCCCTGCTGGCAAGGTGCTGTACCTGTCGGGCGGCGTCGGTATTACCCCAGTg < 4:155932/149‑1 (MQ=255) ggTTGCCTGGTGTCGAACTTCCTGCATGACACCATGCACGAAGGCGCCGAGCTGCCGGTGCACGGCCCGGTGGGGCTGTTCAACGCCATCGACTTCCCTGCTGGCAAGGTGCTGTACCTGTCGGGCGGCGTCGGTATTACCCCAGTGAt < 7:45868/149‑1 (MQ=255) gtgtCGAACTTCCTGCATGACACCATGCACGAAGGCGCCGAGCTGCCGGTGCACGGCCCGGTGGGGCTGTTCAACGCCATCGACTTCCCTGCTGGCAAGGTGCTGTACCTGTCGGGCGGCGTCGGTATTACCCCAGTGATGTCGATg < 6:21067/147‑1 (MQ=255) tCGAACTTCCTGCATGACACCATGCACGAAGGCGCCGAGCTGCCGGTGCACGGCCCGGTGGGGCTGTTCAACGCCATCGACTTCCCTGCTGGCAAGGTGCTGTACCTGTCGGGCGGCGTCGGTATTACCCCAGTGATGTCGATGgcgcg > 4:48977/1‑149 (MQ=255) gAACTTCCTGCATGACACCATGCACGAAGGCGCCGAGCTGCCGGTGCACGGCCCGGTGGGGCTGTTCAACGCCATCGACTTCCCTGCTGGCAAGGTGCTGTACCTGTCGGGCGGCGTCGGTATTACCCCAGTGATGTCGATGgcgcgc < 7:170649/148‑1 (MQ=255) cTGCATGACACCATGCACGAAGGCGCCGAGCTGCCGGTGCACGGCCCGGTGGGGCTGTTCAACGCCATCGACTTCCCTGCTGGCAAGGTGCTGTACCTGTCGGGCGGCGTCGGTATTACCCCAGTGATGTCGATGGCGCGCTGGTTCt > 2:122742/1‑148 (MQ=255) tGCATGACACCATGCACGAAGGCGCCGAGCTGCCGGTGCACGGCCCGGTGGGGCTGTTCAACGCCATCGACTTCCCTGCTGGCAAGGTGCTGTACCTGTCGGGCGGCGTCGGTATTACCCCAGTGATGTCGATGGCGCGCTGGTTCTAc > 1:59778/1‑149 (MQ=255) tGCATGACACCATGCACGAAGGCGCCGAGCTGCCGGTGCACGGCCCGGTGGGGCTGTTCAACGCCATCGACTTCCCTGCTGGCAAGGTGCTGTACCTGTCGGGCGGCGTCGGTATTACCCCAGTGATGTCGATGGCGCGCTGGTTCTAc > 3:34471/1‑149 (MQ=255) cATGACACCATGCACGAAGGCGCCGAGCTGCCGGTGCACGGCCCGGTGGGGCTGTTCAACGCCATCGACTTCCCTGCTGGCAAGGTGCTGTACCTGTCGGGCGGCGTCGGTATTACCCCAGTGATGTCGATGGCGCGCTGGTTCTAc < 4:34471/147‑1 (MQ=255) cacCATGCACGAAGGCGCCGAGCTGCCGGTGCACGGCCCGGTGGGGCTGTTCAACGCCATCGACTTCCCTGCTGGCAAGGTGCTGTACCTGTCGGGCGGCGTCGGTATTACCCCAGTGATGTCGATGGCGCGCTGGTTCTa < 1:253894/141‑1 (MQ=255) cacCATGCACGAAGGCGCCGAGCTGCCGGTGCACGGCCCGGTGGGGCTGTTCAACGCCATCGACTTCCCTGCTGGCAAGGTGCTGTACCTGTCGGGCGGCGTCGGTATTACCCCAGTGATGTCGATGGCGCGCTGGTTCTa > 2:253894/1‑141 (MQ=255) cacCATGCACGAAGGCGCCGAGCTGCCGGTGCACGGCCCGGTGGGGCTGTTCAACGCAATCGACTTCCCTGCTGGCAAGGTGCTGTACCTGTCGGGCGGCGTCGGTATTACCCCAGTGATGTCGATGGCGCGCTGGTTCTACGACAcc > 4:151161/1‑148 (MQ=255) acCATGTACGAAGGCGCCGAGCTGCCGGTGCACGGCCCGGTGGGGCTGTTCAACGCCATCGACTTCCCTGCTGGCAAGGTGCTGTACCTGTCGGGCGGCGTCGGTATTACCCCAGTGATGTCGATGGCGCGCTgg < 5:234070/135‑1 (MQ=255) acCATGAACGAAGGCGCCGAGCTGCCGGTGCACGGCCCGGTGGGGCTGTTCAACGCCATCGACTTCCCTGCTGGCAAGGTGCTGTACCTGTCGGGCGGCGTCGGTATTACCCCAGTGATGTCGATGGCGCGCTgg > 6:234070/1‑135 (MQ=255) cACGAAGGCGCCGAGCTGCCGGTGCACGGCCCGGTGGGGCTGTTCAACGCCATCGACTTCCCTGCTGGCAAGGTGCTGTACCTGTCGGGCGGCGTCGGTATTACCCCAGTGATGTCGATGGCGCGCTGGTTCTACGACACCAATGCCaa < 3:48977/149‑1 (MQ=255) cgcCGAGCTGCCGGTGCACGGCCCGGTGGGGCTGTTCAACGCCATCGACTTCCCTGCTGGCAAGGTGCTGTACCTGTCGGGCGGCGTCGGTATTACCCCAGTGATGTCGATGGCGCGCTGGTTCTAGGACACCAATGCCAACGTCGACa < 2:245323/149‑1 (MQ=255) ccGAGCTGCGGGTGCACGGCCCGGTGGGGCTGTTCAACGCCATCGACTTCCCTGCTGGCAAGGTGCTGTACCTGTCGGGCGGCGTCGGTATTACCCCAGTGATGTCGATGGCGCGCTGGTTCTACGACACCAATGCCAACGTCGACATg < 2:112978/149‑1 (MQ=255) gAGCTGCCGGTGCACGGCCCGGTGGGGCTGTTCAACGCCATCGACTTCCCTGCTGGCAAGGTGCTGTACCTGTCGGGCGGCGTCGGTATTACCCCAGTGATGTCGATGGCGCGCTGGTTCTACGACACCAATGCCAACGTCGACATGgt < 5:317282/149‑1 (MQ=255) gCCGGTGCACGGCCCGGTGGGGCTGTTCAACGCCATCGACTTCCCTGCTGGCAAGGTGCTGTACCTGTCGGGCGGCGTCGGTATTACCCCAGTGATGTCGATGGCGCGCTGGTTCTACGACACCAATGCCAACGTCGACATGGTGTTCg > 8:25182/1‑149 (MQ=255) cGGTGCACGGCCCGGTGGGGCTGTTCAACGCCATCGACTTCCCTGCTGGCAAGGTGCTGTACCTGTCGGGCGGCGTCGGTATTACCCCAGTGATGTCGATGGCGCGCTGGTTCTACGACACCAATGCCAACGTCGACATGGTGTTCGTc < 4:247741/149‑1 (MQ=255) aCGGCCCGGTGGGGCTGTTCAACGCCATCGACTTCCCTGCTGGCAAGGTGCTGTACCTGTCGGGCGGCGTCGGTATTACCCCAGTGATGTCGATGGCGCGCTGGTTCTACGACACCAATGCCAACGTCGACATGGTGTTCGTCCACAgc > 3:140754/1‑149 (MQ=255) gCTGTTCAACGCCATCGACTTCCCTGCTGGCAAGGTGCTGTACCTGTCGGGCGGCGTCGGTATTACCCAAGTGATGTCGATGGAGCGCTGGTTCTACGACACCAATGCCAACGTCGACATGGTGTTCGTCCACAGCGCCCGTTCGCCg > 7:146827/1‑148 (MQ=255) aaCGCCATCGACTTCCCTGCTGGCAAGGTGCTGTACCTGTCGGGCGGCGTCGGTATTACCCCAGTGATGTCGATGGCGCGCTGGTTCTACGACACCAATGCCAACGTCGACATGGTGTTCGTCCACAGCGCCCGTTCGCCGAAAGAca > 2:98109/1‑148 (MQ=255) aCGCCATCGACTTCCCTGCTGGCAAGGTGCTGTACCTGTCGGGCGGCGTCGGTATTACCCCAGTGATGTCGATGGCGCGCTGGTTCTACGACACCAATGCCAACGTCGACATGGTGTTCGTCCACAGCGCCCGTTCGCCGAAAGAcatc < 7:25182/149‑1 (MQ=255) cGCCATCGACTTCCCTGCTGGCAAGGTGCTGTACCTGTCGGGCGGCGTCGGTATTACCCCAGTGATGTCGATGGCGCGCTGGTTCTAc < 4:311210/88‑1 (MQ=255) cGCCATCGACTTCCCTGCTGGCAAGGTGCTGTACCTGTCGGGCGGCGTCGGTATTACCCCAGTGATGTCGATGGCGCGCTGGTTCTAc > 3:311210/1‑88 (MQ=255) cGCCATCGACTTCCCTGCTGGCAAGGTGCTGTACCTGTCGGGCGGCGTCGGTATTACCCCAGTGATGTCGATGGCGCGCTGGTTCTACGACACCAATGCCAACGTCGACATGGTGTTCGTCCACAGCGCCCGtt < 5:183185/134‑1 (MQ=255) cGCCATCGACTTCCCTGCTGGCAAGGTGCTGTACCTGTCGGGCGGCGTCGGTATTACCCCAGTGATGTCGATGGCGCGCTGGTTCTACGACACCAATGCCAACGTCGACATGGTGTTCGTCCACAGCGCCCGtt > 6:183185/1‑134 (MQ=255) cGCCATCGACTTCCCTGCTGGCAAGGTGCTGTACCTGTCGGGCGGCGTCGGTATTACCCCAGTGATGTCGATGGCGCGCTGGTTCTACGACACCAATGCCAACGTCGACATGGTGTTCGTCCACAGCGCCCGTTCGCCGAAAGAcatc > 1:144711/1‑148 (MQ=255) cGCCATCGACTTCCCTGCTGGCAAGGTGCTGTACCTGTCGGGCGGCGTCGGTATTACCCCAGTGATGTCGATGGCGCGCTGGTTCTACGACACCAATGCCAACGTCGACATGGTGTTCGTCCACAGCGCCCGTTCGCCGAAAGAcatc < 2:144711/148‑1 (MQ=255) ttCCCTGCTGGCAAGGTGCTGTACCTGTCGGGCGGCGTCGGTATTACCCCAGTAATGTCGATGGCGCGCTGGTTCTACGACACCAATGCCAACGTCGACATGGTGTTCGTCCACAGCGCCCGTTCGCCGAAAGACATCATCTac > 7:110346/1‑144 (MQ=255) ttCCCTGCTGGCAAGGTGCTGTACCTGTCGGGCGGCGTCGGTATTACCCCAGTAATGTCGATGGCGCGCTGGTTCTACGACACCAATGCCAACGTCGACATGGTGTTCGTCCACAGCGCCCGTTCGCCGAAAGACATCATCTac > 7:114841/1‑144 (MQ=255) ttCCCTGCTGGCAAGGTGCTGTACCTGTCGGGCGGCGTCGGTATTACCCCAGTAATGTCGATGGCGCGCTGGTTCTACGACACCAATGCCAACGTCGACATGGTGTTCGTCCACAGCGCCCGTTCGCCGAAAGACATCATCTac < 8:110346/144‑1 (MQ=255) ttCCCTGCTGGCAAGGTGCTGTACCTGTCGGGCGGCGTCGGTATTACCCCAGTAATGTCGATGGCGCGCTGGTTCTACGACACCAATGCCAACGTCGACATGGTGTTCGTCCACAGCGCCCGTTCGCCGAAAGACATCATCTac < 8:114841/144‑1 (MQ=255) tgctgGCAAGGTGCTGTACCTGTCGGGCGGCGTCGGTATTACCCCAGTGATGTCGATGGCGCGCTGGTTCTACGACACCAATGCCAACGTCGACATGGTGTTCGTCCACAGCGCCCGt < 5:295281/118‑1 (MQ=255) tgctgGCAAGGTGCTGTACCTGTCGGGCGGCGTCGGTATTACCCCAGTGATGTCGATGGCGCGCTGGTTCTACGACACCAATGCCAACGTCGACATGGTGTTCGTCCACAGCGCCCGt > 6:295281/1‑118 (MQ=255) gCAAGGTGCTGTACCTGTCGGGCGGCGTCGGTATTACCCCAGTGATGTCGATGGCGCGCTGGTTCTACGACACCAATGCCAACGTCGACATGGTGTTCGTCCACAGCGCCCGTTCGCCGAAAGACATCATCTACCACCGCGAGCTgg < 2:59778/147‑1 (MQ=255) cAAGGTGCTGTACCTGTCGGGCGGCGTCGGTATTACCCCAGTGATGTCGATGGCGCGCTGGTTCTACGACACCAATGCCAACGTCGACATGGTGTTCGTCCACAGCGCCCGTTCGCCGAAAGACATCATCTACCACCGCGAGCTGGaa > 6:46442/1‑148 (MQ=255) tGTACCTGTCGGGCGGCGTCGGTATTACCCCAGTGATGTCGATGGCGCGCTGGTTCTACGACACCAATGCCAACGTCGACATGGTGTTCGTCCACAGCGCCCGTTCGCCGAAAGACATCATCTACCACCGCGAGCTGGAACAGATGGCg > 4:155489/1‑149 (MQ=255) aCCTGTCGGGCGGCGTCGGTATTACCCCAGTGATGTCGATGGCGCGCTGGTTCTACGACACCAATGCCAACGTCGACATGGTGTTCGTCCACAGCGCCCGTTCGCCGAAAGACATCATCTACCACCGCGAGCTGGAACAGATGGCGTcg > 8:12578/1‑149 (MQ=255) ccTGTCGGGCGGCGTCGGTATTACCCCAGTGATGTCGATGGCGCGCTGGTTCTACGACACCAATGCCAACGTCGACATGGTGTTCGTCCACAGCGCCCGTTCGCCGAAAGACATCATCTACCACCGCGCGCTGGAACAGATGGCGTcgc > 5:267157/1‑149 (MQ=255) gTATTACCCCAGTGATGTCGATGGCGCGCTGGTTCTACGACACCAATGCCAACGTCGACATGGTGTTCGTCCACAGCGCCCGTTCGCCGAAAGACATCATCTACCACCGCGAGCTGGAACAGATGGCGTCGCGCATCCCCAACTTCAGc < 3:151161/149‑1 (MQ=255) gTATTACCCCAGTGATGTCGATGGCGCGCTGGTTCTACGACACCAATGCCAACGTCGACATGGTGTTCGTCCACAGCGCCCGTTCGCCGAAAGACATCATCTACCACCGCGAGCTGGAACAGATGGCGTCGCGCATCCCCAACTTCAGc < 1:122742/149‑1 (MQ=255) ccAGTGATGTCGATGGCGCGCTGGTTCTACGACACCAATGCCGACGTCGACATGGTGTTCGTCCACAGCGCCCGTTCGCCGAAAGACATCATCTACCACCGCGAGCTGGAACAGATGGCGTCGCGCATCCCCAACTTCAGCCTGCAcat > 4:41492/1‑149 (MQ=255) | CGGGTGGCCTGGTGTCGAACTTCCTGCATGACACCATGCACGAAGGCGCCGAGCTGCCGGTGCACGGCCCGGTGGGGCTGTTCAACGCCATCGACTTCCCTGCTGGCAAGGTGCTGTACCTGTCGGGCGGCGTCGGTATTACCCCAGTGATGTCGATGGCGCGCTGGTTCTACGACACCAATGCCAACGTCGACATGGTGTTCGTCCACAGCGCCCGTTCGCCGAAAGACATCATCTACCACCGCGAGCTGGAACAGATGGCGTCGCGCATCCCCAACTTCAGCCTGCACAT > NC_002947/379975‑380266 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |