Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,126,407 | G→A | 8.7% | intergenic (‑27/‑41) | PP_4513 ← / → PP_4514 | hypothetical protein/alpha/beta hydrolase superfamily esterase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,126,407 | 0 | G | A | 8.7% | 125.4 / 2.1 | 46 | intergenic (‑27/‑41) | PP_4513/PP_4514 | hypothetical protein/alpha/beta hydrolase superfamily esterase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/17); new base A (2/2); total (27/19) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.41e-01 |
AAGGTGCTGAGCAGTTCCTGAGCCAGCCAGGCAGCACGCAGCAGCCACTGGCACTGGGTGCAATAGGTGATGACGATTTCCGGCTTGTGGTTAGCCATGGTGAAACATCTCCAGGTAAGGGGCCGCTTATACTATCGGTCTTTAGCCCACGGTTTGAGACTCACGATGCGCCGTTTGCTGTTCTGTTTTCTGCTCGTCCTTACCTCGCTTACGGCAATCGCTGCGGAACCCGCCAGGCCCAAGGTCGGCCTGGTGTTGTCTGGCGGTGCG > NC_002947/5126283‑5126552 | aaGGTGCTGAGCAGTTCCTGAGCCAGCCAGGCAGCACGCAGCAGCCACTGGCACTGGGTGCAATAGGTGATGACGATTTCCGGCTTGTGGTTAGCCATGGTGAAACATCTCCAGGTAAGGGGCCGCTTATACTATCGGTCTTTAGCCCa > 1:296155/1‑149 (MQ=255) aGGTGCTGAGCAGTTCCTGAGCCAGCCAGGCAGCACGCAGCAGCCACTGGCACTGGGTGCAATAGGTGATGACGATTTCCGGCTTGTGGTTAGCCATGGTGAAACATCTCCAGGTAAGGGGCCGCTTATACTATCGGTCTTTAGCCCAc < 1:309894/149‑1 (MQ=255) gCTGAGCAGTTCCTGAGCCAGCCAGGCAGCACGCAGCAGCCACTGGCACTGGGTGCAATAGGTGATGACGATTTCCGGCTTGTGGTTAGCCATGGTGAAACATCTCCAGGTAAGGGGCCACTTATACTATCGGTCTTTAGCCCACGGtt > 7:67573/1‑149 (MQ=255) cTGAGCAGTTCCTGAGCCAGCCAGGCAGCACGCAGCAGCCACTGGCACTGGGTGCAATAGGTGATGACGATTTCCGGCTTGTGGTTAGCCATGGTGAAACATCTCCAGGTAAGGGGCCGCTTATACTATCGGTCTTTAGCCCACGGttt < 2:296155/149‑1 (MQ=255) cTGAGCAGTTCCTGAGCCAGCCAGGCAGCACGCAGCAGCCACTGGCACTGGGTGCAATAGGTGATGACGATTTCCGGCTTGTGGTTAGCCATGGTGAAACATCTCCAGGTAAGGGGCCGCTTATACTATCGGTCTTTAGCCCACGGttt < 3:12912/149‑1 (MQ=255) gAGCAGTTCCTGAGCCAGCCAGGCAGCACGCAGCAGCCACTGGCACTGGGTGCAATAGGTGATGACGATTTCCGGCTTGTGGTTAGCCATGGTGAAACATCTCCAGGTAAGGGGCCGCTTATACTATCGGTCTTTAGCCCACGGTTTga > 5:199443/1‑149 (MQ=255) tatgTTCGTGAGCCATCCAGGCAGCACGCAGCAGCCACTGGCACTGGGTGCAATAGGTGATGACGATTTCCGGCTTGTGGTTAGCCATGGTGAAACATCTCCAGGTAAGGGGCCGCTTATACTATCGGTCTTTAGCCCACGGTTTgaga < 5:324622/146‑1 (MQ=255) gCAGTTCCTGAGCCAGCCAGGCAGCACGCAGCAGCCACTGGCACTGGGTGCAATAGGTGATGACGATATCCGGCTTGTGGTTAGCCATGGTGAAACATCTCCAGGTAAGTGGCCGCTTATACTATCGGTCTTTAGCCCACGGTTTgaga < 6:141626/149‑1 (MQ=255) cAGTTCCTGAGCCAGCCAGGCAGCACGCAGCAGCCACTGGCACTGGGTGCAATAGGTGATGACGATTTCCGGCTTGTGGTTAGCCATGGTGAAACATCTCCAGGTAAGGGGCCGCTTATACTATCGGTCTTTAGCCCACGGtgtcgggt > 4:11582/1‑142 (MQ=255) 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ttCCTGAGCCAGCCAGGCAGCACGCAGCAGCCACTGGCACTGGGTGCAATAGGTGATGACGATTTCCGGCTTGTGGTTAGCCATGGTGAAACATCTCCAGGTAAGGGGCCGCTTATACTATCGGTCTTTAGCCCACGGTTTGAGACTCa > 5:270395/1‑149 (MQ=255) ccagccagGCAGCACGCAGCAGCCACTGGCACTGGGTGCAATAGGTGATGACGATTTCCGGCTTGTGGTTAGCCATGGTGAAACATCTCCAGGTAAGGGGCCGCTTATACTATCGGTCTTTAGCCCACGGTTTGAGACTCACGATtcgc > 5:245570/1‑149 (MQ=255) agccagGCAGCACGCAGCAGCCACTGGCACTGGGTGCAATAGGTGATGACGATTTCCGGCTTGTGGTTAGCCATGGTGAAACATCTCCAGGTAAGGGGCCACTTATACTATCGGTCTTTAGCCCACGGTTTGAGACTCACGATGCGCCg > 3:84349/1‑149 (MQ=255) gcagcaCGCAGCAGCCACTGGCACTGGGTGCAATAGGGGATGACGATTTCCGGCTTGTGGTTAGCCATGGTGAAACATCTCCAGGTAAGGGGCCGCTTATACTATCGGTCTTTAGCCCACGGTTTGAGACTCACGATGCGCCGTTTGct < 6:292013/149‑1 (MQ=255) cagcaCGCAGCAGCCACTGGCACTGGGTGCAATAGGTGATGACGATTTCCGGCTTGTGGTTAGCCATGGTGAAACATCTCCAGGTAAGGGGCCGCTTATACTATCGGTCTTTAGCCCACGGTTTGAGACTCACGATGCGCCGTTTGctg < 4:237236/149‑1 (MQ=255) 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cAATAGGTGATGACGATTTCCGGCTTGTGGTTAGCCATGGTGAAACATCTCCAGGTAAGGGGCCGCTTATACTATCGGTCTTTAGCCCACGGTTTGAGACTCACGATGCGCCGTTTGCTGTTCTGTTTTCTGCTCGTCCTTACCTCGc < 1:190790/148‑1 (MQ=255) tAGGTGATGACGATTTCCGGCTTGTGGTTAGCCATGGTGAAACATCTCCAGGTAAGGGGCCGCTTATACTATCGGTCTTTAGCCCACGGTTTGAGACTCACGATGCGCCGTTTGCTGTTCTGTTTTCTGCTCGTCCTTACCTCGCTTAc > 8:244642/1‑149 (MQ=255) ggTGATGACGATTTCCGGCTTGTGGTTAGCCATGGTGAAACATCTCCAGGTAAGGGGCCACTTATACTATCGGTCTTTAGCCCACGGTTTGAGACTCACGATGCGCCGTTTGCTGTTCTGTTTTCTGCTCGTCCTTACCTCGCTTACg < 4:84349/148‑1 (MQ=255) aCGATTTCCGGCTTGTGGTTAGCCATGGTGAAACATCTCCAGGTAAGGGGCCGCTTATACTATCGGTCTTTAGCCCACGGTTTGAGACTCACGATGCGCCGTTTGCTGTTCTGTTTTCTGCTCGTCCTTACCTCGCTTACGGCAATCGc > 6:244074/1‑149 (MQ=255) aCGATTTCCGGCTTGTGGTTAGCCATGGTGAAACATCTCCAGGTAAGGGGCCGCTTATACTATCGGTCTTTAGCCCACGGTTTGAGACTCACGATGCGCCGTTTGCTGTTCTGTTTTCTGCTCGTCCTTACCTCGCTTACGGCAATCGc > 5:62494/1‑149 (MQ=255) cGATTTCCGGCTTGTGGTTAGCCATGGTGAAACATCTCCAGGTAAGGGGCCGCTTATACTATCGGTCTTTAGCCCACGGTTTGAGACTCACGATGCGCCGTTTGCTGTTCTGTTTTCTGCTCGTCCTTACCTCGCTTACGGCAATCGCt > 7:260807/1‑149 (MQ=255) aTTTCCGGCTTGTGGTTAGCCATGGTGAAACATCTCCAGGTAAGGGGCCGCTTATACTATCGGTCTTTAGCCCACGGTTTGAGACTCACGATGCGCCGTTTGCTGTTCTGTTTTCTGCTCGTCCTTACCTCGCTTACGGCAATCGCTGc < 5:244074/149‑1 (MQ=255) aTTTCCGGCTTGTGGTTAGCCATGGTGAAACATCTCCAGGTAAGGGGCCACTTATACTATCGGTCTTTAGCCCACGGTTTGAGACTCACGATGCGCCGTTTGCTGTTCTGTTTTCTGCTCGTCCTTACCTCGCTTACGGCAATCGCTGc < 8:67573/149‑1 (MQ=255) ttGTGGTTAGCCATGGTGAAACATCTCCAGGTAAGGGGCCGCTTATACTATCGGTCTTTAGCCCACGGTTTGAGACTCACGATGCGCCGTTTGCTGTTCTGTTTTCTGCTCGTCCTTACCTCGCTTACGGCAATCGCTGCGGAACCCGc > 6:303463/1‑149 (MQ=255) gaggTTAGCCATGGTGAAACATCTCCAGGTAAGGGGCCGCTTATACTATCGGTCTTTAGCCCACGGTTTGAGACTCACGATGCGCCGTTTGCTGTTCTGTTTTCTGCTCGTCCTTACCTCGCTTACGGCAATCGCTGCGGAACCCGc > 1:160922/3‑147 (MQ=255) 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cAGGTAAGGGGCCGCTTATACTATCGGTCTTTAGCCCACGGTTTGAGACTCACGATGCGCCGTTTGCTGTTCTGTTTTCTGCTCGTCCTTACCTCGCTTACGGCAATCGCTGCGGAACCCGCCAGGCCCAAGGTCGGCCTGGtgtt < 5:303463/146‑1 (MQ=255) gTAAGGGGCCGCTTATACTATCGGTCTTTAGCCCACGGTTTGAGACTCACGATGCGCCGTTTGCTGTTCTGTTTTCTGCTCGTCCTTACCTCGCTTACGGCAATCGCTGCGGAACCCGCCAGGCCCAAGGTCGGCCTGGtgtt > 7:85459/1‑143 (MQ=255) gTAAGGGGCCGCTTATACTATCGGTCTTTAGCCCACGGTTTGAGACTCACGATGCGCCGTTTGCTGTTCTGTTTTCTGCTCGTCCTTACCTCGCTTACGGCAATCGCTGCGGAACCCGCCAGGCCCAAGGTCGGCCTGGtgtt < 8:85459/143‑1 (MQ=255) gTAAGGGGCCGCTTATACTATCGGTCTTTAGCCCACGGTTTGAGACTCACGATGCGCCGTTTGCTGTTCTGTTTTCTGCTCGTCCTTACCTCGCTTACGGCAATCGCTGCGGAACCCGCCAGGCCCAAGGTCGGCCTGGTGTTGTCTgg > 6:244573/1‑149 (MQ=255) gggCCGCTTATACTATCGGTCTTTAGCCCACGGTTTGAGACTCACGATGCGCCGTTTGCTGTTCTGTTTTCTGCTCGTCCTTACCTCGCTTACGGCAATCGCTGCGGAACCCGCCAGGCCCAAGGTCGGCCAGGTGTTGTCTGGCGGTg > 4:161442/1‑149 (MQ=255) ggCCGCTTATACTATCGGTCTTTAGCCCACGGTTTGAGACTCACGATGCGCCGTTTGCTGTTCTGTTTTCTGCTCGTCCTTACCTCGCTTACGGCAATCGCTGCGGAACCCGCCAGGCCCAAGGTCGGCCTGGTGTTGTCTGGCGGTGc > 7:96733/1‑149 (MQ=255) gCCGCTTATACTATCGGTCTTTAGCCCAGGGTTTGAGACTCACGATGCGCCGTTTGCTGTTCTGTTTTCTGCTCGTCCTTACCTCGCTTACGGCAATCGCTGCGGAACCCGCCAGGCCCAAGGTCGGCCTGGTGTTGTCTGGCGGTGCg > 1:181914/1‑149 (MQ=255) | AAGGTGCTGAGCAGTTCCTGAGCCAGCCAGGCAGCACGCAGCAGCCACTGGCACTGGGTGCAATAGGTGATGACGATTTCCGGCTTGTGGTTAGCCATGGTGAAACATCTCCAGGTAAGGGGCCGCTTATACTATCGGTCTTTAGCCCACGGTTTGAGACTCACGATGCGCCGTTTGCTGTTCTGTTTTCTGCTCGTCCTTACCTCGCTTACGGCAATCGCTGCGGAACCCGCCAGGCCCAAGGTCGGCCTGGTGTTGTCTGGCGGTGCG > NC_002947/5126283‑5126552 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |