| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,741,283 | +T | intergenic (+520/+233) | gltA → / ← yeiW | citrate synthase/putative oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,741,283 | 1 | . | T | 95.7% | 69.0 / ‑3.5 | 23 | intergenic (+520/+233) | gltA/yeiW | citrate synthase/putative oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base T (11/11); total (12/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGAACCTCCGCCAACTGCAATTCGTGAACCAAGCAAAAGGCCCCGAAAAGGCCCTC‑C‑GCAGCCCCCCCAACCTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCCGTCCTCGTCCTTGGCCACTTGCCA > NC_002947/4741135‑4741407 | tGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGtcctc‑c < 1:3167/149‑1 (MQ=255)tGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGtcctc‑c < 3:174597/149‑1 (MQ=255) agcaCGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTC‑CTGCAGcgcctcgac < 5:250139/149‑6 (MQ=255) cGGCCATGGCGTAATGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGCCTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGCACACGTCCTC‑CTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGAGCCTTGATCa > 6:345840/1‑149 (MQ=255) aCTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGAGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTC‑CTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg > 1:274645/1‑149 (MQ=255) ataGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTC‑CTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTg > 2:28584/1‑148 (MQ=255) aGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTC‑CTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTAc > 6:175527/1‑149 (MQ=255) ggTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGtcctc‑ctgc < 1:340445/88‑4 (MQ=255) ggTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGtcctc‑ctgc > 2:340445/1‑85 (MQ=255) ggTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGAAACGTCCTCAT‑GCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCATTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTaat > 1:318017/1‑147 (MQ=255) gTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTC‑CTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACtt > 6:149581/1‑149 (MQ=255) tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTGGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGAGACGTCCTC‑CTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTg < 5:345840/149‑1 (MQ=255) cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTC‑CTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGa < 1:28584/149‑1 (MQ=255) ctctGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTC‑CTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg < 6:280447/132‑1 (MQ=255) ctctGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTC‑CTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg > 5:280447/1‑132 (MQ=255) ttCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTC‑CTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATa < 6:365155/120‑1 (MQ=255) ttCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTC‑CTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATa > 5:365155/1‑120 (MQ=255) gacttgcaTTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTC‑CTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCcgtc < 6:314395/142‑1 (MQ=255) ttgcaTTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTC‑CTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCcgtc < 6:72896/142‑1 (MQ=255) ttgcaTTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTC‑CTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCcgtc > 5:72896/5‑146 (MQ=255) gcaTTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTC‑CTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCcgtcctc < 5:149581/145‑1 (MQ=255) caTTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTC‑CTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCTCGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCcgtcctcgtc < 2:274645/148‑1 (MQ=255) aTTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTC‑CTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCcgtcctcgtcc > 2:255790/1‑149 (MQ=255) aggcacaGGCCCCGGACACGTCCTC‑CTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCCGTCCTCGTCCTTg < 4:42918/134‑1 (MQ=255) aggcacaGGCCCCGGACACGTCCTC‑CTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCCGTCCTCGTCCTTg > 3:42918/7‑140 (MQ=255) gcacaGGCCCCGGACACGTCCTC‑CTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCCGTCCTCGTCCTTGGCCACTTGc > 7:80805/5‑147 (MQ=255) gcacaGGCCCCGGACACGTCCTC‑CTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCCGTCCTCGTCCTTGGCCACTTGCCa < 1:255790/145‑1 (MQ=255) | TGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGAACCTCCGCCAACTGCAATTCGTGAACCAAGCAAAAGGCCCCGAAAAGGCCCTC‑C‑GCAGCCCCCCCAACCTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCCGTCCTCGTCCTTGGCCACTTGCCA > NC_002947/4741135‑4741407 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |