| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,126,647 | +C | intergenic (‑101/+48) | tdcG‑II ← / ← gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,126,645 | 1 | . | C | 96.9% | 101.8 / ‑3.4 | 32 | intergenic (‑99/+50) | tdcG‑II/gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base C (14/17); total (15/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCC‑AGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTAAA‑CC‑GCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCA > NC_002947/1126502‑1126784 | ggggCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCC‑AGGTTGTTGGGTTGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTAAA‑cccgc < 1:310249/149‑4 (MQ=255)ggggCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCC‑AGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTAACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTAAA‑cccgc < 3:199364/149‑4 (MQ=255) gccgatgccgatCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCC‑AGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTTACCCCGAATGCGGAGGGATAGCCCCCAACGCAATAGCGGGGAAA‑cccgcgcc > 6:122908/1‑143 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |