Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,159,357 | Δ1 bp | 9.5% | coding (1376/2097 nt) | opuA → | glycine betaine ABC transporter ATP‑binding protein/permease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,159,357 | 0 | A | . | 9.5% | 127.6 / 7.7 | 42 | coding (1376/2097 nt) | opuA | glycine betaine ABC transporter ATP‑binding protein/permease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/18); new base . (2/2); total (22/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.66e-01 |
GGACATTGGTGCAGTTTCCCTCCGATCGCGACAGTATGCTGGCGGCCGCTGGTGCCATCGACGCGTTGATTGGCTGGTCTCAGGTAACCTTCGAAAGCGCATTCGTCGGGGTGATCGTGGCGGTGCGCACCGTCATCAATGGCGTCGAAGGTGCGCTGGGCTGGATTCCGTGGCCGGTACCGGCGCTTGCATTGGTCTACCTGGCCTGGCGCTCCGCCGGCGCGATCCTGGCCCTGACGACTGCGTTAGCCCTGGGGTATATCGGCCTGTTCGGTTTCTGGGAGCGTACGATTTCC > NC_002947/3159210‑3159505 | ggACATTGGTGCAGTTTCCCTCCGATCGCGACAGTATGCTGGCGGCCGCTGGTGCCATCGACGCGTTGATTGGCTGGTCTCAGGTAACCTTCGAAAGCGCATTCGTCGGGGTGATCGTGGCGGTGCGCACCGTCATCAATGGCGTCGaa < 1:126961/149‑1 (MQ=255) ggACATTGGTGCAGTTTCCCTCCGATCGCGACAGTATGCTGGCGGCCGCTGGTGCCATCGACGCGTTGATTGGCTGGTCTCAGGTAACCTTCGAAAGCGCATTCGTCGGGGTGATCGTGGCGGTGCGCACCGTCATCAATGGCGTCGaa < 1:131653/149‑1 (MQ=255) gTGCAGTTTCCCTCCGATCGCGACAGTATGCTGGCGGCCGCTGGTGCCATCGACGCGTTGATTGGCTGGTCTCAGGTAACCTTCGAAAGCGCATTCGTCGGGGTGATCGTGGCGGTGCGCACCGTCATCAATGGCGTCGAAGGTGCgct > 4:132191/1‑149 (MQ=255) gTGCAGTTTCCCTCCGATCGCGACAGTATGCTGGCGGCCGCTGGTGCCATCGACGCGTTGATTGGCTGGTCTCAGGTAACCTTCGAAAGCGCATTCGTCGGGGTGATCGTGGCAGTGCGCACCGTCATCAATGGCGTCGAAGGTGCgct > 7:32049/1‑149 (MQ=255) ccTCCGATCGCGACAGTATGCTGGCGGCCGCTGGTGCCATCGACGCGTTGATTGGCTGGTCTCAGGTAACCTTCGAAAGCGCATTCGTCGGGGTGATCGTGGCGGTGCGCACCGTCATCAATGGCGTCGAAGGTGCgctgggct < 1:155497/144‑1 (MQ=255) ccTCCGATCGCGACAGTATGCTGGCGGCCGCTGGTGCCATCGACGCGTTGATTGGCTGGTCTCAGGTAACCTTCGAAAGCGCATTCGTCGGGGTGATCGTGGCGGTGCGCACCGTCATCAATGGCGTCGAAGGTGCgctgggct > 2:155497/1‑144 (MQ=255) cTCCGATCGCGACAGTATGCTGGCGGCCGCTGGTGCCATCGACGCGTTGATTGGCTGGTCTCAGGTAACCTTCGAAAGCGCATTCGTCGGGGTGATCGTGGCGGTGCGCACCGTCATCAATGGCGTCGa > 8:18040/1‑129 (MQ=255) cGATCGCGACAGTATGCTGGCGGCCGCTGGTGCCATCGACGCGTTGATTGGCTGGTCTCAGGTAACCTTCGAAAGCGCATTCGTCGGGGTGATCGTGGCGGTGCGCACCGTCATCAATGGCGTCGAAGGTGCGCTGGGCTGGATTCCGt < 5:269636/149‑1 (MQ=255) gcgACAGTATGCTGGCGGCCGCTGGTGCCATCGACGCGTTGATTGGCTGGTCTCAGGTAACCTTCGAAAGCGCATTCGTCGGGGTGATCGTGGCGGTGCGCACCGTCATCAATGGCGTCGAAGGTGCGCTGGGCTGGATTCCGTGGcc < 5:222549/148‑1 (MQ=255) gcgACAGTATGCTGGCGGCCGCTGGTGCCATCGACGCGTTGATTGGCTGGTCTCAGGTAACCTTCGAAAGCGCATTCGTCGGGGTGATCGTGGCGGTGCGCACCGTCATCAATGGCGTCGAAGGTGCGCTGGGCTGGATTCCGTGGCCg > 7:90859/1‑149 (MQ=255) cgACAGTATGCTGGCGGCCGCTGGTGCCATCGACGCGTTGATTGGCTGGTCTCAGGTAACCTTCGAAAGCGCATTCGTCGGGGTGATCGTGGCGGTGCGCACCGTCATCAATGGCGTCGAAGGTGCGCTGGGCTGGATTCCGTGGCAgg > 7:38005/1‑149 (MQ=255) tATGCTGGCGGCCGCTGGTGCCATCGACGCGTTGATTGGCTGGTCTCAGGTAACCTTCGAAAGCGCATTCGTCGGGGTGATCGTGGCGGTGCGCACCGTCATCAATGGCGTCGAAGGTGCGCTGGGCTGGATTCCGTGGCCGGTACCgg > 6:117994/1‑149 (MQ=255) tGGCGGCCGCTGGTGCCATCGACGCGTTGATTGGCTGGTCTCAGGTAACCTTCGAAAGCGCATTCGTCGGGGTGATCGTGGCGGTGCGCACCGTCAACAATGGCGTCGAAGGTGCGCTGGGCTGGATTCCGTGGCCGGTACCGGCGCtt > 4:97757/1‑149 (MQ=255) ccATCGACGCGTTGATTGGCTGGTCTCAGGTAACCTTCGAAAGCGCATTCGTCGGGGTGATCGTGGCGGTGCGCACCGTCATCAATGGCGTCGAAGGTGCGCTGGGCTGGATTCCGTGGCCGGTACCGGCGCTTGCATTGGTCTAcctg > 3:3365/1‑149 (MQ=255) gACGCGTTGATTGGCTGGTCTCAGGTAACCTTCGAAAGCGCATTCGTCGGGGTGATCGTGGCGGTGCGCACCGTCATCAATGGCGTCGAAGGTGCGCTGGGCTGGATTCCGTGGCCGGTACCGGCGCTTGCATTGGTCTAcctggcctg < 4:3365/149‑1 (MQ=255) cgcgTTGATTGGCTGGTCTCAGGTAACCTTCGAAAGCGCATTCGTCGGGGTGATCGTGGCGGTGCGCACCGTCATCAATGGCGTCGAAGGTGCGCTGGGCTGGATTCCGTGGCCGGTACCGGCGCTTGCATTGGTCTACctggcctggc < 8:90859/149‑1 (MQ=255) ttGATTGGCTGGTCTCAGGTAACCTTCGAAAGCGCATTCGTCGGGGTGATCGTGGCGGTGCGCACCGTCATCAATGGCGTCGAAGGTGCGCTGGGCTGGATTCCGTGGCCGGTACCGGCGCTTGCATTGGTCTAcctg > 1:51807/1‑138 (MQ=255) ttGATTGGCTGGTCTCAGGTAACCTTCGAAAGCGCATTCGTCGGGGTGATCGTGGCGGTGCGCACCGTCATCAATGGCGTCGAAGGTGCGCTGGGCTGGATTCCGTGGCCGGTACCGGCGCTTGCATTGGTCTAcctg < 2:51807/138‑1 (MQ=255) gATTGGCTGGTCTCAGGTAACCTTCGAAAGCGCATTCGTCGGGGTGATCGTGGCGGTGCGCACCGTCATCAATGGCGTCGAAGGTGCGCTGGGCTGGATTCCGTGGCCGGTACCGGCGCTTGCATTGGTCTACCTGGCCTGGCGCTcc < 1:103583/148‑1 (MQ=255) tctcAGGTAACCTTCGAAAGCGCATTCGTCGGGGTGATCGTGGCGGTGCGCACCGTCATCAATGGCGTCGAAGGTGCGCTGGGCTGGATTCCGTGGCCGGTACCGGCGCTTGCATTGGTCTACCTGGCCTGGCGCTCCGCCGgcg < 4:89593/145‑1 (MQ=255) tctcAGGTAACCTTCGAAAGCGCATTCGTCGGGGTGATCGTGGCGGTGCGCACCGTCATCAATGGCGTCGAAGGTGCGCTGGGCTGGATTCCGTGGCCGGTACCGGCGCTTGCATTGGTCTACCTGGCCTGGCGCTCCGCCGgcg > 3:89593/1‑145 (MQ=255) tcAGGTAACCTTCGAAAGCGCATTCGTCGGGGTGATCGTGGCGGTGCGCACCGTCATCAATGGCGTCG‑AGGTGCgctgggctgg < 6:118340/84‑1 (MQ=255) tcAGGTAACCTTCGAAAGCGCATTCGTCGGGGTGATCGTGGCGGTGCGCACCGTCATCAATGGCGTCG‑AGGTGCgctgggctgg < 6:113601/84‑1 (MQ=255) tcAGGTAACCTTCGAAAGCGCATTCGTCGGGGTGATCGTGGCGGTGCGCACCGTCATCAATGGCGTCG‑AGGTGCgctgggctgg > 5:113601/1‑84 (MQ=255) tcAGGTAACCTTCGAAAGCGCATTCGTCGGGGTGATCGTGGCGGTGCGCACCGTCATCAATGGCGTCG‑AGGTGCgctgggctgg > 5:118340/1‑84 (MQ=255) ccTTCGAAAGCGCATTCGTCGGGGTGATCGTGGCGGTGCGCACCGTCATCAATGGCGTCGAAGGTGCGCTGGGCTGGATTCCGTGGCCGGTACCGGCGCTTGCATTGGTCTACCTGGCCTGGCGCTCCGCCGGCGCGATCCTGGCCCt > 3:298713/1‑148 (MQ=255) cTTCGAAAGCGCATTCGTCGGGGTGATCGTGGCGGTGCGCACCGTCATCAATGGCGTCGAAGGTGCGCTGGGCTGGATTCCGTGGCCGGTACCGGCGCTTGCATTGGTCTACCTGGCCTGGCGCTCCGCCGGCGCGATCCTGGCCCTga > 5:54870/1‑149 (MQ=255) cTTCGAAAGCGCATTCGTCGGGGTGATCGTGGCGGTGCGCACCGTCATCAATGGCGTCGAAGGTGCGCTGGGCTGGATTCCGTGGCCGGTACCGGCGCTTGCATTGGTCTACCTGGCCTGGCGCTCCGCCGGCGCGATCCTGGCCCTga > 4:72578/1‑149 (MQ=255) cTTCGAAAGCGCATTCGTCGGGGTGATCGTGGCGGTGCGCACCGTCATCAATGGCGTCGAAGGTGCGCTGGGCTGGATCCCGTGGCCGGTACCGGCGCTTGCATTGGTCTACCTGGCCTGGCGCTCCGCCGGCGCGATCCTGGCCCTga > 3:257480/1‑149 (MQ=255) ttCGAAAGCGCATTCGTCGGGGTGATCGTGGCGGTGCGCACCGTCATCAATGGCGTCGAAGGTGCGCTGGGCTGGATTCCGTGGCCGGTACCGGCGCTTGCATTGGTCTACCTGGCCTGGCGCTCCGCCGGCGCGATCCTGGCCCTgac > 2:124211/1‑149 (MQ=255) ttCGAAAGCGCATTCGTCGGGGTGATCGTGGCGGTGCGCACCGTCATCAATGGCGTCGAAGGTGCGCTGGGCTGGATTCCGTGGCCGGTACCGGCGCTTGCATTGGTCTACCTGGCCTGGCGCTCCGCCGGCGCGATCCTGGCCCTgac > 5:87430/1‑149 (MQ=255) cGAAAGCGCATTCGTCGGGGTGATCGTGGCGGTGCGCACCGTCATCAATGGCGTCGAAGGTGCGCTGGGCTGGATTCCGTGGCCGGTACCGGCGCTTGCATTGGTCTACCTGGCCTGGCGCTCCGCCGGCGCGATCCTGGCCCTgac < 6:47959/147‑1 (MQ=255) cgcATTCGTCGGGGTGATCGTGGCGGTGCGCACCGTCATCAATGGCGTCGAAGGTGCGCTGGGCTGGATTCCGTGGCCGGTACCGGCGCTTGCATTGGTCTACCTGGCCTGGCGCTCCGCCGGCGCGATCCTGGCCCTGACGACTGCGt < 8:38005/149‑1 (MQ=255) ggggTGATCGTGGCGGTGCGCACCGTCATCAATGGCGTCGAAGGTGCGCTGGGCTGGATTCCGTGGCCGGTACCGGCGCTTGCATTGGTCTACCTGGCCTGGCGCTCCGCCGGCGCGATCCTGGCCCTGACGACTGCGTTAGCCCTggg < 6:87430/149‑1 (MQ=255) gTGGCGGTGCGCACCGTCATCAATGGCGTCGAAGGTGCGCTGGGCTGGATTCCGTGGCCGGTACCGGCGCTTGCATTGGTCTACCTGGCCTGGCGCTCCGCCGGCGCGATCCTGGCCCTGACGACTGCGTTAGCCCTGGGGTATATCg < 6:54870/148‑1 (MQ=255) tGGCGGTGCGCACCGTCATCAATGGCGTCGAAGGTGCGCTGGGCTGGATTCCGTGGCCGGTACCGGCGCTTGCATTGGTCTACCTGGCCTGGCGCTCCGCCGGCGCGATCCTGGCCCTGACGACTGCGTTAGCCCTGGGGTATATCGGc > 5:98803/1‑149 (MQ=255) ggTGCGCACCGTCATCAATGGCGTCGAAGGTGCGCTGGGCTGGATTCCGTGGCCGGTACCGGCGCTTGCATTGGTCTACCTGGCCTGGCGCTCCGCCGGCGCGATCCTGGCCCTGACGACTGCGTTAGCCCTGGGGTATATCGGCCTGt > 6:264561/1‑149 (MQ=255) cGTCATCAATGGCGTCGAAGGTGCGCTGGGCTGGATTCCGTGGCCGGTACCGGCGCTTGCATTGGTCTACCTGGCCTGGCGCTCCGCCGGCGCGATCCTGGCCCTGACGACTGCGTTAGCCCTGGGGTATATCGGCCTGTTCGGTTTCt > 6:261744/1‑149 (MQ=255) tcatcaATGGCGTCGAAGGTGCGCTGGGCTGGATTCCGTGGCCGGTACCGGCGCTTGCATTGGTCTACCTGGCCTGGCGCTCCGCCGGCGCGATCCTGGCCCTGACGACTGCGTTAGCCCTGGGGTATATCGGCCTGTTCGGTTTCTgg < 5:117994/149‑1 (MQ=255) tcatcaATGGCGTCGAAGGTGCGCTGGGCTGGATCCCGTGGCCGGTACCGGCGCTTGCATTGGTCTACCTGGCCTGGCGCTCCGCCGGCGCGATCCTGGCCCTGACGACTGCGTTAGCCCTGGGGTATATCGGCCTGTTCGGTTTCTgg < 4:257480/149‑1 (MQ=255) catcaATGGCGTCGAAGGTGCGCTGGGCTGGATTCCGTGGCCGGTACCGGCGCTTGCATTGGTCTACCTGGCCTGGCGCTCCGCCGGCGCGATCCTGGCCTTGACGACTGCGTTAGCCCTGGTGTATATCGGCCTGTTCGGTTTCTgg < 4:298713/148‑1 (MQ=255) atcaATGGCGTCGAAGGTGCGCTGGGCTGGATTCCGTGGCCGGTACCGGCGCTTGCATTGGTCTACCTGGCCTGGCGCTCCGCCGGCGCGATCCTGGCCCTGACGACTGCGTTAGCCCTGGGGTATATCGGCCTGTTCGGTTTCTGGGa < 3:259470/149‑1 (MQ=255) cGTCGAAGGTGCGCTGGGCTGGATTCCGTGGCCGGTACCGGCGCTTGCATTGGTCTACCTGGCCTGGCGCTCCGCCGGCGCGATCCTGGCCCTGACGACTGCGTTAGCCCTGGGGTATATCGGCCTGTTCgg > 7:68591/1‑132 (MQ=255) cGTCGAAGGTGCGCTGGGCTGGATTCCGTGGCCGGTACCGGCGCTTGCATTGGTCTACCTGGCCTGGCGCTCCGCCGGCGCGATCCTGGCCCTGACGACTGCGTTAGCCCTGGGGTATATCGGCCTGTTCgg < 8:68591/132‑1 (MQ=255) gAAGGTGCGCTGGGCTGGATTCCGTGGCCGGTACCGGCGCTTGCATTGGTCTACCTGGCCTGGCGCTCCGCCGGCGCGATCCTGGCCCTGACGACTGCGTTAGCCCTGGGGTATATCGGCCTGTTCGGTTTCTGGGAGCGTACGATTTc < 1:124211/149‑1 (MQ=255) aaGGTGCGCTGGGCTGGATTCCGTGGCCGGTACCGGCGCTTGCATTGGTCTACCTGGCCTGGCGCTCCGCCGGCGCGATCCTGGCCCTGACGACTGCGTTAGCCCTGGGGTATATCGGCCTGTTCGGTTTCTGGGAGCGTACGATTTcc < 3:97757/149‑1 (MQ=255) | GGACATTGGTGCAGTTTCCCTCCGATCGCGACAGTATGCTGGCGGCCGCTGGTGCCATCGACGCGTTGATTGGCTGGTCTCAGGTAACCTTCGAAAGCGCATTCGTCGGGGTGATCGTGGCGGTGCGCACCGTCATCAATGGCGTCGAAGGTGCGCTGGGCTGGATTCCGTGGCCGGTACCGGCGCTTGCATTGGTCTACCTGGCCTGGCGCTCCGCCGGCGCGATCCTGGCCCTGACGACTGCGTTAGCCCTGGGGTATATCGGCCTGTTCGGTTTCTGGGAGCGTACGATTTCC > NC_002947/3159210‑3159505 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |