New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1844137 | 0 (0.000) | 45 (0.950) | 40/254 | NT | 67.2% | coding (657/2754 nt) | gacS | sensor protein GacS |
? | NC_002947 | 2177702 = | 44 (0.930) | intergenic (+103/‑63) | PP_5485/PP_1931 | GNAT family acetyltransferase/hypothetical protein |
GATTTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGC‑AGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_002947/1843993‑1844137 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGACGACTACGTCACCGATGAAAACC > NC_002947/2177702‑2177849 GATTTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAACGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTC < 1:87588/146‑1 CGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGC‑AGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTG > 8:193161/1‑149 GATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGC‑AGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGT < 7:193161/149‑1 TGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGC‑AGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTG > 3:136932/1‑148 CAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCATGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGC‑AGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCC > 5:313166/1‑149 GTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGC‑AGGGTTTCGGACATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATTGCTGCCCATGGTCCAGACGGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTAGAACC > 4:262554/1‑149 GGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGC‑AGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTG < 2:274427/148‑1 CCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGC‑AGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTC < 3:263981/149‑1 CTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGC‑AGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCG < 4:136932/149‑1 GTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGTCATTCTGC‑AGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGA > 1:17050/1‑149 ATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGC‑AGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGT > 5:37243/1‑149 TGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGC‑AGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTG < 7:242517/104‑1 TGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGC‑AGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTG > 8:242517/1‑104 TGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGC‑AGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGA > 1:47894/1‑148 CAGTTCTTCGTGGGCTTTCTGC‑AGGGTTTCGGGCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGAC < 2:28392/144‑1 CAGTTCTTCGTGGGCATTCTGC‑AGGGTTTCNGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACAGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGAC > 1:28392/1‑144 TCTTCGTGGGCATTCTGC‑AGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATG > 5:236790/1‑147 CGTGGGCATTCTGC‑AGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCG < 2:17050/148‑1 gtGCATTCTGC‑TGGGTTTCGGCGATGCGGTTGATGCCGTGGGCCATTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGA < 6:313166/144‑1 GC‑AGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGT > 4:84911/1‑149 GGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAG > 3:97774/1‑149 GGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAG < 3:262554/149‑1 GGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAG > 8:173877/1‑149 GGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAG > 8:169336/1‑149 TTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCT > 5:17353/1‑149 TTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCT < 2:47894/149‑1 TTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGT > 8:64012/1‑100 TTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGT < 7:64012/100‑1 CCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACG > 3:283822/1‑149 CGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGG < 6:37243/148‑1 GATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACA < 7:173877/148‑1 GATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACA < 7:169336/148‑1 TGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGAATCATCGAAGGTGAGGCTCGACCGCAGGTTACATTG > 6:12581/1‑149 CCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGC < 3:84911/148‑1 CGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTG > 6:308438/1‑149 GTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTG > 6:88016/1‑122 GTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTG < 5:88016/122‑1 CAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGT > 3:247237/1‑149 TCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGG > 8:290804/1‑64 TCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGG < 7:290804/64‑1 CAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGAC < 4:247237/148‑1 CTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTG < 5:58773/142‑1 CTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTG > 6:58773/1‑142 GGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGAC < 7:244436/140‑1 GGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCAGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGAC > 8:244436/1‑140 CTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGACGACTACGTCAC > 2:110649/1‑149 GTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGACGACTACGTCACCGATGAAAA < 1:110649/149‑1 GTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGACGACTACGTCACCGATGAAAA < 2:132878/149‑1 TCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGACGACTACGTCACCGATG < 2:89603/144‑1 TCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGACGACTACGTCACCGATG > 1:89603/1‑144 CCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGACGACTACGTCACCGATGAAAACC > 8:190459/1‑149 GATTTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGC‑AGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_002947/1843993‑1844137 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGACGACTACGTCACCGATGAAAACC > NC_002947/2177702‑2177849 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |