New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3456775 = | 38 (0.780) | 4 (0.090) | 3/252 | NT | 8.6% | coding (514/771 nt) | hbdH | 3‑hydroxybutyrate dehydrogenase |
? | NC_002947 | 3456819 = | 48 (1.020) | coding (470/771 nt) | hbdH | 3‑hydroxybutyrate dehydrogenase |
AAAGCCAGCGACGGTTGCTTTTCTGCCAGCAGATCGTGCTGCGCTTGCAGCCGATCGCCACCCTTGGCCGCACGATCGTCGATCTGCTTTTGCACCAGCGGTGTCAGCACCCAGCCCGGGCATATGGCATTGCAGGTGACATGACTGGTGGCGGTTTCCAGGCCGACCACCTTGGTCAGGCCGATCACGCCATGCTTGGCTGCCACGTAGGCTGCCTTGCCAATCGAGCCGACCAGGCCATGCACCGAAGCGATATTGATGATGCGCCCCCAGTTGCGCGTGCGCATGCCCGGCAGC > NC_002947/3456627‑3456923 | tcgccctgaacctgtcggccgtattccatggcacgcgcctggcgctgccgggcatgcgcacgcgcaactgggggcgcatcatcaatatcgcttcggtgcatggcctggtcggctcgattggcaaggcagcctacgtggcagccaagcat < 8:202509‑M1/1‑1 (MQ=255) aGCCAGCGACGGTTGCTTTTCTGCCAGCAGATCGTGCTGCGCTTGCAGCCGATCGCCACCCTTGGCCGCACGATCGTCGATCTGCTTTTGCACCAGCGGTGTCAGCACCCAGCCCGGGCATATGGCATTGCAGGTGACATGACtggtgg > 3:239130/1‑149 (MQ=255) ccctgaacctggcggccgtattccatggcacgcgcctggcgctgccgggcatgcgcacgcgcaactgggggcgcatcatcaatatcgcttcggtgcatggcctggtcggctcgattggcaaggcagcctacgtggcagcgaagcaTGGc > 5:288356‑M1/146‑149 (MQ=255) cctgaccctgtcggccgtattccatggcacgcgcctggcgctgccgggcatgcgcacgcgcaactgggggcgcatcatcaatatcgcttcggtgcatggcctggtcggctcgattggcaaggcagcctacgtggcagccaagcaTGGCg > 3:220732‑M1/145‑149 (MQ=255) cctgaacctgtcggccgtattccatggcacgcgcctggcgctgccgggcatgcgcacgcgcaactgggggcgcatcatcaatatcgcttcggtgcatggcctggtcggctcgattggcaaggcagcctacgtggcagccaagcaTGGCg < 1:52159‑M1/5‑1 (MQ=255) cctgaacctgtcggccgtattccatggcacgcgcctggcgctgccgggcatgcgcacgcgcaactgggggcgcatcatcaatatcgcttcggtgcatggcctggtcggctcgattggcaaggcagcctacgtggcagccaagcaTGGCg > 3:224870‑M1/145‑149 (MQ=255) cctgaacctgtcggccgtattccatggcacgcgcctggcgctgccgggcatgcgcacgcgcaactgggggcgcatcatcaatatcgcttcggtgcatggcctggtcggctcgattggcaaggcagcctacgtggcagccaagcaTGGCg < 5:128317‑M1/5‑1 (MQ=255) cAGCGACGGTTGCTTTTCTGCCAGCAGATCGTGCTGCGCTTGCAGCCGATCGCCACCCTTGGCCGCACGATCGTCGATCTGCTTTTGCACCAGCGGTGTCAGCACCCAGCCCGGGCATATGGCATTGCAGGTGACATGACTGGTGGCgg > 3:48056/1‑149 (MQ=255) cAGCGACGGTTGCTTTTCTGCCAGCAGATCGTGCTGCGCTTGCAGCCGATCGCCACCCTTGGCCGCACGATCGTCGATCTGCTTTTGCACCAGCGGTGTCAGCACCCAGCCCGGGCATATGGCATTGCAGGTGACATGACTGGTGGCgg > 4:178162/1‑149 (MQ=255) cGGTTGCTTTTCTGCCAGCAGATCGTGCTGCGCTTGCAGCCGATCGCCACCCTTGGCCGCACGATCGTCGATCTGCTTTTGCACCAGCGGTGTCAGCACCCAGCCCGGGCATATGGCATTGCAGGTGACATGACTGGTGGCGGTTTCCa < 6:201415/149‑1 (MQ=255) cTTTTCTGCCAGCAGATCGTGCTGCGCTTGCAGCCGATCGCCACCCTTGGCCGCACGATCGTCGATCTGCTTTTGCACCAGCGGTGTCAGCACCCAGCCCGGGCATATGGCATTGCAGGTGACATGACTGGTGGCGGTTTCCAGGCCg < 4:79535/148‑1 (MQ=255) aTCGTGGTGCGCTTGCAGCCGATCGCCACCCTTGGCCGCACGATCGTCGATCTGCTTTTGCACCAGCGGTGTCAGCACCCAGCCCGGGCATATGGCATTGCAGGTGACATGACTGGTGGCGGTTTCCAGGCCGACCACCTTGGTCAGGc < 4:48056/149‑1 (MQ=255) cgcgcctggcgctgccgggcatgcgcacgcgcaactgggggcgcatcatcaatatcgcttcggtgcatggcctggtcggctcgattggcaaggcagcctacgtggcagccaagcaTGGCGTGATC‑‑GGCCGACCACCTTGGTCAGGCCGa > 6:54035‑M1/116‑149 (MQ=255) ggcgctgccgggcatgcgcacgcgcaactgggggcgcatcatcaatatcgcttcggtgcatggcctggtcggctcgattggcaaggcagcctacgtggcagccaagcaTGGCGGTTTCCAGGCCGACCACCTTGGTCAGGCCGATCACg < 2:229444‑M1/41‑1 (MQ=255) cgcTTGCAGCCGATCGCCACCCTTGGCCGCACGATCGTCGATCTGCTTTTGCACCAGCGGTGTCAGCACCCAGCCCGGGCATATGGCATTGCAGGTGACATGACTGGTGGCGGTTTCCAGGCCGACCACCTTGGTCAGGCCGATCACGc > 4:284967/1‑149 (MQ=255) cgggcatgcgcacgcgcaactgggggcgcatcatcaatatcgcttcggtgcatggcctggtcggctcgattggcaaggcagcctacgtggcagccaagcaTGGCGGTTTCCAGGCCGACCACCTTGGTCAGGCCGATCACGCCATGCtt > 2:289583‑M1/101‑149 (MQ=255) gggcatgcgcacgcgcaactgggggcgcatcatcaatatcgcttcggtgcatggcctggtcggctcgattggcaaggcagcctacgtggcagccaagcaTGGCGGTTTCCAGGCCGACCACCTTGGTCAGGCCGATCACGCCATGCTTg > 1:229444‑M1/100‑149 (MQ=255) gCCGATCGCCACCCTTGGCCGCACGATCGTCGATCTGCTTTTGCACCAGCGGTGTCAGCACCCAGCCCGGGCATATGGCATTGCAGGTGACATGACTGGTGGCGGTTTCCAGGCCGACCACCTTGGTCAGGCCGATCACGCCATGCTTg < 3:284967/149‑1 (MQ=255) gATCGCCACCCTTGGCCGCACGATCGTCGATCTGCTTTTGCACCAGCGGTGTCAGCACCCAGCCCGGGCATATGGCATTGCAGGTGACATGACTGGTGGCGGTTTCCTGGCCGACCACCTTGGTCAGGCCGATCACGCCATGCTTGGCt > 7:102278/1‑149 (MQ=255) gATCGCCACCCTTGGCCGCACGATCGTCGATCTGCTTTTGCACCAGCGGTGTCAGCACCCAGCCCGGGCATATGGCATTGCAGGTGACATGACTGGTGGCGGTTTCCAGGCCGACCACCTTGGTCAGGCCGATCACGCCATGCTTGGCt < 4:239130/149‑1 (MQ=255) cACCCTTGGCCGCACGATCGTCGATCTGCTTTTGCACCAGCGGTGTCAGCACCCAGCCCGGGCATATGGCATTGCAGGTGACATGACTGGTGGCGGTTTCCAGGCCGACCACCTTGGTCAGGCCGATCACGCCATGCTTGGc < 2:215591/142‑1 (MQ=255) cACCCTTGGCCGCACGATCGTCGATCTGCTTTTGCACCAGCGGTGACAGCACCCAGCCCGGGCATATGGCATTGCAGGTGCCATGACTGGTGGCGGTTTCCAGGCCGACCACCTTGGTAAGGCCGATCACGCCATGCTTGGCtagaacg > 1:215591/1‑143 (MQ=255) aCCCTTGGCCGCACGATCGTCGATCTGCTTTTGCACCAGCGGTGTCAGCACCCAGCCCGGGCATATGGCATTGCAGGTGACATGACTGGTGGCGGTTTCCAGGCCGACCACCTTGGTCAGGCCGATCACGCCATGCTTGGCTGCCACGt > 7:202509/1‑149 (MQ=255) cccTTGGCCGCACGATCGTCGATCTGCTTTTGCACCAGCGGTGTCAGCACCCAGCCCGGGCATATGGCATTGCAGGTGACATGACTGGTGGCGGTTTCCAGGCCGACCACCTTGGTCAGGCCGATCACGCCATGCTTGGCTGCCACGTa < 3:178162/149‑1 (MQ=255) ccTTGGCCGCACGATCGTCGATCTGCTTTTGCACCAGCGGTGTCAGCACCCAGCCCGGGCATATGGCATTGCAGGTGACATGACTGGTGGCGGTTTCCTGGCCGACCACCTTGGTCAGGCCGATCACGCCATGCTTGGCTGCCACGTAg < 8:102278/149‑1 (MQ=255) ccTTGGCCGCACGATCGTCGATCTGCTTTTGCACCAGCGGTGTCAGCACCCAGCCCGGGCATATGGCATTGCAGGTGACATGACTGGTGGCGGTTTCCAGGCCGACCACCTTGGTCAGGCCGATCACGCCATGCTTGGCTGCCACGt < 3:64401/147‑1 (MQ=255) ccTTGGCCGCACGATCGTCGATCTGCTTTTGCACCAGCGGTGTCAGCACCCAGCCCGGGCATATGGCATTGCAGGTGACATGACTGGTGGCGGTTTCCAGGCCGACCACCTTGGTCAGGCCGATCACGCCATGCTTGGCTGCCACGt > 4:64401/1‑147 (MQ=255) gATCGTCGATCTGCTTTTGCACCAGCGGTGTCAGCACCCAGCCCGGGCATATGGCATTGCAGGTGACATGACTGGTGGCGGTTTCCAGGCCGACCACCTTGGTCAGGCCGATCACGCCATGCTTGGCTGCCACGTAGGCTGCCTTGcc > 2:291446/1‑148 (MQ=255) tcgtcgATCTGCTTTTGCACCAGCGGTGTCAGCACCCAGCCCGGGCATATGGCATTGCAGGTGACATGACTGGTGGCGGTTTCCAGGCCGACCACCTTGGTCAGGCCGATCACGCCATGCTTGGCTGCCACGTAGGCTGCCTTGCCAAt > 5:303672/1‑149 (MQ=255) tcgtcgATCTGCTTTTGCACCAGCGGTGTCAGCACCCAGCCCGGGCATATGGCATTGCAGGTGACATGACTGGTGGCGGTTTCCAGGCCGACCACCTTGGTCAGGCCGATCACGCCATGCTTGGCTGCCACGTAGGCTGCCTTGCCAAt < 1:186856/149‑1 (MQ=255) gtcgATCTGCTTTTGCACCAGCGGTGTCAGCACCCAGCCCGGGCATATGGCATTGCAGGTGACATGACTGGTGGCGGTTTCCAGGCCGACCACCTTGGTCAGGCCGATCACGCCATGCTTGGCTGCCACGt < 2:33506/131‑1 (MQ=255) gtcgATCTGCTTTTGCACCAGCGGTGTCAGCACCCAGCCCGGGCATATGGCATTGCAGGTGACATGACTGGTGGCGGTTTCCAGGCCGACCACCTTGGTCAGGCCGATCACGCCATGCTTGGCTGCCACGt > 1:33506/1‑131 (MQ=255) gtcgATCTGCTTTTGCACCAGCGGTGTCAGCACCCAGCCCGGGCATATGGCATTGCAGGTGACATGACTGGTGGCGGTTTCCAGGCCGACCACCTTGGTCAGGCCGATCACGCCATGCTTGGCTGCCACGTAGGCTGCCTTGCCAATCg > 7:95372/1‑149 (MQ=255) tcgATCTGCTTTTGCACCAGCGGTGTCAGCACCCAGCCCGGGCATATGGCATTGCAGGTGACATGACTGGTGGCGGTTTCCAGGCCGACCACCTTGGTCAGGCCGATCACGCCATGCTTGGCTGCCACGTAGGCTGCCTTGCCAATc > 6:128317/1‑147 (MQ=255) tcgATCTGCTTTTGCACCAGCGGTGTCAGCACCCAGCCCGGGCATATGGCATTGCAGGTGACATGACTGGTGGCGGTTTCCAGGCCGACCACCTTGGTCAGGCCGATCACGCCATGCTTGGCTGCCACGTAGGCTGCCTTGCCAATc > 1:240916/1‑147 (MQ=255) tcgATCTGCTTTTGCACCAGCGGTGTCAGCACCCAGCCCGGGCATATGGCATTGCAGGTGACATGACTGGTGGCGGTTTCCAGGCCGACCACCTTGGTCAGGCCGATCACGCCATGCTTGGCTGCCACGTAGGCTGCCTTGCCAATCGa < 6:303672/149‑1 (MQ=255) cTTTTGCACCAGCGGTGTCAGCACCCAGCCCGGGCATATGGCATTGCAGGTGACATGACTGGTGGCGGTTTCCAGGCCGACCACCTTGGTCAGGCCGATCACGCCATGCTTGGCTGCCACGTAGGCTGCCTTGCCAATCGAGc < 1:291446/143‑1 (MQ=255) cTTTTGCACCAGCGGTGTCAGCACCCAGCCCGGGCATATGGCATTGCAGGTGACATGACTGGTGGCGGTTTCCAGGCCGACCACCTTGGTCAGGCCGATCACGCCATGCTTGGCTGCCACGTAGGCTGCCTTGCCAATCGAGCCGAc > 7:86396/1‑147 (MQ=255) gCACCAGCGGTGTCAGCACCCAGCCCGGGCATATGGCATTGCAGGTGACATGACTGGTGGCGGTTTCCAGGCCGACCACCTTGGTCAGGCCGATCACGCCATGCTTGGCTGCCACGTAGGCTGCCTTGCCAATCGAGCCGACCAGGcc < 8:86396/148‑1 (MQ=255) cACCCAGCCCGGGCATATGGCATTGCAGGTGACATGACTGGTGGCGGTTTCCAGGCCGACCACCTTGGTCAGGCCGATCACGCCATGCTTGGCTGCCACGTAGGCTGCCTTGCCAATCGAGCCGACCAGGCCATGCACCGAAGCGatat > 2:39723/1‑149 (MQ=255) ccAGCCCGGGCATATGGCATTGCAGGTGACATGACTGGTGGCGGTTTCCAGGCCGACCACCTTGGTCAGGCCGATCACGCCATGCTTGGCTGCCACGTAGGCTGCCTTGCCAATCGAGCCGACCAGGCCAt > 8:286979/1‑131 (MQ=255) ccAGCCCGGGCATATGGCATTGCAGGTGACATGACTGGTGGCGGTTTCCAGGCCGACCACCTTGGTCAGGCCGATCACGCCATGCTTGGCTGCCACGTAGGCTGCCTTGCCAATCGAGCCGACCAGGCCAt < 7:286979/131‑1 (MQ=255) ccAGCCCGGGCATATGGCATTGCAGGTGACATGACTGGTGGCGGTTTCCAGGCCGACCACCTTGGTCAGGCCGATCACGCCATGCTTGGCTGCCACGTAGGCTGCCTTGCCAATCGAGCCGACCAGGCCATGCACCGAAGCGATATtga > 3:247746/1‑149 (MQ=255) ggCATATGGCATTGCAGGTGACATGACTGGTGGCGGTTTCCAGGCCGACCACCTTGGTCAGGCCGATCACGCCATGCTTGGCTGCCACGTAGGCTGCCTTGCCAATCGAGCCGACCAGGCCATGCACCGAAGCGATATTGATGATgcgc < 1:39723/149‑1 (MQ=255) atatGGCATTGCAGGTGACATGACTGGTGGCGGTTTCCAGGCCGACCACCTTGGTCAGGCCGATCACGCCATGCTTGGCTGCCACGTAGGCTGCCTTGCCAATCGAGCCGACCAGGCCATGCACCGAAGCGATATTGATGATGCGcccc < 2:240916/149‑1 (MQ=255) ggTGACATGACTGGTGGCGGTTTCCAGGCCGACCACCTTGGTCAGGCCGATCACGCCATGCTTGGCTGCCACGTAGGCTGCCTTGCCAATCGAGCCGACCAGGCCATGCACCGAAGCGATATTGATGATGCGCCCCCAGTTGCGCGTgc < 8:95372/149‑1 (MQ=255) ggTGACATGACTGGTGGCGGTTTCCAGGCCGACCACCTTGGTCAGGCCGATCACGCCATGCTTGGCTGCCACGTAGGCTGCCTTGCCAATCGAGCCGACCAGGCCATGCACCGAAGCGATATTGATGATGCGCCCCCAGTTGCGCGTgc < 4:247746/149‑1 (MQ=255) gACATGACTGGTGGCGGTTTCCAGGCCGACCACCTTGGTCAGGCCGATCACGCCATGCTTGGCTGCCACGTAGGCTGCCTTGCCAATCGAGCCGACCAg > 7:50433/1‑99 (MQ=255) gACATGACTGGTGGCGGTTTCCAGGCCGACCACCTTGGTCAGGCCGATCACGCCATGCTTGGCTGCCACGTAGGCTGCCTTGCCAATCGAGCCGACCAg < 8:50433/99‑1 (MQ=255) cTGGTGGCGGTTTCCAGGCCGACCACCTTGGTCAGGCCGATCACGCCATGCTTGGCTGCCACGTAGGCTGCCTTGCCAATCGAGCCGCCCAGGCCATGCACCGAAGCGATATTGATGATGCGCCCCCAGTTGCGCGTGCGCATGCCCgg > 3:15675/1‑149 (MQ=255) TGGCGGTTTCCAGGCCGACCACCTTGGTCAGGCCGATCACGCCATGCTTGGCTGCCACGTAGGCTGCCTTGCCAATCGAGCCGACCAGGCCATGCACCGAAGCGATATTGATGATGCGCCCCCAGTTGCGCGTGCGCATGCCCGGCAgc < 6:220283‑M1/149‑1 (MQ=255) | AAAGCCAGCGACGGTTGCTTTTCTGCCAGCAGATCGTGCTGCGCTTGCAGCCGATCGCCACCCTTGGCCGCACGATCGTCGATCTGCTTTTGCACCAGCGGTGTCAGCACCCAGCCCGGGCATATGGCATTGCAGGTGACATGACTGGTGGCGGTTTCCAGGCCGACCACCTTGGTCAGGCCGATCACGCCATGCTTGGCTGCCACGTAGGCTGCCTTGCCAATCGAGCCGACCAGGCCATGCACCGAAGCGATATTGATGATGCGCCCCCAGTTGCGCGTGCGCATGCCCGGCAGC > NC_002947/3456627‑3456923 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |